# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh10053.fasta.huge -Q ../query/KIAA1169.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1169, 857 aa vs ./tmplib.24314 library 1986648 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.4804+/-0.0055; mu= 19.6394+/- 0.375 mean_var=110.0438+/-26.133, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 24 in 1/39 Lambda= 0.122262 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1356 ( 519 res) fj01605 ( 519) 234 52.5 1.5e-07 KIAA1120 ( 1024 res) hg02941 (1024) 226 51.5 5.6e-07 KIAA1123 ( 1717 res) fh01458 (1717) 219 50.6 1.8e-06 >>KIAA1356 ( 519 res) fj01605 (519 aa) initn: 150 init1: 102 opt: 234 Z-score: 227.6 bits: 52.5 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 234; 25.267% identity (58.363% similar) in 281 aa overlap (464-731:27-293) 440 450 460 470 480 490 KIAA11 LLSLKDFYDIYEVAALKWKAKKNREHWFDELPRTALLIFKGINI-LVKSKAFQYFMYLVV .:: : :.:. . .: ..:. ..... 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KIAA11 IMKDTLRDCTHDERSCLSSLQFVSPLYFVSFVLTAQFVLINVVVAVLMKHLDDSN-KEAQ 490 500 510 520 530 540 750 760 770 780 790 800 KIAA11 QDSEVDGGITLEKEISKEELVAVLELYREARGASSDVTRLLETLSQMERYQQHSMVFLGR .:.:.:. . :: KIAA11 EDAEMDAELELEMAHGLGPGPRLPTGSPGAPGRGPGGAGGGGDTEGGLCRRCYSPAQENL 550 560 570 580 590 600 >>KIAA1123 ( 1717 res) fh01458 (1717 aa) initn: 284 init1: 140 opt: 219 Z-score: 208.2 bits: 50.6 E(): 1.8e-06 Smith-Waterman score: 358; 21.860% identity (50.000% similar) in 828 aa overlap (2-759:602-1314) 10 20 KIAA11 DASNGGVSEQHPWPSGFERELK-----PETI :: .: ...: ...::: : :.:. 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KIAA11 DADDEGNLSKGER-----VRAW-IRARLPACCLERDSWSAYIFPPQSRFRLLCHRIITHK 680 690 700 710 720 150 160 170 180 190 200 KIAA11 HLFYLMELATALLLLLLSLCEAPAV-PALRLGIYVHATLELFALMVVVFELCMK---LRW .: . :. .: . : : . : :.. . .:. : . :. .: : : KIAA11 -MFDHVVLVIIFLNCITIAMERPKIDPHSAERIFLTLSNYIFT-AVFLAEMTVKVVALGW 730 740 750 760 770 780 210 220 230 240 250 KIAA11 -LGLHTFIRHKRTMVKTSVLVVQFVEAIVVLV-----RQMSHVRVTRALRCIF-LVDCRY .: ....: . ... ..... .. .: .: . .. .:: : :: . : KIAA11 CFGEQAYLRSSWNVLDGLLVLISVIDILVSMVSDSGTKILGMLRVLRLLRTLRPLRVISR 790 800 810 820 830 840 260 270 280 290 300 KIAA11 CGGVRRNLRQIFQSLPPFMDILLLLLFFMIIFAILGFYLFS--------------PNPSD :.. .. ...:: :. .:... :.:::.::: ::. : :: KIAA11 AQGLKLVVETLMSSLKPIGNIVVICCAFFIIFGILGVQLFKGKFFVCQGEDTRNITNKSD 850 860 870 880 890 900 310 320 330 KIAA11 ----PY--------FSTLENSIVSLFVLLTTANFPDVMM-----------PSYSRNPWSC : :..: ....::::: . .. :.:. : ...::: KIAA11 CAEASYRWVRHKYNFDNLGQALMSLFVLASKDGWVDIMYDGLDAVGVDQQPIMNHNPWML 910 920 930 940 950 960 340 350 360 370 380 390 KIAA11 VFFIVYLSIELYFIMNLLLAVVFDTFNDIEKRKFKSLLLHKRTAIQHAYRLLISQRRPAG ..:: .: : .:..:....:: ..: :: :: . :: KIAA11 LYFISFLLIVAFFVLNMFVGVVVENF-------------HKCR--QHQEEE--EARR--- 970 980 990 1000 400 410 420 430 440 450 KIAA11 ISYRQFEGLMRFYKPRMSARERYLTFKALNQNNTPLLSLKDFYDIYEVAALKWKAKKNRE :. . : :. : : .:. : .:. : KIAA11 ---REEKRLRRLEKKRRKAQ------------------CKPYYSDYS------------- 1010 1020 1030 460 470 480 490 500 510 KIAA11 HWFDELPRTALLIFKGINILVKSKAFQYFMYLVVAVNGVWILVETFMLKGGNFFSKHVPW : ::. . : :. .. :. :...: : . .: . . ..... . KIAA11 -------RFRLLVHH----LCTSHYLDLFITGVIGLNVVTMAMEHY--QQPQILDEALKI 1040 1050 1060 1070 520 530 540 550 560 570 KIAA11 SYLVFLTIYGVELFLKVAGLGPVEYLSSGWNLFDFSVTVFAFLGLL--------ALALNM .: .:. .: .:....: ..... :: .:.........:. .: .: KIAA11 CNYIFTVIFVLESVFKLVAFGFRRFFQDRWNQLDLAIVLLSIMGITLEEIEVNASLPINP 1080 1090 1100 1110 1120 1130 580 590 600 610 620 630 KIAA11 EPFYFIVVLRPLQLLRLFKLKERYRNVLDTMFELLPRMASLGLTLLIFYYSFAIVGMEFF . .. ::: ..:.:.:. .: .:::... ::....::: ...... :: .:.:.: KIAA11 TIIRIMRVLRIARVLKLLKMAVGMRALLDTVMQALPQVGNLGLLFMLLFFIFAALGVELF 1140 1150 1160 1170 1180 1190 640 650 660 670 680 690 KIAA11 CGIVFPNCCNTSTVADAYRWRNHTVGNRTVVEEGYYYLNNFDNILNSFVTLFELTVVNNW . .: .: : :: .: :. .:.:::.... .:: KIAA11 GDL---ECDET-----------HPC-------EGLGRHATFRNFGMAFLTLFRVSTGDNW 1200 1210 1220 1230 700 710 720 730 740 KIAA11 YIIMEGV--------TSQTSHWSRLYFMTFYIVTMVVMTIIVAFILEAFVFRMNYSRKNQ ::. . : .. : .::..: .... :.. .: .: . . : : . KIAA11 NGIMKDTLRDCDQESTCYNTVISPIYFVSFVLTAQFVLVNVVIAVLMKHLEESNKEAK-E 1240 1250 1260 1270 1280 1290 750 760 770 780 790 800 KIAA11 DSEVDGGITLE-KEISKEELVAVLELYREARGASSDVTRLLETLSQMERYQQHSMVFLGR ..:... . :: : .: . KIAA11 EAELEAELELEMKTLSPQPHSPLGSPFLWPGVEGPDSPDSPKPGALHPAAHARSASHFSL 1300 1310 1320 1330 1340 1350 857 residues in 1 query sequences 1986648 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:47 2008 done: Thu Dec 18 15:11:48 2008 Total Scan time: 0.600 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]