# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk08890s2.fasta.huge -Q ../query/KIAA0896.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0896, 2820 aa vs ./tmplib.23663 library 1984685 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0920+/-0.00736; mu= 12.6755+/- 0.499 mean_var=207.4393+/-50.028, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.089049 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 45, opt: 33, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1320 ( 567 res) fh13757 ( 567) 420 68.0 1.1e-11 KIAA0312 ( 3192 res) ff01724 (3192) 395 65.7 3.1e-10 KIAA0317 ( 826 res) hg00276 ( 826) 385 63.7 3.2e-10 KIAA0439 ( 995 res) hj00462 ( 995) 368 61.6 1.6e-09 KIAA1625 ( 859 res) hh15184 ( 859) 366 61.3 1.8e-09 KIAA0093 ( 927 res) ha00935 ( 927) 353 59.6 5.9e-09 KIAA0322 ( 1614 res) hg00462s1 (1614) 345 58.9 1.7e-08 KIAA0010 ( 1086 res) ha00408 (1086) 338 57.8 2.5e-08 KIAA1301 ( 1581 res) fg06833 (1581) 293 52.2 1.7e-06 KIAA1131 ( 2168 res) pf08614 (2168) 253 47.3 7.4e-05 KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054) 218 42.4 0.0011 KIAA0045 ( 2005 res) ha00941 (2005) 210 41.7 0.0033 KIAA1307 ( 1678 res) fh08302 (1678) 205 40.9 0.0045 >>KIAA1320 ( 567 res) fh13757 (567 aa) initn: 337 init1: 126 opt: 420 Z-score: 301.6 bits: 68.0 E(): 1.1e-11 Smith-Waterman score: 421; 32.000% identity (61.000% similar) in 300 aa overlap (2527-2819:283-564) 2500 2510 2520 2530 2540 2550 KIAA08 ENRKRHGSSRSVVDMDLDDTDDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEARLNCFRNIGRI .::.. .. .: .:: :: :.: KIAA13 GVVREWFDILSNEIVNPDYALFTQSADGTTFQPNSNSYVNP-------DHLNYFRFAGQI 260 270 280 290 300 2560 2570 2580 2590 2600 2610 KIAA08 LGLCLLQNELCPITLNRHVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVF ::: : . .: : ..: : .:: ::..: : .:: . ..: : :: .. :: KIAA13 LGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNL-QWILDNDISDL---- 310 320 330 340 350 360 2620 2630 2640 2650 2660 2670 KIAA08 SAMDLAFAIDLCKEEGGGQVELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMR ...:.:... . .: : :.: .: :: .: :::. .: :: . . ..:. KIAA13 -GLELTFSVETDVFGAMEEVPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFL 370 380 390 400 410 2680 2690 2700 2710 2720 2730 KIAA08 KGLLDVLPKNSLEDLTAEDFRLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESG-ENAEKLLQFKRWF .:. .: . .. . ...::..: :..:. :. : .. :: : . ..: :: KIAA13 QGFHMFIPPSLIQLFDEYELELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYT--SGYEREDPVIQ---WF 420 430 440 450 460 470 2740 2750 2760 2770 2780 KIAA08 WSIVEKMSMTERQDLVYFWTSSPSLP----ASEEGFQPMPSITIR--PPDDQHLPTANTC : .:: ... :: :. : :.: .: :. : . . ..:: : . :::..:: KIAA13 WEVVEDITQEERVLLLQFVTGSSRVPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTC 480 490 500 510 520 530 2790 2800 2810 2820 KIAA08 ISRLYVPLYSSKQILKQKLLLAIKTKNFGFV :. : .: : ::.:::..::.:.. ..:. KIAA13 INMLKLPEYPSKEILKDRLLVALHCGSYGYTMA 540 550 560 >>KIAA0312 ( 3192 res) ff01724 (3192 aa) initn: 323 init1: 138 opt: 395 Z-score: 275.7 bits: 65.7 E(): 3.1e-10 Smith-Waterman score: 395; 28.763% identity (63.211% similar) in 299 aa overlap (2529-2819:2903-3189) 2500 2510 2520 2530 2540 2550 KIAA08 RKRHGSSRSVVDMDLDDTDDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEA-RLNCFRNIGRIL :: : :: :... . .:. :. .:::. KIAA03 GQDAGGLLREWYMIISREMFNPMYALFRTSPGDRVTYTINPSSHCNPNHLSYFKFVGRIV 2880 2890 2900 2910 2920 2930 2560 2570 2580 2590 2600 2610 KIAA08 GLCLLQNELCPITLNRHVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVFS . . .:.: ..: : .::..: . :. : .:..: :. . :. KIAA03 AKAVYDNRLLECYFTRSFYKHILGKSVRYTDMESEDYHFYQGLVYLL------ENDVSTL 2940 2950 2960 2970 2980 2620 2630 2640 2650 2660 2670 KIAA08 AMDLAFAIDLCKEEGGGQV-ELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMR ..::.:. .. .: : .: .: :::.:: :: .: :::. . :: . .. : :. KIAA03 GYDLTFSTEV-QEFGVCEVRDLKPNGANILVTEENKKEYVHLVCQMRMTGAIRKQLAAFL 2990 3000 3010 3020 3030 3040 2680 2690 2700 2710 2720 2730 KIAA08 KGLLDVLPKNSLEDLTAEDFRLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESGENAEKLLQFKRWFW .:. ...:: . .: ....::..: .... : : : .. .... .:.. ::: KIAA03 EGFYEIIPKRLISIFTEQELELLISGLPTIDIDDLKSNTEYHKYQSNS----IQIQ-WFW 3050 3060 3070 3080 3090 3100 2740 2750 2760 2770 2780 2790 KIAA08 SIVEKMSMTERQDLVYFWTSSPSLP----ASEEGFQPMPSITIRPPD--DQHLPTANTCI ........: .. : :.. ..: :. ::.. . .. :. : ..::.:.::. KIAA03 RALRSFDQADRAKFLQFVTGTSKVPLQGFAALEGMNGIQKFQIHRDDRSTDRLPSAHTCF 3110 3120 3130 3140 3150 3160 2800 2810 2820 KIAA08 SRLYVPLYSSKQILKQKLLLAIKTKNFGFV ..: .: : : . :.. :::::. . :: KIAA03 NQLDLPAYESFEKLRHMLLLAIQECSEGFGLA 3170 3180 3190 >>KIAA0317 ( 826 res) hg00276 (826 aa) initn: 353 init1: 167 opt: 385 Z-score: 275.4 bits: 63.7 E(): 3.2e-10 Smith-Waterman score: 385; 28.254% identity (59.683% similar) in 315 aa overlap (2520-2819:523-823) 2490 2500 2510 2520 2530 2540 KIAA08 DSSEKVQENRKRHGSSRSVVDMDLDDTDDGDDNAPLF--YQPGKRGFYTPRPGKNTEARL : . :: .. ..... : :.. .. :: KIAA03 NFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTRFSDNNQALVHPNPNRPAHLRL 500 510 520 530 540 550 2550 2560 2570 2580 2590 2600 KIAA08 NCFRNIGRILGLCLLQN-------ELCPITLNRHVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESL . .. ::..: :: .. .: ..: . ..: ..... : :: .:.: KIAA03 KMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFLAQIIGLRMHYKYFETDDPEFYKSK 560 570 580 590 600 610 2610 2620 2630 2640 2650 KIAA08 RQLILASQSSDADAVFSAMDLAFAIDLCKEEGGGQ----VELIPNGVNIPVTPQNVYEYV .:: .. :. :.:.:: . : . .:: :::. .:.. ::: : :. 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KIAA03 NLLAQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELLMCGTGDISVSDFKAHAV 670 680 690 700 710 720 2720 2730 2740 2750 2760 2770 KIAA08 FNDESGENAEKLLQFKRWFWSIVEKMSMTERQDLVYFWTSSPSLPASEEGFQPM-PSITI : . ::.. ::::..: .... : :. : :.: .:: . :: . ::. : KIAA03 VVGGSWHFREKVM---RWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPPG--GFAALCPSFQI 730 740 750 760 770 2780 2790 2800 2810 2820 KIAA08 -RPPDDQHLPTANTCISRLYVPLYSSKQILKQKLLLAIKTKNFGFV : . ::::.::...: .: :.: . ... : :::. :: KIAA03 IAAPTHSTLPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEGCEGFGML 780 790 800 810 820 >>KIAA0439 ( 995 res) hj00462 (995 aa) initn: 290 init1: 153 opt: 368 Z-score: 262.7 bits: 61.6 E(): 1.6e-09 Smith-Waterman score: 368; 29.352% identity (60.751% similar) in 293 aa overlap (2537-2819:717-991) 2510 2520 2530 2540 2550 2560 KIAA08 SVVDMDLDDTDDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEARLNCFRNIGRILGLCLLQNEL : : .: .:. : :::. :: .....: KIAA04 WFFLLSKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFTFIGRVAGLAVFHGKL 690 700 710 720 730 740 2570 2580 2590 2600 2610 2620 KIAA08 CPITLNRHVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVFSAMDLAFAID . : :..::.... .:. : .:.::. :: .. .. .:: : :: KIAA04 LDGFFIRPFYKMMLGKQITLNDMESVDSEYYNSLKW-ILENDPTE-------LDLMFCID 750 760 770 780 790 2630 2640 2650 2660 2670 2680 KIAA08 LCKEEGGGQ---VELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMRKGLLDVL ::. :: :.: ::: .: :: .: ::. . :.. ... ..:. .:. ..: KIAA04 ---EENFGQTYQVDLKPNGSEIMVTNENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFLEGFTELL 800 810 820 830 840 850 2690 2700 2710 2720 2730 2740 KIAA08 PKNSLEDLTAEDFRLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESGENAEKLLQFKRWFWSIVEKMS : . .. . ....::. : :.:.:. . . ... : . ..: :::. : :. KIAA04 PIDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWRQHSIYKNGYCPN-HPVIQ---WFWKAVLLMD 860 870 880 890 900 910 2750 2760 2770 2780 2790 KIAA08 MTERQDLVYFWTSSPSLPASEEGFQPM-----PSI-TIRP-PDDQHLPTANTCISRLYVP .: :. : :.. .: . :: . :.. ::. . ..:: :.::..:: .: KIAA04 AEKRIRLLQFVTGTSRVPMN--GFAELYGSNGPQLFTIEQWGSPEKLPRAHTCFNRLDLP 920 930 940 950 960 2800 2810 2820 KIAA08 LYSSKQILKQKLLLAIKTKNFGFV : . . :..:::.:... . :: KIAA04 PYETFEDLREKLLMAVENAQ-GFEGVD 970 980 990 >>KIAA1625 ( 859 res) hh15184 (859 aa) initn: 469 init1: 163 opt: 366 Z-score: 262.1 bits: 61.3 E(): 1.8e-09 Smith-Waterman score: 366; 28.169% identity (58.803% similar) in 284 aa overlap (2547-2819:588-856) 2520 2530 2540 2550 2560 2570 KIAA08 DDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEARLNCFRNIGRILGLCLLQNELCPITLNRHVI :. :. .:::.:: ..... .. KIAA16 LNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSSINPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHYINGGFTVPFY 560 570 580 590 600 610 2580 2590 2600 2610 2620 2630 KIAA08 KVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVFSAMDLAFAIDLCKEEGGGQV : :::. .. :. :: ...:: .. . . : .: . ::. : : KIAA16 KQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLVWILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRIL-------QH 620 630 640 650 660 670 2640 2650 2660 2670 2680 2690 KIAA08 ELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMRKGLLDVLPKNSLEDLTAEDF :: ::: :.::: .: :::: :.. :.. : . :..::. ...:.. :. . ... KIAA16 ELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGIEAQFLALQKGFNELIPQHLLKPFDQKEL 680 690 700 710 720 730 2700 2710 2720 2730 2740 2750 KIAA08 RLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESGENAEKLLQFKRWFWSIVEKMSMTERQDLVYFWTS .:...: ..... : : .. ... .. ::::. :: .. .: :. : :. KIAA16 ELIIGGLDKIDLNDWKSNTRLKHCVADS-----NIVRWFWQAVETFDEERRARLLQFVTG 740 750 760 770 780 2760 2770 2780 2790 2800 KIAA08 SPSLPASEEGFQPM--------P---SITIRPPDDQHLPTANTCISRLYVPLYSSKQILK : .: .::. . : .: . . ..:: :.::..:. .: : : . : KIAA16 STRVPL--QGFKALQGSTGAAGPRLFTIHLIDANTDNLPKAHTCFNRIDIPPYESYEKLY 790 800 810 820 830 840 2810 2820 KIAA08 QKLLLAIKTKNFGFV .::: :.. .. :: KIAA16 EKLLTAVE-ETCGFAVE 850 >>KIAA0093 ( 927 res) ha00935 (927 aa) initn: 204 init1: 132 opt: 353 Z-score: 252.7 bits: 59.6 E(): 5.9e-09 Smith-Waterman score: 353; 29.452% identity (59.589% similar) in 292 aa overlap (2537-2817:649-923) 2510 2520 2530 2540 2550 2560 KIAA08 SVVDMDLDDTDDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEARLNCFRNIGRILGLCLLQNEL : : .: .:. :. :::. :. . ...: KIAA00 WFFLISKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFKFIGRVAGMAVYHGKL 620 630 640 650 660 670 2570 2580 2590 2600 2610 2620 KIAA08 CPITLNRHVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVFSAMDLAFAID . : :..: . .. ::. : .:.::: :: .. .. .:: : :: KIAA00 LDGFFIRPFYKMMLHKPITLHDMESVDSEYYNSLRW-ILENDPTE-------LDLRFIID 680 690 700 710 720 730 2630 2640 2650 2660 2670 2680 KIAA08 LCKEEGGGQV---ELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMRKGLLDVL :: ::. :: .: .: :: .: ::. . :.. .. . :...:..... KIAA00 ---EELFGQTHQHELKNGGSEIVVTNKNKKEYIYLVIQWRFVNRIQKQMAAFKEGFFELI 740 750 760 770 780 2690 2700 2710 2720 2730 2740 KIAA08 PKNSLEDLTAEDFRLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESGENAEKLLQFKRWFWSIVEKMS :.. .. . ....::. : :.:.:. :.... : .:.. : .:::. : :. KIAA00 PQDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWREHTKYKN--GYSANH--QVIQWFWKAVLMMD 790 800 810 820 830 840 2750 2760 2770 2780 2790 KIAA08 MTERQDLVYFWTSSPSLPASEEGFQPM-----P-SITIRP-PDDQHLPTANTCISRLYVP .: :. : :.. .: . :: . : :.:.. ..:: :.::..:: .: KIAA00 SEKRIRLLQFVTGTSRVPMN--GFAELYGSNGPQSFTVEQWGTPEKLPRAHTCFNRLDLP 850 860 870 880 890 900 2800 2810 2820 KIAA08 LYSSKQILKQKLLLAIK-TKNFGFV : : . : .:: .::. :..: KIAA00 PYESFEELWDKLQMAIENTQGFDGVD 910 920 >>KIAA0322 ( 1614 res) hg00462s1 (1614 aa) initn: 341 init1: 97 opt: 345 Z-score: 244.4 bits: 58.9 E(): 1.7e-08 Smith-Waterman score: 345; 29.123% identity (61.053% similar) in 285 aa overlap (2544-2819:1343-1613) 2520 2530 2540 2550 2560 2570 KIAA08 DDTDDGDDNAPLFYQPGKRGFYTPRPGKNTEARLNCFRNIGRILGLCLLQNELCPITLNR : .:. :: :::::: :... : ..: KIAA03 QELFNPYYGLFEYSANDTYTVQISPMSAFVENHLEWFRFSGRILGLALIHQYLLDAFFTR 1320 1330 1340 1350 1360 1370 2580 2590 2600 2610 2620 2630 KIAA08 HVIKVLLGRKVNWHDFAFFDPVMYESLRQLILASQSSDADAVFSAMDLAFAIDLCKEEGG :.:: . :. ..: ...::. . .: . . . .::.:... :: KIAA03 PFYKALLRLPCDLSDLEYLDEEFHQSLQWM------KD-NNITDILDLTFTVN---EEVF 1380 1390 1400 1410 1420 2640 2650 2660 2670 2680 2690 KIAA08 GQV---ELIPNGVNIPVTPQNVYEYVRKYAEHRMLVVAEQPLHAMRKGLLDVLPKNSLED ::: :: .:.: :: .: ::...... :. . : .:. .:. .:. . . KIAA03 GQVTERELKSGGANTQVTEKNKKEYIERMVKWRVERGVVQQTEALVRGFYEVVDSRLVSV 1430 1440 1450 1460 1470 1480 2700 2710 2720 2730 2740 2750 KIAA08 LTAEDFRLLVNGCGEVNVQMLISFTSFNDESGENAEKLLQFKRWFWSIVEKMSMTERQDL . :....:.. : .:.... . : . ..: . .:. ::::. ::... .: : KIAA03 FDARELELVIAGTAEIDLNDWRNNTEY--RGGYHDGHLVI--RWFWAAVERFNNEQRLRL 1490 1500 1510 1520 1530 2760 2770 2780 2790 2800 KIAA08 VYFWTSSPSLP----ASEEGFQPMPSITIRPPDD-QHLPTANTCISRLYVPLYSSKQILK . : :.. :.: :. .: . . . :. :: :.::..:: .: : : ..: KIAA03 LQFVTGTSSVPYEGFAALRGSNGLRRFCIEKWGKITSLPRAHTCFNRLDLPPYPSYSMLY 1540 1550 1560 1570 1580 1590 2810 2820 KIAA08 QKLLLAIK-TKNFGFV .::: :.. :..::. 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