# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04777s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0938.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0938, 1257 aa vs ./tmplib.23663 library 1986248 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1050+/-0.00873; mu= -8.8386+/- 0.590 mean_var=305.3051+/-73.616, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.073402 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1419 ( 2464 res) ff01653 (2464) 4250 465.0 6.5e-131 KIAA1151 ( 1770 res) ff11693 (1770) 1892 215.2 7.5e-56 KIAA1213 ( 484 res) fh01142 ( 484) 523 69.8 1.2e-12 >>KIAA1419 ( 2464 res) ff01653 (2464 aa) initn: 3727 init1: 2638 opt: 4250 Z-score: 2442.2 bits: 465.0 E(): 6.5e-131 Smith-Waterman score: 4740; 55.351% identity (73.960% similar) in 1467 aa overlap (9-1257:1016-2464) 10 20 30 KIAA09 KRSTTDETWDSPEELKKPEEDFDS--HGDAGGKWKTVS : : ...:: . :: . . :.::. 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KIAA14 AKVSEKGRLSPKASQVKRSPSDAGRSSGDESKKPLPSSSRTPTANANSFGFKKQSGSAAG 1110 1120 1130 1140 1150 1160 150 160 170 180 190 200 KIAA09 -AMITSSGATITSGSATLGKIPKSAAIGGKSNAGRKTSLDGSQNQDDVVLHVSSKTTLQY ::::.::.:.:: ::::::::::.:. ..: ::::.:.::.::::: : .::.:.::: KIAA14 LAMITASGVTVTSRSATLGKIPKSSALVSRS-AGRKSSMDGAQNQDDGYLALSSRTNLQY 1170 1180 1190 1200 1210 1220 210 220 230 240 250 260 KIAA09 RSLPRPSKSSTSGIPGRGGHRSSTSSIDSNVSSKSAGATTSKLREPTKIGSGRSSPVTVN :::::::::.. . : .:.::::::::::.:::::: . :::::.: . : : : :: KIAA14 RSLPRPSKSNSRN--G-AGNRSSTSSIDSNISSKSAGLPVPKLREPSKTALGSSLPGLVN 1230 1240 1250 1260 1270 270 280 290 300 310 320 KIAA09 QTDKEKEKVAVSDSESVSLSGSPKSSPTSASACG-AQGLRQPGSKYPDIASPTFRR---- :::::: ::.:::. .: : .:.. . . :: :::.::::.::::.:: KIAA14 QTDKEKG--ISSDNESVASCNSVKVNPAAQPVSSPAQTSLQPGAKYPDVASPTLRRLFGG 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA09 ------------------------------------------------------------ KIAA14 KPTKQVPIATAENMKNSVVISNPHATMTQQGNLDSPSGSGVLSSGSSSPLYSKNVDLNQS 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA09 ------------------------------------------------------------ KIAA14 PLASSPSSAHSAPSNSLTWGTNASSSSAVSKDGLGFQSVSSLHTSCESIDISLSSGGVPS 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA09 ------------------------------------------------------------ KIAA14 HNSSTGLIASSKDDSLTPFVRTNSVKTTLSESPLSSPAASPKFCRSTLPRKQDSDPHLDR 1460 1470 1480 1490 1500 1510 330 340 350 360 370 KIAA09 ---------YTPSSRQANQEEGKEWLRSHSTGGLQDTGNQSPLVSPSAMSSSAAGKYHFS :::.:. .::..::::::::.::::::. .::. : :...: .. ...:: KIAA14 NTLPKKGLRYTPTSQLRTQEDAKEWLRSHSAGGLQDTAANSPFSSGSSVTSPSGTRFNFS 1520 1530 1540 1550 1560 1570 380 390 400 410 420 430 KIAA09 NLVSPTNLSQFNLPGPSMMRSNSIPAQDSSFDLYDDSQLCGSATSLEERPRAISHSGSFR .:.:::...:..: .:.:.:..:. :...: : ::.. .:. ::.:. :..:.::::: KIAA14 QLASPTTVTQMSLSNPTMLRTHSLSNADGQYDPYTDSRFRNSSMSLDEKSRTMSRSGSFR 1580 1590 1600 1610 1620 1630 440 450 460 470 480 490 KIAA09 DSMEEVHGSSLSLVSSTSSLYSTAEEKAHSEQIHKLRRELVASQEKVATLTSQLSANAHL :..::::::::::::::::.::: ::: .:: :.:::::: ::::::..::.::.::::: KIAA14 DGFEEVHGSSLSLVSSTSSVYSTPEEKCQSE-IRKLRRELDASQEKVSALTTQLTANAHL 1640 1650 1660 1670 1680 1690 500 510 520 530 540 550 KIAA09 VAAFEKSLGNMTGRLQSLTMTAEQKESELIELRETIEMLKAQNSAAQAAIQGALNGPDHP :::::.:::::: ::::::::::::.::: :::.:::.:: ::.::::::.:..: :. 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KIAA14 EAVREGLQLYGRRAPWEDPAKWVMDTYPWAASPQQHEWPPLLQLRPEDVGFDGYSMPREG 2350 2360 2370 2380 2390 2400 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA09 TTSKHIPQTDTEGDPLMNMLMKLQEAANYSSTQSCDSESTS--HHEDILDSSLESTL .:::..: .:.::::::::::.::::::::: :: ::.:.: ::.::::::::::: KIAA14 STSKQMPPSDAEGDPLMNMLMRLQEAANYSSPQSYDSDSNSNSHHDDILDSSLESTL 2410 2420 2430 2440 2450 2460 >>KIAA1151 ( 1770 res) ff11693 (1770 aa) initn: 2653 init1: 1134 opt: 1892 Z-score: 1094.6 bits: 215.2 E(): 7.5e-56 Smith-Waterman score: 3307; 42.709% identity (66.759% similar) in 1447 aa overlap (1-1257:355-1770) 10 20 KIAA09 KRSTTDE--TWDSPEELKKPEE-DFDSHG- ::: .. .: : : : :.. ..:: . KIAA11 FNASSSLNSLPSTPTASRRNSTIVLRTDSEKRSLAESGLSWFSESEEKAPKKLEYDSGSL 330 340 350 360 370 380 30 40 50 60 70 80 KIAA09 --DAG-GKWKTVSSGLPEDPEKAGQ-KASLSVSQTGSWRRGMSAQGGAPSR-QKAGTSAL . : .::. .: :.:. : .:... :: ..: . .. : ... ::: KIAA11 KMEPGTSKWRRERPESCDDSSKGGELKKPISLGHPGSLKKGKTPPVAVTSPITHTAQSAL 390 400 410 420 430 440 90 100 110 120 130 140 KIAA09 KTPGKTDDAKASEKGKAPLKGSSLQRSPSDAGKSSGDEGKKPPSGIGRSTATSSFGFKKP :. :: . .::..::: .:...:::: ::::.. ...:::::::.: ....:::.::: KIAA11 KVAGKPE-GKATDKGKLAVKNTGLQRSSSDAGRDRLSDAKKPPSGIARPSTSGSFGYKKP 450 460 470 480 490 500 150 160 170 180 190 200 KIAA09 SGVGSSAMITSSGATITSGSATLGKIPKSAAIGGKSNAGRKTSLDGSQNQDDVVLHVSSK . ..: . ..: :::::.:: ::..: : ::::::: :.. . : ... KIAA11 PPATGTATVMQTG-----GSATLSKIQKSSGIPVKPVNGRKTSLDVSNSAEPGFLAPGAR 510 520 530 540 550 210 220 230 240 250 KIAA09 TTLQYRSLPRPSKSSTSGIPG-RGGHRSSTSSID-SNVSSKSAGATTSKLREPTKIGSGR ...::::::::.:::. .. : ::: : .:::: : .:.:..: : :.:.::::..::: KIAA11 SNIQYRSLPRPAKSSSMSVTGGRGGPRPVSSSIDPSLLSTKQGGLTPSRLKEPTKVASGR 560 570 580 590 600 610 260 270 280 290 KIAA09 SSPVTVNQTDKEKEKV---AVS-DSESVSLS--GSPKSSPTSASA--------------- ..:. :::::.::::. ::. ::...::. :::.:.: . .. KIAA11 TTPAPVNQTDREKEKAKAKAVALDSDNISLKSIGSPESTPKNQASHPTATKLAELPPTPL 620 630 640 650 660 670 300 310 KIAA09 -CGAQGLRQP------------------------GSKYPD-------------------- :... .: .:: :: KIAA11 RATAKSFVKPPSLANLDKVNSNSLDLPSSSDTTHASKVPDLHATSSASGGPLPSCFTPSP 680 690 700 710 720 730 320 KIAA09 -----IASPTF----------------RRYT----------------------PSS---- : : .: : : ::: KIAA11 APILNINSASFSQGLELMSGFSVPKETRMYPKLSGLHRSMESLQMPMSLPSAFPSSTPVP 740 750 760 770 780 790 330 340 KIAA09 --------------------------------RQAN-------------QEEGKEWLRSH :. : ::: :: .:: KIAA11 TPPAPPAAPTEEETEELTWSGSPRAGQLDSNQRDRNTLPKKGLRYQLQSQEETKERRHSH 800 810 820 830 840 850 350 360 370 380 390 400 KIAA09 STGGLQDTGNQSPLVSPSAMSSSAAGKYHFSNLVSPTNLSQFNLPGPSMMRSNSIPAQDS . ::: .. .:: : :: :. : ..: ...:.:::: . : . ::::::.... KIAA11 TIGGLPESDDQSELPSPPALPMSLSAKGQLTNIVSPTAATT-----PRITRSNSIPTHEA 860 870 880 890 900 910 410 420 430 440 450 460 KIAA09 SFDLYDDSQLCGSATSLEERPRAISHSGSFRDSMEEVHGSSLSLVSSTSSLYSTAEEKAH .:.::. ::. ::. :: :::... .:::::: ..:::: :::.::.:: ::.:::. . KIAA11 AFELYSGSQM-GSTLSLAERPKGMIRSGSFRDPTDDVHGSVLSLASSASSTYSSAEERMQ 920 930 940 950 960 970 470 480 490 500 510 520 KIAA09 SEQIHKLRRELVASQEKVATLTSQLSANAHLVAAFEKSLGNMTGRLQSLTMTAEQKESEL ::::.:::::: .::::::::::::::::.::::::.:: :::.::. :. :::.:..:: KIAA11 SEQIRKLRRELESSQEKVATLTSQLSANANLVAAFEQSLVNMTSRLRHLAETAEEKDTEL 980 990 1000 1010 1020 1030 530 540 550 560 570 580 KIAA09 IELRETIEMLKAQNSAAQAAIQGALNGPDHPPKDLRIRRQHSSESVSSINSATSHSSIGS ..:::::..:: .:: :::.::::::. . ::.:::.::.::.:.::.:: :::::::: KIAA11 LDLRETIDFLKKKNSEAQAVIQGALNASETTPKELRIKRQNSSDSISSLNSITSHSSIGS 1040 1050 1060 1070 1080 1090 590 600 610 620 630 KIAA09 GNDADSKKKKKKNWVNSRGSELRSSFKQAFGKKKSTKPPSSHSDIEELT--DSSLPASPK ..:::.::::::.:: ::::::..::. ::. : ::.:::::.. ::: :.::: KIAA11 SKDADAKKKKKKSWVY----ELRSSFNKAFSIKKGPKSASSYSDIEEIATPDSSAPSSPK 1100 1110 1120 1130 1140 640 650 660 670 680 KIAA09 LPHNAGDCGSASMKPSQSASAICECTEA-------------------EAEIILQLKSELR : :.. . .: :.: : :.:. . ::. : . . .:.::: KIAA11 LQHGSTETASPSIKSSTSSSVGTDVTEGPAHPAPHTRLFHANEEEEPEKKEVSELRSELW 1150 1160 1170 1180 1190 1200 690 700 710 720 730 740 KIAA09 EKELKLTDIRLEALSSAHHLDQIREAMNRMQNEIEILKAENDRLKAETGNTAKPTRPPSE :::.::::::::::.:::.:::.::.:. :: :...:::::::::. : .. : :.. 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