# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk06736.fasta.nr -Q ../query/KIAA1095.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1095, 1098 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7813977 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4629+/-0.000194; mu= 13.7219+/- 0.011 mean_var=97.1142+/-18.858, 0's: 28 Z-trim: 89 B-trim: 372 in 1/66 Lambda= 0.130147 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109035960|ref|XP_001098466.1| PREDICTED: simila (1332) 7306 1383.1 0 gi|62288903|sp|Q9UPQ7.2|PZRN3_HUMAN RecName: Full= (1066) 7161 1355.8 0 gi|187956215|gb|AAI50624.1| PDZ domain containing (1066) 7157 1355.1 0 gi|114587889|ref|XP_516586.2| PREDICTED: PDZ domai (1066) 7146 1353.0 0 gi|62288902|sp|Q69ZS0.2|PZRN3_MOUSE RecName: Full= (1063) 6770 1282.4 0 gi|6651019|gb|AAF22131.1|AF127084_1 semaphorin cyt (1063) 6750 1278.7 0 gi|109472413|ref|XP_232226.4| PREDICTED: similar t (1063) 6744 1277.5 0 gi|62288872|sp|P68907.1|PZRN3_RAT RecName: Full=PD (1062) 6730 1274.9 0 gi|148666965|gb|EDK99381.1| PDZ domain containing ( 934) 5853 1110.2 0 gi|149036835|gb|EDL91453.1| rCG56094 [Rattus norve ( 934) 5833 1106.4 0 gi|6651021|gb|AAF22132.1|AF127085_1 semaphorin cyt (1011) 5817 1103.5 0 gi|194221132|ref|XP_001493669.2| PREDICTED: PDZ do (1013) 5624 1067.2 0 gi|74226269|dbj|BAE25317.1| unnamed protein produc ( 864) 5346 1015.0 0 gi|221045938|dbj|BAH14646.1| unnamed protein produ ( 783) 5044 958.2 0 gi|119585936|gb|EAW65532.1| PDZ domain containing ( 783) 5039 957.3 0 gi|221042624|dbj|BAH12989.1| unnamed protein produ ( 788) 5035 956.5 0 gi|221045876|dbj|BAH14615.1| unnamed protein produ ( 788) 5029 955.4 0 gi|221042776|dbj|BAH13065.1| unnamed protein produ ( 783) 5023 954.3 0 gi|119585935|gb|EAW65531.1| PDZ domain containing ( 723) 4802 912.7 0 gi|50417458|gb|AAH77302.1| Pdzrn3 protein [Xenopus (1029) 4190 798.0 0 gi|16307563|gb|AAH10329.1| Pdzrn3 protein [Mus mus ( 654) 4035 768.7 0 gi|125819152|ref|XP_001344551.1| PREDICTED: simila (1053) 4008 763.8 0 gi|7018547|emb|CAB75679.1| hypothetical protein [H ( 480) 3184 608.8 2.3e-171 gi|125819138|ref|XP_691846.2| PREDICTED: similar t ( 771) 2509 482.2 4.5e-133 gi|47227365|emb|CAF96914.1| unnamed protein produc ( 808) 2497 480.0 2.2e-132 gi|118082331|ref|XP_416030.2| PREDICTED: similar t (1145) 2477 476.4 3.9e-131 gi|119919878|ref|XP_580564.3| PREDICTED: similar t ( 775) 2468 474.5 9.5e-131 gi|109096171|ref|XP_001089369.1| PREDICTED: PDZ do (1035) 2375 457.2 2.1e-125 gi|116242741|sp|Q6ZMN7.3|PZRN4_HUMAN RecName: Full (1036) 2366 455.5 6.8e-125 gi|114645292|ref|XP_001167876.1| PREDICTED: PDZ do (1036) 2350 452.5 5.4e-124 gi|194667124|ref|XP_001789576.1| PREDICTED: simila (1037) 2237 431.3 1.3e-117 gi|194377588|dbj|BAG57742.1| unnamed protein produ ( 837) 2212 426.5 3e-116 gi|73997153|ref|XP_543731.2| PREDICTED: similar to ( 899) 2183 421.1 1.4e-114 gi|217418261|gb|ACK44265.1| PDZD4 protein (predict ( 760) 2179 420.3 2e-114 gi|15680171|gb|AAH14432.1| PDZRN3 protein [Homo sa ( 360) 2123 409.4 1.7e-111 gi|170649622|gb|ACB21209.1| PDZ domain containing ( 775) 2112 407.7 1.3e-110 gi|109658854|gb|AAI17278.1| PDZD4 protein [Homo sa ( 775) 2108 406.9 2.1e-110 gi|149267088|ref|XP_001481352.1| PREDICTED: simila (1016) 2031 392.6 5.8e-106 gi|149266793|ref|XP_997312.2| PREDICTED: similar t (1016) 2031 392.6 5.8e-106 gi|47077612|dbj|BAD18688.1| unnamed protein produc ( 776) 1973 381.6 9e-103 gi|62739733|gb|AAH93744.1| PDZ domain containing r ( 778) 1969 380.8 1.5e-102 gi|114645296|ref|XP_522356.2| PREDICTED: PDZ domai ( 778) 1968 380.6 1.7e-102 gi|194377456|dbj|BAG57676.1| unnamed protein produ ( 778) 1967 380.5 2e-102 gi|114645294|ref|XP_001167906.1| PREDICTED: hypoth ( 776) 1964 379.9 2.9e-102 gi|114645298|ref|XP_001167931.1| PREDICTED: PDZ do ( 773) 1961 379.3 4.3e-102 gi|119578233|gb|EAW57829.1| PDZ domain containing ( 778) 1961 379.3 4.3e-102 gi|119578232|gb|EAW57828.1| PDZ domain containing ( 776) 1957 378.6 7.2e-102 gi|194211845|ref|XP_001914717.1| PREDICTED: PDZ do ( 778) 1953 377.8 1.2e-101 gi|109096173|ref|XP_001089602.1| PREDICTED: PDZ do ( 777) 1952 377.6 1.4e-101 gi|109096175|ref|XP_001089479.1| PREDICTED: PDZ do ( 775) 1948 376.9 2.3e-101 >>gi|109035960|ref|XP_001098466.1| PREDICTED: similar to (1332 aa) initn: 7316 init1: 4469 opt: 7306 Z-score: 7410.0 bits: 1383.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 7306; 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