# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk02574mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1116.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1116, 1330 aa vs ./tmplib.24314 library 1986175 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5150+/-0.0114; mu= -15.9480+/- 0.772 mean_var=662.8082+/-161.567, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.049817 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) ( 929) 1273 107.6 1.1e-23 >>KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) (929 aa) initn: 1232 init1: 987 opt: 1273 Z-score: 517.4 bits: 107.6 E(): 1.1e-23 Smith-Waterman score: 1639; 36.988% identity (57.889% similar) in 976 aa overlap (258-1159:1-886) 230 240 250 260 270 280 KIAA11 NVVQGLPDPWVSQITNTDTLAAVAQILQSPQGQQLQQLIQTLQIQQQKPQPSILQALDAG :::::::..::.: : ::: ::: . 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