# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh09512.fasta.huge -Q ../query/KIAA1055.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1055, 868 aa vs ./tmplib.24314 library 1986637 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9247+/-0.0055; mu= 1.6131+/- 0.370 mean_var=203.0885+/-49.908, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 48 in 1/39 Lambda= 0.089998 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 516 80.3 1.5e-15 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 476 75.1 5.3e-14 KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 380 62.5 2.1e-10 KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 359 60.0 2.1e-09 KIAA0019 ( 838 res) ha00537 ( 838) 344 57.8 5.8e-09 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 263 47.2 7.4e-06 KIAA0984 ( 728 res) hj07670 ( 728) 257 46.5 1.3e-05 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 249 45.5 2.8e-05 KIAA1171 ( 595 res) hh05501s1 ( 595) 204 39.5 0.0013 KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233) 192 38.3 0.0066 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 482 init1: 200 opt: 516 Z-score: 371.1 bits: 80.3 E(): 1.5e-15 Smith-Waterman score: 516; 33.962% identity (65.660% similar) in 265 aa overlap (591-854:514-771) 570 580 590 600 610 KIAA10 EEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPH :. .:: . : : ..:. :::. 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KIAA11 LKEVTTVWEKMLSTPGRSKIKFDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKFLAEQFHLKHQFPSK 370 380 390 400 410 420 650 660 670 680 690 KIAA10 TEPGH--FQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSW .: .. :: : : .:. : : .:: ::.:.. ..: . : .: :.: :.: KIAA11 QQPKDVPYKELL-KQLTSQQHA---ILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYSL 430 440 450 460 470 700 710 720 730 740 750 KIAA10 RNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRD . ..::::::. .... ::.. .:.:: : .. . : : .. :... . KIAA11 LDQEVGYCQGLSFVAGILLLHMSEEEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLSR 480 490 500 510 520 530 760 770 780 790 800 810 KIAA10 LMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFA :. . :..:.:.... .: . :::..:... .. ...: .. .: .:::. : KIAA11 LLHDYHRDLYNHLEEHEIGPSLYAAPWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVA 540 550 560 570 580 590 820 830 840 850 860 KIAA10 LALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS :.:. .. ::. .. .: ... KIAA11 LSLLGSHKPLILQHENLETIVDFIKSTLPNLGLVQMEKTINQVFEMDIAKQLQAYEVEYH 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348 aa) initn: 340 init1: 282 opt: 359 Z-score: 260.7 bits: 60.0 E(): 2.1e-09 Smith-Waterman score: 370; 21.405% identity (55.719% similar) in 612 aa overlap (245-843:624-1195) 220 230 240 250 260 270 KIAA10 PKDLEESIVQEEKKKLTPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDP :. : : ..:. : . .: .: KIAA06 PENATSSGRFKLDILKNKAKRSLTSSLENIFSRGANRMRGRLGSVDSF-ERSNSLASEKD 600 610 620 630 640 650 280 290 300 310 320 KIAA10 SSEGTSGSGSVSIRKPASEMQL--QVQSQQEELEQLKKDLS----SQKELVRLLQ---QT : : : :. :.: : . .:.. .... . .: : :. . : . : KIAA06 YSPGDSPPGTPPASPPSSAWQTFPEEDSDSPQFRRRAHTFSHPPSSTKRKLNLQDGRAQG 660 670 680 690 700 710 330 340 350 360 370 380 KIAA10 VRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLELLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKS ::: . .::. : .. .... ....... .: : :: . . . .... . KIAA06 VRSPLLRQ--SSSEQCSNL--SSVRRMYKESNSSSSLPSLHTSFSAPSFTAPSFLKSFYQ 720 730 740 750 760 390 400 410 420 430 440 KIAA10 KVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIKLSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKD . :.:. : .:. . .... . :.::: : . : . :. .. :.. KIAA06 NSGRLSPQ----YEN-EIRQDTASESSDGEGR--KRTSSTCSNESLSVGGTSVTPRRISW 770 780 790 800 810 820 450 460 470 480 490 500 KIAA10 NLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRNAERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKT . . . .:: ::.... . .:. . : : . : .:.:. KIAA06 RQRIFLRVASPMNKSP---SAMQQQ-DGLDRNELLPLSPLSPTME--EEPLVIFLSGEDD 830 840 850 860 870 510 520 530 540 550 560 KIAA10 PVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKL : :.. ..: . .: . :.. .: .. : : . .. . .:. . . KIAA06 PEKIEERKKSKE-LRSLWRKAIH-------QQILL---LRMEKENQKLEGASRDELQSR- 880 890 900 910 920 570 580 590 600 610 620 KIAA10 VAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPHEHRSK ::. :: . . . .:: . :.. . . . . :. : ...:.. :.:. .:.. KIAA06 --KVK-LDYEEVGACQ-KEVL--ITWDKKLLNCRAK-IRCDMEDIHTLLKEGVPKSRRGE 930 940 950 960 970 630 640 650 660 670 680 KIAA10 VWKWCV--DRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQ-IELDLLRTLPNNKHYSCP .:.. . : ... .. .: .. : : :: :... : .:: ::.:.. ..: KIAA06 IWQFLALQYRLRHRLPNKQQPPDIS---YKELLKQLTAQQHAILVDLGRTFPTHPYFSVQ 980 990 1000 1010 1020 1030 690 700 710 720 730 740 KIAA10 TSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDY . : .: :.: :.: . ..:::::.. ...: ::.. .:.:: : .. . : KIAA06 LGPGQLSLFNLLKAYSLLDKEVGYCQGISFVAGVLLLHMSEEQAFEMLKFLMYDLGFRKQ 1040 1050 1060 1070 1080 1090 750 760 770 780 790 800 KIAA10 YTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFK : ... :... . :. . :..:.:. ... .: . :::..:... .. . KIAA06 YRPDMMSLQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEENEISPSLYAAPWFLTLFASQFSLGFVAR 1100 1110 1120 1130 1140 1150 810 820 830 840 850 860 KIAA10 IWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTT ..: .. .: .:::. ::.:.. .: :.. .. .: ..:. KIAA06 VFDIIFLQGTEVIFKVALSLLSSQETLIMECESFENIVEFLKNTLPDMNTSEMEKIITQV 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA10 WRKSGWS KIAA06 FEMDISKQLHAYEVEYHVLQDELQESSYSCEDSETLEKLERANSQLKRQNMDLLEKLQVA 1220 1230 1240 1250 1260 1270 >>KIAA0019 ( 838 res) ha00537 (838 aa) initn: 330 init1: 190 opt: 344 Z-score: 252.8 bits: 57.8 E(): 5.8e-09 Smith-Waterman score: 359; 24.148% identity (57.955% similar) in 352 aa overlap (506-849:9-337) 480 490 500 510 520 530 KIAA10 RDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQP :: . :: .: .: .. .. .. . KIAA00 LGQHSDPFPVMNSDQ----DVALKLAQERAEIVAKYDR 10 20 30 540 550 560 570 580 KIAA10 --EQAFVKPHLVSEYDIYG----FRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGV : : ..: ..: .: : . :.. .. :: : :. :. .. : KIAA00 GREGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQKHLEIERTTKWLKMLKG- 40 50 60 70 80 90 590 600 610 620 630 640 KIAA10 KWENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTL ::.: : : ... : ::: . :..:: .. :.:..:. . . KIAA00 -WEKY----KNTE-----KFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLLE--IPKMKEETR--DLYSK 100 110 120 130 650 660 670 680 690 700 KIAA10 LQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGL :.. . .: .::.::. ::. .. . . :.: .:: :.: : ..:::::. KIAA00 LKHRARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYNTEVGYCQGM 140 150 160 170 180 190 710 720 730 740 750 760 KIAA10 NRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVE--VFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRL ....:. :.:...::::: :: . . .... . :. . .... : .: KIAA00 SQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHEKILNKFLSKL 200 210 220 230 240 250 770 780 790 800 810 820 KIAA10 HGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEE . :... .. .. :..::. :.: . . ..::: ...:: .:. .. ...: ... KIAA00 KQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMSYTILKLHKK 260 270 280 290 300 310 830 840 850 860 KIAA10 EILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS ...:: :. . ...: .:. KIAA00 HLMKL----SMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPEPGKEDEY 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1322 ( 702 res) fh13826 (702 aa) initn: 324 init1: 207 opt: 263 Z-score: 197.0 bits: 47.2 E(): 7.4e-06 Smith-Waterman score: 302; 23.362% identity (53.057% similar) in 458 aa overlap (417-842:203-651) 390 400 410 420 430 440 KIAA10 VGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIKLSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDN : : . . : . .: . : ... KIAA13 TELSTTLSVSNEDILDLVVTSSSSAIVTLENDDDPQFTNVTLSSIKETRGLHQQDCVHEA 180 190 200 210 220 230 450 460 470 480 490 500 KIAA10 LQGYKTQ--NKFLNKEILELSALRRNAE-RRERDLMAKYSSLEAKL---CQIESKYLILL .: : . . : : .: : ...:. .. :: : . .: : : .:: . KIAA13 EEGSKLKILGPFSNFFARNLLARKQSARLDKHNDLGWKLFG-KAPLRENAQKDSKRIQKE 240 250 260 270 280 290 510 520 530 540 550 KIAA10 QEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVES---QEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRT-V : :. :. .: ..: .: . :.. . ...: . .:: .. .. : KIAA13 YEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMV 300 310 320 330 340 350 560 570 580 590 600 610 KIAA10 PEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMM-CSPELKNLIRA . ..: :. : .:. .:.. .. . :.: . : : : :: ....: KIAA13 VQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEILP--NWETMWCSRKVRDLWWQ 360 370 380 390 400 620 630 640 650 KIAA10 GIPHEHRSKVWKW---------------CVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKALEKQN-P ::: :.:::. :. : ..... . : . .. . KIAA13 GIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADRE 410 420 430 440 450 460 660 670 680 690 700 710 KIAA10 ASKQ-IELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGI---QKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAV :: . :.::. ::.:: : ..: . :...: :.. ::.:: ::.. ..:: KIAA13 ASLELIKLDISRTFPN----LCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAV 470 480 490 500 510 520 720 730 740 750 760 770 KIAA10 ALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQ-RVFRDLMSEKLPRLHGHFEQY .: :. ::: . .... .. .. : .. .:. .. :.::.: .::.. 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KIAA09 RTVCSGVDTKLKFTLEPSLGQNGFQQWYDALKAVARLSTGIPKEWRRKVWLTLADHYLHS 20 30 40 50 60 70 640 650 660 670 680 690 KIAA10 FKDNTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQK---LRNVL . . . .:. :..:: . .. ..... : . : .:. : :. :: KIAA09 IAIDWD----KTMRFTFNERSNPDDDSMGIQIVKDLHRTGCSSYCGQEAEQDRVVLKRVL 80 90 100 110 120 700 710 720 730 740 750 KIAA10 LAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLE--QEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQV ::.. : .:::::.: :.:. : .: . ::. .. ... .:..:....: . .: KIAA09 LAYARWNKTVGYCQGFNILAALILEVMEGNEGDALKIMIYLIDKVLPESYFVNNLRALSV 130 140 150 160 170 180 760 770 780 790 KIAA10 DQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQ------------YKVDYT-LITFNWFLVVFVDSVVSDI :. :::::. :::.: :.. :. : ..:..:::..:. . .. KIAA09 DMAVFRDLLRMKLPELSQHLDTLQRTANKESGGGYEPPLTNVFTMQWFLTLFATCLPNQT 190 200 210 220 230 240 800 810 820 830 840 850 KIAA10 LFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDA ..::::: ..:: ..:.: .::.. :.: . . ... . .:. .:. KIAA09 VLKIWDSVFFEGSEIILRVSLAIWAKLGEQIECCETADEFYSTMGRLTQEMLENDLLQSH 250 260 270 280 290 300 860 KIAA10 PTTWRKSGWS KIAA09 ELMQTVYSMAPFPFPQLAELREKYTYNITPFPATVKPTSVSGRHSKARDSDEENDPDDED 310 320 330 340 350 360 >>KIAA0608 ( 775 res) hh00889b (775 aa) initn: 248 init1: 211 opt: 249 Z-score: 186.6 bits: 45.5 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 283; 24.090% identity (54.342% similar) in 357 aa overlap (520-853:396-734) 490 500 510 520 530 540 KIAA10 CQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQPEQAFVKPHLVSEYD : .::: . .. :.:. . . ::: KIAA06 EYEARTGRTCKPPPQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQ---EYD 370 380 390 400 410 420 550 560 570 580 590 600 KIAA10 IYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE- . : : ..: :. : .: . :.. .:. : : : . : :.: : . KIAA06 ----EMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILP--NWEVMRSTRR 430 440 450 460 470 610 620 630 640 650 660 KIAA10 LKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQ----- ...: :.: :.:::. : . : : .. .:..: :. . :. 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