# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03795mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1009.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1009, 1345 aa vs ./tmplib.24314 library 1986160 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2527+/- 0.01; mu= -9.9857+/- 0.677 mean_var=453.2653+/-109.871, 0's: 0 Z-trim: 26 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.060242 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 327 44.3 0.00013 KIAA0373 ( 1540 res) hh00281 (1540) 305 42.7 0.00061 KIAA0568 ( 1426 res) hh02280 (1426) 302 42.3 0.0007 KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956) 291 41.6 0.0016 KIAA0454 ( 2296 res) bf02274 (2296) 286 41.2 0.0025 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 282 40.7 0.0025 KIAA0949 ( 1559 res) af07325 (1559) 259 38.7 0.0098 >>KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047 aa) initn: 152 init1: 76 opt: 327 Z-score: 174.8 bits: 44.3 E(): 0.00013 Smith-Waterman score: 400; 20.671% identity (55.087% similar) in 924 aa overlap (427-1320:172-1024) 400 410 420 430 440 450 KIAA10 NSSSLSQDDKINKTYRSQLSSEEEGAVMGKQVPYKKARSAPPLLKR---KPQSGLYASVR : : .. : . . : : :.. ... 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KIAA05 KEVLRIEPDRAQADEVLQ--LREELEALRRQKGAREAEVLLLQQRVAALAEEKSRAQEKV 670 680 690 700 710 720 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA10 LEKELDDIKEAHQITVRNLEAEIDVLKHQNAELDVKKNDKDDEDFQSIE-----FQVEQA :::. ... : :::: . :.... . : . .:..:... .. .. :.: KIAA05 TEKEVVKLQNDPQ-----LEAEYQQLQEDHQRQD-QLREKQEEELSFLQDKLKRLEKERA 730 740 750 760 770 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA10 HAKAKL----VRLNEELAAKKREIQDLSKTVERLQKDRRMMLSNQNSKGREEMSAKRAKK :..:. : :. :: .::..::.. : .. .:.: ...: : KIAA05 MAEGKITVKEVLKVEKDAATEREVSDLTRQYE-----------DEAAKAR---ASQREKT 780 790 800 810 820 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA10 DVLHS----SKGNANSFPGTLDSKLYQPHTFTDSHVS----EVLQENYRLKNELEGLISE ..:.. . ::. .. .: ..:.:. :..... . .. : : : KIAA05 ELLRKIWALEEENAKVVVQEKVREIVRPDPKAESEVANLRLELVEQERKYRGAEEQLRSY 830 840 850 860 870 880 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA10 KNELKMKSEAVMNQFENSMRRVKEDTAAHIASLKASHQREIEKLLCQNAVENSSSKVAEL ..:: ::. . .. . .::: : : : . . :.:: : : : .... KIAA05 QSEL----EAL--RRRGPQVEVKEVTKEVI---KYKTDPEMEKEL-QRLRE----EIVDK 890 900 910 920 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA10 NRKIATQEVLIRHFQSQVNELQSKQESLVVSEVREEILQ-KEITKLLEELREAKENHTPE .: : .. : ....... :.. . .. ..:: .:::: .: . ::. . . . : KIAA05 TRLIERCDLEIYQLKKEIQALKDTKPQVQTKEVVQEILQFQEDPQTKEEVASLRAKLSEE 930 940 950 960 970 980 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA10 MKHFVGLEKKIKQMEMRHAQREQEL----QQIIQQTHQVVETEQNK----EVEKWKRLAQ .:. : ::.. ..: . :..:.:: ....:: .::. :.. :. . . . KIAA05 QKKQVDLERERASQEEQIARKEEELSRVKERVVQQ--EVVRYEEEPGLRAEASAFAESID 990 1000 1010 1020 1030 1040 1310 1320 1330 1340 KIAA10 LKNRELEKFRTELDSILDVLRELHRQGVVVPVAFADEMNAPEY .. :...:.:.:: . ::.:: KIAA05 VELRQIDKLRAELRRLQRRRTELERQLEELERERQARREAEREVQRLQQRLAALEQEEAE 1050 1060 1070 1080 1090 1100 >>KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956 aa) initn: 124 init1: 56 opt: 291 Z-score: 154.9 bits: 41.6 E(): 0.0016 Smith-Waterman score: 413; 20.481% identity (56.154% similar) in 1040 aa overlap (359-1310:942-1951) 330 340 350 360 370 380 KIAA10 PLKMNPNILSQDSQHVNLFFDKNDENVILQKTTNESMENSCPQVTEVTATEEHVDKMYLN : .: .:. .:.:: .... .. KIAA10 QLQAEQETLANVEEQCEWLIKSKIQLEARVKELSERVEEEEEINSELTARGRKLEDECFE 920 930 940 950 960 970 390 400 410 420 430 440 KIAA10 ILRKKITVNSSSLSQDDKINKTYRSQLSS-EEEGAVMGKQVPYKKARSAPPLLKRKPQSG :.:.: . : ...: ..: . .... :: ..... : :.: . . . :. KIAA10 -LKKEIDDLETMLVKSEKEKRTTEHKVKNLTEEVEFLNEDIS-KLNRAAKVVQEAHQQTL 980 990 1000 1010 1020 450 460 470 480 490 500 KIAA10 LYASVRSSGYGKPSSPLKMFSTLEKKTSEDIIKSKNLRSISTSNQPRKKEILSGT-KLIK .. : :: : ::....: .. :. . : :. . : :. :: . KIAA10 DDLHMEEE---KLSSLSKANLKLEQQVDELEGALEQERK-ARMNCERELHKLEGNLKLNR 1030 1040 1050 1060 1070 1080 510 520 530 540 550 560 KIAA10 PAALDKPAHKTESCLSTRKKSENPTETDSCIQFQTDSLGYCGENKEKKLLMFKRVQEAED . . . . . ::: . .. .: .. . .. .. .. ..: ..: . KIAA10 ESMENLESSQRHLAEELRKKELELSQMNSKVENEKGLVAQLQKTVKELQTQIKDLKEKLE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 570 580 590 600 610 KIAA10 KWRGAQALIEQIKATFSEKEKELENKLEE----------LKKQQEKELFKLNQDNYILQA : ..: .:. .: ... .:...::: . :.:: .. ::..: . .: KIAA10 AERTTRAKMERERADLTQDLADLNERLEEVGGSSLAQLEITKKQETKFQKLHRD--MEEA 1150 1160 1170 1180 1190 1200 620 630 640 650 660 670 KIAA10 KLSSFEETNKKQRWLHFGEAADPVTG--EKLKQIQKEIQEQETLLQGYQQENERLYNQVK : :: :. . . : :. . : :.:.:.......... : : : . : ..:. 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KIAA10 ALINQLSREKSNFTRQIEDLRGQLEKETKSQSALAHALQKAQRDCDLLREQYEEEQEVKA 1320 1330 1340 1350 1360 1370 770 780 790 800 810 820 KIAA10 QAKDQIAYVTGEKL-----YEIKILEETHKQEISR--LQKRLQWYAENQELLDKDALRLR . . .. :..: . :: .....:. : .. : ::: :: . . . : KIAA10 ELHRTLSKVNAEMVQWRMKYENNVIQRTEDLEDAKKELAIRLQEAAEAMGVANA-----R 1380 1390 1400 1410 1420 1430 830 840 850 860 870 KIAA10 EANEEIEKLKLEIEKLKAESGNPSIRQKI-RLKDKAADA-KKIQDLERQVKEMEGIL--- .:. : . .:..: : : ..:. :: .: .. : . : ... .: ...: KIAA10 NASLERARHQLQLELGDALSDLGKVRSAAARLDQKQLQSGKALADWKQKHEESQALLDAS 1440 1450 1460 1470 1480 1490 880 890 900 910 920 930 KIAA10 -KRRYPNSLPALILAASAAGDTVDKNTVEFMEKRIKKLEADLEGKDEDAKKSLRTMEQ-- :. : : : . . : ..:.. .: ... ..: .. ... :.: ::. KIAA10 QKEVQALSTELLKLKNTYEESIVGQETLRRENKNLQEEISNLTNQVREGTKNLTEMEKVK 1500 1510 1520 1530 1540 1550 940 950 960 970 980 990 KIAA10 -QFQKMKIQYEQRLEQQEQLLACKLNQHDSPRIKALEKELDDIKEAHQITVRNLEAEIDV ... : . . ::. : : ... .: .. :: . : . . . . ::. 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KIAA10 SEEELLEATERINLFYTQNTSLLSQKKKLEADVARMQKEAEEVVQECQNAEEKAKKAAIE 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA10 AAHIASLKASHQREIEKLLCQNAVENSSSKVAELNRKIATQEVL--------IRHFQSQV ::... ..: : .: . . :: . ...:....: : . :....:.: KIAA10 AANLSEELKKKQDTIAHL--ERTRENMEQTITDLQKRLAEAEQMALMGSRKQIQKLESRV 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA10 NELQSKQESLVVSEVREEILQKEITKLLEEL----REAKENHTPEMKHFVGLEKKIK--- ::... :. . .. . ... . ..:: .: :.: . . .. :. :.. 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KIAA04 ENFSLKLRIYFLEERMQQKYEASREDIYKRNIELKVEVESLKRELQDKKQHLDKTWADVE 140 150 160 170 180 190 580 590 600 610 620 630 KIAA10 ATFSEKEKELENKLEELKKQQEKE-LFKLNQDNYILQAKLSSFEETNKKQRWLHFGEAAD :..: ::. ..:: .::: : ...: ... : . : . . :. : . :: KIAA04 NLNSQNEAELRRQFEE--RQQETEHVYELLENKIQLLQEESRLAK-NEAARMAALVEAEK 200 210 220 230 240 250 640 650 660 670 680 KIAA10 PVT---GEKLKQIQKEIQEQETLLQGYQQENERLYNQVKDLQEQNKK--NEERMF----K . .:::: . :. .. .: .: : .. : ..: :.. .::. . KIAA04 ECNLELSEKLKGVTKNWEDVPGDQVKPDQYTEALAQRDKRIEELNQSLAAQERLVEQLSR 260 270 280 290 300 310 690 700 710 720 730 740 KIAA10 ENQSLFS---EVASLKEQMHKSRFLSQVVEDSEPTR--NQNFTDL-LAELRMAQKEKDSL :.:.:. : .:.. : ..:.: .:. : .:. .: :::: .:: . KIAA04 EKQQLLHLLEEPTSMEVQPMTEELLKQQKLNSHETTITQQSVSDSHLAEL----QEKIQQ 320 330 340 350 360 370 750 760 770 780 790 800 KIAA10 LEDIKRLKQDKQALEVDFE-KMKKERDQAKDQIAYVTGEKLYEIKILEETHKQEISRLQK : ... :.: :...: : .: .: .: :. :.:: :.. : . KIAA04 TEATNKILQEKLN-EMSYELKCAQESSQKQDGT----------IQNLKETLKSR-ERETE 380 390 400 410 420 810 820 830 840 850 KIAA10 RLQWYAENQELLDKDALRLREANEEIEKLKLEIEKLKAESGNPSIRQKIRLKD-KAA--- .: :.:. : : .::: .. .. .:.. :. .:.. : : ..: KIAA04 ELYQVIEGQN--DTMA-KLREMLHQ-----SQLGQLHSSEGTSPAQQQVALLDLQSALFC 430 440 450 460 470 860 870 880 890 900 910 KIAA10 DAKKIQDLERQVKEMEGILKRRYPNSLPALILAASAAGDTVDKNTVEF-----MEKRIKK . .:: :.: :.. : :. .. . .. .:: .. ... . . ..: ... KIAA04 SQLEIQKLQRVVRQKE----RQLADAKQCVQFVEAAAHESEQQKEASWKHNQELRKALQQ 480 490 500 510 520 920 930 940 950 960 KIAA10 LEADLEGKDE-----DAKK--SLRTMEQQFQKMK---IQYEQRLEQQEQLLACKLNQHDS :. .:..:.. .:.: .::.::..:... . :: :.. ..:: . :. . KIAA04 LQEELQNKSQQLRAWEAEKYNEIRTQEQNIQHLNHSLSHKEQLLQEFRELLQYRDNSDKT 530 540 550 560 570 580 970 980 990 1000 1010 KIAA10 PRIKALEKELDDIKE-AHQITV---RNLEAEIDVLKHQNAELD-----VKKNDKDDEDFQ ..: : :. ... :. .: : .. ....:.... :: :.. :.: : .. KIAA04 --LEANEMLLEKLRQRIHDKAVALERAIDEKFSALEEKEKELRQLRLAVRERDHDLERLR 590 600 610 620 630 640 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA10 SIEFQVEQAHAKAKLVRLNEELAAKKREIQDLSKTVERLQKDRRMMLSNQNSKGREEMSA .. . .: . .. : :: :...:: : . :: .. : .. . .:. : KIAA04 DV-----LSSNEATMQSMESLLRAKGLEVEQLSTTCQNLQWLKEEMETKFSRWQKEQESI 650 660 670 680 690 700 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA10 KRAKKDVLHSSKGNANSFPGTLDSKLYQPHTFTDSHVSEVLQENYRLKNELEGLISEKNE . . ::. . ..... .:: :: .. .. . ::.. :. :. :.:..:. KIAA04 IQQLQTSLHDRNKEVEDLSATLLCKLGPGQSEIAEELCQRLQRKERM---LQDLLSDRNK 710 720 730 740 750 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA10 LKMKSEA-VMNQFENSMRRVKEDTAAHIASLKASHQREIE------------KLLCQNAV .. : ... ... : .:. :: ..: .:. : .:. : . KIAA04 QVLEHEMEIQGLLQSVSTREQESQAAAEKLVQALMERNSELQALRQYLGGRDSLMSQAPI 760 770 780 790 800 810 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA10 ENSSSKVAELNR--KIATQEVLIRHFQSQVNELQSKQESLVVSEVREEILQKEITKLLE- :....:. .: : . : . ... . : .:.. :: : . . . . :: KIAA04 SNQQAEVTPTGRLGKQTDQGSMQIPSRDDSTSLTAKED---VSIPRSTLGDLDTVAGLEK 820 830 840 850 860 870 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA10 ELREAKENHTPEMKHFVGLEKKIKQMEMRHAQREQELQQIIQQTHQVVETEQNKEVEKWK :: .::: :.. .. :.. .:::. : . .:. . :: : ..:. KIAA04 ELSNAKE----ELELMAKKERE-SQMELSALQSMMAVQE---EELQV----QAADMESLT 880 890 900 910 920 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA10 RLAQLKNRELEKFRTELDSILDVLRELHRQGVVVPVAFADEMNAPEY : :.:. .. .. .: . :. KIAA04 RNIQIKEDLIKDLQMQLVDPEDIPAMERLTQEVLLLREKVASVESQGQEISGNRRQQLLL 930 940 950 960 970 980 >>KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635 aa) initn: 203 init1: 121 opt: 282 Z-score: 151.5 bits: 40.7 E(): 0.0025 Smith-Waterman score: 469; 21.383% identity (54.622% similar) in 1417 aa overlap (5-1334:125-1455) 10 20 30 KIAA10 LLGTNVSYLKTKKTSQPVMEIEEESAEKIQFLKS : : ..:: .. . .:. :.: .:.. KIAA03 KYSEDKANLQKQLEEAMNTQLELSEQLKFQNNSEDNVKKLQEEIEKIRPGFEEQILYLQK 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 90 KIAA10 SGTSLLSTDSLETNELV-VSELNHSSLGVGLDTLEEQEEKEQFFARLE-KGLTSSIDYSR . . . . ...: . : : . ....:.:. . . . . : : : .:. : KIAA03 QLDATTDEKKETVTQLQNIIEANSQHYQKNINSLQEELLQLKAIHQEEVKELMCQIEASA 160 170 180 190 200 210 100 110 120 130 140 150 KIAA10 LNKELDSNDSTHFKALHINQANAELTDDEHENESKHEELAENYSDDFEDEYVGAPLTTKD ..: . : ...: ..: .: . ... : . :.: . :. .:. . . : .. 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