# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj00418.fasta.huge -Q ../query/KIAA1342.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1342, 426 aa vs ./tmplib.24314 library 1987079 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0459+/-0.00567; mu= 12.3155+/- 0.385 mean_var=113.6376+/-26.960, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.120313 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0080 ( 486 res) hh13320 ( 486) 1497 270.8 1.3e-73 KIAA1427 ( 439 res) fh02770 ( 439) 389 78.4 9.6e-16 KIAA0985 ( 697 res) hj08038 ( 697) 303 63.7 3.9e-11 KIAA0538 ( 816 res) hg03944(revised) ( 816) 245 53.8 4.7e-08 KIAA0734 ( 1190 res) hk03764s2 (1190) 186 43.7 7.1e-05 KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 ( 843) 180 42.5 0.00012 KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 181 42.9 0.00013 KIAA0439 ( 995 res) hj00462 ( 995) 175 41.7 0.00024 KIAA1597 ( 913 res) fj09819 ( 913) 168 40.5 0.00053 KIAA0636 ( 540 res) hj03289 ( 540) 160 38.8 0.001 KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212) 161 39.4 0.0014 >>KIAA0080 ( 486 res) hh13320 (486 aa) initn: 1124 init1: 825 opt: 1497 Z-score: 1413.5 bits: 270.8 E(): 1.3e-73 Smith-Waterman score: 1497; 52.995% identity (79.493% similar) in 434 aa overlap (2-425:56-485) 10 20 30 KIAA13 KMAPITTSREEFDEIPTVVGIFSAFGLVFTV :: ::. : :: :.:.:...: :: : KIAA00 LYSCCLGTDRGFPELSYHCKNVIATASDYDMAEITNIRPSFDVSPVVAGLIGASVLVVCV 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 KIAA13 SL--FAWICCQRKSSKSNKTPPYKFVHVLKGVDIYPENLNSKKKFGADDKNEVKNKPAVP :. :.: ::.... :..:.:::::.:.:::..::::.:..:::. .. :. :. KIAA00 SVTVFVWSCCHQQAEKKHKNPPYKFIHMLKGISIYPETLSNKKKIIKVRRD--KDGPGRE 90 100 110 120 130 140 90 100 110 120 130 140 KIAA13 --KNSLHLDLEKRDLNGNFPKTNLKPGSPSDLENATPKL----FLEGEKESVSPESLKSS . .: .: . : . : :.: : ... :. :.. :..: :. KIAA00 GGRRNLLVDAAEAGLLSR-DKDPRGPSSGSCIDQLPIKMDYGEELRSPITSLTPGESKT- 150 160 170 180 190 200 150 160 170 180 190 200 KIAA13 TSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIKMTILPEK :: .: :.. ::.: ::..::: .::.::.:.::.:::.::.:.. :::::::::::.: KIAA00 TSPSSPEEDVMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDPYIKMTILPDK 210 220 230 240 250 260 210 220 230 240 250 260 KIAA13 KHKVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIGEVLIPLS .:.::::::::::::.::::::::::::.:.:.:.::: .::::::::::.::::..::. KIAA00 RHRVKTRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDDVIGEVMVPLA 270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 320 KIAA13 GIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVVVLKARHLPKSDVSGL :.. : ::. ..:.:::::..: .:::: .:: :: ... .:::::::::::: :..:: KIAA00 GVDPSTGKVQLTRDIIKRNIQKCISRGELQVSLSYQPVAQRMTVVVLKARHLPKMDITGL 330 340 350 360 370 380 330 340 350 360 370 380 KIAA13 S-DPYVKVNLYHAKKRISKKKTHVKKCTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISVEFLVLDSER : .::::::.:...:::.:::::::::: : .::: :..::: . : :::.::::.: .: KIAA00 SGNPYVKVNVYYGRKRIAKKKTHVKKCTLNPIFNESFIYDIPTDLLPDISIEFLVIDFDR 390 400 410 420 430 440 390 400 410 420 KIAA13 GSRNEVIGQLVLGA-AAEGTGGEHWKEICDYPRRQIAKWHVLCDG ..:::.:.:.::: .. ..:.:::.:.:. ::. .:::: : . KIAA00 TTKNEVVGRLILGAHSVTASGAEHWREVCESPRKPVAKWHSLSEY 450 460 470 480 >>KIAA1427 ( 439 res) fh02770 (439 aa) initn: 352 init1: 231 opt: 389 Z-score: 374.6 bits: 78.4 E(): 9.6e-16 Smith-Waterman score: 389; 26.149% identity (59.195% similar) in 348 aa overlap (85-423:99-437) 60 70 80 90 100 110 KIAA13 VHVLKGVDIYPENLNSKKKFGADDKNEVKNKPAV--PKNSLHLDLEKRDLNGNFPKTNLK .::: :. . : :. . : . . KIAA14 LGSAQQFNVKKSTEPVQPRALLKFPDIYGPRPAVTAPEVINYADYSLRSTE--EPTAPAS 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 KIAA13 PGSPSDLE---NATPKLFLEGEKESVSPESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERK : :.: . ..: .::. .. : . . . . . .. : . :.:. .. KIAA14 PQPPNDSRLKRQVTEELFILPQNGVVEDVCVMETWNPEKAASWNQAPKLHYCLDYDCQKA 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 KIAA13 AFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIKMTILPEKKH-KVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYG . :. :: . .... : :.. .. . ...: . .. : ...: ... KIAA14 ELFVTRLEA----VTSNHDGGCDCYVQGSVANRTGSVEAQTALKKRQLHTTWEEGLVL-P 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 KIAA13 IPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIGEVLIPLSGIELSEGKMLMNREIIKRNVRK-SS . .. .: .:. . ::::: .. ::. . :.: . : .. .: .... :. KIAA14 LAEEELPTATLTLTLRTCDRFSRHSVAGELRLGLDGTSVPLGAAQWGE--LKTSAKEPSA 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 KIAA13 GRGELLISLCYQSTTNTLTVVVLKARHLPKSDVSGL--SDPYVKVNLYHAKKRISKKKTH : ::.:.:. : ..: : ::..::..: ... . : .: :::.: : ....::.:. KIAA14 GAGEVLLSISYLPAANRLLVVLIKAKNLHSNQSKELLGKDVSVKVTLKHQARKLKKKQTK 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 KIAA13 VKKCTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISVEFLVLDSERGSRNEVIGQLVLGAAAEGTGGEH : : :.::...:..: . :. :::. :: .. .... ..:. :: . :. : KIAA14 RAKHKINPVWNEMIMFELPDDLLQASSVELEVLGQDDSGQSCALGHCSLGLHTSGSERSH 360 370 380 390 400 410 410 420 KIAA13 WKEICDYPRRQIAKWHVLCDG :.:. :::::: :: : KIAA14 WEEMLKNPRRQIAMWHQLHL 420 430 >>KIAA0985 ( 697 res) hj08038 (697 aa) initn: 554 init1: 291 opt: 303 Z-score: 291.7 bits: 63.7 E(): 3.9e-11 Smith-Waterman score: 506; 29.474% identity (58.421% similar) in 380 aa overlap (77-423:315-688) 50 60 70 80 90 100 KIAA13 NKTPPYKFVHVLKGVDIYPENLNSKKKFGADDKNEVKNKPAVPKNSLHLDLEKRDLNGNF :.: :: :. : .. :. :.. KIAA09 SVQSPAPPQPGQPGTPGGSRPGPGPAGRFPDQKPEVA--PSDPGTTAPPREERTGGVGGY 290 300 310 320 330 340 110 120 130 140 150 KIAA13 PKTNLK------PGSP-SDLENATPKLFLEGEKESVSPESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLF : .. . :..: :. :.:. . .. :: . .. . .. ::.: KIAA09 PAVGAREDRMSHPSGPYSQASAAAPQP--AAARQPPPPEEEEEEANSYDSDEATTLGALE 350 360 370 380 390 400 160 170 180 190 200 210 KIAA13 FSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIKMTILP--EKKHKVKTRVLRKTLD ::: :. . ... .: .:.:: :: ... .:::.:. .:: :..:..:..::.: . KIAA09 FSLLYDQDNSSLQCTIIKAKGLKPMDSNGL-ADPYVKLHLLPGASKSNKLRTKTLRNTRN 410 420 430 440 450 220 230 240 250 KIAA13 PAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIGEV------------------- : ..::....:: ..:. .:.... . :.:.....:::. KIAA09 PIWNETLVYHGITDEDMQRKTLRISVCDEDKFGHNEFIGETRFSLKKLKPNQRKNFNICL 460 470 480 490 500 510 260 270 280 290 300 310 KIAA13 --LIPL--SGIELS-EGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVVVLKAR .::. .: : .: :...: ..: : ::..:.:: :.. . : : ... KIAA09 ERVIPMKRAGTTGSARGMALYEEEQVER-VGDIEERGKILVSLMYSTQQGGLIVGIIRCV 520 530 540 550 560 570 320 330 340 350 360 370 KIAA13 HLPKSDVSGLSDPYVKVNLYHAKKRISKKKTHVKKCTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISV :: :..: :::.::. : . .:.::..:: : : ::: : .:: : :. KIAA09 HLAAMDANGYSDPFVKLWLKPDMGKKAKHKTQIKKKTLNPEFNEEFFYDIKHSDLAKKSL 580 590 600 610 620 630 380 390 400 410 420 KIAA13 EFLVLDSERGSRNEVIGQLVLGAAAEGTGGEHWKEICDYPRRQIAKWHVLCDG .. : : . :. :. :: :: .:.: .:: : ..: .:: : KIAA09 DISVWDYDIGKSNDYIGGCQLGISAKGERLKHWYECLKNKDKKIERWHQLQNENHVSSD 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0538 ( 816 res) hg03944(revised) (816 aa) initn: 79 init1: 79 opt: 245 Z-score: 236.5 bits: 53.8 E(): 4.7e-08 Smith-Waterman score: 245; 29.004% identity (57.143% similar) in 231 aa overlap (167-394:16-230) 140 150 160 170 180 190 KIAA13 PESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIK .:... . : :...::: : . .:::: KIAA05 DPGVWLPPSRDPAMAKRSSLYIRIVEGKNLPAKD-ITGSSDPYCI 10 20 30 40 200 210 220 230 240 250 KIAA13 MTILPEKKHKVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIG . . ... ..: .. ::: : . : . . : . :. : ... : .::::.:: KIAA05 VKV--DNEPIIRTATVWKTLCPFWGEEYQVHLPPTFH----AVAFYVMDEDALSRDDVIG 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 310 KIAA13 EVLIPLSGIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQ--STTNTLTVVVLKARH .: . . : :. : . . . . .::. . : . . : ::.:: KIAA05 KVCLTRDTIA-SHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARD 100 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 KIAA13 LPKSDVSGLSDPYVKVNLYHAKKRISKKKTHVKK-CTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISV : .: .: :::.:.: :... : . . ::: : : .:: : :.. ..: . : KIAA05 LAPKDRNGTSDPFVRVR-YKGRTR---ETSIVKKSCYPR--WNETFEFELQEGAMEALCV 160 170 180 190 200 210 380 390 400 410 420 KIAA13 EFLVLDSERGSRNEVIGQLVLGAAAEGTGGEHWKEICDYPRRQIAKWHVLCDG : . : . :::. .:..:. KIAA05 E--AWDWDLVSRNDFLGKVVIDVQRLRVVQQEEGWFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQLEV 220 230 240 250 260 >>KIAA0734 ( 1190 res) hk03764s2 (1190 aa) initn: 128 init1: 70 opt: 186 Z-score: 179.4 bits: 43.7 E(): 7.1e-05 Smith-Waterman score: 186; 33.058% identity (61.983% similar) in 121 aa overlap (279-395:1004-1124) 250 260 270 280 290 300 KIAA13 FSRDDIIGEVLIPLSGIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVV .:. . ... :.: . :... . :.: KIAA07 RDGSYKRLKEELRLHKCSTRECIEQFYLDKLKQRTLEQNRFGRLSVRCHYEAAEQRLAVE 980 990 1000 1010 1020 1030 310 320 330 340 350 360 KIAA13 VLKARHLPKSDVSGLSDPYVKVNLY--HAKKRISKKKTHVKKCTPNAVFNELFVFDIPCE ::.: : :..:::::.: :.: : . ...:.:: : . :..::: :..: : KIAA07 VLHAADLLPLDANGLSDPFVIVELGPPHLFPLVRSQRTQVKTRTLHPVYDELFYFSVPAE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 370 380 390 400 410 420 KIAA13 GLED--ISVEFLVLDSERGSRNEVIGQLVLGAAAEGTGGEHWKEICDYPRRQIAKWHVLC . . : : :.: . : :. :. .:: KIAA07 ACRRRAACVLFTVMDHDWLSTNDFAGEAALGLGGVTGVARPQVGGGARAGQPVTLHLCRP 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA13 DG KIAA07 RAQVRSALRRLEGRTSKEAQEFVKKLKELEKCMEADP 1160 1170 1180 1190 >>KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 (843 aa) initn: 282 init1: 123 opt: 180 Z-score: 175.4 bits: 42.5 E(): 0.00012 Smith-Waterman score: 233; 26.961% identity (65.196% similar) in 204 aa overlap (75-270:631-825) 50 60 70 80 90 100 KIAA13 KSNKTPPYKFVHVLKGVDIYPENLNSKKKFGADDKNEVKNKPAVPK---NSLH-LDLEKR :..:: ...: :. ..:: : . KIAA12 KEGRKTSIKSHMSGSPGPGGSNTAPSTPVIGGSDKPGMEEKAQPPEAGPQGLHDLGRSSS 610 620 630 640 650 660 110 120 130 140 150 160 KIAA13 DLNGNFPKTNLKPGSPSDLENATPKLFLEGEKESVSPESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLFF .: .. . ..: .:: . . . . .. . ..:...:.: : :: . . KIAA12 SLLASPGHISVKEPTPSIASDISLPIATQELRQRL--RQLENGTTLG----QSPLGQIQL 670 680 690 700 710 170 180 190 200 210 KIAA13 SLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIKMTILPEKKH--KVKTRVLRKTLDP ..... .:. ..: .. :.: :..:.. ::::..: .::.:.. . ::.: .:::.: KIAA12 TIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIAFSEDG--SDPYVRMYLLPDKRRSGRRKTHVSKKTLNP 720 730 740 750 760 770 220 230 240 250 260 270 KIAA13 AFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRF-SRDD-IIGEVLIPLSGIELSEGKMLMNR .::..: : .. ..:. .: .. . : :.: ..:.::. :.. ::..: KIAA12 VFDQSFDF-SVSLPEVQRRTLDVAVKNSGGFLSKDKGLLGKVLVALASEELAKGWTQWYD 780 790 800 810 820 830 280 290 300 310 320 330 KIAA13 EIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVVVLKARHLPKSDVSGLSDPYVKVNLYHAK KIAA12 LTEDGTRPQAMT 840 >>KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200 aa) initn: 123 init1: 66 opt: 181 Z-score: 174.7 bits: 42.9 E(): 0.00013 Smith-Waterman score: 181; 25.000% identity (63.415% similar) in 164 aa overlap (104-262:546-705) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGADDKNEVKNKPAVPKNSLHLDLEKRDLNGNFPKTNLKPGSPSDLENATPKLFLEG-EK :..:. . .. ..::... .. . .. KIAA07 LQGATFEEVYNIILESKPEPQVELVVSRPIGDIPR--IPDSTHAQLESSSSSFESQKMDR 520 530 540 550 560 570 140 150 160 170 180 190 KIAA13 ESVSPESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSD :.: : : .. . : : : ..: .. . ..:.: :. ::. :.. . KIAA07 PSISVTS-PMSPGMLRDVPQFLSGQLSIKLWFDKVGHQLIVTILGAKDLPSR-EDGRPRN 580 590 600 610 620 630 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PYIKMTILPEK--KHKVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFS ::.:. .::.. :.: .:....:::.: ...:: . . ...: :..:. . : KIAA07 PYVKIYFLPDRSDKNKRRTKTVKKTLEPKWNQTFIYSPVHRREFRERMLEITLWDQARVR 640 650 660 670 680 690 260 270 280 290 300 KIAA13 RDD--IIGEVLIPLSGIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVV ... ..::.:: : KIAA07 EEESEFLGEILIELETALLDDEPHWYKLQTHDVSSLPLPHPSPYMPRRQLHGESPTRRLQ 700 710 720 730 740 750 >>KIAA0439 ( 995 res) hj00462 (995 aa) initn: 111 init1: 111 opt: 175 Z-score: 169.9 bits: 41.7 E(): 0.00024 Smith-Waterman score: 175; 27.344% identity (60.156% similar) in 128 aa overlap (181-298:69-192) 160 170 180 190 200 KIAA13 KQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTS--DPYIKMTILPEKKHK-- ::. :: . . :::.:... ... 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