# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05329.fasta.huge -Q ../query/KIAA1163.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1163, 437 aa vs ./tmplib.24314 library 1987068 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.4897+/-0.0062; mu= 17.5300+/- 0.423 mean_var=123.7426+/-29.577, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 78 in 1/39 Lambda= 0.115296 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1851 ( 523 res) hg04492 ( 523) 554 103.2 4e-23 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 343 68.8 2.5e-12 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 246 52.4 1.5e-07 KIAA1854 ( 572 res) fg02232 ( 572) 239 50.9 2.5e-07 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 239 51.2 3.3e-07 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 226 49.1 1.5e-06 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 224 49.1 2.4e-06 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 209 45.8 7.6e-06 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 201 45.3 3.4e-05 KIAA0231 ( 823 res) fk16230 ( 823) 197 44.1 3.8e-05 KIAA0606 ( 1369 res) ph00195 (1369) 192 43.7 8.8e-05 KIAA1580 ( 640 res) fj04979 ( 640) 186 42.1 0.00012 KIAA0862 ( 584 res) hk06532 ( 584) 169 39.2 0.00081 KIAA1531 ( 1206 res) ph00937 (1206) 171 40.1 0.00093 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 166 38.9 0.0013 KIAA1465 ( 785 res) fh13187 ( 785) 166 38.9 0.0013 KIAA0644 ( 887 res) hj03618 ( 887) 165 38.9 0.0016 KIAA1916 ( 542 res) hg01117 ( 542) 162 38.0 0.0017 KIAA1016 ( 793 res) hk03719s1 ( 793) 157 37.4 0.0038 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 153 36.7 0.0056 KIAA0975 ( 1528 res) hj06890 (1528) 156 37.7 0.0059 KIAA1910 ( 760 res) fh21867 ( 760) 151 36.4 0.0074 KIAA1904 ( 821 res) af00058 ( 821) 150 36.3 0.0086 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 149 36.0 0.0086 >>KIAA1851 ( 523 res) hg04492 (523 aa) initn: 791 init1: 279 opt: 554 Z-score: 507.0 bits: 103.2 E(): 4e-23 Smith-Waterman score: 878; 37.307% identity (64.459% similar) in 453 aa overlap (3-435:78-521) 10 20 30 KIAA11 HSLPSYTALLDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQL ::. :: :::::: :.::: : : :: KIAA18 RALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAELPAATADLDLSHNALQRLRPGWLAP-LFQL 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 KIAA11 HSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMA ..: :.::.:. .. .: . .:: :::::: ::.: . .. : .:: :::.::... 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KIAA02 ILWLADLLKTYAESG--NAQAAAICEYPRRIQGRSVATITPEELNCERPRITSEPQDADV 220 230 240 250 260 270 230 240 250 260 270 280 KIAA11 --GDTLIIKCDTKQQGMTK---VWVTPSNERVLDEVTNGTVSVSKDGSLLFQQVQVEDGG :.:. . : . .: : .:. .:: :. :.. ... ::.:..:..: : : KIAA02 TSGNTVYFTC--RAEGNPKPEIIWLRNNNE--LSMKTDSRLNLLDDGTLMIQNTQETDQG 280 290 300 310 320 330 290 300 310 320 330 340 KIAA11 VYTCYAMGETFNETLSVELKVHNFTLHGHHDTLNTAYTTLVGCILSVVLVLIYLYLTPCR .: :.: . . .:. . :. .. : .. . .: : ::.: : : KIAA02 IYQCMAKN-VAGEVKTQEVTLRYFGSPARPTFVIQPQNTEVLVGESVTLECSATGHPPPR 340 350 360 370 380 350 360 370 380 390 400 KIAA11 -CWCRGVEKPSSHQGDSLSSSMLSTTPNHDPMAGGDKDDGFDRRVAFLEPAGPGQGQNGK : :: . : KIAA02 ISWTRGDRTPLPVDPRVNITPSGGLYIQNVVQGDSGEYACSATNNIDSVHATAFIIVQAL 390 400 410 420 430 440 >>KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) (966 aa) initn: 337 init1: 142 opt: 246 Z-score: 227.6 bits: 52.4 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 246; 31.443% identity (62.371% similar) in 194 aa overlap (30-219:441-625) 10 20 30 40 50 KIAA11 HSLPSYTALLDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQLHSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYL : : : :..:....:...::. . ::: : KIAA09 ELQPKPYNPKKMYLTENYIAVVRRTDFLEATGLDLLHLGNNRISMIQDRAFGDLTNLRRL 420 430 440 450 460 470 60 70 80 90 100 110 KIAA11 DLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMAVDRCAFDDMAQLQKLYLSQNQISRFPL :..:... :. :: :: :. :.: : : .. .:: . .:: :.:..: .. .: KIAA09 YLNGNRIERLSPELFYGLQSLQYLFLQYNLIREIQSGTFDPVPNLQLLFLNNNLLQAMP- 480 490 500 510 520 120 130 140 150 160 170 KIAA11 ELVKEGAKLPKLTLLDLSSNKLKNLPLPD-LQKLPAWIKNGLYLHNNPLNCDCELYQLFS : : : .: .: ::.. .::. :..: . :. . ::.:: .: :.. . . KIAA09 SGVFSGLTLLRL---NLRSNHFTSLPVSGVLDQLKSLIQ--IDLHDNPWDCTCDIVGM-K 530 540 550 560 570 580 180 190 200 210 220 230 KIAA11 HWQYRQLSSVMDFQEDLYCMNSKKLHNVFNLSF---LNCGEYKERAWEAHLGDTLIIKCD : .::. : . ... : ::. .. :. : : .:.. KIAA09 LW-VEQLK-VGVLVDEVICKAPKKFAETDMRSIKSELLCPDYSDVVVSTPTPSSIQVPAR 590 600 610 620 630 640 240 250 260 270 280 290 KIAA11 TKQQGMTKVWVTPSNERVLDEVTNGTVSVSKDGSLLFQQVQVEDGGVYTCYAMGETFNET KIAA09 TSAVTPAVRLNSTGAPASLGAGGGASSVPLSVLILSLLLVFIMSVFVAAGLFVLVMKRRK 650 660 670 680 690 700 >>KIAA1854 ( 572 res) fg02232 (572 aa) initn: 257 init1: 132 opt: 239 Z-score: 223.5 bits: 50.9 E(): 2.5e-07 Smith-Waterman score: 253; 26.183% identity (54.259% similar) in 317 aa overlap (4-306:66-371) 10 20 30 KIAA11 HSLPSYTAL-LDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQL :.: : :. : :.:: . . .. KIAA18 KIRCLCEEKENVLNINCENKGFTTVSLLQPPQYRIYQLFLNGNLLTRLYPNEF-VNYSNA 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 KIAA11 HSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMA .: :..: :. : . ::: . .:. : :..:.:. : : : :. :: : :.: : KIAA18 VTLHLGNNGLQEIRTGAFSGLKTLKRLHLNNNKLEILREDTFLGLESLEYLQADYNYISA 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 KIAA11 VDRCAFDDMAQLQKLYLSQNQISRFPLELVKEGAKLPKLTLLDLSSNKLKNLPLPDLQKL .. ::. . .:. : :..: . .: .. . . :: ::: .:.:: .:. . . KIAA18 IEAGAFSKLNKLKVLILNDNLLLSLPSNVFR----FVLLTHLDLRGNRLKVMPFAGVLEH 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 KIAA11 PAWIKNGLYLHNNPLNCDCELYQLFSHWQYRQLSSVMDFQEDLYCMNSKKLH--NVFNLS . : . . :..:: :: :.: : . : :... : .. : . .:: .: .:. KIAA18 IGGIME-IQLEENPWNCTCDLLPL-KAW----LDTITVFVGEIVCETPFRLHGKDVTQLT 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 KIAA11 FLNCGEYKERAWEAHLG---DTLIIKCDTKQQGMTKVWVTPSNERV--LDEVTNGTVSVS . : . .. : :: . . . .. . .:. : . . . :.:: KIAA18 RQDLCPRKSASDSSQRGSHADTHVQRLSPTMNPALNPTRAPKASRPPKMRNRPTPRVTVS 270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 KIAA11 KD----GSLLFQQVQ--VEDGGVYTCYAMGETFNETLSVELKVHNFTLHGHHDTLNTAYT :: : .. :.. : .: ... .. :.:. . ..:: KIAA18 KDRQSFGPIMVYQTKSPVPLTCPSSCVCTSQSSDNGLNVNCQERKFTNISDLQPKPTSPK 330 340 350 360 370 380 320 330 340 350 360 370 KIAA11 TLVGCILSVVLVLIYLYLTPCRCWCRGVEKPSSHQGDSLSSSMLSTTPNHDPMAGGDKDD KIAA18 KLYLTGNYLQTVYKNDLLEYSSLDLLHLGNNRIAVIQEGAFTNLTSLRRLYLNGNYLEVL 390 400 410 420 430 440 >>KIAA0848 ( 988 res) hk05607 (988 aa) initn: 211 init1: 123 opt: 239 Z-score: 221.3 bits: 51.2 E(): 3.3e-07 Smith-Waterman score: 239; 29.557% identity (61.084% similar) in 203 aa overlap (4-203:418-608) 10 20 30 KIAA11 HSLPSYTALLDLSHNNLSRL-RAE-WTPTRLTQ : . : :: : .... :.. :. . : KIAA08 CTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLIQKIYRSDFWNFSSLDL 390 400 410 420 430 440 40 50 60 70 80 90 KIAA11 LHSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIM :: :..:....... :: .:::. : :..:... : .: :: :. : . : : KIAA08 LH---LGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQSLHYLYFEFNVIR 450 460 470 480 490 500 100 110 120 130 140 150 KIAA11 AVDRCAFDDMAQLQKLYLSQNQISRFPLELVKEGAKLPKLTLLDLSSNKLKNLPLPD-LQ .. ::. : .:. :.:..: . .: . :..: .: .: .: . ::. :. KIAA08 EIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFA-GTSLARL---NLRKNYFLYLPVAGVLE 510 520 530 540 550 560 160 170 180 190 200 210 KIAA11 KLPAWIKNGLYLHNNPLNCDCELYQLFSHWQYRQLSSVMDFQEDLYCMNSKKLHNVFNLS .: : .. . :..:: .: :.: :..: . .::: . :. : . ..: KIAA08 HLNAIVQ--IDLNENPWDCTCDLVP-FKQW-IETISSV-SVVGDVLCRSPENLTHRDVRT 570 580 590 600 610 220 230 240 250 260 270 KIAA11 FLNCGEYKERAWEAHLGDTLIIKCDTKQQGMTKVWVTPSNERVLDEVTNGTVSVSKDGSL KIAA08 IELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVPLSVLILSLLVLF 620 630 640 650 660 670 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 296 init1: 180 opt: 226 Z-score: 209.2 bits: 49.1 E(): 1.5e-06 Smith-Waterman score: 243; 28.190% identity (56.380% similar) in 337 aa overlap (10-318:276-593) 10 20 30 KIAA11 HSLPSYTALLDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQLHSLLLSH :.: ::::.:. : : .:..: .:. KIAA08 LDSLRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNLTRVNKGWL-YGLRMLQQLYVSQ 250 260 270 280 290 300 40 50 60 70 80 90 KIAA11 NHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMAVDRCAFD : .. :: .:. : :::: ::: ::: : :..:: : : .:.. . .: KIAA08 NAIERISPDAWEFCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVTHIADGVFR 310 320 330 340 350 360 100 110 120 130 140 150 KIAA11 DMAQLQKLYLSQNQISRFPLELVKEG-AKLPKLTLLDLSSNKLKNLP------LPDLQKL ...:: : : .:.:: . .: ..:. : : .:: : :..:..:.. : .:..: KIAA08 FLSNLQTLDLRNNEIS-WAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIGLESLEHL 370 380 390 400 410 420 160 170 180 190 KIAA11 P-------AWIKNG--------LYLHNNPLNCDCELYQLFSHWQYRQLSSVMDFQE--DL . .:. : :... : :::.: :. .: . .::. .. KIAA08 DLNNNAIMSIQENAFSQTHLKELILNTSSLLCDCHLKWLL-QWLVDN-----NFQHSVNV 430 440 450 460 470 200 210 220 230 240 250 KIAA11 YCMNSKKL--HNVFNLSFLN--CGEYKERAWEAHLGDTLIIKCDTKQQGMTKVWVTPSNE : . . : ....:... . : .. . ..: .:.: .::. :: . KIAA08 SCAHPEWLAGQSILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTH-PETIIA-----LRGMN---VTLTCT 480 490 500 510 520 260 270 280 290 300 310 KIAA11 RVLDEVTNGTVSVSKDGSLLFQQVQVEDGGVYTCYAMGETFNETLSVELKVHNFTLHGHH : . . .. ::. .:.. :..:. : : ::... : ..: ::: .:.. KIAA08 AVSSSDSPMSTVWRKDSEILYD-VDTENFVRYWQQA-GEALEYTSILHLFNVNFTDEGKY 530 540 550 560 570 580 320 330 340 350 360 370 KIAA11 DTLNTAYTTLVGCILSVVLVLIYLYLTPCRCWCRGVEKPSSHQGDSLSSSMLSTTPNHDP . . : . KIAA08 QCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNEMPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKD 590 600 610 620 630 640 >>KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559 aa) initn: 334 init1: 159 opt: 224 Z-score: 205.9 bits: 49.1 E(): 2.4e-06 Smith-Waterman score: 278; 31.797% identity (64.055% similar) in 217 aa overlap (3-217:95-297) 10 20 30 KIAA11 HSLPSYTALLDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQL .: . :::..::..:. .. . : .: KIAA08 PPAVACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRGIPRNAERLDLDRNNITRI-TKMDFAGLKNL 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 KIAA11 HSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSNQLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMA . : : :... : ::. . .:. : :..:.:..: :.::.. : : : .:.:.. KIAA08 RVLHLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQG 130 140 150 160 170 180 100 110 120 130 140 150 KIAA11 VDRCAFDDMAQLQKLYLSQNQISRFPLELVKEGA--KLPKLTLLDLSSNKLKNLPLPDLQ . : :: ......: :..:.:: ...:: : : .: :..:... . . ... KIAA08 IPRKAFRGITDVKNLQLDNNHIS-----CIEDGAFRALRDLEILTLNNNNISRILVTSFN 190 200 210 220 230 160 170 180 190 200 210 KIAA11 KLPAWIKNGLYLHNNPLNCDCELYQLFSHWQYRQLSSVMDFQEDLYCMNSKKLHNVFNLS ..: :.. : ::.: : :::.: : : : :: .: .: :: .:.. ::.. KIAA08 HMPK-IRT-LRLHSNHLYCDCHLAWL-SDW-LRQRRTVGQFT---LCMAPVHLRG-FNVA 240 250 260 270 280 290 220 230 240 250 260 270 KIAA11 FLNCGEYKERAWEAHLGDTLIIKCDTKQQGMTKVWVTPSNERVLDEVTNGTVSVSKDGSL .. :: KIAA08 DVQKKEYVCPAPHSEPPSCNANSISCPSPCTCSNNIVDCRGKGLMEIPANLPEGIVEIRL 300 310 320 330 340 350 >>KIAA0416 ( 529 res) hh00236 (529 aa) initn: 250 init1: 157 opt: 209 Z-score: 196.8 bits: 45.8 E(): 7.6e-06 Smith-Waterman score: 223; 25.553% identity (54.054% similar) in 407 aa overlap (1-385:66-436) 10 20 KIAA11 HSLPSYT---AL-LDLSHNNLSRLRAEWTP ::.:. : .: :.: ::....:. . 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