# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh05775.fasta.huge -Q ../query/KIAA1229.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1229, 696 aa vs ./tmplib.24314 library 1986809 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3562+/-0.00922; mu= -3.2196+/- 0.620 mean_var=356.8206+/-89.226, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.067897 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0004 ( 1307 res) ha00065 (1307) 254 40.0 0.0017 KIAA1319 ( 1208 res) fh13717 (1208) 236 38.1 0.0057 KIAA1398 ( 1586 res) ha02572 (1586) 232 37.9 0.0087 >>KIAA0004 ( 1307 res) ha00065 (1307 aa) initn: 153 init1: 56 opt: 254 Z-score: 154.4 bits: 40.0 E(): 0.0017 Smith-Waterman score: 281; 21.322% identity (57.025% similar) in 605 aa overlap (95-685:402-952) 70 80 90 100 110 120 KIAA12 VNDGSHSEELFCHLKTISEKEDLPRCTSESHLSCLKQDILNEKTELEATLKEAELVTHSV :.: . . .. : . ::: ..: . 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