# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04956.fasta.huge -Q ../query/KIAA0941.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0941, 533 aa vs ./tmplib.23663 library 1986972 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5525+/-0.00591; mu= 19.2739+/- 0.404 mean_var=136.6560+/-32.104, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.109713 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0857 ( 733 res) hk06227 ( 733) 473 86.5 7.4e-18 KIAA0538 ( 816 res) hg03944(revised) ( 816) 187 41.3 0.00033 KIAA1597 ( 913 res) fj09819 ( 913) 167 38.2 0.0031 KIAA1032 ( 1702 res) ff09715 (1702) 163 38.0 0.0067 >>KIAA0857 ( 733 res) hk06227 (733 aa) initn: 760 init1: 413 opt: 473 Z-score: 412.4 bits: 86.5 E(): 7.4e-18 Smith-Waterman score: 757; 30.949% identity (58.165% similar) in 643 aa overlap (30-525:95-733) 10 20 30 40 50 KIAA09 ALPPGGALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDT .:.:::::::::.:. :. : : ..:.:. 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KIAA08 GSLGKMGKAKGFFLRNKLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSR 310 320 330 340 350 360 280 290 300 310 KIAA09 GHQLDSFGTVPESGSLKS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGEL--------CFG-- . :.. : . : : :.:: : ....: : ...: .:.: : . KIAA08 SSWLSTEGGRDSAQSPKLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGS 370 380 390 400 410 420 320 330 340 350 KIAA09 --RQNDP------FTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEE-----SSETW-------DSSMNL ...: .....:::.. ..: .. : : ...:: .:: . KIAA08 HIYNEEPQGPVRHRSSISGSLPSS-GSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAV 430 440 450 460 470 480 360 370 KIAA09 FS-----------------------------KPIEI------------RKENKR--EKRE .. ::... .::. : :.. KIAA08 LGQEELSAQAKVLAPGASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKP 490 500 510 520 530 540 380 390 400 KIAA09 KVSLFER----VTGKKDSRRSDKLNNGG---------SDS-----------------PCD ...::.. .. .. .:::. ..:: :.: : . KIAA08 RMGLFHHHHQGLSRSELGRRSSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQ 550 560 570 580 590 600 410 420 430 440 450 KIAA09 LKSPN-------AFSENRQDYFDYEST--NPFTAKFRASNIMPSSSFH---MSPTSNE-- ::. : :. : . .:. ... .. . . :.:.. ..: ... KIAA08 KPSPHPVKPLSAAPVEGSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMV 610 620 630 640 650 660 460 470 480 490 500 510 KIAA09 DLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEE : ... :: .: .: : ::..:... :..... : ..: :..:::.::: ::::.:: KIAA08 DTKRLKDSAVLDQSAKYYHLTHDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMET 670 680 690 700 710 720 520 530 KIAA09 TPSILRVPYEPSRKAGKFSNS .:..:..: : . KIAA08 SPTLLQIPPGPPK 730 >>KIAA0538 ( 816 res) hg03944(revised) (816 aa) initn: 197 init1: 133 opt: 187 Z-score: 167.4 bits: 41.3 E(): 0.00033 Smith-Waterman score: 187; 27.465% identity (61.268% similar) in 142 aa overlap (36-173:148-281) 10 20 30 40 50 60 KIAA09 GALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGK .. .::.:.:: :: ..::.: .. .. 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KIAA05 VQRLRVVQQEEG--WFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQLEVRLRDETVLPSSYYQPLVHLL 240 250 260 270 280 190 200 210 220 230 240 KIAA09 RSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQ KIAA05 CHEVKLGMQGPGQLIPLIEETTSTECRQDVATNLLKLFLGQGLAKDFLDLLFQLELSRTS 290 300 310 320 330 340 >>KIAA1597 ( 913 res) fj09819 (913 aa) initn: 86 init1: 52 opt: 167 Z-score: 149.8 bits: 38.2 E(): 0.0031 Smith-Waterman score: 167; 30.216% identity (60.432% similar) in 139 aa overlap (36-164:624-758) 10 20 30 40 50 60 KIAA09 GALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKG-KSGTNDTYTIIQL- ..: : : ::: :. .: :. : KIAA15 VMSVYSGDFGNLEVKGNIQFAIEYVESLKELHVFVAQCKDLAAADVKKQRSDPYVKAYLL 600 610 620 630 640 650 70 80 90 100 110 KIAA09 ---GKE-KYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFL :: : .: :..:::.::..: ... ... .: : : . ::. ..:: KIAA15 PDKGKMGKKKTLVVKKTLNPVYNEILRYKIEKQILK--TQK--LNLSIWHRDTFKRNSFL 660 670 680 690 700 120 130 140 150 160 170 KIAA09 GQVAINLNDI-FEDKQRRKTEWFRLESKQGK---RIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL :.: ..:. ...:: .. .:. :. : . . .::::.:. .:.. 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KIAA10 ELIQEIFAVTKTAHTQQMKAVKQSVLDGTSKW-SAKISITVVCAQGLQAKDKTGSSDPYV 650 660 670 680 690 700 60 70 80 90 100 110 KIAA09 IIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPG----LLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGL .:.:: : :.. .:.:::.:. :: . . .. : . : .: KIAA10 TVQVGKTKKRTKTIYGNLNPVWEENFHFECHNSSDRIKVRVWDEDDDIKSRVKQRFKRES 710 720 730 740 750 760 120 130 140 150 160 KIAA09 DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKR-----------IKNRGEIKV---NI : ::::. :.. . . . :. :... : .. .:: :: .. KIAA10 DDFLGQTIIEVRTLSGEMDV----WYNLDKRTDKSAVSGAIRLHISVEIKGEEKVAPYHV 770 780 790 800 810 170 180 190 200 210 KIAA09 QF--MRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANS :. ...:. . :.. . .. : :: : : KIAA10 QYTCLHENLFHFVTDVQNNGVVKIPDAKGDDAWKVYYDETAQEIVDEFAMRYGVESIYQA 820 830 840 850 860 870 220 230 240 250 260 270 KIAA09 EFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDS KIAA10 MTHFACLSSKYMCPGVPAVMSTLLANINAYYAHTTASTNVSASDRFAASNFGKERFVKLL 880 890 900 910 920 930 533 residues in 1 query sequences 1986972 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:21 2008 done: Thu Dec 18 15:22:21 2008 Total Scan time: 0.470 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]