# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg00473s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1020.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1020, 638 aa vs ./tmplib.24314 library 1986867 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2150+/-0.00994; mu= -2.5107+/- 0.676 mean_var=375.1640+/-92.787, 0's: 0 Z-trim: 67 B-trim: 132 in 1/39 Lambda= 0.066216 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 485 60.3 5.3e-10 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 475 59.6 1.3e-09 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 468 58.7 1.7e-09 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 466 58.5 1.8e-09 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 459 57.9 3.3e-09 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 451 56.9 4.4e-09 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 456 57.8 4.8e-09 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 452 57.4 6e-09 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 446 56.6 7.3e-09 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 444 56.4 8e-09 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 444 56.5 9.4e-09 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 442 56.4 1.1e-08 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 440 56.2 1.2e-08 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 436 55.6 1.3e-08 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 431 55.0 1.6e-08 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 432 55.2 1.7e-08 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 433 55.3 1.7e-08 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 431 55.1 1.8e-08 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 431 55.1 1.9e-08 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 427 54.7 2.2e-08 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 430 55.2 2.3e-08 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 427 54.7 2.3e-08 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 425 54.5 2.7e-08 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 427 55.0 3.1e-08 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 419 54.1 4.6e-08 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 406 52.7 8.9e-08 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 407 52.9 9.6e-08 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 402 52.3 1.2e-07 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 399 52.0 1.4e-07 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 402 52.5 1.5e-07 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 404 52.8 1.5e-07 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 393 51.5 2.4e-07 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 397 52.2 2.4e-07 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 392 51.6 2.9e-07 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 383 50.5 4.4e-07 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 376 49.8 6.6e-07 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 377 50.0 6.9e-07 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 373 49.6 8.8e-07 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 373 49.8 1.1e-06 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 365 48.6 1.2e-06 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 356 47.6 1.9e-06 KIAA1572 ( 492 res) fh23424 ( 492) 350 47.3 3.7e-06 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 349 47.4 4.8e-06 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 346 47.1 5.5e-06 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 343 46.8 7.2e-06 KIAA1190 ( 174 res) hg03443a ( 174) 319 43.8 1.5e-05 KIAA1703 ( 1165 res) fj16891 (1165) 333 46.2 1.9e-05 KIAA1782 ( 545 res) aj00273 ( 545) 319 44.4 3e-05 KIAA0760 ( 1224 res) hk04642s1 (1224) 308 43.8 0.0001 KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 299 42.5 0.00011 >>KIAA2007 ( 580 res) fj01689 (580 aa) initn: 1302 init1: 416 opt: 485 Z-score: 271.4 bits: 60.3 E(): 5.3e-10 Smith-Waterman score: 486; 36.818% identity (60.000% similar) in 220 aa overlap (438-635:247-462) 410 420 430 440 450 460 KIAA10 SGPYGEPPYPCKEEEENGKDASEDSAQSGSEGGSGHASAHYMYRQEGYETVSYGDNLYVC : :.: . :. . : .: ::: : : KIAA20 WKECGRGFIHSTDLAVRIQTHRSEKPYKCKECGKGFRYSAYLNIHMGTHT---GDNPYEC 220 230 240 250 260 270 470 480 490 500 KIAA10 IPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEEELF-IKEEG-AYETGS--------------------G :.:.: : ::. : .::: :. . :. : :. ..: : KIAA20 KECGKAFTRSCQLTQHRKTHTGEKPYKCKDCGRAFTVSSCLSQHMKIHVGEKPYECKECG 280 290 300 310 320 330 510 520 530 540 550 560 KIAA10 GAEEEAEDLSAPSAAYTAEPRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGKMF : .. .:. ..::. ::.:..: :.... . : .: . : .:. :. ::: : KIAA20 IAFTRSSQLTEHLKTHTAKD-PFECKICGKSFRNSSCLSDHFRIHTGIKPYKCKDCGKAF 340 350 360 370 380 390 570 580 590 600 610 620 KIAA10 TQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQQR :: . .:.: :.: : .:. : ::: :.:. ::.:: :.:.::::.:: :: :. . 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KIAA18 KAFRQSAHLAQHQRIHTGEKPFACNE------CGKAFSRYAFLVEHQRIHTGE-KPYECK 290 300 310 320 330 540 550 560 570 580 590 KIAA10 VCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGM :.:.... : : ::.. : .:. :: ::: :..: ..: :.: : : ::: :.::: KIAA18 ECNKAFRQSAHLNQHQRIHTGEKPYECNQCGKAFSRRIALTLHQRIHTGEKPFKCSECGK 340 350 360 370 380 390 600 610 620 630 KIAA10 RFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQQRNLISHLRMHTSPS : . .:..:.:.:.::::::: :: : . .: : :.:: KIAA18 TFGYRSHLNQHQRIHTGEKPYECIKCGKFFRTDSQLNRHHRIHTGERPFECSKCGKAFSD 400 410 420 430 440 450 KIAA18 ALVLIHHKRSHAGEKPYECNKCGKAFSCGSYLNQHQRIHTGEKPYECSECGKAFHQILSL 460 470 480 490 500 510 >>KIAA1956 ( 680 res) fk08713 (680 aa) initn: 732 init1: 426 opt: 459 Z-score: 257.2 bits: 57.9 E(): 3.3e-09 Smith-Waterman score: 475; 31.773% identity (56.522% similar) in 299 aa overlap (354-638:394-677) 330 340 350 360 370 KIAA10 TPDEPMDLEGAEDNHLSLLEAPGGQPRKSLRHSTRKKEWGKKEPVAGSPFERR------E : ::.. . : :. : :. . 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