# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05262mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1010.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1010, 1315 aa vs ./tmplib.24314 library 1986190 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3692+/-0.00845; mu= 4.7499+/- 0.570 mean_var=306.0272+/-75.765, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 149 in 1/39 Lambda= 0.073315 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 306 47.2 2.7e-05 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 271 43.5 0.00036 KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 ( 694) 241 39.8 0.0019 KIAA0424 ( 567 res) hh01267 ( 567) 236 39.2 0.0024 >>KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621 aa) initn: 194 init1: 147 opt: 306 Z-score: 186.8 bits: 47.2 E(): 2.7e-05 Smith-Waterman score: 306; 32.075% identity (60.377% similar) in 212 aa overlap (512-708:1-205) 490 500 510 520 530 540 KIAA10 SLNMELQQLREMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAENPEQRMLEKRAKVIEELLQTERDYIRDL : .:.:. : :..:.: :::::. : KIAA14 AARESERQLRLRLCVLNEILGTERDYVGTL 10 20 30 550 560 570 580 KIAA10 EMCIERIMVPMQQAQVPNID-------FEGLFGNMQMVIKVSKQLLAALEI--------S .. .. ..: . ... . ::.:.. ...: :..::::: . KIAA14 RFLQSAFLHRIRQNVADSVEKGLTEENVKVLFSNIEDILEVHKDFLAALEYCLHPEPQSQ 40 50 60 70 80 90 590 600 610 620 630 640 KIAA10 DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQDSLADLKSLYNEWG .: ::: .:.. .:. ::.::..:. :: .: .. : . . : . KIAA14 HELGNVFLKFKDKFC-VYEEYCSNHEKALRLLVELNKIPTVRAFLLSCM-----LLGGRK 100 110 120 130 140 650 660 670 680 690 700 KIAA10 CTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELLNSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEINVNINEYK :. : : ..:..:.::. .::::: :: . :: .:::. . .:. :.: . :::: : KIAA14 TTD-IPLEGYLLSPIQRICKYPLLLKELAKRTPGKHPDHPAVQSALQAMKTVCSNINETK 150 160 170 180 190 200 710 720 730 740 750 760 KIAA10 RRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKDEVFEETEK :. KIAA14 RQMEKLEALEQLQSHIEGWEGSNLTDICTQLLLQGTLLKISAGNIQERAFFLFDNLLVYC 210 220 230 240 250 260 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 326 init1: 173 opt: 271 Z-score: 166.7 bits: 43.5 E(): 0.00036 Smith-Waterman score: 271; 31.441% identity (59.825% similar) in 229 aa overlap (492-710:1161-1379) 470 480 490 500 510 520 KIAA10 DESSRAETLEDLKFCESNIESLNMELQQLREMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAENPEQRMLE .:: :. :.. : .... .: .: KIAA12 QLINVMNKDDPDWWQGEINGVTGLFPSNYVKMTTDSDPSQQWCADLQTLDTMQPIER--- 1140 1150 1160 1170 1180 530 540 550 560 570 580 KIAA10 KRAKVIEELLQTERDYIRDLEMCIERIMVPMQQAQ-VPNIDFEGLFGNMQMVIKVSKQLL :: :.::.:::. :. ::.. .: .. : .. . . .. .: : . .: . .:: KIAA12 KRQGYIHELIQTEERYMADLQLVVEVFQKRMAESGFLTEGEMALIFVNWKELIMSNTKLL 1190 1200 1210 1220 1230 1240 590 600 610 620 630 KIAA10 AALEISDAVG----PV-FLGH--RDELEG--TYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHL ::.. .: :: ..: :: .: .:. . .. :::. . :: KIAA12 KALRVRKKTGGEKMPVQMIGDILAAELSHMQAYIRFCSCQLNGAALLQ-QKTDEDT---- 1250 1260 1270 1280 1290 1300 640 650 660 670 680 690 KIAA10 QDSLADLKSLYNEWGCTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELLNSTPESHPDKVPLTNA : ::.: .. : . . :.:::.::.::. :::::. .:..::::: :. : : KIAA12 -DFKEFLKKLASDPRCKG-MPLSSFLLKPMQRITRYPLLIRSILENTPESHADHSSLKLA 1310 1320 1330 1340 1350 1360 700 710 720 730 740 750 KIAA10 VLAVKEINVNINEYKRRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTG . ..:. ..:: :.:. KIAA12 LERAEELCSQVNEGVREKENSDRLEWIQAHVQCEGLAEQLIFNSLTNCLGPRKLLHSGKL 1370 1380 1390 1400 1410 1420 >>KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 (694 aa) initn: 149 init1: 149 opt: 241 Z-score: 153.7 bits: 39.8 E(): 0.0019 Smith-Waterman score: 270; 29.310% identity (60.776% similar) in 232 aa overlap (505-721:294-511) 480 490 500 510 520 530 KIAA10 FCESNIESLNMELQQLREMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAENPEQRMLEKRAKVIEELLQTE : .:.. :.. ...: :..::.:.:.:: KIAA11 EGWFPASFVRLRVNQDEPADDDAPLAGNSGAEDGGAEAQSSKDQM---RTNVINEILSTE 270 280 290 300 310 320 540 550 560 570 580 KIAA10 RDYIRDL-EMCIERIMVPMQQAQVPNID-FEGLFGNMQMVIKVSKQLLAALEIS------ ::::. : ..: . ..:.. . . .. .:::.. . . .: .. ::: KIAA11 RDYIKHLRDICEGYVRQCRKRADMFSEEQLRTIFGNIEDIYRCQKAFVKALEQRFNRERP 330 340 350 360 370 380 590 600 610 620 630 640 KIAA10 --DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQ--DSLADLKSLY . .: :: :. ... :. ::.:: .: . : . :..:.. .. :... KIAA11 HLSELGACFLEHQADFQ-IYSEYCNNHPNACVEL---SRLTKLSKYVYFFEACRLLQKMI 390 400 410 420 430 650 660 670 680 690 700 KIAA10 NEWGCTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELLNSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEINVNI . :.: .::. :::.. .::: : :::. : .: : . :. :.:.. : KIAA11 D-------ISLDGFLLTPVQKICKYPLQLAELLKYTHPQHRDFKDVEAALHAMKNVAQLI 440 450 460 470 480 710 720 730 740 750 KIAA10 NEYKRRK---DLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKDE :: ::: : . ..... :: KIAA11 NERKRRLENIDKIAQWQSSIEDWEGEDLLVRSSELIYSGELTRVTQPQAKSQQRMFFLFD 490 500 510 520 530 540 >>KIAA0424 ( 567 res) hh01267 (567 aa) initn: 361 init1: 149 opt: 236 Z-score: 151.9 bits: 39.2 E(): 0.0024 Smith-Waterman score: 277; 28.319% identity (57.522% similar) in 226 aa overlap (499-714:131-347) 470 480 490 500 510 520 KIAA10 TLEDLKFCESNIESLNMELQQLREMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAENPEQRMLEKRAKVIE :.. : : . : : . ::.::. KIAA04 IDDEEGWFPASFVRLWVNQEDEVEEGPSDVQNGHLDPNSDCLCLGRPLQNRDQMRANVIN 110 120 130 140 150 160 530 540 550 560 570 580 KIAA10 ELLQTERDYIRDL-EMCIERI-MVPMQQAQVPNIDFEGLFGNMQMVIKVSKQLLAALEIS :...::: ::. : ..: . . .. . . ... .:::.. . . . .. :: . KIAA04 EIMSTERHYIKHLKDICEGYLKQCRKRRDMFSDEQLKVIFGNIEDIYRFQMGFVRDLEKQ 170 180 190 200 210 220 590 600 610 620 630 KIAA10 --------DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQDSLADL . .:: :: :.: . :. ::.:: .: : :: . : :. .. : KIAA04 YNNDDPHLSEIGPCFLEHQDGFW-IYSEYCNNHLDACMELSKLMKDSRYQ-HFFEACRLL 230 240 250 260 270 640 650 660 670 680 690 KIAA10 KSLYNEWGCTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELLNSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEI ... . : . .::. :::.. .::: : :::. : ..: : .. :. ..... KIAA04 QQMID-------IAIDGFLLTPVQKICKYPLQLAELLKYTAQDHSDYRYVAAALAVMRNV 280 290 300 310 320 330 700 710 720 730 740 750 KIAA10 NVNINEYKRRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKD . .::: ::: . . : KIAA04 TQQINERKRRLENIDKIAQWQASVLDWEGEDILDRSSELIYTGEMAWIYQPYGRNQQRVF 340 350 360 370 380 390 1315 residues in 1 query sequences 1986190 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:05:36 2008 done: Thu Dec 18 15:05:37 2008 Total Scan time: 0.790 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]