# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh11838.fasta.huge -Q ../query/KIAA1057.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1057, 977 aa vs ./tmplib.24314 library 1986528 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6039+/-0.00506; mu= 19.6517+/- 0.345 mean_var=94.3133+/-22.591, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.132065 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0570 ( 3412 res) hk03615s2 (3412) 582 122.5 9e-28 KIAA1453 ( 1123 res) fh14729 (1123) 234 55.6 4.2e-08 KIAA0055 ( 1120 res) ha01049 (1120) 230 54.8 7e-08 KIAA1891 ( 780 res) fk02783 ( 780) 186 46.2 1.9e-05 KIAA1003 ( 917 res) hk09911 ( 917) 166 42.5 0.00029 KIAA1063 ( 593 res) hj04848 ( 593) 163 41.7 0.00033 KIAA1097 ( 980 res) hk07058 ( 980) 159 41.2 0.00077 KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371) 159 41.4 0.00094 KIAA0529 ( 952 res) hg02898s1 ( 952) 149 39.3 0.0028 KIAA1372 ( 773 res) fj03335 ( 773) 146 38.6 0.0037 KIAA1203 ( 727 res) fg03361 ( 727) 142 37.8 0.006 KIAA1515 ( 757 res) fh04655(revised) ( 757) 139 37.3 0.0092 >>KIAA0570 ( 3412 res) hk03615s2 (3412 aa) initn: 696 init1: 276 opt: 582 Z-score: 590.5 bits: 122.5 E(): 9e-28 Smith-Waterman score: 838; 26.039% identity (57.479% similar) in 722 aa overlap (1-693:1717-2360) 10 20 30 KIAA10 LADSSPSNLQIIIKELLSMHHQPDPALTKE .. .: : ..: . ....: : . 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