# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg03353.fasta.huge -Q ../query/KIAA1202.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1202, 1502 aa vs ./tmplib.24314 library 1986003 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4440+/-0.0102; mu= -17.8424+/- 0.689 mean_var=445.7029+/-106.463, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.060751 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1481 ( 1380 res) fj05724 (1380) 801 85.7 6.7e-17 KIAA1960 ( 871 res) hk03842 ( 871) 367 47.5 1.3e-05 >>KIAA1481 ( 1380 res) fj05724 (1380 aa) initn: 885 init1: 367 opt: 801 Z-score: 395.2 bits: 85.7 E(): 6.7e-17 Smith-Waterman score: 888; 25.501% identity (51.361% similar) in 1396 aa overlap (167-1502:86-1344) 140 150 160 170 180 190 KIAA12 NTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSIGSMESLEQPGQATYESHLLPIDQNM-YPNQRDSAYS :.::. . . .:... :: : . . 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