# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh08195s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1231.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1231, 1061 aa vs ./tmplib.24314 library 1986444 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8816+/-0.00876; mu= -7.2728+/- 0.590 mean_var=304.6341+/-76.339, 0's: 0 Z-trim: 56 B-trim: 133 in 1/39 Lambda= 0.073483 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 504 67.5 4.8e-12 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 496 66.7 9.6e-12 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 483 65.3 2.4e-11 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 482 65.2 2.7e-11 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 482 65.4 3.4e-11 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 479 64.9 3.4e-11 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 473 64.4 7e-11 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 465 63.4 8.6e-11 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 467 63.7 9.5e-11 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 464 63.5 1.4e-10 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 456 62.5 1.9e-10 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 457 62.7 2.1e-10 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 453 62.4 3.2e-10 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 450 62.0 3.4e-10 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 446 61.4 3.5e-10 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 446 61.5 4e-10 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 444 61.2 4.4e-10 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 438 60.6 7.1e-10 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 438 60.6 7.3e-10 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 436 60.6 1.2e-09 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 431 59.9 1.2e-09 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 429 59.6 1.3e-09 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 423 58.9 1.8e-09 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 424 59.2 2.3e-09 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 422 58.9 2.3e-09 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 426 59.5 2.4e-09 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 417 58.4 3.4e-09 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 415 58.2 4.5e-09 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 411 57.9 6.7e-09 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 407 57.3 6.7e-09 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 404 56.9 7.6e-09 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 398 56.6 1.9e-08 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 389 55.3 2.2e-08 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 388 55.4 3.5e-08 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 375 53.8 5.7e-08 KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253) 378 54.5 1e-07 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 355 51.8 3.3e-07 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 348 51.0 4.7e-07 KIAA0198 ( 562 res) ha02521 ( 562) 337 49.9 1.2e-06 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 337 49.9 1.2e-06 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 344 51.0 1.3e-06 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 322 48.4 4.1e-06 KIAA0760 ( 1224 res) hk04642s1 (1224) 325 48.9 5e-06 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 302 45.9 9.9e-06 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 279 43.8 8.7e-05 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 272 43.0 0.00015 KIAA0236 ( 1696 res) ha04654 (1696) 261 42.3 0.00069 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 250 40.7 0.00077 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 252 41.0 0.00081 KIAA1485 ( 1104 res) fj07037 (1104) 254 41.4 0.00085 >>KIAA1954 ( 468 res) fk02322 (468 aa) initn: 551 init1: 207 opt: 504 Z-score: 308.1 bits: 67.5 E(): 4.8e-12 Smith-Waterman score: 504; 27.614% identity (54.424% similar) in 373 aa overlap (409-773:55-410) 380 390 400 410 420 430 KIAA12 PQETQSSLEHEPETHTLHLQPQHEESVVPTQSTLTADDMRRAKRIRLELQNAALQHLFIR .:.:: . .... . . :.. : .. 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KIAA13 RRHTG-EKP---YKCNECGKVFTSNSGFNTH-QRTHT-GEKPFKCNDCGKAFSQMVHVTE 580 590 600 610 620 770 780 790 800 810 820 KIAA12 HIRKKHPEFAQLSNTIHTPLTTAVISATPAVLTTDSATGETVVTTDLLTQAMTELSQTLT : .: : KIAA13 H-QKIHSGEKPYKCDVCGKAFRRGSYLTVHWRTHTGEKPYTCKECGKGCITLSQLTLHQR 630 640 650 660 670 680 >>KIAA1829 ( 557 res) hj00069 (557 aa) initn: 967 init1: 337 opt: 479 Z-score: 292.8 bits: 64.9 E(): 3.4e-11 Smith-Waterman score: 506; 28.909% identity (53.687% similar) in 339 aa overlap (437-773:243-555) 410 420 430 440 450 460 KIAA12 PTQSTLTADDMRRAKRIRLELQNAALQHLFIRKSFRPFKCLQCGKAFREKDKLDQHLRFH :... .:. : .::::: . :..: : : KIAA18 QTTHFGKLPHGYDECGDAFSCYSFFTQPQRIHSGEKPYACNDCGKAFSHDFFLSEHQRTH 220 230 240 250 260 270 470 480 490 500 510 520 KIAA12 GREGNCPLTCDLCNKGFISSTSLESHMKLHSDQKTYSCIFCPESFDRLDLLKDHVAIHIN :. : : :::.: .:. : .:...:. .: ..: : ..:.: .: .: :: . 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KIAA18 -QRIHTG-EKP---YECSECGKAFHQ-ILSLRLHQRIHAGEKPYKCNECGNNFSCVSALR 500 510 520 530 540 770 780 790 800 810 820 KIAA12 QHIRKKHPEFAQLSNTIHTPLTTAVISATPAVLTTDSATGETVVTTDLLTQAMTELSQTL .: : .. : KIAA18 RHQRIHNRETL 550 >>KIAA1611 ( 813 res) fj12627 (813 aa) initn: 1564 init1: 295 opt: 473 Z-score: 287.2 bits: 64.4 E(): 7e-11 Smith-Waterman score: 502; 28.024% identity (54.867% similar) in 339 aa overlap (434-767:466-775) 410 420 430 440 450 460 KIAA12 SVVPTQSTLTADDMRRAKRIRLELQNAALQHLFIRKSFRPFKCLQCGKAFREKDKLDQHL : :. . .:::: .:.:.: ....: .: KIAA16 GRHRRVHTGEKPYKCNECGKAFSMHSNLATHQVIHTGTKPFKCNECSKVFTQNSQLANHR 440 450 460 470 480 490 470 480 490 500 510 520 KIAA12 RFHGREGNCPLTCDLCNKGFISSTSLESHMKLHSDQKTYSCIFCPESFDRLDLLKDHVAI :.: :. : :. :.:.: .:: .:. .:: .: :.:: : .:: . . :..: .: KIAA16 RIH--TGEKPYKCNECGKAFSVRSSLTTHQAIHSGEKPYKCIECGKSFTQKSHLRSHRGI 500 510 520 530 540 550 530 540 550 560 570 580 KIAA12 HINDGYFTCPTCKKRFPDFIQVKKHVRSFHSEKIYQCTECDKAFCRPDKLRLHMLRHSDR : .. . : : : : . :. .: : .:: :.:..: .:: ..: .:. :. . KIAA16 HSGEKPYKCNECGKVFAQTSQLARHWRVHTGEKPYKCNDCGRAFSDRSSLTFHQAIHTGE 560 570 580 590 600 610 590 600 610 620 630 640 KIAA12 KDFLCSTCGKQFKRKDKLREHMQRMHNPEREAKKADRISRSKTFKPRITSTDY---DSFT : . : ::: :.... : : .:.:. :. : .. ... ... .:. KIAA16 KPYKCHECGKVFRHNSYLATH-RRIHTGEKPYK-CNECGKAFSMHSNLTTHKVIHTGEKP 620 630 640 650 660 670 650 660 670 680 690 700 KIAA12 FKCRLCMMGFRRRGMLVNHLSKRHPDMKIEEVPELTLPIIKPNRDYFCQYCDKVYKSASK .:: : : . . :.:: .. : : : : :. : :... :. KIAA16 YKCNQCGKVFTQNSHLANH-QRTHTGEK-------------PYR---CNECGKAFSVRSS 680 690 700 710 710 720 730 740 750 KIAA12 RKAHILKNHPGAELPPSIRKLRPAGPG-EPDPMLSTHTQL-TGTIATPPVCCPHCSKQYS .: : : . : : : . :..: .. :: : : .:.: . KIAA16 LTTH-QAIHTGKK-P---YKCNECGKVFTQNAHLANHRRIHTGE---KPYRCTECGKAFR 720 730 740 750 760 760 770 780 790 800 810 KIAA12 SKTKMVQHIRKKHPEFAQLSNTIHTPLTTAVISATPAVLTTDSATGETVVTTDLLTQAMT ..... :. KIAA16 VRSSLTTHMAIHTGEKRYKCNECGKVFRQSSNLASHHRMHTGEKPYK 770 780 790 800 810 >>KIAA1806 ( 481 res) fk00438 (481 aa) initn: 682 init1: 286 opt: 465 Z-score: 285.6 bits: 63.4 E(): 8.6e-11 Smith-Waterman score: 465; 36.066% identity (65.027% similar) in 183 aa overlap (428-609:277-456) 400 410 420 430 440 450 KIAA12 QPQHEESVVPTQSTLTADDMRRAKRIRLELQNAALQ-HLFIRKSFRPFKCLQCGKAFREK : ..:. :. . . .::.: ::::::::. KIAA18 FTRNFNLILHQRNHTGEKPYECKDCGKAFNQPSSLRSHVRTHTGEKPFECSQCGKAFREH 250 260 270 280 290 300 460 470 480 490 500 510 KIAA12 DKLDQHLRFHGREGNCPLTCDLCNKGFISSTSLESHMKLHSDQKTYSCIFCPESFDRLDL ..: ::: : :: : :. :.: : .:: :. : ..:. .: : : : . ..::. 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KIAA00 TGQKPFQCNECEKAFWDKSNLTKHQRSHTGEKPFECNECGKAFSHKSALTLHQRTHTGEK 390 400 410 420 430 440 530 540 550 560 570 580 KIAA12 YFTCPTCKKRFPDFIQVKKHVRSFHSEKIYQCTECDKAFCRPDKLRLHMLRHSDRKDFLC . : .: : : . .. :: :. . : :.: :: :.: ..:..:. :. .: : : KIAA00 PYQCNACGKTFCQKSDLTKHQRTHTGLKPYECYECGKSFRVTSHLKVHQRTHTGEKPFEC 450 460 470 480 490 500 590 600 610 620 630 640 KIAA12 STCGKQFKRKDKLREHMQRMHNPER--EAKKADRISRSKTFKPR--ITSTDYDSFTFKCR :::.:..:..: .: ::.: .. : . . :.. : : : . . .: KIAA00 LECGKSFSEKSNLTQH-QRIHIGDKSYECNACGKTFYHKSLLTRHQIIHTGWKPY--ECY 510 520 530 540 550 560 650 660 670 680 690 KIAA12 LCMMGFRRRGMLVNHLSKRHPDMKIEEVPEL--------TLP----IIKPNRDYFCQYCD : : .. :. : .. : .: :: :: .. : :. : KIAA00 ECGKTFCLKSDLTVH-QRTHTGQKPFACPECGKFFSHKSTLSQHYRTHTGEKPYECHECG 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 KIAA12 KVYKSASKRKAHILKNHPGAELPPSIRKLRPAGPGEPDPMLSTHTQLTGTIATPPVCCPH :.. . : : ..: : : : . : . .:. : .. :. : : . 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