# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj00164.fasta.huge -Q ../query/KIAA1340.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1340, 441 aa vs ./tmplib.24314 library 1987064 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9007+/-0.00505; mu= 13.9068+/- 0.346 mean_var=89.9789+/-20.602, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.135208 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0711 ( 661 res) hg00358 ( 661) 438 95.5 1.1e-20 KIAA1354 ( 632 res) fj01502 ( 632) 385 85.1 1.3e-17 KIAA1309 ( 639 res) fh10381 ( 639) 382 84.6 2e-17 KIAA1384 ( 652 res) fj06146 ( 652) 337 75.8 8.9e-15 KIAA1921 ( 545 res) fg00938 ( 545) 264 61.5 1.5e-10 KIAA0795 ( 465 res) hk06104 ( 465) 254 59.4 5.3e-10 KIAA1490 ( 749 res) fj08103 ( 749) 246 58.1 2.2e-09 KIAA0132 ( 637 res) ha01449s1 ( 637) 233 55.5 1.1e-08 KIAA1842 ( 526 res) fj22905s1 ( 526) 214 51.7 1.3e-07 KIAA0850 ( 644 res) hk05995 ( 644) 212 51.4 1.9e-07 KIAA1489 ( 511 res) fj07905 ( 511) 169 42.9 5.6e-05 KIAA1129 ( 625 res) hg04330 ( 625) 164 42.0 0.00013 KIAA1900 ( 582 res) fk07650 ( 582) 161 41.4 0.00018 KIAA1378 ( 628 res) fj04831s1 ( 628) 153 39.9 0.00056 KIAA1687 ( 728 res) fh26020 ( 728) 137 36.8 0.0053 >>KIAA0711 ( 661 res) hg00358 (661 aa) initn: 344 init1: 198 opt: 438 Z-score: 463.5 bits: 95.5 E(): 1.1e-20 Smith-Waterman score: 443; 29.630% identity (54.762% similar) in 378 aa overlap (38-392:242-605) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 GGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTSLLQLLLS----QVRL ..:.: .: ::. . : . :. : KIAA07 LRVQGVSLTALRLLLADAYSGRMAGVRPDNVAEVVAGARRLQLPGAAQRATDAVGPQLSL 220 230 240 250 260 270 70 80 90 100 110 120 KIAA13 NNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSPPQAPGDVSLKQRLRE :: :. :. : .:..: :: :. ::: .: ..: : :. :..::: KIAA07 ANCYEVLSAAKRQRLNELRDAAYCFMSDHYLEVLREPA--VFGRLSGAERDLLLRRRLRA 280 290 300 310 320 130 140 150 160 170 KIAA13 ARM-TGTPVLVALGDFLGG-PLAPH---PYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDLVN .: . .: :. :. : .: .:. .. .. . .: :. :. . KIAA07 GRAHLLAAALGPAGERAGSRPQSPSGDADARGDA-AVYCFHAAAGEWRELTRL--PEGAP 330 340 350 360 370 380 180 190 200 210 220 230 KIAA13 VRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQEISAAHS-----YNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLV .:: : .: ::::..:: .. . : : :::.:. : : . : ::...:. KIAA07 ARGCGLCVLYNYLFVAGGVAPAGPDGRARPSDQVFCYNPATDSWSAVRPLRQARSQLRLL 390 400 410 420 430 440 240 250 260 270 280 290 KIAA13 AVNSKLYAIGGQAVSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPL--AEFSACECKGKIYVIGGYTTR :....:::.::. . .:: :.:. : : ::::: . : :.:.::: :: KIAA07 ALDGHLYAVGGECLLSVERYDPRADRWAPVAPLPRGAFAVAHEATTCHGEIYVSGGSLF- 450 460 470 480 490 500 300 310 320 330 340 KIAA13 DRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQMVSVEETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSE-- . .:.: : : : . . :. .::... :: .:. .: .:. KIAA07 ---YRLLKYDPRRDEWQECPCSSSRERSADMVALDGFIY-----RFDLSGSRGEAQAAGP 510 520 530 540 550 350 360 370 380 390 400 KIAA13 DMLTVQSYNTVTRQW----LYLKENTSKSGLN-LTCALHNDGIYIMSRDVTLSTSLEHRV . ..:. :. ...:: :. . .::. . :: . .:: .:: KIAA07 SGVSVSRYHCLAKQWSPCVAPLRLPGGPTGLQPFRCAALDGAIYCVSRAGTWRFQPAREG 560 570 580 590 600 610 410 420 430 440 KIAA13 FLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET KIAA07 EAGGDAGQGGGFEALGAPLDVRGVLIPFALSLPEKPPRGEQGAP 620 630 640 650 660 >>KIAA1354 ( 632 res) fj01502 (632 aa) initn: 341 init1: 154 opt: 385 Z-score: 407.9 bits: 85.1 E(): 1.3e-17 Smith-Waterman score: 386; 25.000% identity (51.483% similar) in 472 aa overlap (38-422:137-596) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 GGAREGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTSLLQL----LLSQVRL :.. .:::::::. .:.. :.: : : KIAA13 CIKLHGVNKVGLKKIIDFIYTAKLSLNMDNLQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLISGVSL 110 120 130 140 150 160 70 80 90 100 110 KIAA13 NNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSPPQAP--GDVSLKQ-- .::.:. :.:..:.: .... :.. .: .: .: : : .. :::. 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KIAA13 DNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNSFVLKNFPALLSTGEFLKLPFERLAFVLSSNSLKHCT 180 190 200 210 220 230 120 130 140 KIAA13 ------------RLREARMTGT---------PVL--------VALGDFLGGP-------L ::.: :: . :.. : ::. : KIAA13 ELELFKATCRWLRLEEPRMDFAAKLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCVNLLL 240 250 260 270 280 290 150 160 KIAA13 APHPYQGEP---PSM--------------------LR-----------YEEMTERWFPLA :: : : : :: :.: ...: :: KIAA13 EASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDTTHLVTLGGVLRQQLVVSKELRMYDEKAHEWKSLA 300 310 320 330 340 350 170 180 190 200 210 220 KIAA13 NNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGG---YRITSQE-ISAAHSYNPSTNEWLQVASMNQ : : . .: :.. :.:..::: : .. .... ..: :.:.::::.:. KIAA13 ---PMDAPRYQ-HGIAVIGNFLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRFDPRYNKWMQVASLNE 360 370 380 390 400 410 230 240 250 260 270 280 KIAA13 KRSNFKLVAVNSKLYAIGGQAVSN----VECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGK ::. :.: :... :::.::. ... ::::::. . :..:: . .: .. : KIAA13 KRTFFHLSALKGYLYAVGGRNAAGELPTVECYNPRTNEWTYVAKMSEPHYGHAGTVYGGV 420 430 440 450 460 470 290 300 310 320 330 340 KIAA13 IYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQ-MVSVEETIYIVGGCLHELG .:. :: : . ... . :..: : . .. . .: . : .: : .:..:: : : KIAA13 MYISGGITHDTFQKELMCFDPDTDKW-IQKAPMTTVRGLHCMCTVGERLYVIGGN-HFRG 480 490 500 510 520 530 350 360 370 380 390 400 KIAA13 PNRRSSQSEDMLTVQSYNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHNDGIYIMSRDVTLSTSL .:. .:.:. . :. . :: . .. .. :. .. ::... . .. KIAA13 ----TSDYDDVLSCEYYSPILDQWTPIAAML-RGQSDVGVAVFENKIYVVG-GYSWNNRC 540 550 560 570 580 410 420 430 440 KIAA13 EHRVFLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLVSSLYLPNKAET .. ::. .: :. .: KIAA13 MVEIVQKYDPDKDEWHKVFDLPESLGGIRACTLTVFPPEETTPSPSRESPLSAP 590 600 610 620 630 >>KIAA1384 ( 652 res) fj06146 (652 aa) initn: 251 init1: 176 opt: 337 Z-score: 357.1 bits: 75.8 E(): 8.9e-15 Smith-Waterman score: 347; 25.714% identity (55.429% similar) in 350 aa overlap (67-390:270-599) 40 50 60 70 80 90 KIAA13 LLSELVEAASFLQVTSLLQLLLSQVRLNNCLEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEV :: : ... :::.. ::: .. :. KIAA13 LNFEEMRALLDSLPPPVESELALFQMSVLWLEHDRETRMQYAPDLMKR-LRFALIPAPEL 240 250 260 270 280 290 100 110 120 130 140 KIAA13 LCKPQ-FHLLGSPPQAPG---D------VSLKQRLREA---RMTGTPVLVALGDFLGGPL . . : .. . : : . ..:. :.. :. .. .. : .:: : KIAA13 VERVQSVDFMRTDPVCQKLLLDAMNYHLMPFRQHCRQSLASRIRSNKKMLLL---VGG-L 300 310 320 330 340 350 150 160 170 180 190 200 KIAA13 APHPYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQE : : . : ....: . .. . . . .: : . . ..:.::..:: . . KIAA13 PPGPDR-LPSNLVQYYDDEKKTWKILTIMP---YNSAHHCVVEVENFLFVLGGE--DQWN 360 370 380 390 400 210 220 230 240 250 KIAA13 ISAAHS------YNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQA----VSNVECY .. :: :.: : :.:. :...:..: ....::.:::. .:.:::: KIAA13 PNGKHSTNFVSRYDPRFNSWIQLPPMQERRASFYACRLDKHLYVIGGRNETGYLSSVECY 410 420 430 440 450 460 260 270 280 290 300 310 KIAA13 NPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETC : : . : .:. ::.::: .. .::::. :: . . . : : :.:. KIAA13 NLETNEWRYVSSLPQPLAAHAGAVHNGKIYISGGVHNGEYVPWLYCYDPVMDVWA----- 470 480 490 500 510 520 320 330 340 350 360 370 KIAA13 DVHIRKQQMVSVE--ETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSE-DMLTVQSYNTVTRQWLYLKEN :::.: . . .:. ... :. .: :. .. :. :.. :. :. :: :. KIAA13 ----RKQDMNTKRAIHTLAVMNDRLYAIGGNHLKGFSHLDVMLVECYDPKGDQWNILQTP 530 540 550 560 570 380 390 400 410 420 430 KIAA13 TSKSGLNLTCALHNDGIYIMSRDVTLSTSLEHRVFLKYNIFSDSWEAFRRFPAFGHNLLV .. . ::. .:.::.. KIAA13 ILEGRSGPGCAVLDDSIYLVGGYSWSMGAYKSSTICYCPEKGTWTELEGDVAEPLAGPAC 580 590 600 610 620 630 >>KIAA1921 ( 545 res) fg00938 (545 aa) initn: 164 init1: 136 opt: 264 Z-score: 281.1 bits: 61.5 E(): 1.5e-10 Smith-Waterman score: 264; 24.268% identity (57.741% similar) in 239 aa overlap (101-334:228-455) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 RLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEVLCKPQFHLLGSPPQAPGDVSLKQRLREARMTGTP ..:.: :.: ... : : .:. KIAA19 IHPSYLLNVVDNEELIKSSEACRDLVNEAKRYHML---PHARQEMQTP-RTRPRLSAGVA 200 210 220 230 240 250 140 150 160 170 180 190 KIAA13 VLVALGDFLGGPLAPHPYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAILDNY ...: .:: : .. .. ....:.:::. :: . . . .. . . KIAA19 EVIVL---VGGRQMVGMTQRSLVAVTCWNPQNNKWYPLAS-LP--FYDREFFSVVSAGDN 260 270 280 290 300 200 210 220 230 240 KIAA13 LFIVGGYRITSQEISAAHSYNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQAVS-- ... ::.. .. .. . : ..: :. :. : . .. ..:.:..:: .:. KIAA19 IYLSGGME-SGVTLADVWCYMSLLDNWNLVSRMTVPRCRHNSLVYDGKIYTLGGLGVAGN 310 320 330 340 350 360 250 260 270 280 290 300 KIAA13 --NVECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQ-YCPSSD .:: :. . :. :::::. . .: : :::::.:: . : ..:: : :... KIAA19 VDHVERYDTITNQWEAVAPLPKAVHSAAATVCGGKIYVFGGVNEAGRAAGVLQSYVPQTN 370 380 390 400 410 420 310 320 330 340 350 360 KIAA13 MWTLFETCDVHIRKQQMVSVEETIYIVGGCLHELGPNRRSSQSEDMLTVQSYNTVTRQWL :...:. . . :... ..:.:: KIAA19 TWSFIESPMIDNKYAPAVTLNGFVFILGGAYARATTIYDPEKGNIKAGPNMNHSRQFCSA 430 440 450 460 470 480 >>KIAA0795 ( 465 res) hk06104 (465 aa) initn: 332 init1: 165 opt: 254 Z-score: 271.4 bits: 59.4 E(): 5.3e-10 Smith-Waterman score: 263; 25.978% identity (50.559% similar) in 358 aa overlap (41-364:2-348) 20 30 40 50 60 KIAA13 REGWLLGPRGEKGGGVDEDEEMDEVSLLSELVEAASFLQVTSLLQ----LLLSQVRLNNC :. .:::::. :. . .: ... .:: KIAA07 SLLMGASFLQLQSIKDACCTFLRERLHPKNC 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA13 LEMYRLAQVYGLPDLQEACLRFMVVHFHEV------LCKPQFHLLGSPPQAPGDVSLKQR : . ..:... : .: :. :: :: : : .: . .:. ... KIAA07 LGVRQFAETMMCAVLYDAANSFIHQHFVEVSMSEEFLALPLEDVLELVSRDELNVKSEEQ 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 KIAA13 LREA--------RMTGTPVLVALGDFLGGPLAPHPYQGE---PPSMLRYEEMTERWFPLA . :: : : : : . . :: . .. ...: . . : KIAA07 VFEAALAWVRYDREQRGPYLPELLSNIRLPLCRPQFLSDRVQQDDLVRCCHKCRDLVDEA 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 220 KIAA13 NN---LP---PDL--VNVRGYGSAILDNYLFIVGGYRITSQEISAAHSYNPSTNEWLQVA .. .: : : .: . . . .. ::: ... ..... ..: .: : . KIAA07 KDYHLMPERRPHLPAFRTRPRCCTSIAGLIYAVGGLNSAGDSLNVVEVFDPIANCWERCR 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 KIAA13 SMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQA----VSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACE :. :: ...::. :::::: .:.:: :::: :.:. :. . . . ... KIAA07 PMTTARSRVGVAVVNGLLYAIGGYDGQLRLSTVEAYNPETDTWTRVGSMNSKRSAMGTVV 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 KIAA13 CKGKIYVIGGYTTRDRNMNILQYCPSSDMWTLFETCDVHIRKQQMVSVEE-TIYIVGGCL :.::: ::: . .. : : .: ::. . . . :. :.: : ::. :: KIAA07 LDGQIYVCGGYDGNSSLSSVETYSPETDKWTVVTSMSSN-RSAAGVTVFEGRIYVSGG-- 280 290 300 310 320 340 350 360 370 380 390 KIAA13 HELGPNRRSSQSEDMLTVQSYNTVTRQWLYLKENTSKSGLNLTCALHNDGIYIMSRDVTL :. : . :: :. :: : : KIAA07 HD-GLQIFSS-------VEHYNHHTATWHPAAGMLNKRCRHGAASLGSKMFVCGGYDGSG 330 340 350 360 370 380 >>KIAA1490 ( 749 res) fj08103 (749 aa) initn: 435 init1: 149 opt: 246 Z-score: 260.5 bits: 58.1 E(): 2.2e-09 Smith-Waterman score: 289; 25.764% identity (57.642% similar) in 229 aa overlap (158-375:527-740) 130 140 150 160 170 180 KIAA13 GTPVLVALGDFLGGPLAPHPYQGEPPSMLRYEEMTERWFPLANNLPPDLVNVRGYGSAIL :. :. : . ::: .. .: : ..: KIAA14 RLQFGVAVIDDKLFVIGGRDGLKTLNTVECYNPKTKTW----TVLPPMSTHRHGLGVTVL 500 510 520 530 540 550 190 200 210 220 230 240 KIAA13 DNYLFIVGGYRITSQEISAAHSYNPSTNEWLQVASMNQKRSNFKLVAVNSKLYAIGGQ-- .. .. :::. : ..... ..:....: ::::. ::. ..:.:.:::..::. KIAA14 EGPIYAVGGHDGWSY-LNTVERWDPQSQQWTFVASMSIARSTVGVAALNGKLYSVGGRDG 560 570 580 590 600 610 250 260 270 280 290 KIAA13 --AVSNVECYNPEQDAWNFVAPLPNPLAEFSACECKGKIYVIGGYTTRDRNMN------I .:..: :.:. . ::. ::. . . .. : : .:..::. . : . 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