# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bf03014.fasta.huge -Q ../query/KIAA0993.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0993, 1556 aa vs ./tmplib.23663 library 1985949 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.9605+/-0.00618; mu= 27.4735+/- 0.423 mean_var=142.7479+/-33.551, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.107347 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270) 1386 227.8 1.1e-59 KIAA1544 ( 1028 res) fh02556 (1028) 1242 205.3 5.2e-53 KIAA0540 ( 2041 res) pg00116 (2041) 1231 204.1 2.3e-52 KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195) 249 51.6 1.1e-06 KIAA1362 ( 699 res) fj02381 ( 699) 237 49.3 3.2e-06 KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) ( 993) 238 49.8 3.3e-06 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 233 49.2 6.2e-06 KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 ( 619) 228 47.8 7.9e-06 KIAA0371 ( 1203 res) hh00252 (1203) 226 48.1 1.3e-05 KIAA0305 ( 1547 res) hg00042 (1547) 212 46.1 6.5e-05 KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542) 210 45.8 8e-05 KIAA1589 ( 816 res) fj08951 ( 816) 197 43.3 0.00025 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 171 38.7 0.003 >>KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270 aa) initn: 2674 init1: 992 opt: 1386 Z-score: 1163.4 bits: 227.8 E(): 1.1e-59 Smith-Waterman score: 2968; 38.473% identity (65.569% similar) in 1336 aa overlap (33-1338:1-1244) 10 20 30 40 50 KIAA09 NLCLTPASKQTPLIDLLLEASPERSTRTQQKEFQTYILDSVMD--HLLAA-DVLLGEDAS ..::. .: :.:. :. .. :. . .:.. 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KIAA16 TAAGKPLPGKDVSTPVSLPGHPQP--FFYSLQSLRPSQVTVKDMYLFSLGSESPKGAIGH 910 920 930 940 950 960 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA09 IVCTDKGILAVEQNKVLIPPTWNKTFAWGYADLSCRLGTYESDKAMTVYECLSEWGQILC :: :.: :::::.::::.:: ::.::.::. :.:: ::.: :::.. ..: :. ::. :: KIAA16 IVSTEKTILAVERNKVLLPPLWNRTFSWGFDDFSCCLGSYGSDKVLMTFENLAAWGRCLC 970 980 990 1000 1010 1020 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA09 AICPNPKLVITGGTSTVVCVWEMGTSKEKAKTVTLKQALLGHTDTVTCATASLAYHIIVS :.::.: ..:.::::::::::.. .: . . . :.::: :::..::: .::... ..:: KIAA16 AVCPSPTTIVTSGTSTVVCVWELSMTKGRPRGLRLRQALYGHTQAVTCLAASVTFSLLVS 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA09 GSRDRTCIIWDLNKLSFLTQLRGHRAPVSALCINELTGDIVSCAGTYIHVWSINGNPIVS ::.: :::.:::..:. .:.: .:: .::. :....: ::::::... .:..::.:..: KIAA16 GSQDCTCILWDLDHLTHVTRLPAHREGISAITISDVSGTIVSCAGAHLSLWNVNGQPLAS 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA09 VNTFTGRSQQIICCCMSEMNEWDTQNVIVTGHSDGVVRFWRME--FLQVPETPAPEPAEV ..: : : :::. : :::...:.:: .::.:: :. : ..:: :: : : KIAA16 ITTAWGPEGAITCCCLMEGPAWDTSQIIITGSQDGMVRVWKTEDVKMSVPGRPAGE--EP 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA09 LEMQEDCPEAQIGQEAQDEDSSDSEADEQSISQDPKDTPSQPSSTSHRPRAASCRATAAW : . : . :.. . . . . : : ::. : . ..:. :. KIAA16 LAQ----PPSPRGHKWEKNLALSRELDV-SIALTGKPSKTSPAVTALAVSRNHTKLLVGD 1210 1220 1230 1240 1250 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA09 CTDSGSDDSRRWSDQLSLDEKDGFIFVNYSEGQTRAHLQGPLSHPHPNPIEVRNYSRLKP KIAA16 ERGRIFCWSADG 1260 1270 >>KIAA1544 ( 1028 res) fh02556 (1028 aa) initn: 1044 init1: 392 opt: 1242 Z-score: 1043.5 bits: 205.3 E(): 5.2e-53 Smith-Waterman score: 1247; 39.753% identity (66.078% similar) in 566 aa overlap (641-1184:291-833) 620 630 640 650 660 670 KIAA09 TLPPNMHEPIIPRGARQGPSQLKRTCSIFAYEDIKEVHKRRYLLQPIAVEVFSGDGRNYL . .:. : .:::::: :.::: .. . . KIAA15 YFEVDEDDSAFKKIDTKVLAYTEGLHGKWMFSEIRAVFSRRYLLQNTALEVFMANRTSVM 270 280 290 300 310 320 680 690 700 710 720 KIAA09 LAF--QKGIRNKVYQRFLAVVPSLTDSSESVSGQRPNTSVEQGSGLLSTLVGEKSVTQRW . : : ... ::. .: . .. : :. : .. ...:::: KIAA15 FNFPDQATVKKVVYS-----LPRVGVGTSYGLPQARRISLATPRQLYKS----SNMTQRW 330 340 350 360 370 730 740 750 760 770 780 KIAA09 ERGEISNFQYLMHLNTLAGRSYNDLMQYPVFPWILADYDSEEVDLTNPKTFRNLAKPMGA .: :::::.::: :::.:::.:::: :::::::.:..:.:::.::: : .::.:.::.:: KIAA15 QRREISNFEYLMFLNTIAGRTYNDLNQYPVFPWVLTNYESEELDLTLPGNFRDLSKPIGA 380 390 400 410 420 430 790 800 810 820 830 840 KIAA09 QTDERLAQYKKRYKDWEDPNGETPAYHYGTHYSSAMIVASYLVRMEPFTQIFLRLQGGHF . .: . : .::. ::: ..: :::.::::.: . :.:::.:::: .:: . :.: KIAA15 LNPKRAVFYAERYETWEDD--QSPPYHYNTHYSTATSTLSWLVRIEPFTTFFLNANDGKF 440 450 460 470 480 850 860 870 880 890 900 KIAA09 DLADRMFHSVREAWYSASKHNMADVKELIPEFFYLPEFLFNSNNFDLGCKQNGTKLGDVI : :: : :: ..: . :... .:::::::::.::::.. :::...:: ... . ..:: KIAA15 DHPDRTFSSVARSWRT-SQRDTSDVKELIPEFYYLPEMFVNSNGYNLGVREDEVVVNDVD 490 500 510 520 530 540 910 920 930 940 950 960 KIAA09 LPPWAKGDPREFIRVHREALECDYVSAHLHEWIDLIFGYKQQGPAAVEAVNVFHHLFYEG :::::: :..:.:..: ::: ..:: .::.::::::::::.:: ::.:.::::.: ::: KIAA15 LPPWAK-KPEDFVRINRMALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQRGPEAVRALNVFHYLTYEG 550 560 570 580 590 600 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA09 QVDIYNINDPLKETATIGFINNFGQIPKQLFKKPHPPKRVRSRLNGDNAGISVLPGST-- .:.. .:.::. . : . :.:::: :.::. .::::. .. . :: : KIAA15 SVNLDSITDPVLREAMEAQIQNFGQTPSQLLIEPHPPR-------SSAMHLCFLPQSPLM 610 620 630 640 650 660 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA09 -SDKIFFHHLDNLR-PSLTPVKELKEPVGQIVCTDKGILAVEQNKVLIPPTWNKTF---- .:.. . :. :: .:: .. . . : ....: .... :..: KIAA15 FKDQMQQDVIMVLKFPSNSPVTHVAANTLPHL-TIPAVVTVTCSRLFAVNRWHNTVGLRG 670 680 690 700 710 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA09 AWGYA-DLSCRLGTYESDKAMTVYECLSEWGQILCAICPNPKL-----VITGGTSTV-VC : ::. : . .: : : .. ... :: . . .. :.:. . . .: KIAA15 APGYSLDQAHHL-PIEMDPLIANNSGVNKR-QITDLVDQSIQINAHCFVVTADNRYILIC 720 730 740 750 760 770 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA09 -VWEMGTSKEKAKTVTLKQALLGHTDTVTCATASLAY----HIIVSGSRDRTCIIWDLNK :. . ...: : : ..:: :.::: . : .: ::::::: : ..: KIAA15 GFWDKSFRVYSTETGKLTQIVFGHWDVVTCLARSESYIGGDCYIVSGSRDATLLLWYWSG 780 790 800 810 820 830 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA09 LSFLTQLRGHRAPVSALCINELTGDIVSCAGTYIHVWSINGNPIVSVNTFTGRSQQIICC KIAA15 RHHIIGDNPNSSDYPAPRAVLTGHDHEVVCVSVCAELGLVISGAKEGPCLVHTITGDLLR 840 850 860 870 880 890 >>KIAA0540 ( 2041 res) pg00116 (2041 aa) initn: 752 init1: 599 opt: 1231 Z-score: 1032.1 bits: 204.1 E(): 2.3e-52 Smith-Waterman score: 1340; 36.162% identity (60.574% similar) in 766 aa overlap (533-1246:1176-1875) 510 520 530 540 550 560 KIAA09 EDTIAKVKGLVKPPLKRSRSAPDGGDEENQEQLQ-DQIAEGSSIEEEEKTDNATLLRLLE : :: ::..: : : . : .: : KIAA05 DNLGEVPLTPTEEASLPLAVTKEAKVSTPPELLQEDQLGEDELAELETPMEAA---ELDE 1150 1160 1170 1180 1190 1200 570 580 590 600 610 620 KIAA09 EGEKIQHMYRCARVQGLDTSEGLLLFGKEHFYVIDGFTMTATREIRDIETLPPNMHEPII . ::. .: : . . ::: .. : :: .:.... : . ....:. KIAA05 QREKLVLSAECQLVTVVAVVPGLLEVTTQNVYFYDG----STERVETEEGIGYDFRRPL- 1210 1220 1230 1240 1250 630 640 650 660 670 KIAA09 PRGARQGPSQLKRTCSIFAYEDIKEVHKRRYLLQPIAVEVFSGDGRNYLLAF-------- .:: .::: ::. :. :.:.: : ::.: : KIAA05 --------AQL------------REVHLRRFNLRRSALELFFIDQANYFLNFPCKVGTTP 1260 1270 1280 1290 680 690 700 710 KIAA09 ----------QKG-------IRNKVYQRFLAVVPSLTDSSESVSGQRPNTSVEQGSGLLS : : .::.::. .: . : :. .:.. :. . ..::: KIAA05 VSSPSQTPRPQPGPIPPHTQVRNQVYSWLLRLRP---PSQGYLSSRSPQEML-RASGL-- 1300 1310 1320 1330 1340 1350 720 730 740 750 760 770 KIAA09 TLVGEKSVTQRWERGEISNFQYLMHLNTLAGRSYNDLMQYPVFPWILADYDSEEVDLTNP ::.: . :::::.:::.:::.:::.:::: :::::::.: :: : .::.:: KIAA05 --------TQKWVQREISNFEYLMQLNTIAGRTYNDLSQYPVFPWVLQDYVSPTLDLSNP 1360 1370 1380 1390 1400 780 790 800 810 820 830 KIAA09 KTFRNLAKPMGAQTDERLAQYKKRYKDWEDPNGETPAYHYGTHYSSAMIVASYLVRMEPF .::.:.::.:. . .. ...:...::: : .:::::::.: : ::.:.::: KIAA05 AVFRDLSKPIGVVNPKHAQLVREKYESFEDPAGTIDKFHYGTHYSNAAGVMHYLIRVEPF 1410 1420 1430 1440 1450 1460 840 850 860 870 880 890 KIAA09 TQIFLRLQGGHFDLADRMFHSVREAWYSASKHNMADVKELIPEFFYLPEFLFNSNNFDLG :.. ..::.:.:: .::.:::: :: .: .. ::::::::::::.:.:: :.:.:::: KIAA05 TSLHVQLQSGRFDCSDRQFHSVAAAW-QARLESPADVKELIPEFFYFPDFLENQNGFDLG 1470 1480 1490 1500 1510 1520 900 910 920 930 940 950 KIAA09 CKQ-NGTKLGDVILPPWAKGDPREFIRVHREALECDYVSAHLHEWIDLIFGYKQQGPAAV : : .. :.:::.:::::.. :..::. ::.::: .::::::::::::::::::.:::: KIAA05 CLQLTNEKVGDVVLPPWASS-PEDFIQQHRQALESEYVSAHLHEWIDLIFGYKQRGPAAE 1530 1540 1550 1560 1570 1580 960 970 980 990 1000 1010 KIAA09 EAVNVFHHLFYEGQVDIYNINDPLKETATIGFINNFGQIPKQLFKKPHPPKRVRSRLNGD ::.:::.. ::: ::. ...: .. : :.:.:::: : ::.:.::: .::... KIAA05 EALNVFYYCTYEGAVDLDHVTDERERKALEGIISNFGQTPCQLLKEPHP-----TRLSAE 1590 1600 1610 1620 1630 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA09 NAGISVLPGSTSDKIFFHHLDNLR-----------PSLTPVKELKEPVGQIVCTDKGILA .:. . .:.. .:.:::.:. : . . ..: . :. . .:. KIAA05 EAAHRLARLDTNSPSIFQHLDELKAFFAEVVSDGVPLVLALVPHRQPHSFITQGSPDLLV 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA09 -VEQNKVLIPPTW---NKTFAWGYADLSC--RLGTYESDKAMTVYECLSEW-------GQ : . .: .: ..... .: ..: .:...... .. . : :: KIAA05 TVSASGLLGTHSWLPYDRNIS-NYFSFSKDPTMGSHKTQRLLS-----GPWVPGSGVSGQ 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA09 ILCAICPNPKLVITGGTSTVVCVWEMGTSKEKAKTVTLKQALLGHTDTVTCATASLAYHI : :. :. ::...:: :. . : . : : :.::: . . KIAA05 AL-AVAPDGKLLFSGGH------WDGSLRVTALPRGKLLSQLSCHLDVVTCLALDTCGIY 1760 1770 1780 1790 1800 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA09 IVSGSRDRTCIIWDLNKLSFLTQLRGHRAPVSALCINELTGDIVSCAGTYIHV-WSINGN ..::::: ::..: : . . :. . . ::..: . : :::.. .. ...:. KIAA05 LISGSRDTTCMVWRLLHQGGLSVGLAPK-PVQVLYGH---GAAVSCVAISTELDMAVSGS 1810 1820 1830 1840 1850 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA09 PIVSVNTFTGRSQQIICCCMSEMNEWDTQNVIVTGHSDGVVRFWRMEFLQVPETPAPEPA .: : : :.. KIAA05 EDGTVIIHTVRRGQFVAALRPLGATFPGPIFHLALGSEGQIVVQSSAWERPGAQVTYSLH 1860 1870 1880 1890 1900 1910 >>KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195 aa) initn: 317 init1: 230 opt: 249 Z-score: 211.9 bits: 51.6 E(): 1.1e-06 Smith-Waterman score: 259; 29.070% identity (55.814% similar) in 172 aa overlap (1397-1550:1015-1180) 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA09 QLSLDEKDGFIFVNYSEGQTRAHLQGPLSHPHPNPIEVRNYSRLKPGYRWERQLVFRSKL : :. . . ... ::. : . . :. 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