# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04651s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1111.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1111, 1084 aa vs ./tmplib.24314 library 1986421 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3341+/-0.00802; mu= 15.0364+/- 0.545 mean_var=232.7353+/-54.890, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 24 in 1/39 Lambda= 0.084070 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0662 ( 1114 res) hk01953s1 (1114) 1863 239.8 1.6e-63 KIAA1004 ( 1163 res) hj01244 (1163) 643 91.8 5.8e-19 KIAA0333 ( 1223 res) pf04993 (1223) 215 40.0 0.0025 >>KIAA0662 ( 1114 res) hk01953s1 (1114 aa) initn: 2804 init1: 1659 opt: 1863 Z-score: 1232.2 bits: 239.8 E(): 1.6e-63 Smith-Waterman score: 2977; 46.229% identity (68.855% similar) in 1127 aa overlap (53-1084:6-1114) 30 40 50 60 70 80 KIAA11 CSMNRSRAIVQRGRVLPPPAPLDTTNLAGRRTLQGRAKMASVPVYCLCRLPYDVTRFMIE :. :..::.:::::.::::::::: KIAA06 TSSRSRAAARRGNMATVPVYCVCRLPYDVTRPRAA 10 20 30 90 100 110 120 130 KIAA11 CDMCQDWFHGSCVGVEEEKAADIDLYHCPNCEVLHGPSIMKKRRGSSKGHDTHKG---KP . . . : :::.::::::: :: : .::.: : : .. :: KIAA06 RPPARPGPTRAAQRRGRATAPDIDIYHCPNCEKTHGKSTLKKKRTWHK-HGPGQAPDVKP 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 KIAA11 VKTGSPTFVRELRSRTFDSSDEVILKPTGNQLTVEFLEENSFSVPILVLKKDGLGMTLPS :..:: :..::::::: ...:. . :.:::. ..::..:. :::: ::::::...:. KIAA06 VQNGSQLFIKELRSRTFPRAEDVVARVPGSQLTLGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAVPA 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 KIAA11 PSFTVRDVEHYVGSDKEIDVIDVTRQADCKMKLGDFVKYYYSGKREKVLNVISLEFSDTR :.: : :::.::: .. .:: :::.: :::::: .:: :::: .:..:::: .::::::: KIAA06 PTFYVSDVENYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKLKEFVDYYYSTNRKRVLNVTNLEFSDTR 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 KIAA11 LSNLVETPKIVRKLSWVENLWPEECVFERPNVQKYCLMSVRDSYTDFHIDFGGTSVWYHV .:..:: : ::.::::::: ::.. .. .:.: ::::. :.::::::::: ::.:.:::: KIAA06 MSSFVEPPDIVKKLSWVENYWPDDALLAKPKVTKYCLICVKDSYTDFHIDSGGASAWYHV 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 KIAA11 LKGEKIFYLIRPTNANLTLFECWSSSSNQNEMFFGDQVDKCYKCSVKQGQTLFIPTGWIH ::::: ::::::..::..:.: : :.::..::::.::::::::: ::::::::::.:::. KIAA06 LKGEKTFYLIRPASANISLYERWRSASNHSEMFFADQVDKCYKCIVKQGQTLFIPSGWIY 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 KIAA11 AVLTPVDCLAFGGNFLHSLNIEMQLKAYEIEKRLSTADLFRFPNFETICWYVGKHILDIF :.:::::::::.:.:::::..:::..:::.:.::. ..: .:::::: :::.:::.:. : KIAA06 ATLTPVDCLAFAGHFLHSLSVEMQMRAYEVERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLEAF 340 350 360 370 380 390 440 450 460 470 480 490 KIAA11 RGLRENRRHPASYLVHGGKALNLAFRAWTRKEALPDHEDEIPETVRTVQLIKDLAREIRL .: ... .. .::.:.: :: :::.::.:.:: .::::.:: . :::::::.:::: KIAA06 KGSHKSGKQLPPHLVQGAKILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHFKPSQLIKDLAKEIRL 400 410 420 430 440 450 500 510 520 530 540 KIAA11 VEDIFQ------QNVGKTSNIFGLQRI--FPAGSIPLTRP-------AHSTSVSMSRLSL :. . ..:...... .: : . : : : ... . . .. KIAA06 SENASKAVRPEVNTVASSDEVCDGDREKEEPPSPIEATPPQSLLEKVSKKKTPKTVKMPK 460 470 480 490 500 510 550 560 570 580 590 KIAA11 PSKNGSKKKGLKP----KELFKK--AERKGKESSALGPAGQLSYNLMDTYSHQAL----- ::: . : :: : : : ...:::.: . . .:.......:: KIAA06 PSKIPKPPKPPKPPRPPKTLKLKDGGKKKGKKSRESASPTIPNLDLLEAHTKEALTKMEP 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 KIAA11 -KTGSFQKAKFNITGACLNDSDDDSPDLDLD-------------GNESPLALLMSNGSTK : :. :. ... . . ..: :.. : .: .:: . : KIAA06 PKKGKATKSVLSVPNKDVVHMQNDVERLEIREQTKSKSEAKWKYKNSKPDSLLKMEEEQK 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 KIAA11 RVKS-LSKSRRTKIAKKVDKARLMAEQVME-----------------------DEFDLDS :: :. .. .:.. . .. .:.. .... ::.. : KIAA06 LEKSPLAGNKDNKFSFSFSNKKLLGSKALRPPTSPGVFGALQNFKEDKPKPVRDEYEYVS 640 650 660 670 680 690 680 690 700 710 720 730 KIAA11 DD-ELQIDERLGKEKATLIIRPKFPRKLPRAKPCSDPNRVREPGEVEFDIEEDYTTDE-- :: ::.::: ..: . :: .. : :. : .: . : ..:: KIAA06 DDGELKIDEFPIRRKKNA---PKRDLSFLLDKKAVLPTPVTKPKLDSAAYKSDDSSDEGS 700 710 720 730 740 750 740 750 760 770 780 KIAA11 -----DMVEGVEGKLG--NGSGAGGILDLLKASRQVGGPDYAALTEAPASPSTQEAIQGM : : .... .::.:.::::::.::..::. .: .. ::::::::::::: KIAA06 LHIDTDTKPGRNARVKKESGSSAAGILDLLQASEEVGALEYNPSSQPPASPSTQEAIQGM 760 770 780 790 800 810 790 800 810 820 830 840 KIAA11 LCMANLQSSSSSPATSSLQAWWTGGQDRSSGSSSSGLGTVSNSPASQRTPGKRPIKRPAY : :::::.:.: ::. : .:: . ::: .. :. .:. .: .. ::: .:: : KIAA06 LSMANLQASDS-----CLQTTWGAGQAK--GSSLAAHGARKNGGGSGKSAGKRLLKRAAK 820 830 840 850 860 850 860 870 880 890 900 KIAA11 WRTESEEEEENASLDEQDSLGACFKDAEYIYPSLESDDDDPALKSRPKKKKNSDDAPWSP .. .. :: ::: : :::::..:.:::::::.:.: .::: ::.:.:::::.:: KIAA06 NSVDLDDYEE-----EQDHLDACFKDSDYVYPSLESDEDNPIFKSRSKKRKGSDDAPYSP 870 880 890 900 910 910 920 930 940 950 960 KIAA11 KARVTPTLPKQDRPVREGTRVASIETGLAAAAAKLAQQELQKAQKKKYIKKKPLLKEVEQ ::: :..:.:::::::::::::::::::::::::.::: ::..::: :.: : .. . KIAA06 TARVGPSVPRQDRPVREGTRVASIETGLAAAAAKLSQQEEQKSKKKKSAKRK-LTPNTTS 920 930 940 950 960 970 970 980 990 1000 KIAA11 PR---------------PQDSNLSLTVPAPTVAATPQLVTS--SSPLPPPEPKQEALSGS : : ... . :.:: :. :. . ..: :. ::: :. :.: KIAA06 PSTSTSISAGTTSTSTTPASTTPASTTPASTTPASTSTASSQASQEGSSPEPPPESHSSS 980 990 1000 1010 1020 1030 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA11 LADHEYTARPNAFGMAQANRSTTPMAPGVFLTQRRPSVGSQSNQ-AGQGKRPKKGLATAK :::::::: ..: :::.:.. ::::::::::::::..: .:. :..::: :::.:::: KIAA06 LADHEYTA-AGTFTGAQAGRTSQPMAPGVFLTQRRPSASSPNNNTAAKGKRTKKGMATAK 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1070 1080 KIAA11 QRLGRILKIHRNGKLLL ::::.:::::::::::: KIAA06 QRLGKILKIHRNGKLLL 1100 1110 >>KIAA1004 ( 1163 res) hj01244 (1163 aa) initn: 861 init1: 640 opt: 643 Z-score: 432.3 bits: 91.8 E(): 5.8e-19 Smith-Waterman score: 955; 39.372% identity (66.425% similar) in 414 aa overlap (143-537:35-439) 120 130 140 150 160 170 KIAA11 CEVLHGPSIMKKRRGSSKGHDTHKGKPVKTGSPTFVRELRSRTFDSSDEVILKPTGNQLT :. :: : . .: . . . :.... KIAA10 EEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGKDFN 10 20 30 40 50 60 180 190 200 210 220 230 KIAA11 VEFLEENSFSVPILVLKKDGLGMTLPSPSFTVRDVEHYVGSDKEIDVIDVTRQADCKMKL ::....... :.. ..::::. .:.:.::: ::. ::: . .::.::. : .: . KIAA10 VEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTM 70 80 90 100 110 120 240 250 260 270 280 KIAA11 GDFVKYYYSGK--REKVLNVISLEFSDTRLSNLVETPKIVRKLSWVENLWPEE------- .....:: . . :::. :::::::: ::: :.:. :. : ..::.:.::.. KIAA10 AQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTE 130 140 150 160 170 180 290 300 310 320 330 KIAA11 ---CVFE--RPNVQKYCLMSVRDSYTDFHIDFGGTSVWYHVLKGEKIFYLIRPTNANLTL ..: :.:::::::::: :::::.::::::::::. .: :.:.:: :: :: : KIAA10 STNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHNLEL 190 200 210 220 230 240 340 350 360 370 380 390 KIAA11 FECWSSSSNQNEMFFGDQVDKCYKCSVKQGQTLFIPTGWIHAVLTPVDCLAFGGNFLHSL .: : :..:...:.::.:. : . .::: :. ::.:::::: ::.: :.::::::::. KIAA10 YENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSF 250 260 270 280 290 300 400 410 420 430 440 450 KIAA11 NIEMQLKAYEIEKRLSTADLFRFPNFETICWYVGKHILDIFRGLRENRRHPASYLVHGGK :: :::: :.:: : . . ::.: . .:::: :. . :: : .. . . . KIAA10 NIPMQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYV----LERYVYCITNRSHLTKEFQKESL 310 320 330 340 350 360 460 470 480 490 500 510 KIAA11 ALNLAFRAWTRKEALPDHEDEIPETV--RTVQLIKDLAREIRLVEDIFQQNVGKTS-NIF ...: . . .. . :. :. . : : . .: . : : ..::: .. KIAA10 SMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPVANGVNLDYD----GLGKTCRSLP 370 380 390 400 410 520 530 540 550 560 570 KIAA11 GLQRIFPAG--SIPLTRPAHSTSVSMSRLSLPSKNGSKKKGLKPKELFKKAERKGKESSA .:.. . :: : .: .:. .: KIAA10 SLKKTL-AGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLH 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0333 ( 1223 res) pf04993 (1223 aa) initn: 263 init1: 138 opt: 215 Z-score: 151.6 bits: 40.0 E(): 0.0025 Smith-Waterman score: 215; 46.429% identity (73.214% similar) in 56 aa overlap (66-117:303-357) 40 50 60 70 80 90 KIAA11 RVLPPPAPLDTTNLAGRRTLQGRAKMASVPVYCLCRLPYDVTRFMIECDMCQDWFHGSCV .::.:: :.. .:::: :: :..::::.:: KIAA03 EGKAAQDIKDEEPGDLGRPKPECEGYDPNALYCICRQPHN-NRFMICCDRCEEWFHGDCV 280 290 300 310 320 330 100 110 120 130 140 150 KIAA11 GVEEEKAADIDL----YHCPNCEVLHGPSIMKKRRGSSKGHDTHKGKPVKTGSPTFVREL :. : .. .. : :::: .:. KIAA03 GISEARGRLLERNGEDYICPNCTILQVQDETHSETADQQEAKWRPGDADGTDCTSIGTIE 340 350 360 370 380 390 1084 residues in 1 query sequences 1986421 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:34 2008 done: Thu Dec 18 15:09:35 2008 Total Scan time: 0.690 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]