# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh15293.fasta.huge -Q ../query/KIAA1256.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1256, 1676 aa vs ./tmplib.24314 library 1985829 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3098+/-0.0121; mu= -22.6851+/- 0.815 mean_var=706.3163+/-174.624, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.048259 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443) 442 47.6 2.2e-05 KIAA0380 ( 1539 res) hh00518 (1539) 412 45.6 9.9e-05 KIAA0142 ( 802 res) ha01169 ( 802) 365 42.0 0.00063 KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 ( 694) 355 41.2 0.00093 KIAA0006 ( 773 res) ha01154 ( 773) 334 39.8 0.0027 KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 327 39.7 0.0062 >>KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443 aa) initn: 302 init1: 150 opt: 442 Z-score: 188.4 bits: 47.6 E(): 2.2e-05 Smith-Waterman score: 442; 28.571% identity (63.342% similar) in 371 aa overlap (1162-1514:661-1022) 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA12 LINVMNKDDPDWWQGEINGVTGLFPSNYVKMTTDSDPSQQWCADLQTLDTMQPIERKRQG . :: :. : .. ..: ..: : ::: KIAA03 TEHGTPKPFRKFDSVAFGESQSEDEQFENDLETDP-PNWQQLVSREVLLGLKPCEIKRQE 640 650 660 670 680 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA12 YIHELIQTEERYMADLQLVVEVFQKRMAESGFLTEGEMALIFVNWKELIMSNTKLLKALR :.::. ::. .. :... .:: .:... :.:. .:. :: : ..... . : . .. 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KIAA14 KRKSRVTGSKKSTKRTKSINGSLYIFRGRINTEVMEVENVEDGTAD---YHSNGYTVTNG 270 280 290 300 310 320 1510 1520 1530 1540 1550 KIAA12 LRTDNINERTAWVQKIKAASEQ--YIDT---EKKQREKAYQARSQKTSGIGRLMVHVIEA . : . .: :.: :. ..:. :..::: KIAA14 WKIHNTAKNKWFVCMAKTAEEKQKWLDAIIREREQRESLKLGMERDAYVMIAEKGEKLYH 330 340 350 360 370 380 1560 1570 1580 1590 1600 1610 KIAA12 TELKACKPNGKSNPYCEISMGSQSYTTRTIQDTLNPKWNFNCQFFIKDLYQDVLCLTLFD KIAA14 MMMNKKVNLIKDRRRKLSTVPKCFLGNEFVAWLLEIGEISKTEEGVNLGQALLENGIIHH 390 400 410 420 430 440 1676 residues in 1 query sequences 1985829 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:01 2008 done: Thu Dec 18 15:15:02 2008 Total Scan time: 0.900 Total Display time: 0.280 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]