# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg06833.fasta.nr -Q ../query/KIAA1301.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1301, 1581 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7817365 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9615+/-0.000192; mu= 12.2055+/- 0.011 mean_var=101.6547+/-19.482, 0's: 44 Z-trim: 84 B-trim: 83 in 2/66 Lambda= 0.127207 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|126215718|sp|Q9P2P5.2|HECW2_HUMAN RecName: Full (1572) 10535 1945.2 0 gi|114582344|ref|XP_516001.2| PREDICTED: HECT, C2 (1572) 10482 1935.4 0 gi|194222428|ref|XP_001917812.1| PREDICTED: HECT, (1569) 10187 1881.3 0 gi|81891652|sp|Q6I6G8.1|HECW2_MOUSE RecName: Full= (1578) 10008 1848.5 0 gi|149046173|gb|EDL99066.1| similar to HECT, C2 an (1578) 9993 1845.7 0 gi|126326461|ref|XP_001369853.1| PREDICTED: simila (1570) 9736 1798.5 0 gi|118093388|ref|XP_421906.2| PREDICTED: similar t (1566) 9028 1668.6 0 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5.7e-116 gi|156545459|ref|XP_001606831.1| PREDICTED: hypoth (1205) 2217 418.6 1.5e-113 gi|110760831|ref|XP_392900.3| PREDICTED: similar t (1204) 2199 415.3 1.5e-112 gi|108878502|gb|EAT42727.1| hect type E3 ubiquitin ( 458) 2165 408.7 5.4e-111 gi|190648956|gb|EDV46234.1| GG18320 [Drosophila er ( 435) 2155 406.8 1.8e-110 >>gi|126215718|sp|Q9P2P5.2|HECW2_HUMAN RecName: Full=E3 (1572 aa) initn: 10535 init1: 10535 opt: 10535 Z-score: 10443.3 bits: 1945.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 10535; 100.000% identity (100.000% similar) in 1572 aa overlap (10-1581:1-1572) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 AANPREADGMASSAREHLLFVRRRNPQMRYTLSPENLQSLAAQSSMPENMTLQRANSDTD ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|126 MASSAREHLLFVRRRNPQMRYTLSPENLQSLAAQSSMPENMTLQRANSDTD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA13 LVTSESRSSLTASMYEYTLGQAQNLIIFWDIKEEVDPSDWIGLYHIDENSPANFWDSKNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|126 LVTSESRSSLTASMYEYTLGQAQNLIIFWDIKEEVDPSDWIGLYHIDENSPANFWDSKNR 60 70 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