# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03711mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1280.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1280, 1032 aa vs ./tmplib.24314 library 1986473 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9041+/-0.00768; mu= -7.7264+/- 0.521 mean_var=254.4086+/-60.570, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.080410 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0869 ( 888 res) hk06927 ( 888) 737 99.2 2.5e-21 >>KIAA0869 ( 888 res) hk06927 (888 aa) initn: 1550 init1: 581 opt: 737 Z-score: 474.8 bits: 99.2 E(): 2.5e-21 Smith-Waterman score: 1792; 39.709% identity (65.489% similar) in 962 aa overlap (94-1032:1-888) 70 80 90 100 110 120 KIAA12 LQEIDRKMSSTHTSYKLDEAQAIMSELRTIKKAICTGEKERRDLMHSLAKLTDSFKNSCS :::: ::::..::..::: : :.:... . KIAA08 KKAITCGEKEKQDLIKSLAMLKDGFRTDRG 10 20 30 130 140 150 160 170 180 KIAA12 VTDSLVDFPHHVGVPGDAGVPQQFCDAGSQTDIIGEFVFDDKTRLVDRVRLNWQYEEARK ..: . . .. .:.:. :..::::: : : ......:...::: .::::.. KIAA08 SHSDLWSSSSSLE-SSSFPLPKQYLDVSSQTDISGSFGINSNNQLAEKVRLRLRYEEAKR 40 50 60 70 80 190 200 210 220 230 240 KIAA12 RVANIQQQLARLDNESWPSTAEADRDRLQLIKEKEALLQELQLIIAQRRSAGDVARLEEE :.::.. :::.::.:.::.. ...:::: ::.::: ::.:...: .. . :.: .:: KIAA08 RIANLKIQLAKLDSEAWPGVLDSERDRLILINEKEELLKEMRFISPRKWTQGEVEQLEMA 90 100 110 120 130 140 250 260 270 280 290 300 KIAA12 RERLEEELRRARATSAQGATERILLQEKRNCLLMQLEEATRLTSYLQSQLKSLCASTLTV :.:::..:. :: :.... :::. :. ::: :. .:::::: .. :.:::::: .: .. KIAA08 RKRLEKDLQAARDTQSKALTERLKLNSKRNQLVRELEEATRQVATLHSQLKSLSSSMQSL 150 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 KIAA12 SSGSSRGSLASSRGSL-ASSRGSLSSVSFTDIYGLPQYEKPDAEGSQLLRFDLI------ ::::: :::.:::::: ::: : .:.::::.: : .:. :.: .. ..: :. KIAA08 SSGSSPGSLTSSRGSLVASSLDSSTSASFTDLYYDP-FEQLDSELQSKVEFLLLEGATGF 210 220 230 240 250 260 360 370 380 390 400 KIAA12 -P---FDSLGRDAPFSEPPGPSGFHKQR-RSLD-TPQSLASLSSRSSLSSLSPPSSPL-D : . .. .: . . .: . : :::. ::.:..::: :::::: ::: ::: KIAA08 RPSGCITTIHEDEVAKTQKAEGGGRLQALRSLSGTPKSMTSLSPRSSLSSPSPPCSPLMA 270 280 290 300 310 320 410 420 430 440 450 460 KIAA12 TPFLPASRDSPLAQLADSCEGPGLGALDRLRAHASAMGDEDLPGMAALQPHGVPGDGEGP :.: . :. : .: : : :.: .. . .: : .: . . . : : KIAA08 DPLLAG--DAFLNSLE--FEDPELSA---------TLCELSL-GNSAQERYRL----EEP 330 340 350 360 370 470 480 490 500 510 520 KIAA12 HERGPPPASAPVGGTVTLREDSAKRLERRARRISACLSDYSLASDSGVFEPLTKRNEDAE .: .: .: ..:. .. .:: .:: :.:.::::.: ..: .: KIAA08 GTEGKQ-----LGQAV----NTAQGCGLKVACVSAAVSDESVAGDSGVYEASVQRLGASE 380 390 400 410 420 530 540 550 560 570 580 KIAA12 EPAYGDTASN--GDPQIHVGLLRDSGSECLLVHVLQLKNPAGLAVKEDCKVHIRVYLPPL :. . :. : .:...: : .. . . ..::.: ..: ..: ::.::: . : KIAA08 AAAFDSDESEAVGATRIQIALKYDEKNKQFAILIIQLSNLSALLQQQDQKVNIRVAVLPC 430 440 450 460 470 480 590 600 610 620 630 640 KIAA12 DSGTPNTYCSKALEFQVPLVFNEVFRIPVHSSALTLKSLQLYVCSVTPQLQEELLGIAQI . .: . .. :. . ::::::: . . :: :.:.. ::.. . :: :: ::: KIAA08 SESTTCLFRTRPLDASDTLVFNEVFWVSMSYPALHQKTLRVDVCTTDRSHLEECLGGAQI 490 500 510 520 530 540 650 660 670 680 690 700 KIAA12 NLADYDSLSEMQLRWHSVQVFTSSEPSRTREAGCAG-ESSARDPAHTISISGKTDAVTVL .::. .: . ::... . . ...:: .: . : :: .::::..: KIAA08 SLAEVCRSGERSTRWYNLLSYKYLK-KQSRELKPVGVMAPASGPA-------STDAVSAL 550 560 570 580 590 710 720 730 740 750 760 KIAA12 LARTTAQLQAVERELAEERAKLEYTEEEVLEMERKEEQAEAISERSWQADSVDSGCSNCT : .: ::: : .: . : :. ..:. :. ::..:. . . : . KIAA08 LEQT-----AVELEKRQEGRSSTQTLEDSWRYEETSEN-EAVAEEEEEEVEEEEGEEDV- 600 610 620 630 640 770 780 790 800 810 820 KIAA12 QTSPPYPEPCCMGIDSILGHPFAAQAGPYSPEKFQPSPLKVDKETNTEDLFLEEAASLVK . : .: :.: :::::::::: : : . KIAA08 -----FTEKASPDMD---GYP----------------ALKVDKETNTET----PAPSPTV 650 660 670 830 840 850 860 870 880 KIAA12 ERPSRRARGSP----FVRSGTIVRSQTFSPGARSQYVCRLYRSDSDSSTLPRKSPFVRNT ::. : :.: :.:..::.::.::::: .::::::: ::::::::: .: :::::. KIAA08 VRPKDRRVGTPSQGPFLRGSTIIRSKTFSPGPQSQYVCRLNRSDSDSSTLSKKPPFVRNS 680 690 700 710 720 730 890 900 910 920 930 940 KIAA12 LERRTLRYKQ--SCRSSLAELMARTSLDLELDLQASRTRQRQLNEELCALRELRQRLEDA ::::..:.:. : .: .: . ::::::::::::.:: . ::..:. .:.::...::.: KIAA08 LERRSVRMKRPSSVKSLRSERLIRTSLDLELDLQATRTWHSQLTQEISVLKELKEQLEQA 740 750 760 770 780 790 950 960 970 980 990 1000 KIAA12 QLRGQTDLPPWVLRDERLRGLLREAERQTRQTKLDYRHEQAAEKMLKKASKEIYQLRGQS . .:. .:: :. .:::.: ::: :. :. . ... : ..::.. :.:....::::: KIAA08 KSHGEKELPQWLREDERFRLLLRMLEK--RMDRAEHKGELQTDKMMRAAAKDVHRLRGQS 800 810 820 830 840 850 1010 1020 1030 KIAA12 HKEPIQVQTFREKIAFFTRPRINIPPLPADDV ::: .::.::::.:::::::.::: : :::: KIAA08 CKEPPEVQSFREKMAFFTRPRMNIPALSADDV 860 870 880 1032 residues in 1 query sequences 1986473 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:59 2008 done: Thu Dec 18 15:15:59 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]