# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03919mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1172.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1172, 929 aa vs ./tmplib.24314 library 1986576 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.1576+/-0.0125; mu= -29.6513+/- 0.844 mean_var=835.9422+/-197.874, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.044359 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1116 ( 1330 res) hk02574(revised) (1330) 1273 97.5 1.2e-20 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 420 42.9 0.00035 KIAA1064 ( 1315 res) hj05008s1 (1315) 374 39.9 0.0024 KIAA1357 ( 836 res) fj01906 ( 836) 351 38.2 0.0049 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 356 38.7 0.0051 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 351 38.5 0.007 >>KIAA1116 ( 1330 res) hk02574(revised) (1330 aa) initn: 1232 init1: 987 opt: 1273 Z-score: 462.8 bits: 97.5 E(): 1.2e-20 Smith-Waterman score: 1639; 36.988% identity (57.992% similar) in 976 aa overlap (1-886:258-1159) 10 20 KIAA11 QGQQLQQILQTFQ-QPPKPQSP---ALDNA :::::::..::.: : ::: ::: . 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KIAA11 IPPQRGIPPPSVLDSALHPPPRGPFPPGDIFSQPERPFLAPGRQSVDNVTNPEK--RIPL 1010 1020 1030 1040 1050 1060 790 800 810 820 830 840 KIAA11 GNRVENDRERYGNRNDDRDNSNRDRREWGRRSPDRDRHRDLEER--NRRSSGHRDRERDS :: .. .. :.: : . :: : : : ::. : . : . : :. 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KIAA04 SGK-HSMRTRRSRGSMSTLR---SGRKKQPASPDGRTSPINEDIRSSGRNSPSAASTSSN 560 570 580 590 600 270 280 290 300 310 320 KIAA11 RSRDRRRHSPRSRSQERRDREKERERRQKGLPQVKPETASVCSTTLWVGQLDKRTTQQDV :. . .. .. .:. . . ..::. .: .: . :. .:.: :.. KIAA04 DSKAETVKKSAKKVKEEASSPLKSNKRQR--EKVASDTEEADRTS------SKKTKTQEI 610 620 630 640 650 660 330 340 350 360 370 380 KIAA11 A---SLLEEFGPIESINMIPPRGCAYIVMVHRQDAYRALQKLSRGNYKVNQKSIKIAWAL . : : : . . .: . . :: . .. . ...: . . : KIAA04 SRPNSPSEGEGESSDSRSVNDEGSSDPKDID-QDNRSTSPSIPSPQ---DNESDSDSSAQ 670 680 690 700 710 390 400 410 420 430 440 KIAA11 NKGIKADYKQYWDVELGVTYIPWDKVKPEELESFCEGGMLDSDTLNPDWKGIPKKPENEV .. ..:. .. ::: : . : .. : : : : .: : . 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KIAA04 SPAAAYPH-TSLQLPASQSALQSQQPPREQPLPPAPLAMPHIKPPPTTPIPQLPAPQAHK 880 890 900 910 920 930 620 630 640 650 660 KIAA11 GPVIGLQAPSTGLLGAR----PGLIPL-----QRPPGMPPPHLQRFPLMPPRP----MPP : :..:: ..: :.: :: ..::. :: :: .: : : .:: KIAA04 HPP-HLSGPSPFSMNANLPPPPALKPLSSLSTHHPPSAHPPPLQLMPQSQPLPSSPAQPP 940 950 960 970 980 990 670 680 690 700 710 KIAA11 HMMH-RGPPPGPGGFAMPPPHGMK--GPFPPHG--PFVRPGGMPGLGGPG-PGPGGPEDR . . .. :: : : :: :.. .: :: . ::: ::: : . : :. . : KIAA04 GLTQSQNLPPPP---ASHPPTGLHQVAPQPPFAQHPFV-PGGPPPITPPTCPSTSTPPAG 1000 1010 1020 1030 1040 720 730 740 750 760 KIAA11 DGRQ-QPPQQPQQQ-----------PQPQAPQQPQQQQQQQPPPSQQPPPTQQQPQQFRN : . ::: . : : . . . .. . : : ::: . .:. KIAA04 PGTSAQPPCSGAAASGGSIAGGSSCPLPTVQIKEEALDDAEEPESPPPPPRSPSPEPTVV 1050 1060 1070 1080 1090 1100 770 780 790 800 810 820 KIAA11 DNRQQFNSGRDQERFGRRSFGNRVENDRERYGNRNDDRDNSNRDRREWGRRSPDRDRHRD :. .. ... . :.... ...: . .. .. .. : ..: .. . :. KIAA04 DTPSHASQSARFYKHLDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKREEAIEKAKREAEQ-KARE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 830 840 850 860 870 880 KIAA11 LEERNRRSSGHRDRERDSRDRESRREKEEARGKEKPEVTD-RAGG----NKTVEPPISQV .::.... .:.:::. :.::..: . . . .. ...: . .: . ::: . . KIAA04 EREREKEKEKERERERE-REREAERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGPGHMRPSFEPPPTTI 1170 1180 1190 1200 1210 1220 890 900 910 920 KIAA11 GNVDTASELEKGVSEAAVLKPSEELPAEATSSVEPEKDSGSAAEAPR . : KIAA04 AAVPPYIGPDTPALRTLSEYARPHVMSPTNRNHPFYMPLNPTDPLLAYHMPGLYNVDPTI 1230 1240 1250 1260 1270 1280 >>KIAA1064 ( 1315 res) hj05008s1 (1315 aa) initn: 404 init1: 139 opt: 374 Z-score: 152.0 bits: 39.9 E(): 0.0024 Smith-Waterman score: 411; 23.758% identity (45.455% similar) in 825 aa overlap (177-908:171-957) 150 160 170 180 190 200 KIAA11 PRMMGIQQDPMHHQVPLPPNGQMPGFGLLPTPPFPPMAQPVIPPTPPVQQPFQASFQAQN .::. : : ::. . : .: . .. 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KIAA10 SPNGRPMQGGPPPPPPPPPPPPGPP-QMPMPVHEPLSPQQL--------QQQD---MYNK 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 KIAA11 AVPPAAPTNL-PTPPVTQP--VSLLGTQG----VAPGPVIGLQAPSTGLLGARPGLIPLQ .: . :: ... : . : : ..::: .: .: : . .: . : . KIAA10 KIPSLFEIVVRPTGQLAEKLGVRFPGPGGPPGPMGPGPNMGPPGPMGGPM--HPDMHPDM 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 KIAA11 RPPGMPPPHLQRFPLMPPRPMPPHMMHRGPPPGPGGFAMPP------PH-GMKGPFPPHG .: : : . : :: : : . ::: :::: : : :: :: :.:: KIAA10 HPDMHPDMHADMHADM---PMGPGM-NPGPPMGPGGPPMMPYGPGDSPHSGMMPPIPPAQ 650 660 670 680 690 700 700 710 720 730 740 750 KIAA11 PFVRPGGMPGLGGPG-PGP-GGPEDRDGRQQPPQQPQQQPQPQAPQQPQQQQQQQPPPSQ : . . : :: : :: .. : .: .. :. : .:.. .. :: KIAA10 NFYENFYQQQEGMEMEPGLLGDAEDYGHYEELPGEPGEHLFPEHPLEPDSFSEGGPPGRP 710 720 730 740 750 760 760 770 780 790 800 KIAA11 QP----P---PTQQQPQQFRNDNRQQFNSGRDQERFGRRSFGNRVENDRERYGN-RNDDR .: : :. :. .: ...:: . : .:... : .: ::.. :: ..:. 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KIAA10 DEGGSSVTSILKTLRQQTSSRPPASVGELSSSGLGDPRLQKGHPTGSRLADPRLSRDPRL 830 840 850 860 870 880 860 870 880 890 KIAA11 RREKEEA-------RGKEKPEV-----TDRAGGNKTVEP--PISQVGNVDTASELEKG-- :. : . : :.. :.. :. : : :. :. .: :.: KIAA10 TRHVEASGGSGPGDSGPSDPRLARALPTSKPEGSLHSSPVGPSSSKGSGPPPTEEEEGER 890 900 910 920 930 940 900 910 920 KIAA11 -VSEAAVLKPSEELPAEATSSVEPEKDSGSAAEAPR . : :: : . :: KIAA10 ALREKAVNIPLDPLPGHPLRDPRSQLQQFSHIKKDVTLSKPSFARTVLWNPEDLIPLPIP 950 960 970 980 990 1000 >>KIAA1357 ( 836 res) fj01906 (836 aa) initn: 329 init1: 142 opt: 351 Z-score: 146.4 bits: 38.2 E(): 0.0049 Smith-Waterman score: 379; 30.476% identity (51.111% similar) in 315 aa overlap (461-765:158-432) 440 450 460 470 480 KIAA11 NPDWKGIPKKPENEVAQNGGAETSHTEPVSPIPKPLPVPVPPIPVPA---PITVPPPQVP : : : ::: ::.: :: :. ::: : KIAA13 ISSSSTSLSSSTSTEGSGTMKKLDPAVGSPPAPPPPPVPSPPFPCPADRSPFLPPPPPVT 130 140 150 160 170 180 490 500 510 520 530 540 KIAA11 PHQPGPPVVGALQPPAFTPPLGIPPPGFGPGVPPPP---PPPPFLRPGFNPMHLP--PGF . : :. . :.: :: :: .. : :: :: ::...:. :: : KIAA13 DCSQGSPLP---HSPVFPPP---PPEALIPFCSPPDWCLSPP---RPALSPI-LPDSPVS 190 200 210 220 230 550 560 570 580 590 600 KIAA11 LPPGPPPPITPPVSIPPPHTPPISIPNLVSGARGN-AESGDSVKMYGSAVPPAAPTNLPT :: :::. : : ::: .::.. :.... .: ..::. . :: ::.. . 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