# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04831bmrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1110.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1110, 740 aa vs ./tmplib.24314 library 1986765 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2012+/-0.0104; mu= -19.1377+/- 0.706 mean_var=437.8475+/-104.626, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061293 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0522 ( 1555 res) hg01393 (1555) 1763 170.6 1e-42 KIAA0763 ( 843 res) hk04726 ( 843) 1335 132.6 1.6e-31 KIAA0248 ( 1880 res) ha02775s1 (1880) 467 56.1 3.7e-08 KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091) 318 42.7 0.00023 KIAA0942 ( 537 res) hh04979s1 ( 537) 304 41.2 0.00031 >>KIAA0522 ( 1555 res) hg01393 (1555 aa) initn: 1769 init1: 1696 opt: 1763 Z-score: 858.8 bits: 170.6 E(): 1e-42 Smith-Waterman score: 1803; 44.032% identity (64.987% similar) in 754 aa overlap (4-723:626-1359) 10 20 30 KIAA11 AAGPPGLEAEGRAPESAGPGPGGDAAETPGLPP : : . .: :.. ::: . : KIAA05 PERLPSTEPPPQGRPEFWAPAPLPPVPPPVPSGTREDGSREEGTRRGPGCLECRDFRLRA 600 610 620 630 640 650 40 50 60 70 80 90 KIAA11 AHSGTLMMAF-RDVTVQIANQNI--SVSSSTALSVANCLGAQTVQAPAEPAAGKAEQGET :: : . : .:...... :: . . . .: :.. . : :.: . KIAA05 AHLPLLTIEPPSDSSVDLSDRSDRGSVHRQLVYEADGCSPHGTLKHKGPP--GRAPIPHR 660 670 680 690 700 710 100 110 120 130 140 150 KIAA11 SGREAPEAPAVGREDASAEDSCAEAGASGAADGATAPKTEEEEEEEETAEVGRGAEAEAG :::.:: . . .: ::.: : : : : ....: KIAA05 H-YPAPEGPAPAPPGPLPPAPNSGTGPSGVAGGRRLGKCEAA-----------GENSDGG 720 730 740 750 760 160 170 180 190 200 KIAA11 DLEQLSSSSTSTKSAKSGSEASASASKDALQ---AMILSLPRYHCENPASCKSPTLSTDT : :.: :::.:... . .:.:.:.:.:. : : :. :. : ::....:. KIAA05 DNESLESSSNSNETINC---SSGSSSRDSLREPPATGLCKQTYQRETRHSWDSPAFNNDV 770 780 790 800 810 210 220 230 240 250 260 KIAA11 LRKRLYRIGLNLFNINPDKGIQFLISRGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSK ...: ::::::::: .:.::::.:: :::. :::.:::::.:.::::::::::::::: . KIAA05 VQRRHYRIGLNLFNKKPEKGIQYLIERGFLSDTPVGVAHFILERKGLSRQMIGEFLGNRQ 820 830 840 850 860 870 270 280 290 300 310 320 KIAA11 KQFNRDVLDCVVDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCMCNPEV ::::::::::::::::::::.::.::::::.:::::::::::::::::::::::.::: . 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KIAA07 DDLRESIAEVQEMEKHRIESELEKQKGVVRPSMSQCSSL---KKESGNGTLSR-ACLDDS 740 750 760 770 780 790 590 600 610 620 630 640 KIAA11 PAESTVEVSIHNRLQTSQHNSGLGAERGAPVPPPDLQPSPPRQQTPPLPPPPPTPPGTLV : . : .. :..: .. . ...:: .:. . : :: : KIAA07 YASG--EGLKRSALSSSLRDLSEAGKRGRRSSAGSLESNVEFQPFEPLQPSVLCS 800 810 820 830 840 650 660 670 680 690 700 KIAA11 QCQQIVKVIVLDKPCLARMEPLLSQALSCYTSSSSDSCGSTPLGGPGSPVKVTHQPPLPP >>KIAA0248 ( 1880 res) ha02775s1 (1880 aa) initn: 342 init1: 154 opt: 467 Z-score: 238.4 bits: 56.1 E(): 3.7e-08 Smith-Waterman score: 467; 32.982% identity (63.158% similar) in 285 aa overlap (129-407:640-915) 100 110 120 130 140 150 KIAA11 PAVGREDASAEDSCAEAGASGAADGATAPKTEEEEEEEETAEVGR--GAEAEAGDLEQLS :.: . :.:: :. : .. :. . KIAA02 EAHCQAKVLNSLTQQEKKETARPSCEIVDGTREASNTERTASDGKAVGMASDIPGLHLPG 610 620 630 640 650 660 160 170 180 190 200 210 KIAA11 SSSTSTKSAKSG-SEASASASKDALQAMILSLPRYHCENPASCKSPTLSTDTLRKRLYRI .. . .::: :. .... : . . . ::. : : . ... .:.: KIAA02 GGRLPPEHGKSGCSDLEEAVDSGADKKFARKPPRFSCLLPDPRELIEIKN---KKKLLIT 670 680 690 700 710 720 220 230 240 250 260 270 KIAA11 GLNLFNINPDKGIQFLISRGF--IPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRD : . :: .: :::::: .:. :: ::..: . :...:::::... : : : KIAA02 GTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLLTIPMDNTEVAQWLRENPRLDKKMIGEFVSDRK---NID 730 740 750 760 770 780 280 290 300 310 320 330 KIAA11 VLDCVVDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFHN .:. :. ..:....:::::: . .:. ::: ..::.:::..:. :: . : : KIAA02 LLESFVSTFSFQGLRLDEALRLYLEAFRLPGEAPVIQRLLEAFTERWMNCNG---SPFAN 790 800 810 820 830 840 340 350 360 370 380 390 KIAA11 PDTIFILAFAIILLNTDMYSPNI-KPDRKMMLEDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERI :. : ::.:.:.::::... :. : . : ::.: .::.::. : :. .... .:. : KIAA02 SDACFSLAYAVIMLNTDQHNHNVRKQNAPMTLEEFRKNLKGVNGGKDFEQDILEDMYHAI 850 860 870 880 890 900 400 410 420 430 440 450 KIAA11 QQKELKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSVPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAAHQRE ...:. :... : KIAA02 KNEEIVMPEEQTGLVRENYVWNVLLHRGATPEGIFLRVPTASYDLDLFTMTWGPTIAALS 910 920 930 940 950 960 >>KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091 aa) initn: 238 init1: 137 opt: 318 Z-score: 170.3 bits: 42.7 E(): 0.00023 Smith-Waterman score: 348; 28.500% identity (51.500% similar) in 400 aa overlap (9-398:438-776) 10 20 30 KIAA11 AAGPPGLEAEGRAPESAGPGPGGDAAETPGLPPAHSG- .:: : : : . . :: :. .: KIAA20 PHPSLGSGNEDEDDDEAGGEEDVDDEVFEASEGARPGSRMPLKS-PVPFLPGTSPSADGP 410 420 430 440 450 460 40 50 60 70 80 90 KIAA11 -TLMMAFRDVTVQIANQNISVSSSTALSVANCLGAQTVQAPAEPAAGKAEQGETSGREAP .. .:. . . .. . .: :.:. ...: : :. :. : : KIAA20 DSFSCVFEAI---LESHRAKGTSYTSLA--------SLEALASPGP---TQSPFFTFELP 470 480 490 500 510 100 110 120 130 140 150 KIAA11 EAPAVGREDASAEDSCA----EAGASGAADGATAPKTEEEEEEEETAEVGRGAEAEAGDL : . : : : : ..:.:.:::: . . :::: : . :... : : . 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KIAA20 S---SEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNI--GKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKAL 720 730 740 750 760 390 400 410 420 430 440 KIAA11 YERIQQKELKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSVPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAA : :....:. KIAA20 YSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYK 770 780 790 800 810 820 >>KIAA0942 ( 537 res) hh04979s1 (537 aa) initn: 280 init1: 139 opt: 304 Z-score: 167.8 bits: 41.2 E(): 0.00031 Smith-Waterman score: 304; 34.194% identity (71.613% similar) in 155 aa overlap (244-398:78-226) 220 230 240 250 260 270 KIAA11 RIGLNLFNINPDKGIQFLISRGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRD .:. : : ..:. ... ::... .:.. KIAA09 SEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNN-EFSKL 50 60 70 80 90 100 280 290 300 310 320 330 KIAA11 VLDCVVDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGEAQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFHN : . . .::..: ::..:: : . . ::.:. ::.. ::.:: .:::... . 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