# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04108s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1281.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1281, 1534 aa vs ./tmplib.24314 library 1985971 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9304+/-0.00875; mu= -4.9086+/- 0.594 mean_var=307.0204+/-72.129, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.073197 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0295 ( 981 res) hf00226 ( 981) 495 66.9 2.2e-11 >>KIAA0295 ( 981 res) hf00226 (981 aa) initn: 1353 init1: 324 opt: 495 Z-score: 296.3 bits: 66.9 E(): 2.2e-11 Smith-Waterman score: 2215; 43.373% identity (65.153% similar) in 1079 aa overlap (513-1533:1-981) 490 500 510 520 530 540 KIAA12 NRGGANGKGRRGSLNASGRRTPPNCAAEDIKASPSSTNKRKNKPPMELDLNSSSEDNKPG ::::::.::::::: ...:::::::.: . 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