# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03040mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1107.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1107, 1278 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823506 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7364+/-0.000192; mu= 11.6365+/- 0.011 mean_var=100.4866+/-19.106, 0's: 33 Z-trim: 54 B-trim: 178 in 1/67 Lambda= 0.127944 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119593507|gb|EAW73101.1| hCG22893 [Homo sapiens (1279) 8351 1553.2 0 gi|197245440|ref|NP_056052.2| hypothetical protein (1354) 8344 1551.9 0 gi|194379628|dbj|BAG63780.1| unnamed protein produ (1138) 7415 1380.4 0 gi|57088243|ref|XP_537078.1| PREDICTED: hypothetic (1247) 6343 1182.6 0 gi|126305875|ref|XP_001377014.1| PREDICTED: simila (1433) 4381 820.5 0 gi|194687536|ref|XP_001787587.1| PREDICTED: simila ( 818) 4182 783.5 0 gi|149642382|ref|XP_001507357.1| PREDICTED: simila (1462) 3033 571.6 1.2e-159 gi|109499400|ref|XP_001072842.1| PREDICTED: simila (1389) 2829 534.0 2.5e-148 gi|109500239|ref|XP_001061679.1| PREDICTED: simila (1694) 2829 534.0 2.9e-148 gi|148688215|gb|EDL20162.1| mCG19133, isoform CRA_ (1087) 2215 420.5 2.8e-114 gi|148688216|gb|EDL20163.1| mCG19133, isoform CRA_ (1088) 2209 419.4 5.9e-114 gi|149028630|gb|EDL83971.1| rCG57190 [Rattus norve (1086) 2043 388.8 9.9e-105 gi|149028631|gb|EDL83972.1| rCG57195, isoform CRA_ ( 759) 2011 382.7 4.6e-103 gi|148688213|gb|EDL20160.1| RIKEN cDNA 1700028K03, ( 564) 1968 374.7 9e-101 gi|9929933|dbj|BAB12123.1| hypothetical protein [M ( 304) 1864 355.3 3.5e-95 gi|26335777|dbj|BAC31589.1| unnamed protein produc ( 969) 1849 352.9 5.5e-94 gi|26335855|dbj|BAC31628.1| unnamed protein produc ( 340) 1092 212.8 3e-52 gi|74353422|gb|AAI03738.1| MGC115245 protein [Xeno (1643) 1091 213.2 1.1e-51 gi|14388542|dbj|BAB60792.1| hypothetical protein [ ( 143) 911 179.1 1.8e-42 gi|26331086|dbj|BAC29273.1| unnamed protein produc ( 148) 765 152.1 2.4e-34 gi|47218874|emb|CAG05640.1| unnamed protein produc ( 977) 751 150.3 5.7e-33 gi|189545720|ref|XP_685802.3| PREDICTED: similar t (1447) 692 139.5 1.4e-29 gi|74143976|dbj|BAE41288.1| unnamed protein produc ( 443) 620 125.8 6e-26 gi|74216700|dbj|BAE37768.1| unnamed protein produc ( 656) 616 125.2 1.3e-25 gi|2444224|gb|AAC28132.1| unknown [Homo sapiens] ( 94) 509 104.7 2.9e-20 gi|26339134|dbj|BAC33238.1| unnamed protein produc ( 164) 500 103.3 1.4e-19 gi|116102027|gb|ABJ67170.1| Subtilisin-like serine (2334) 407 87.1 1.4e-13 gi|162077114|gb|ABX82461.1| dentin sialophosphopro ( 769) 298 66.6 7.1e-08 gi|162077126|gb|ABX82467.1| dentin sialophosphopro ( 757) 295 66.0 1e-07 gi|162077112|gb|ABX82460.1| dentin sialophosphopro ( 763) 291 65.3 1.7e-07 gi|222422294|emb|CAL29108.1| truncated protein, si (1165) 290 65.2 2.7e-07 gi|162077120|gb|ABX82464.1| dentin sialophosphopro ( 767) 286 64.3 3.3e-07 gi|209558045|gb|EEA08090.1| RNA recognition motif. (1078) 284 64.1 5.4e-07 gi|162077116|gb|ABX82462.1| dentin sialophosphopro ( 778) 280 63.2 7.1e-07 gi|17865460|sp|P97399.2|DSPP_MOUSE RecName: Full=D ( 934) 281 63.5 7.2e-07 gi|162077106|gb|ABX82457.1| dentin sialophosphopro ( 763) 279 63.1 8e-07 gi|5359724|gb|AAD42781.1|AF135799_1 dentin matrix ( 932) 275 62.4 1.5e-06 gi|119626398|gb|EAX05993.1| dentin sialophosphopro (1259) 276 62.7 1.7e-06 gi|162077110|gb|ABX82459.1| dentin sialophosphopro ( 768) 271 61.6 2.2e-06 gi|162077118|gb|ABX82463.1| dentin sialophosphopro ( 772) 271 61.6 2.2e-06 gi|162077096|gb|ABX82452.1| dentin sialophosphopro ( 772) 268 61.0 3.3e-06 gi|162077090|gb|ABX82449.1| dentin sialophosphopro ( 771) 265 60.5 4.8e-06 gi|121904759|gb|EAY09700.1| hypothetical protein T (3352) 273 62.5 5.1e-06 gi|162077094|gb|ABX82451.1| dentin sialophosphopro ( 772) 264 60.3 5.5e-06 gi|111120322|ref|NP_034210.2| dentin sialophosphop ( 945) 265 60.5 5.6e-06 gi|120537278|gb|AAI29803.1| Dspp protein [Mus musc ( 958) 265 60.6 5.7e-06 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99.922% identity (100.000% similar) in 1278 aa overlap (1-1278:77-1354) 10 20 30 KIAA11 STDDQQKIQAAAFDKGDDRRLGKKPIFSSS :::::::::::::::::::::::::::::: gi|197 CKIQALRDKLWIFLVQSFYAVRHTESWKLMSTDDQQKIQAAAFDKGDDRRLGKKPIFSSS 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 KIAA11 QQRKQVSDSGDIKIKSWRGNNKKECWSYLSTNKKMKSDGLGASGHSSSTNRNSINKTLKQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|197 QQRKQVSDSGDIKIKSWRGNNKKECWSYLSTNKKMKSDGLGASGHSSSTNRNSINKTLKQ 110 120 130 140 150 160 100 110 120 130 140 150 KIAA11 DDVKEKDGTKIASKITKELKTGGKNVSGKPKTVTKSKTENGDKARLENMSPRQVVERSAT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|197 DDVKEKDGTKIASKITKELKTGGKNVSGKPKTVTKSKTENGDKARLENMSPRQVVERSAT 170 180 190 200 210 220 160 170 180 190 200 210 KIAA11 AAAAATGQKNLLNGKGVRNQEGQISGARPKVLTGNLNVQAKAKPLKKATGKDSPCLSIAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|197 AAAAATGQKNLLNGKGVRNQEGQISGARPKVLTGNLNVQAKAKPLKKATGKDSPCLSIAG 230 240 250 260 270 280 220 230 240 250 260 270 KIAA11 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.:.:. :. : :.: : ...::. :.:: :.: gi|126 --DSADAMCL--LNKKLNIESKKDTSVGLSEKINTTFNPAPNENKSESFVDGLINTSQLH 770 780 790 800 810 820 670 680 690 700 710 720 KIAA11 DESAMDEDKHATADSDVSSKCFSGQLSEKNSPKNMETSESPESHETPETPFVGHWNLSTG :: .. :.:: . ::::.::: .:. :.::::. . .:.:::::. : :::::::: :. gi|126 DECSVKESKHIGSKSDVSNKCFLSQVPERNSPKDANPTETPESHENLEPPFVGHWNLITS 830 840 850 860 870 880 730 740 750 760 770 780 KIAA11 VLHQRESPESDTGSATTSSDDIKPRSEDYDAGGSQDDDGSNDRGISKCGTMLCHDFLGRS .:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::.:::::::: gi|126 NIHQGESPESDTGSATTSSDDIKPRSEDYDAGGSQDDDGSNERGISKCSTMICHDFLGRS 890 900 910 920 930 940 790 800 810 820 830 840 KIAA11 SSDTSTPEELKIYDSNLRIEVKMKKQSNNDLFQVNSTSDDEIPRKRPEIWSRSAIV--HS :::::::::::::::.::::::.:::.:.:..::::::::::::..:: :..... : gi|126 SSDTSTPEELKIYDSSLRIEVKVKKQNNSDILQVNSTSDDEIPREKPETLSQQGMTIDHV 950 960 970 980 990 1000 850 860 870 880 890 900 KIAA11 RERENIPRGSVQFAQEIDQVSSSADETEDERSEAENVAENFSISNPAPQQFQGIINLAFE .:.:..:::.. : :: .::::::::::::::::::.::. :. .:: 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..: . : .:::.:::.:.: : :. ..: . : ...: :: : :::.: gi|109 RKAALPSVPAGMSGTLKSAQDDRKLPFHREELSAQGHLPHDCATEDSKCATPTSAVSSRC 750 760 770 780 790 800 690 700 710 720 730 740 KIAA11 FSGQLSEKNSPKNMETSESPESHETPETPFVGHWNLSTGVLHQRESPESDTGSATTSSDD . :: :::. ::::.: . ::::.::.::.: :.:.:.. ::::::::::::::::::: gi|109 LLGQPSEKGY-KNMEASGTSESHEAPEAPFMGPWDLNTSATHQRESPESDTGSATTSSDD 810 820 830 840 850 750 760 770 780 790 800 KIAA11 IKPRSEDYDAGGSQDDDGSNDRGISKCGTMLCHDFLGRSSSDTSTPEELKIYDSNLRIEV ::::::::::::::::.::.:::.:::.: ::::::::::::::::::::.....:: :: gi|109 IKPRSEDYDAGGSQDDEGSHDRGVSKCSTALCHDFLGRSSSDTSTPEELKVHEGDLRTEV 860 870 880 890 900 910 810 820 830 840 850 860 KIAA11 KMKKQSNNDLFQVNSTSDDEIPRKRPEIWSRSAIVHSRERENIPRGSVQFAQEIDQVSSS ...: ...:: ..:.:::: :::.:. ::::.::: ::. . ::::: :::.:::::: gi|109 RVRKPGGGDL-PLHSASDDETPRKKPDPWSRSTIVHPREKGSAPRGSVPSAQEVDQVSSS 920 930 940 950 960 970 870 880 890 900 910 920 KIAA11 ADETEDERSEAENVAENFSISNPAPQQFQGIINLAFEDATENECREFSANKKFKRSVLLS :::::::::::::: :. : :: . :. ::::::::::.::.: :::::.:::.:::::: gi|109 ADETEDERSEAENVREHSSPSNSGTQHVQGIINLAFEDGTEHESREFSATKKFRRSVLLS 980 990 1000 1010 1020 1030 930 940 950 960 970 980 KIAA11 VDECEELGSDEGEVHTPFQASVDSFSPSDVFDGISHEHHGRTCYSRFSRESEDNILECKQ ::::::.:::::: :::.: :.::.::::::::.:.:::::: :::: .:.: . : : gi|109 VDECEEVGSDEGEGHTPLQPSLDSLSPSDVFDGVSYEHHGRTGYSRFFKENEATTAEHKY 1040 1050 1060 1070 1080 1090 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA11 NKGNSVCKNESTVLDLSSIDSSRKNKQSVSATEKKNTIDVLSSRSRQLLREDKKVNNGSN ..::. :::. .:. : : :..:: ::. :: . .:: . :.: . :.: ... . gi|109 SRGNDGHKNEGFLLSPRSRDFPRQGKQCVSTGEK-TRLDVPPKASQQPFPESKDMTSKRE 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA11 VENDIQQRSKFLDSDVKSQERPCHLDLHQREPNSDIPKNSSTKSLDSFRSQVLPQEGPVK : . .::.. . :.:..::::::::.::::::.: ::: ::..:::: ::::::.: : gi|109 VAHGLQQHGTLTDGDTRSQERPCHLELHQREPSSTIPKISSARSLDSCPSQVLPQDGQVT 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA11 ESHSTTTEKANIALSAGDIDDCDTLAQTRMYDHRPSKTLSPIYEMDVIEAFEQKVESETH .: : ..:: :. .::::::::.::: :::::::::::::.::.. : ::: :: :: gi|109 ATHPTPPKRANNAVFSGDIDDCDTMAQTTMYDHRPSKTLSPIHEMSLTAACEQKEESGTH 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA11 VTDMDFEDDQHFAKQDWTLLKQLLSEQDSNLDVTNSVPEDLSLAQYLINQTLLLARDSSK :.: ::.: :::::::::::::::::.::.::.:.::::::::::::::::::::::: gi|109 VADRASEDEQPFAKQDWTLLKQLLSEQDANLNVTSSLPEDLSLAQYLINQTLLLARDSSK 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA11 PQGITHIDTLNRWSELTSPLDS-SASITMASFSSEDCSPQGEWTILELETQH ::: .: :: ::::::.::::. .:: : .: :: ::::::::::::::::: gi|109 PQGSAHADTWNRWSELSSPLDDLTASATTVSVSSTDCSPQGEWTILELETQH 1340 1350 1360 1370 1380 >>gi|109500239|ref|XP_001061679.1| PREDICTED: similar to (1694 aa) initn: 2797 init1: 975 opt: 2829 Z-score: 2818.0 bits: 534.0 E(): 2.9e-148 Smith-Waterman score: 4577; 58.970% identity (79.251% similar) in 1282 aa overlap (3-1278:461-1694) 10 20 30 KIAA11 STDDQQKIQAAAFDKGDDRRLGKKPIFSSSQQ ::::::::::.:::::::::.::..::::: gi|109 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