# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06748.fasta.huge -Q ../query/KIAA1117.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1117, 1558 aa vs ./tmplib.24314 library 1985947 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0329+/-0.00529; mu= 17.8928+/- 0.361 mean_var=108.1613+/-26.099, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.123321 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0933 ( 2147 res) hh04045s1 (2147) 2350 430.6 1.7e-120 >>KIAA0933 ( 2147 res) hh04045s1 (2147 aa) initn: 3136 init1: 1071 opt: 2350 Z-score: 2255.3 bits: 430.6 E(): 1.7e-120 Smith-Waterman score: 3210; 37.997% identity (66.752% similar) in 1558 aa overlap (1-1553:759-2143) 10 20 30 KIAA11 SICEDVISQQLTHKDKKIRMEAHAKFAVLW .::::.: . : :: :.:: .:.:.: KIAA09 LWNQLNKETREHHVTCVELFYRLHCLAPTANICEDIICHALLDPDKGTRLEALFRFSVIW 730 740 750 760 770 780 40 50 60 70 80 90 KIAA11 HLTRDLHINKSSSFVRSFDRSLFIMLDSLNSLDGSTSSVGQAWLNQVLQRHDIARVLEPL ::::... .. .: ::::::::..:::: ::. ....:.:: ..:. :.::.:::. 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