# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh04045s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1305.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1305, 1819 aa vs ./tmplib.24314 library 1985686 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2306+/-0.00984; mu= -1.0384+/- 0.664 mean_var=430.7152+/-105.731, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061799 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0323 ( 724 res) hg00467 ( 724) 879 94.2 1.2e-19 KIAA0615 ( 943 res) hg01354a ( 943) 684 77.0 2.3e-14 KIAA1726 ( 624 res) pf01109 ( 624) 448 55.7 4e-08 >>KIAA0323 ( 724 res) hg00467 (724 aa) initn: 1267 init1: 644 opt: 879 Z-score: 444.8 bits: 94.2 E(): 1.2e-19 Smith-Waterman score: 879; 62.621% identity (85.437% similar) in 206 aa overlap (667-870:437-642) 640 650 660 670 680 690 KIAA13 GQGQAGRQGPQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEAL : .: : : .... ::. ::..::: KIAA03 PPAPEPPWHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQGMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEAL 410 420 430 440 450 460 700 710 720 730 740 750 KIAA13 NTPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVF . :: : :.. ::. ::..:::::.:::::::::.:: ::::.:::.::.::::..::: KIAA03 QDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVF 470 480 490 500 510 520 760 770 780 790 800 810 KIAA13 VPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIV :: :...:. .::::::: ::.::..::.:::.. .::.:..:: ::::::::::::::: KIAA03 VPQWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIV 530 540 550 560 570 580 820 830 840 850 860 870 KIAA13 TNEQIHILMNSSKKLM--VKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTD .:.:.. : . :.: : ...:::::::.:::::::::::::.::::::::::: : KIAA03 SNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGS 590 600 610 620 630 640 880 890 900 910 920 930 KIAA13 IGNFLKVWKTLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKA KIAA03 SKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQRE 650 660 670 680 690 700 >>KIAA0615 ( 943 res) hg01354a (943 aa) initn: 810 init1: 511 opt: 684 Z-score: 349.6 bits: 77.0 E(): 2.3e-14 Smith-Waterman score: 684; 49.485% identity (84.021% similar) in 194 aa overlap (676-867:629-820) 650 660 670 680 690 700 KIAA13 PQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEALNTPFELNLS : :. .:.::. ::....:. :..:.:. KIAA06 PHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPSDHI--DSSVTGVQRFRDTLKIPYKLELK 600 610 620 630 640 650 710 720 730 740 750 760 KIAA13 GEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFVPTWQLKKN .::: :...:::::.::..:::..::::::::.::..::. :.:..::::: :. ... KIAA06 NEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVPQWRTRRD 660 670 680 690 700 710 770 780 790 800 810 820 KIAA13 RRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIVTNEQIHILM : :.::::.:. : .::.::... :..:...: ::...::..: ::::::.... .. KIAA06 PNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTNDNFREFV 720 730 740 750 760 770 830 840 850 860 870 880 KIAA13 NSSK--KLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTDIGNFLKVWK : : . .. ::: .::.:..::::::::::.:: :.:::.: KIAA06 NESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQPLLSALPN 780 790 800 810 820 830 890 900 910 920 930 940 KIAA13 TLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKAAEEDDLDSS KIAA06 VGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQNLPMPAQR 840 850 860 870 880 890 >>KIAA1726 ( 624 res) pf01109 (624 aa) initn: 459 init1: 156 opt: 448 Z-score: 237.7 bits: 55.7 E(): 4e-08 Smith-Waterman score: 448; 46.939% identity (78.231% similar) in 147 aa overlap (728-868:1-147) 700 710 720 730 740 750 KIAA13 TPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFV : .. :::::: .::..: .:::...:::: KIAA17 GNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFV 10 20 30 760 770 780 790 800 810 KIAA13 PTWQLKKNRR---VRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGI :.:. ...: . ....: ::.. :.: .:::. .:.... :: ::.:::: :.::: KIAA17 PAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGI 40 50 60 70 80 90 820 830 840 850 860 870 KIAA13 IVTNEQIHILMNSSK--KLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFL-KKPNRL ::.:.. . : : . : .. .::: ..:... :: ::::::: ::.::.:: ::: KIAA17 IVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVP 100 110 120 130 140 150 880 890 900 910 920 930 KIAA13 DTDIGNFLKVWKTLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGT KIAA17 EHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNS 160 170 180 190 200 210 1819 residues in 1 query sequences 1985686 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:02 2008 done: Thu Dec 18 15:17:03 2008 Total Scan time: 0.980 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]