# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07196mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1118.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1118, 1165 aa vs ./tmplib.24314 library 1986340 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4868+/-0.0114; mu= -11.1969+/- 0.768 mean_var=563.1120+/-135.306, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054048 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1398 ( 1586 res) ha02572 (1586) 364 44.3 0.00017 KIAA1319 ( 1208 res) fh13717 (1208) 330 41.5 0.00092 KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956) 314 40.5 0.0029 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 292 38.8 0.0097 >>KIAA1398 ( 1586 res) ha02572 (1586 aa) initn: 147 init1: 74 opt: 364 Z-score: 172.4 bits: 44.3 E(): 0.00017 Smith-Waterman score: 399; 21.075% identity (52.559% similar) in 1153 aa overlap (27-1132:125-1213) 10 20 30 40 50 KIAA11 RAGEVVPGWLLAAAAAHPGRPAASLSPGLGAVLGVAGRQVADPRFRRDWFRIPSPP : . ...:: : : . .:. : KIAA13 KGKTKKKEEKPNGKIPDHDPAPNVTVLLREPVRAPAVAVAPTPVQPPIIVAPVATVPAMP 100 110 120 130 140 150 60 70 80 90 100 110 KIAA11 AES-AGPARQAGFAAAPPARAGPALSTMKGTRAI----GSVPERSPAGVDLSLTGLPPPV :. :. .. :.. ::.:.. .. . ... : .: : . .. ::: KIAA13 QEKLASSPKDKKKKEKKVAKVEPAVSSVVNSIQVLTSKAAILETAPKEVPMVVV---PPV 160 170 180 190 200 210 120 130 140 150 160 170 KIAA11 SRRPGSAATTKPIVRSVSVVTGSEQKRKVLEATGPGGSQAINNLRRSNSTTQVSQPRSGS . . .. :: ... :.... : .: : : :. :....: . .. :. 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