# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05779s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0960.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0960, 1502 aa vs ./tmplib.23663 library 1986003 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8279+/-0.00603; mu= 19.6240+/- 0.410 mean_var=118.9074+/-27.056, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.117617 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1679 ( 1536 res) fh22954 (1536) 4516 778.9 0 KIAA1312 ( 1471 res) fh11767 (1471) 346 71.3 1.5e-12 KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031) 315 65.8 4.8e-11 KIAA0762 ( 724 res) hk04668s1 ( 724) 289 61.2 8.4e-10 KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201) 269 58.1 1.2e-08 KIAA1346 ( 999 res) fj00671 ( 999) 199 46.1 4e-05 KIAA1233 ( 1023 res) fh08611 (1023) 196 45.6 5.7e-05 KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322) 180 43.1 0.00044 KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524) 169 41.3 0.0017 KIAA2029 ( 1021 res) pj01256 (1021) 159 39.4 0.0044 KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202) 156 38.9 0.0069 >>KIAA1679 ( 1536 res) fh22954 (1536 aa) initn: 5054 init1: 1536 opt: 4516 Z-score: 4140.9 bits: 778.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 5827; 50.961% identity (74.420% similar) in 1509 aa overlap (1-1502:69-1536) 10 20 KIAA09 REIACIQK-DKDIPAEDIICEYFEPKPLLE : . :::: .. . :..: ::.: .: : KIAA16 WHHCVLVPYARGEVKPRTAECVTAQHGLQHRMVRCIQKLNRTVVANEI-CEHFALQPPTE 40 50 60 70 80 90 30 40 50 60 70 80 KIAA09 QACLIPCQQDCIVSEFSAWSECSKTCGSGLQHRTRHVVAPPQFGGSGCPNLTEFQVCQ-- ::::::: .::.:::: ::.::: ::. :::::: :.::: ::: :::::: ..:. 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KIAA13 VAKEECSVTPCGQWKAL-DWS---SCSVTCGQGRATRQVMCVNYSDHVIDRSECDQDYI- 1080 1090 1100 1110 1120 800 810 820 830 KIAA09 PLIETQYC---PC-----DKYNAQ-PVGN--WSDCILPEGKVEVLLGMKVQGDI-----K : . : : :: :. :: : : . ....:: : . . . KIAA13 PETD-QDCSMSPCPQRTPDSGLAQHPFQNEDYRPRSASPSRTHVLGGNQWRTGPWGACSS 1130 1140 1150 1160 1170 1180 840 850 860 870 880 890 KIAA09 ECGQGYRYQAMACYDQNGRLVETSRCNSHGYIEEACII-PCPSDCKLSEWS--NWSRCSK :. : . ....: :.:: .. . ..:: ::: .:. ::..:.: KIAA13 TCAGGSQRRVVVCQDENGYTANDCVERIKPDEQRACESGPCP------QWAYGNWGECTK 1190 1200 1210 1220 1230 900 910 920 930 940 950 KIAA09 SCGSGVKVRSKWLREKPYNGGR-P---CPKLDHVNQAQVYEVVPCHSDCNQYLWVTEPWS ::.: .:.. . . :: : : : ::. . . .. : : : : ::: KIAA13 LCGGG--IRTRLVVCQRSNGERFPDLSCEILDKPPDREQCNTHACPHDAA---WSTGPWS 1240 1250 1260 1270 1280 1290 960 970 980 990 1000 KIAA09 ICKVTFVNMRENCGEGVQTRKVRCMQNTADGPSEHVEDYLCDPEEMPLGSRVCKLP-CPE :.:. ::.: . :.: :: . :: :.:. : : : : :. ::. 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KIAA13 ------WKAGAWSQCSVSCGRG-VQQRHVGCQIGTHKIARETECNPYTRPESERDCQGPR 1350 1360 1370 1380 1390 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA09 CYHYDYNVTDWSTCQLSEKAVCGNGIKTRMLDCVRSDGKSVDLKYCEALGLEKNWQMNTS : : . . .:. : . ::.: . : . :: .. . : :. . : : KIAA13 CPLYTWRAEEWQECTKT----CGEGSRYRKVVCVDDNKNEVHGARCD---VSKRPVDRES 1400 1410 1420 1430 1440 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA09 CMVECPVNCQLSDW--SPWSECSQTCGLTGKMIRRRTVTQPFQGDGRPCPSLMDQSKPCP : .. : :. : . ::: KIAA13 CSLQ-P--CEYV-WITGEWSEVPSWEL 1450 1460 1470 >>KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031 aa) initn: 275 init1: 114 opt: 315 Z-score: 290.2 bits: 65.8 E(): 4.8e-11 Smith-Waterman score: 444; 27.397% identity (50.685% similar) in 365 aa overlap (839-1185:660-987) 810 820 830 840 850 860 KIAA09 QPVGNWSDCILPEGKVEVLLGMKVQGDIKECGQGYRYQAMACYDQNGRLVETSRCNSHGY : : : .: :. : :.. 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KIAA06 GRVVPESQCQMETKPLAIHPCG-DKNCPAH-WLAQDWERCNTT----CGRGVKKRLVLCM 850 860 870 880 890 900 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA09 R-SDGKSVDLKYCEALGLEKNWQMNTSCMVECPVNCQLSDW--SPWSECSQTCGLTGKMI . ..:: . . :: :. ...:. : : : : ::::::..:::. . 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KIAA07 ESEGEQFPG-CRMRPWTAWSECTKLC--G-----GGIQERYMTVKKRFKSSQFTSCKDKK 670 680 690 700 710 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA09 ETKSCYDGQCYEYKWMASAWKGSSRTVWCQRSDGINVTGGCLVMSQPDADRSCNPPCSQP : ..: : KIAA07 EIRACNVHPC 720 >>KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201 aa) initn: 242 init1: 95 opt: 269 Z-score: 247.3 bits: 58.1 E(): 1.2e-08 Smith-Waterman score: 333; 24.104% identity (48.606% similar) in 502 aa overlap (622-1065:550-1023) 600 610 620 630 640 KIAA09 VGPKKCPESLRPETVRPCLLPCKKDCIVTPYSDWT---SCPSSCKEGDSSIRKQSRHRVI ...:: :: .: : .: ..:. KIAA03 LDGTECAAGKWCYKGHCMWKNANQQKQDGNWGSWTKFGSCSRTCGTG---VRFRTRQ-CN 520 530 540 550 560 570 650 660 670 680 690 700 KIAA09 IQLPANGGRDCTDPLYEEKACEAPQACQSYRWKTHKWRRCQL--VPWSVQQDSPGAQEGC .: :::.:: .: . :.. . ::.. .. . ..:: . :. . KIAA03 NPMPINGGQDCPGVNFEYQLCNT-EECQKH-FEDFRAQQCQQRNSHFEYQNTKHHWLPYE 580 590 600 610 620 630 710 720 730 740 750 KIAA09 GPGRQARA-ITCRKQDGGQAG-----IHE---CLQYAGPVPALTQA-C-QIPCQDDCQLT : . : . :.... :... .:. : .: : ... : .. : : .. 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KIAA13 AIK-----AADGTYILNGDYTLSTLEQDIMYKGV--VLRYSGSSAALERIRSFSPLKEPL 810 820 830 840 850 760 770 780 790 800 810 KIAA09 QLTSWSKFSSCNGDCGAVRTRKRTLVGKSKKKEKCKNSHLYPLIETQYCPCDKYNAQPVG . . :. :.: . . .::::. . : : ..: . 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KIAA12 --EQGPQILSVQRVYIQTREEKRINLTIGSRAYLLPNTSVIIKCPVRRFQKSLIQWEKDG 230 240 250 260 270 280 490 500 510 520 530 KIAA09 SCSHTCS--GKTTEGKQIRARSILAYAGEEGGI-RCPNSSALQEV-------------RS : .. . : : : . .: . :. . :. :: .:: . : : KIAA12 RCLQNSKRLGITKSG----SLKIHGLAAPDIGVYRCIAGSAQETVVLKLIGTDNRLIARP 290 300 310 320 330 540 550 560 KIAA09 CNEHPCTVY---------------HWQTGPWGQC----IEDTSVS--------------S ..: : : . :.. ..: .: : KIAA12 ALREPMREYPGMDHSEANSLGVTWHKMRQMWNNKNDLYLDDDHISNQPFLRALLGHCSNS 340 350 360 370 380 390 570 580 590 600 610 KIAA09 FNTTTTWNG-----EASCSVG---MQTRKVICVRVNVGQVGPK-KCPESLRPETVRPCLL ..:..:. ::. . : :.: . . :..:. . ..: . . . 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KIAA12 QPSVKIILDGTGKIQIQNPTRKEQGIYECSVA--NHLGSDVESSSVLYAEAPVILSVERN 570 580 590 600 610 620 790 800 810 820 830 KIAA09 KEKCKNSHLY----PLIE-------TQYCPCDKYNAQPVGNW-SDCILPEGKVEVLL-GM : ...:: ..: : :: : :: .: . :.: .:. : KIAA12 ITKPEHNHLSVVVGGIVEAALGANVTIRCPV-KGVPQPNITWLKRGGSLSGNVSLLFNGS 630 640 650 660 670 680 840 850 860 870 KIAA09 KVQGDIKECGQGYRYQAMACYDQN--GRLVETSRCN---------------SHG-YIEEA . ... ..: ...: : :. : :: . .: :: .: KIAA12 LLLQNVSLENEG----TYVCIATNALGKAVATSVLHLLERRWPESRIVFLQGHKKYILQA 690 700 710 720 730 880 890 900 910 920 KIAA09 CIIPCPSDCKLSE-------W--SNWSRCSKSCGS-GVKVRSKWLREKPYNGGRPCPKL- :. .: : .:::.:: .:: :.... :: . : KIAA12 TNTRTNSNDPTGEPPPQEPFWEPGNWSHCSATCGHLGARIQRPQCVMA--NGQEVSEALC 740 750 760 770 780 790 930 940 950 960 970 980 KIAA09 DHVNQAQVYEVVPCH-SDCNQYLWVTEPWSICKVTFVNMRENCGEGVQTRKVRCMQNTAD ::. : . ::. :: : : :: :.:. :::: ..:.: : .. :. KIAA12 DHL-QKPLAGFEPCNIRDCPAR-WFTSVWSQCSVS-------CGEGYHSRQVTCKRTKAN 800 810 820 830 840 990 1000 1010 1020 1030 KIAA09 GPSEHVEDYLCDPEEMPLGSRVCKLPC-PEDCVISEWGPWTQCVLPCNQSSFRQRSADPI : . : : :.. ::: . :: . :: .: : ..: : . :... KIAA12 GTVQVVSPRACAPKDRPLGRK----PCFGHPCV--QWEPGNRCPGRCMGRAVRMQQRHTA 850 860 870 880 890 900 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA09 RQPADEGRSCPNAVEKEPCNLNKNCYHYDYNVT----DWSTCQLSEKAVCGNGIKTRMLD : . .: . .:.: .: .:: .: :. : :.:: :...: .: KIAA12 CQHNSSDSNCDD--RKRP-TLRRNCTSGACDVCWHTGPWKPCT----AACGRGFQSRKVD 910 920 930 940 950 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA09 CVRSDG-KSVDLKYCEALGLEKNWQ--MNTSCMVECP-----------VN-CQLSDWSPW :... . : : ..: .:. .. :: .: .: :.:. .. KIAA12 CIHTRSCKPVAKRHCVQKKKPISWRHCLGPSCDRDCTDTTHYCMFVKHLNLCSLDRYK-- 960 970 980 990 1000 1010 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA09 SECSQTCGLTGKMIRRRTVTQPFQGDGRPCPSLMDQSKPCPVKPCYRWQYGQWSPCQVQE ..: :.: KIAA12 QRCCQSCQEG 1020 >>KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322 aa) initn: 276 init1: 119 opt: 180 Z-score: 165.3 bits: 43.1 E(): 0.00044 Smith-Waterman score: 465; 22.270% identity (43.095% similar) in 1383 aa overlap (227-1485:11-1270) 200 210 220 230 240 250 KIAA09 FQSCVITKECQVSEWSEWSPCSKTCHDMVSPAGTRVRTRTIRQFPIGSEKECPEFE-EKE : :::: .. :: : .:. . KIAA20 GLVRSLLTMLPPGTRVLVQLSPQFRGRVAGLCGDFDGDAS 10 20 30 40 260 270 280 290 300 KIAA09 PCLSQGDGVV-PCA---TYGWRTTEWTECRVD-PL-LSQQDKRRGNQTALCGGGIQTREV : . .::. : : ...:: . : : ... .: : : ::. .: . KIAA20 NDLRSRQGVLEPTAELAAHSWRLSPLCPEPGDLPHPCTMNTHRAGWARARCGALLQPLFT 50 60 70 80 90 100 310 320 330 340 350 KIAA09 YC-VQANENLLSQLSTHKNKEASKPMDLK-LCTGPIPNTTQLC-----HIP------CPT : ... . . . .. : . ::.. : . .. : :. : KIAA20 LCHAEVPPQQHYEWCLYDACGCDSGGDCECLCSA-IATYADECARHGHHVRWRSQELCSL 110 120 130 140 150 360 370 380 390 400 410 KIAA09 ECEVSP-WSAWGPCTYENCNDQQGKKGFKLRKRRITNEPTGGSGVTGN-CPH--LLEAIP .:: . . : :: .:..:. . :.. . . : : ::. ::.. KIAA20 QCEGGQVYEACGPTCPPTCHEQHPEPGWHCQVV---------ACVEGCFCPEGTLLHGGA 160 170 180 190 200 210 420 430 440 450 KIAA09 CEEPA-CY-DWKAVRL----------GDCEPDNGK-ECG-PGTQVQEVVCINSDGEEVDR : ::: : .: . :.: ..:. .:: : . .:.: ..:: KIAA20 CLEPASCPCEWGRNSFPPGSVLQKDCGNCTCQEGQWHCGGDGGHCEELVPACAEGEA--- 220 230 240 250 260 460 470 480 490 500 510 KIAA09 QLCRDAIFPIPVA--CDAPCPKDCVLSTWSTWSSCSHT-CS-GKTT--EGKQIRARSILA ::.. .: . :: :: . : .:. :. :. : :. . . KIAA20 -LCQENGHCVPHGWLCDNQ--DDC--GDGSDEEGCAAPGCGEGQMTCSSGHCLPLALLCD 270 280 290 300 310 320 520 530 540 550 560 570 KIAA09 YAGEEG-GIRCPNSSALQEVRSCNEHPCTVYHWQTGPWGQCIEDTSVSS-FNTTTTWNGE . : : :. : . .: . : .:.. .. : .. .: :: KIAA20 RQDDCGDGTDEPSYPCPQGLLACADGRCLPPALLCDGHPDCLDAADEESCLGQVTCVPGE 330 340 350 360 370 380 580 590 600 610 620 KIAA09 ASCSVGMQTRKV-ICVRV----NVGQVGPKKCP-ESLR--PETVRPCLLPCKKDCIVTPY .:: : . .: : . .. :: .:: :: : .. : : . : .: KIAA20 VSCVDGTCLGAIQLCDGVWDCPDGADEGPGHCPLPSLPTPPASTLPGPSPGSLDTASSPL 390 400 410 420 430 440 630 640 650 660 670 680 KIAA09 SDWTSCPSSCKEGDSSIRKQSRHRVIIQLPANGGRDCTDPLYEEKACEAPQACQSYRWKT .. . : : : .: : . . . .::.: .:..: .: : .. KIAA20 ASASPAPP-C--GPFEFRCGSGECTPRGWRCDQEEDCADG-SDERGCGGP--CAPHHAPC 450 460 470 480 490 690 700 710 720 730 KIAA09 HKWRRC----QLVPWSVQQDSPGAQEGCGPGRQARAITCRKQDGGQAGIHECLQYAGPVP . .: :: .:.: :..:: .: : . :::: ::. KIAA20 ARGPHCVSPEQLCD-GVRQCPDGSDEGPDACVEAPAPPAMRGPPGQAG--------GPTS 500 510 520 530 540 740 750 760 770 780 790 KIAA09 ALTQACQIPCQDDCQLTSWSKFSSCNGDCGAVRTRKRTLV-GKSKKKEKCKNSHLYPL-I ..: . : . : .: : :.: . : . : . : . :.: . KIAA20 --SRAPSPPSPPEAQ---------GEGRKGQERSRTHLTVPAGSTQLPLCPG--LFPCGV 550 560 570 580 590 800 810 820 830 840 KIAA09 ETQYC--P---CDKYNAQPVG-NWSDCI-LPEGKVEVLLGMKVQGDIKECGQ--GYRYQA : : :: : : . :: :: :. : :.. KIAA20 APGLCLTPEQLCDGIPDCPQGEDELDCGGLPALGGPNRTGLPCPEYTCPNGTCIGFQLVR 600 610 620 630 640 650 850 860 870 880 890 KIAA09 MACYDQNGR--LVETSR---------CNSHGYI-EEACIIPCPSD--C-KLSEWSNWSRC .. .: : ..: :... . . . : : . : . :: :. : KIAA20 VGVGGGGGSAMLPPSTRALTPLPPQVCDGQPDCGRPGQVGPSPEEQGCGAWGPWSPWGPC 660 670 680 690 700 710 900 910 920 930 940 950 KIAA09 SKSCGSGVKVRSKWLREKPYNGG--RPCPKLDHVNQAQVYEVVPCHSDCNQYLWVTEPWS :..:: . ::. : .: . . :: .: :.:. .. : : . : ::: KIAA20 SRTCGPWGQGRSR--RCSPLGLLVLQNCPGPEH--QSQACFTAACPVDGEWSTW--SPWS 720 730 740 750 760 960 970 980 990 1000 1010 KIAA09 ICKVTFVNMRENCGEGVQTRKVRCMQNTADGPSEHVEDYLCDPEEMPLGSRVCKLPCPED .:. : : .:..::. .: . : . : : : :::.: KIAA20 VCS-------EPC-RGTMTRQRQCHSPQNGGRT-------CAALPGGLHSTRQTKPCPQD 770 780 790 800 810 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA09 -CVISE------WGPWTQCVLPCNQSSFRQRSADPIRQPADEGRSCPNA--VEKEP-CNL : . . : . : : :.. : : . : .. : ::.. . .: : KIAA20 GCPNATCSGELMFQPCAPCPLTCDDIS-GQVTCPPDWPCGSPGCWCPEGQVLGSEGWCVW 820 830 840 850 860 870 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA09 NKNCYHYDYNVTDWSTCQLSEKAVCGNGIKTRMLDCVRSDGKSVDLKYCEALGLEKNWQM ..: .. : :. ::. :. .::. . : .. 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