# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk01713.fasta.huge -Q ../query/KIAA0987.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0987, 1115 aa vs ./tmplib.23663 library 1986390 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2571+/-0.00691; mu= 7.6253+/- 0.471 mean_var=184.9661+/-43.601, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 15 in 1/39 Lambda= 0.094304 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0338 ( 934 res) hg01242 ( 934) 2116 300.9 5.5e-82 KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055) 886 133.6 1.4e-31 KIAA1548 ( 545 res) fh15779 ( 545) 474 77.3 6.8e-15 KIAA1013 ( 1062 res) hj06791(revised) (1062) 201 40.4 0.0016 KIAA1294 ( 1051 res) fg01155 (1051) 192 39.2 0.0038 >>KIAA0338 ( 934 res) hg01242 (934 aa) initn: 2635 init1: 2037 opt: 2116 Z-score: 1563.8 bits: 300.9 E(): 5.5e-82 Smith-Waterman score: 2322; 43.153% identity (62.432% similar) in 1110 aa overlap (5-1112:33-926) 10 20 30 KIAA09 HRRRGRAPEPSPHAAARPGSLLIPEQSTMTTESG : ::.:. . . :: .. :::::.: KIAA03 GGGVAEQAAPQSPPRPRAAPPRGLPARGAEGAAPRPTCPTWGTPGPGVL---VTMTTETG 10 20 30 40 50 40 50 60 70 80 90 KIAA09 SDSESKPDQEAEPQEAAGAQGRAGAPVPEPPKEEQQQALEQFAAAAAHSTPVRREVTDKE ::: : :: :: : .:.: : : . : : . .. : .... : KIAA03 PDSEVKKAQEEAPQ-----QPEAAAAVTTPVTPAGHGHPE---ANSNEKHPSQQDTRPAE 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 KIAA09 QEFAARAAKQLEYQQLEDDKLSQKSSSSKLSRSPLKIVKKPKSMQCKVILLDGSEYTCDV : . . : . : : ::.... :: ..:: ::.:: :: :.: :::.::: :.: KIAA03 QSLDME-----EKDYSEADGLSERTTPSKAQKSPQKIAKKYKSAICRVTLLDASEYECEV 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 KIAA09 EKRSRGQVLFDKVCEHLNLLEKDYFGLTYRDAENQKNWLDPAKEIKKQVRSGAWHFSFNV ::..::::::: ::::::::::::::::. ::..:::::::.::::::.::. :.:.:.: KIAA03 EKHGRGQVLFDLVCEHLNLLEKDYFGLTFCDADSQKNWLDPSKEIKKQIRSSPWNFAFTV 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 KIAA09 KFYPPDPAQLSEDITRYYLCLQLRDDIVSGRLPCSFVTLALLGSYTVQSELGDYDPDECG ::::::::::.::::::::::::: ::..::::::::: ::::::.::.:::::: .: KIAA03 KFYPPDPAQLTEDITRYYLCLQLRADIITGRLPCSFVTHALLGSYAVQAELGDYDAEEHV 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 KIAA09 SDYISEFRFAPNHTKELEDKVIELHKSHRGMTPAEAEMHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDS ..:.::.:::::.:.:::....::::..:::::.:::.:::::::::::::::::::::: KIAA03 GNYVSELRFAPNQTRELEERIMELHKTYRGMTPGEAEIHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDS 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 KIAA09 EGVEIMLGVCASGLLIYRDRLRINRFAWPKVLKISYKRNNFYIKIRPGEFEQFESTIGFK ::..:::::::.::::::::::::::::::.:::::::.::::::::::.:::::::::: KIAA03 EGIDIMLGVCANGLLIYRDRLRINRFAWPKILKISYKRSNFYIKIRPGEYEQFESTIGFK 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 KIAA09 LPNHRAAKRLWKVCVEHHTFFRLLLPEAPPKKFLTLGSKFRYSGRTQAQTRRASALIDRP :::::.::::::::.::::::::. :: ::: ::..:::::::::::::::.:::::::: KIAA03 LPNHRSAKRLWKVCIEHHTFFRLVSPEPPPKGFLVMGSKFRYSGRTQAQTRQASALIDRP 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 KIAA09 APYFERSSSKRYTMSRSLDGEVGTGQYATTKGISQTNLITTVTPEKKAEEERDEEEDKRR ::.::::::::::::::::: .... ..:... . :. ..: : .: KIAA03 APFFERSSSKRYTMSRSLDG----AEFSRPASVSENH---DAGPDGDKRDEDGESGGQRS 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 KIAA09 KGEEVTPISAIRHEGKSPGLGTDSCPLSPPSTHCAPTSPTELRRRCKENDCKLPGYEPSR ..:: : ..: : :.: . :.: : :. KIAA03 EAEE--------GEVRTP---TKIKELKPEQ----ETTP-----RHKQ------------ 520 530 540 580 590 600 610 620 630 KIAA09 AEHLPGEPALDSDGPGRPYLGDQDVAFSYRQQTGKGTTLFSFSLQLPESFPSLLDDDGYL : : : : .:: .... . .. .. .:. :.: .:. : KIAA03 -EFL--------DKP-------EDVLLKHQASINE----LKRTLKEPNS--KLIHRDR-- 550 560 570 580 640 650 660 670 680 690 KIAA09 SFPNLSETNLLPQSLQHYLPIRSPSLVPCFLFIFFFLLSASFSVPYALTLSFPLALCLCY . . ::.: : ::: : . KIAA03 ---DWERERRLPSS-----PA-SPS-------------------PKGT------------ 590 600 700 710 720 730 740 750 KIAA09 LEPKAASLSASLDNDPSDSSEEETDSERTDTAADGETTATESDQEEDAELKAQELEKTQD :. :. :.: ..:::.. : : ...: ..:::.:. . :. .. KIAA03 --PEKANERAGL----REGSEEKVKPPRP-RAPESDTGDEDQDQERDTVF----LKDNHL 610 620 630 640 650 760 770 780 790 800 810 KIAA09 DLMKHQTNISELKRTFLETSTDTAVTNEWEKRLSTSPVRLAARQEDAPMIEPLVPEETKQ . .. ..:. . . ::. .: .: .... .. :: : . .. .. KIAA03 AIERKCSSITVSSTSSLEAEVDFTVIGDYH----------GSAFEDFSRSLPELDRDKSD 660 670 680 690 700 820 830 840 850 860 870 KIAA09 SSGEKLMDGSEIFSLLESARKPTEFIGGVTSTSQSWVQKMETKTESSGIETEPTVHHLPL :. : :. :: . :.. ::.::: : KIAA03 SDTEGLL-----FSRDLNKGAPSQ------------------DDESGGIEDSP------- 710 720 730 880 890 900 910 920 930 KIAA09 STEKVVQETVLVEERRVVHASGDASYSAGDSGDAAAQPAFTGIKGKEGSALTEGAKEEGG .: .: .. : .: : .: . .. . . ... KIAA03 -------------DR-----------GACSTPD---MPQFEPVKTETMTVSSLAIRKKIE 740 750 760 940 950 960 970 980 990 KIAA09 EEVAKAVLEQEETAAASRERQEEQSAAIHISETLEQKPHFESSTVKTETISFGSVSPGGV : ::: : ...: . .: . ::.. : . : .. ::::: .. ... KIAA03 PE---AVL-QTRVSAMDNTQQVDGSASVG-REFIATTP-----SITTETIS--TTMENSL 770 780 790 800 810 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA09 KLEISTKEVPVVHTETKTITYESSQVDP--GTDLEPGVLMSAQTITSETTSTTTTTHITK : : : . .. .:.. : ...: : : :: :. :.:: ::.::::.:: KIAA03 K---SGKGAAAMIPGPQTVATEIRSLSPIIGKD----VLTSTYGATAETLSTSTTTHVTK 820 830 840 850 860 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA09 TVKGGISETRIEKRIVITGDADIDHDQALAQAIKEAKEQHPDMSVTKVVVHKETEITPED :::::.:::::::::.:::: :.:.::::: :::::: ::::: :::.::..::. .::. KIAA03 TVKGGFSETRIEKRIIITGDEDVDQDQALALAIKEAKLQHPDMLVTKAVVYRETDPSPEE 870 880 890 900 910 920 KIAA09 GED KIAA03 RDKKPQES 930 >>KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055 aa) initn: 813 init1: 406 opt: 886 Z-score: 658.7 bits: 133.6 E(): 1.4e-31 Smith-Waterman score: 908; 35.744% identity (63.223% similar) in 484 aa overlap (134-596:41-516) 110 120 130 140 150 160 KIAA09 QLEYQQLEDDKLSQKSSSSKLSRSPLKIVKKPKSMQCKVILLDGSEYTCDVEKRSRGQVL . : .. .: :::.. :.: . :::: KIAA07 VLQTAGMRLGAQTPVGVSTLEPGQTLLPRMQEKHLHLRVKLLDNTMEIFDIEPKCDGQVL 20 30 40 50 60 70 170 180 190 200 210 220 KIAA09 FDKVCEHLNLLEKDYFGLTYRDAENQKNWLDPAKEIKKQVRSGA-WHFSFNVKFYPPDPA . .: ..:::.: ::::. ...... ::.: : : .:.: . . :::.::::. KIAA07 LTQVWKRLNLVECDYFGMEFQNTQSYWIWLEPMKPIIRQIRRPKNVVLRLAVKFFPPDPG 80 90 100 110 120 130 230 240 250 260 270 280 KIAA09 QLSEDITRYYLCLQLRDDIVSGRLPCSFVTLALLGSYTVQSELGDYDPDECGSDYISEFR ::.:. ::: . :::. :.. :: :. .: ::: :. .:::.:::: . .... . KIAA07 QLQEEYTRYLFALQLKRDLLEERLTCADTTAALLTSHLLQSEIGDYD-ETLDREHLKVNE 140 150 160 170 180 290 300 310 320 330 340 KIAA09 FAPNHTKELEDKVIELHKSHRGMTPAEAEMHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDSEGVEIMLG . :.. . :: :..:.:..: :.::::.... :: :.:: :::. .: :.: ::..:.:. KIAA07 YLPGQQHCLE-KILEFHQKHVGQTPAESDFQVLEIARKLEMYGIRFHMASDREGTKIQLA 190 200 210 220 230 240 350 360 370 380 390 400 KIAA09 VCASGLLIYRDRLRINRFAWPKVLKISYKRNNFYIKIRPGEFEQFESTIGFKLPNHRAAK : :.:... .:: : : :: :.:.::. : ::..: ...:. : : .. : KIAA07 VSHMGVLVFQGTTKINTFNWSKVRKLSFKRKRFLIKLHPEVHGPYQDTLEFLLGSRDECK 250 260 270 280 290 300 410 420 430 440 450 KIAA09 RLWKVCVEHHTFFRLLLPEAPPKK--FLTLGSKFRYSGRTQAQTR---RASALIDRPAPY .::.:::.::::::: : : :.. ::.:::::::: : . :.. . :: KIAA07 NFWKICVEYHTFFRLLDQPKPKAKAVFFSRGSSFRYSGRTQKQLVDYFKDSGM--KRIPY 310 320 330 340 350 360 460 470 480 490 500 510 KIAA09 FERSSSKRYTMSRSLDGEVGTGQYATTKGI------SQTNLITTVTPEKKAEEERDEEED :: :: .: :.: ... . . .:. :..: . ...: . : .: KIAA07 -ERRHSKTHTSVRALTADLPKQSISFPEGLRTPASPSSANAFYSLSPSTLVPSGLPEFKD 370 380 390 400 410 420 520 530 540 550 560 KIAA09 KRRK--GEEVTPI---SAIRHEGKSPGLGTDS---CPLSPPSTHCAPTSPTELRRRCKEN . . .:. . .: :. : : : :. ::.::. . .: :. . . . KIAA07 SSSSLTDPQVSYVKSPAAERRSGAVAG-GPDTPSAQPLGPPALQPGPGLSTK-SPQPSPS 430 440 450 460 470 480 570 580 590 600 610 620 KIAA09 DCKLPGYEPSRAEHLPGEPALDSDGPG-RPYLGDQDVAFSYRQQTGKGTTLFSFSLQLPE . : : : : ..: :: ....: : :.: KIAA07 SRKSP-LSLSPAFQVPLGPAEQGSSPLLSPVLSDAGGAGMDCEEPRHKRVPADEAYFIVK 490 500 510 520 530 540 630 640 650 660 670 680 KIAA09 SFPSLLDDDGYLSFPNLSETNLLPQSLQHYLPIRSPSLVPCFLFIFFFLLSASFSVPYAL KIAA07 EILATERTYLKDLEVITVWFRSAVVKEDAMPATLMTLLFSNIDPIYEFHRGFLREVEQRL 550 560 570 580 590 600 >>KIAA1548 ( 545 res) fh15779 (545 aa) initn: 510 init1: 276 opt: 474 Z-score: 359.3 bits: 77.3 E(): 6.8e-15 Smith-Waterman score: 474; 39.796% identity (68.367% similar) in 196 aa overlap (282-472:1-193) 260 270 280 290 300 310 KIAA09 TLALLGSYTVQSELGDYDPDECGSDYISEFRFAPNHTKELEDKVIELHKSHRGMTPAEAE ::.: .:.:.: ..: : .::.:::.:: KIAA15 RFVPIQTEEMELAIFEKWKEYRGQTPAQAE 10 20 30 320 330 340 350 360 370 KIAA09 MHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDSEGVEIMLGVCASGLLIYRDRLRINRFAWPKVLKISYK ..:..:: : :::::.: .: .: . ::. .:.:... .:. : :::. ....: KIAA15 TNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLGLTPTGVLVFEGDTKIGLFFWPKITRLDFK 40 50 60 70 80 90 380 390 400 410 420 KIAA09 RNNFYIKI--RPGEFEQFESTIGFKLPNHRAAKRLWKVCVEHHTFFRLLLPEAPPKK--- .:.. . . . .. : :. :.: . .: :.::: ::::.:::: : .. KIAA15 KNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQKSSHRSG 100 110 120 130 140 150 430 440 450 460 470 480 KIAA09 FLTLGSKFRYSGRTQAQTRRASALIDRPAPYFERSSSKRYTMSRSLDGEVGTGQYATTKG :. :::.:::::.:. :: ... : . ::: ::::. :.: KIAA15 FIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNK--ARRSTSFERRPSKRYS-RRTLQMKACATKPEELSV 160 170 180 190 200 490 500 510 520 530 540 KIAA09 ISQTNLITTVTPEKKAEEERDEEEDKRRKGEEVTPISAIRHEGKSPGLGTDSCPLSPPST KIAA15 HNNVSTQSNGSQQAWGMRSALPVSPSISSAPVPVEIENLPQSPGTDQHDRKCIPLNIDLL 210 220 230 240 250 260 >>KIAA1013 ( 1062 res) hj06791(revised) (1062 aa) initn: 251 init1: 147 opt: 201 Z-score: 155.0 bits: 40.4 E(): 0.0016 Smith-Waterman score: 357; 22.513% identity (49.738% similar) in 573 aa overlap (131-662:80-641) 110 120 130 140 150 160 KIAA09 AAKQLEYQQLEDDKLSQKSSSSKLSRSPLKIVKKPKSMQCKVILLDGSEYTCDVEKRSRG . . .. .:.: ::: . :. . . KIAA10 NLTVSTLRRWYTERLRACHQVLRTWCGLQDVYQMTEGRHCQVHLLDDRRLELLVQPKLLA 50 60 70 80 90 100 170 180 190 200 210 KIAA09 QVLFDKVCEHLNLLEKDYFGLTYRDAENQKNWLDPAKEIKKQ---VRSGAWHFSFNVKFY . :.: : :.:: ::.:::.:. : .:.:::. ... . . : . : :.:: KIAA10 RELLDLVASHFNLKEKEYFGITFIDDTGQQNWLQLDHRVLDHDLPKKPGPTILHFAVRFY 110 120 130 140 150 160 220 230 240 250 260 270 KIAA09 PPDPAQLSEDITRYYLCLQLRDDIVSGRLPCSFVTLALLGSYTVQSELGDYDPDECGSDY . . :.. : . :. . . .:.. :. :... .: ::: :: . KIAA10 IESISFLKDKTTVELFFLNAKACVHKGQIEVESETIFKLAAFILQEAKGDYTSDENARKD 170 180 190 200 210 220 280 290 300 310 320 330 KIAA09 ISEFRFAPNHTKE-------LEDKVIELHKSHRGMTPAEAEMHFLENAKKLSMYGVDLHH .. . :..: . ::.::: . . .:.: ..: ..... .. : ::: . KIAA10 LKTLPAFPTKTLQEHPSLAYCEDRVIEHYLKIKGLTRGQAVVQYMKIVEALPTYGVHYYA 230 240 250 260 270 280 340 350 360 370 380 KIAA09 AKDSEGVEIMLGVCASGLLIY--RDRLRINR-FAWPKVLKISYKRNNFYIKIR-PGEFEQ .::..:. ::. .:. : .:... . : : .. .. .....: .... : .. KIAA10 VKDKQGLPWWLGISYKGIGQYDIQDKVKPRKLFQWKQLENLYFREKKFAVEVHDPRRISV 290 300 310 320 330 340 390 400 410 420 430 KIAA09 FESTIGFK-------LPNHRAAKRLWKVCVEHHTFFRLLLPEAPPKKFLTLGSKFRYSGR . :.: . : : .: . . .: :. : . : . . .. . KIAA10 SRRTFGQSGLFVQTWYANSSLIKSIWVMAISQHQFY---LDRKQSKAKIPSARSLDEIAM 350 360 370 380 390 400 440 450 460 470 480 KIAA09 --TQAQTRRASALIDRPAP-YFERSSSKRYTMSRSLDGEVGTGQ-------YATTKGISQ :.. :.::: :. : : .:. : : :.::. : . . : KIAA10 DLTETGTQRASKLVTLEAKSQFIMASNGSLISSGSQDSEVSEEQKREKILELKKKEKLLQ 410 420 430 440 450 460 490 500 510 520 530 540 KIAA09 TNLITTVTPEKKAEEERDEEEDKRRK------GEEVTPISAIRHEGKSPGLGTDSCPLSP .:. : :: .. : : : ::. : .. :. : . : . : KIAA10 EKLLKKVEELKKICLREAELTGKMPKEYPLNIGEK--PPQVRRRVGTAFKLDDNLLPSEE 470 480 490 500 510 520 550 560 570 580 590 600 KIAA09 PSTHCAPTSPTELRRRCKENDCKLPGYEPSRAEHLPGEPALDSDGPGRPYLGDQDVAFSY . : .... : :: . ::. . . . : . ... : KIAA10 DPALQELESNFLIQQKLVEAAKKLAN-EPDLCKTVKKKRKQDYTDAMKKLQEIENAINEY 530 540 550 560 570 580 610 620 630 640 650 KIAA09 RQQTGKGTTLFSFSLQLPE----SFPSLLDDDGYLSFPNLSETNLLPQSLQHYLPIRSPS : . :: . . . ::: : : :.: .. . :.. .: . . .: .:: KIAA10 RIRCGKKPS--QKATVLPEDIIPSESSSLSDT--TTYDDPSDAFTFPGQRSSSVP-HSPR 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 710 KIAA09 LVPCFLFIFFFLLSASFSVPYALTLSFPLALCLCYLEPKAASLSASLDNDPSDSSEEETD ..: KIAA10 ILPPKSLGIERIHFRKSSINEQFVDTRQSREMLSTHSSPYKTLERRPQGGRSMPTTPVLT 640 650 660 670 680 690 >>KIAA1294 ( 1051 res) fg01155 (1051 aa) initn: 277 init1: 136 opt: 192 Z-score: 148.4 bits: 39.2 E(): 0.0038 Smith-Waterman score: 341; 22.986% identity (54.224% similar) in 509 aa overlap (127-606:21-507) 100 110 120 130 140 150 KIAA09 FAARAAKQLEYQQLEDDKLSQKSSSSKLSRSPLKIVKKPKSMQCKVILLDGSEYTCDVEK : : .. .. .:.: ::: . :. 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KIAA12 RASVTRRTFGHSGIAVHTWYACPALIKSIWAMAISQHQFY-LDRKQSKSKIHAARSLSEI 300 310 320 330 340 440 450 460 470 480 490 KIAA09 YSGRTQAQTRRASALIDRPAPYFERSSSKRYTMSRSLDGEVGTG-QYATTKGISQTNLIT :.. : ..: : . .:: .: : . ...: : . .. .. .... 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