# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02839a.fasta.huge -Q ../query/KIAA0922.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0922, 790 aa vs ./tmplib.23663 library 1986715 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4535+/-0.00681; mu= 3.6708+/- 0.461 mean_var=172.7339+/-42.025, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.097586 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0257 ( 1805 res) ha07065 (1805) 289 53.6 2.2e-07 >>KIAA0257 ( 1805 res) ha07065 (1805 aa) initn: 333 init1: 217 opt: 289 Z-score: 224.6 bits: 53.6 E(): 2.2e-07 Smith-Waterman score: 355; 21.564% identity (51.185% similar) in 844 aa overlap (1-781:992-1797) 10 20 30 KIAA09 PDFTSSWVIRDLSLVTAADLEFRFTLNVTL ::::.: :::.:...:.. :: : ::..: KIAA02 SCEGYGFKVVNCQEFTLSANASRDIIILFTPDFTASRVIRELKFITTSGSEFVFILNASL 970 980 990 1000 1010 1020 40 50 60 70 80 90 KIAA09 PHHLLPLCADVVPGPSWEESFWRLTVFFVSLSLLGVILIAFQQAQYILMEFMKTRQRQNA :.:.: ::...: :.:: ... . ..: .: :: :. .:: : : :.: KIAA02 PYHMLATCAEALPRPNWELALYIIISGIMSALFLLVIGTAYLEAQGIWEPF---RRRL-- 1030 1040 1050 1060 1070 100 110 120 130 140 KIAA09 SSSSQQNNGPMDVISPHSYKS----NCKNFLDTYGPSDKGRGKNCLPVNTPQSRIQNAAK : . .: :.:: : . . . .. :.: . : :.... .. .:: . ... KIAA02 --SFEASNPPFDVGRPFDLRRIVGISSEGNLNTLS-CDPGHSRGFCGAGGSSSRPSAGSH 1080 1090 1100 1110 1120 1130 150 160 170 180 190 200 KIAA09 RS--PATYGHSQKKHKCSVYYSKHKTSTAAASSTSTTTEEKQTSPLGSSLPAAKEDICTD .. :... ::..... :. . ........:. :... ... ... : . . .. KIAA02 KQCGPSVHPHSSHSNRNSADVENVRAKNSSSTSSRTSAQAASSQSANKTSPLVLD---SN 1140 1150 1160 1170 1180 1190 210 220 230 240 250 260 KIAA09 AMRENWISLRYASGINVNLQKNLTLPKNLLNKEENTLKNTIVFSNPSSECSMKEGIQTCM .. .. . : ..: . . . . .. :... . : .:. . . KIAA02 TVTQGHTAGRKSKGAKQSQHGSQHHAHSPLEQHPQPPLPPPV-PQPQEPQPERLSPAPLA 1200 1210 1220 1230 1240 270 280 290 300 310 320 KIAA09 FPKETDIKTSENTAEFKERELCPLKTSKKLPENHLPRNSPQYH----QPDLPEISRKNNG :.. . ..: .. .. : . .: ..:: . :: : . :..: KIAA02 HPSHPE-RASSARHSSEDSDITSLIEAMDKDFDH--HDSPALEVFTEQPPSPLPKSKGKG 1250 1260 1270 1280 1290 1300 330 340 350 360 370 KIAA09 NNQQVPVKNEVDHCENLKKVDTKPSSEKKIHKTSREDMFSEKQDI--PFVE---QEDPYR . : :: . :. :: ::. .. . . .: : . : .: .:: . KIAA02 KPLQRKVKPPKKQEEKEKKGKGKPQEDELKDSLADDDSSSTTTETSNPDTEPLLKEDTEK 1310 1320 1330 1340 1350 1360 380 390 400 410 420 KIAA09 KKKLQ---EKREGNLQNLNWSKSR--TCRKNKKRGVAPVS-----RPPEQSDLK--LVCS .: : ::.:....... .... . .:. : : : :: .: . : . KIAA02 QKGKQAMPEKHESEMSQVKQKSKKLLNIKKEIPTDVKPSSLELPYTPPLESKQRRNLPSK 1370 1380 1390 1400 1410 1420 430 440 450 460 470 KIAA09 DFERSELSSDINVRS-WCIQESTREVCKADAEIASSLPAAQR-------EAEGYYQKPEK . ..: . :. . ... : . .:. :: .:. :.: :: KIAA02 IPLPTAMTSGSKSRNAQKTKGTSKLVDNRPPALAKFLPNSQELGNTSSSEGEKDSPPPEW 1430 1440 1450 1460 1470 1480 480 490 500 510 520 530 KIAA09 KCVDKFCSDSSSDCGSSSGSVRASRGSWGSWSSTSSSDGDKKPMVDAQHFLPAGDSVSQN : ::.: . . . . . .:: . .. .: . :. :. : KIAA02 DSVPVHKPGSSTDSLYKLSLQTLNADIFLKQRQTSPTPASPSPPAAPCPFVARGSYSSIV 1490 1500 1510 1520 1530 1540 540 550 560 570 580 590 KIAA09 DFPSEAPISLNLSHNICNPMT-VNSLP-QYAEPSCPSLPAGPTGVEEDKGLYSPGDLWPT . : . ... .. . .: . ::: . ..:. .. :: :: ::: . KIAA02 NSSSSSDPKIKQPNGSKHKLTKAASLPGKNGNPTFAAVTAG-----YDK---SPGGNGFA 1550 1560 1570 1580 1590 600 610 620 630 640 650 KIAA09 PPVCVTSSLNCTLENGVPCVIQESAPVHNSFIDWSATCEGQFSSAYCPLELNDYNAFPEE .... .: :. . .: .: . :: . . . : . : ::...:: . KIAA02 KVSSNKTGFSSSL--GISHAPVDSDGSDSSGL-WSPVSNPS-SPDFTP--LNSFSAFGNS 1600 1610 1620 1630 1640 1650 660 670 680 690 700 KIAA09 -NMN---YAN-GFP--CPADVQTDFIDHNSQST--WNTPPNMPA-AWGHASFISSPPYLT :.. ... :. : : .. . :: . :..: . :. .: .: .:: . : KIAA02 FNLTGEVFSKLGLSRSCNQASQRSWNEFNSGPSYLWESPATDPSPSWPASS--GSPTH-T 1660 1670 1680 1690 1700 710 720 730 740 KIAA09 STRSLSPMSGLFG------SIWAPQ-SDVYENCCPINPT-------TEHST--HMENQAV .: :. :::.. :::. . :.. : : ::.: : . . KIAA02 ATSVLGNTSGLWSTTPFSSSIWSSNLSSALPFTTPANTLASIGLMGTENSPAPHAPSTSS 1710 1720 1730 1740 1750 1760 750 760 770 780 790 KIAA09 VCKEYYPGFNPFRAYMNLDIWTTTANRNANFPLSRDSSYCGNV . .::.: ::. : .: .. : : KIAA02 PADDLGQTYNPWR------IWSPTIGRRSSDPWSNSHFPHEN 1770 1780 1790 1800 790 residues in 1 query sequences 1986715 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:34 2008 done: Thu Dec 18 15:21:35 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]