# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj01564.fasta.huge -Q ../query/KIAA1355.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1355, 1189 aa vs ./tmplib.24314 library 1986316 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4412+/-0.0106; mu= -13.2774+/- 0.713 mean_var=522.6397+/-129.030, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056101 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1030 ( 763 res) fh00432 ( 763) 482 54.6 6.9e-08 KIAA0756 ( 1222 res) ff01911 (1222) 449 52.1 6e-07 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 416 49.5 4.1e-06 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 402 48.4 9.5e-06 KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092) 380 46.8 4.1e-05 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 300 40.2 0.003 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 278 38.1 0.0073 >>KIAA1030 ( 763 res) fh00432 (763 aa) initn: 553 init1: 155 opt: 482 Z-score: 233.4 bits: 54.6 E(): 6.9e-08 Smith-Waterman score: 626; 29.329% identity (51.767% similar) in 566 aa overlap (599-1091:1-553) 570 580 590 600 610 620 KIAA13 SLAVPVGAAHLLVPGLQPHTQYQFSVLAQNKLGSGPFSEIVLSAPEGLPTTPAAPGLPPT :::.. :::.: ..: : : . 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KIAA15 VFERPTFLRRPINQVVLEEEAVEFRCQVQGDPQP-TVRWKKDDADL-------PRGRYDI 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 KIAA13 --DGSLRLLATQPDDAGCYTCVPSNGLLHPPSASAYLTVLYPAQVTAMPPETPLPIGMPG : .::. :. : : : :. : . ::: ::: : : .. : . . : KIAA15 KDDYTLRIKKTMSTDEGTYMCIAENRV-GKMEASATLTVRAPPQFVVRPRDQIVAQGRTV 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 KIAA13 VIRCPVRANP-PLLFVSWTKDGKALQLDKFPGWSQ--------GTEGSLIIALGNEDALG .. : ...:: : .: : :.:. : ::. : . :.: :. ... : KIAA15 TFPCETKGNPQPAVF--WQKEGSQNLL--FPNQPQQPNSRCSVSPTGDLTITNIQRSDAG 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 KIAA13 EYSCTPYNSLGTA---GPSPVTRVLL-KAPPAFIERPKEEYFQEVGRELLIPCSAQGDPP : : . :. . :: :: . :: ... : .. . : :: :.: ::: KIAA15 YYICQALTVAGSILAKAQLEVTDVLTDRPPPIILQGPANQTLAVDGTALL-KCKATGDPL 390 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 510 KIAA13 PVVSWTKVGRGLQGQ---AQVDSNSSLILRPLTKEAHGHWECSASNAVARVATSTNVYVL ::.:: : : . :. : .. ...: .. : : . : :... .... :. . : KIAA15 PVISWLKEGFTFPGRDPRATIQEQGTLQIKNLRISDTGTYTCVATSSSGETSWSAVLDVT 450 460 470 480 490 500 520 530 540 550 560 KIAA13 GTSPHVVTNVSVVALP-------------KGANVSWEPGFDGGYLQRFSVWYTPLAKRPD .. . : .. :: .....::.:: : . . . KIAA15 ESGATISKNYDLSDLPGPPSKPQVTDVTKNSVTLSWQPGTPGTLPASAYI----IEAFSQ 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 KIAA13 RMHHDWVSLAVPVGAAHLLVPGLQPHTQYQFSVLAQNKLGSGPFSEIVLSAP-EGLPTTP . ..: ..: : .. : ::.:.: : : : : : : . : .: : . .: KIAA15 SVSNSWQTVANHVKTTLYTVRGLRPNTIYLFMVRAINPQGLSDPSP--MSDPVRTQDISP 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 KIAA13 AAPGLPPTEIPPPLSPPRGLVAVR-------TPRGVLLHWDPPELVPKRLDGYVL----- : :. .. : : : :: :: : . : . :. ..:: . KIAA15 PAQGVDHRQVQKEL----GDVLVRLHNPVVLTPTTVQVTWTVDRQ-PQFIQGYRVMYRQT 630 640 650 660 670 670 680 690 700 710 720 KIAA13 EGRQGSQGWEVLDPAVAGTETELLVPGLIKDVLYEFRLVAFAGSFVSDPSNTANVSTSGL : :....:. :: : .. .:: .: : : ::... . . : . :.. .: :. KIAA15 SGLQATSSWQNLDAKVPTERSAVLV-NLKKGVTYEIKVRPYFNEFQGMDSESKTVRTT-- 680 690 700 710 720 730 730 740 750 760 770 780 KIAA13 EVYPSRTQLPGLLPQPVLAGVVGGVCFLGVAVLVSILAGCLLNRRRAARRRRKRLRQDPP : :: : :: : . .::. ...: KIAA15 EEAPSA---P---PQSVTVLTVGSYNSTSISVSWDPPPPDHQNGIIQEYKIWCLGNETRF 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 KIAA13 LIFSPTGKSAAPSALGSGSPDSVAKLKLQGSPVPSLRQSLLWGDPAGTPSPHPDPPSSRG KIAA15 HINKTVDAAIRSVIIGGLFPGIQYRVEVAASTSAGVGVKSEPQPIIIGRRNEVVITENNN 790 800 810 820 830 840 >>KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496 aa) initn: 244 init1: 114 opt: 402 Z-score: 195.1 bits: 48.4 E(): 9.5e-06 Smith-Waterman score: 491; 26.406% identity (58.435% similar) in 409 aa overlap (151-542:267-665) 130 140 150 160 170 180 KIAA13 FFLDQHIPEDDFANGSWVHLTVNSPPQFQETPPAVLEVQELEPVTLRCVARGSPLPHVTW . : .: . : . : :.:.: :.. : KIAA02 AICEYPRRIQGRSVATITPEELNCERPRITSEPQDADVTSGNTVYFTCRAEGNPKPEIIW 240 250 260 270 280 290 190 200 210 220 230 KIAA13 KLRGKDLG-QGQGQVQV-QNGTLRIRRVERGSSGVYTCQASSTEGSA-THATQLLVLG-P ...:. . ...... ..::: :. ... ..:.: :.:... : . :. . : .: : KIAA02 LRNNNELSMKTDSRLNLLDDGTLMIQNTQETDQGIYQCMAKNVAGEVKTQEVTLRYFGSP 300 310 320 330 340 350 240 250 260 270 280 290 KIAA13 --PVIVVPPKNSTVNASQDVSLACHAEAYPANLTYSWFQDNINVFHISRLQPRVRILVDG :..:. :.:. : ....:.: : : ..: :: . . . . . .::: : .: KIAA02 ARPTFVIQPQNTEVLVGESVTLECSATGHPPP-RISWTRGDRTPLPV---DPRVNITPSG 360 370 380 390 400 410 300 310 320 330 340 350 KIAA13 SLRLLATQPDDAGCYTCVPSNGLLHPPSASAYLTVLYPAQVTAMPPETPLPIGMPGVIRC .: . . :.: :.: .:.. :.:.. : : :. : . . :. ..: KIAA02 GLYIQNVVQGDSGEYACSATNNI-DSVHATAFIIVQALPQFTVTPQDRVVIEGQTVDFQC 420 430 440 450 460 470 360 370 380 390 400 410 KIAA13 PVRANPPLLFVSWTKDGKALQLDKFPG-WSQGTEGSLIIALGNEDALGEYSCTPYNSLGT ...::: . ..::: :. :..:. :.:: .:: .. :.: : : .:. KIAA02 EAKGNPPPV-IAWTKGGSQLSVDRRHLVLSSGTLRISGVALHDQ---GQYECQAVNIIGS 480 490 500 510 520 420 430 440 450 460 470 KIAA13 AGPSPVTRVLLKAPPAFIERPKEEYFQEVGRELLIPCSAQGDPPPVVSWTKVGRGL--QG : .. :.: :.. ::: .. .:::.::.: :...:.: : . .: KIAA02 QKVVAHLTVQPRVTPVFASIPSDTTV-EVGANVQLPCSSQGEPEPAITWNKDGVQVTESG 530 540 550 560 570 580 480 490 500 510 520 KIAA13 QAQVDSNSSLILRPLTKEAHGHWECSASNAV--ARVATSTNVYVLGTS----PHVVTNV- . ... .. : . . :..:: : :.. : :. .: : .: : :.:.. KIAA02 KFHISPEGFLTINDVGPADAGRYECVARNTIGSASVSMVLSVNVPDVSRNGDPFVATSIV 590 600 610 620 630 640 530 540 550 560 570 580 KIAA13 -SVVALPKGANVSWEPGFDGGYLQRFSVWYTPLAKRPDRMHHDWVSLAVPVGAAHLLVPG ..... .. : . :: KIAA02 EAIATVDRAINSTRTHLFDSRPRSPNDLLALFRYPRDPYTVEQARAGEIFERTLQLIQEH 650 660 670 680 690 700 >>KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092 aa) initn: 341 init1: 116 opt: 380 Z-score: 183.8 bits: 46.8 E(): 4.1e-05 Smith-Waterman score: 500; 23.738% identity (51.160% similar) in 733 aa overlap (44-745:368-1037) 20 30 40 50 60 70 KIAA13 CLGLAVLSLVISQGADGRGKPEVVSVVGRAGESVVLGCDLLPPAGRPPLHVIEWLRFGFL : .:.:.: : .: : . .:.: : : KIAA11 TFGSAEATGILMVIDPLHVTLTPKKLKTGIGSTVILSCAL---TGSPEF-TIRWYRNTEL 340 350 360 370 380 390 80 90 100 110 120 130 KIAA13 LPIFIQFGLYSPRIDPDYVGRVRLQKGASLQIEGLRVEDQGWYECRVFFLDQHIPEDDFA . :: . .: .. .: : . . .: :.: : . .::: KIAA11 -------------VLPDEAISIRGLSNETLLITSAQKSHSGAYQC--FATRKAQTAQDFA 400 410 420 430 140 150 160 170 180 KIAA13 NGSWVHLTVNSPPQFQETPPAVLEVQELEPVTLRCVARGSPLPHVTWKLRG----KDLGQ . : ..: . : :. : .: :.:.:.: : ::: : .: .. KIAA11 I---IALEDGTPRIVSSFSEKV--VNPGEQFSLMCAAKGAPPPTVTWALDDEPIVRDGSH 440 450 460 470 480 490 190 200 210 220 230 240 KIAA13 GQGQVQVQNGT----LRIRRVERGSSGVYTCQASSTEGSATHATQLLVLGPPVIVVPPKN .: ...:: . . . ..::: : : . ::: . ... : ::: : . .: KIAA11 RTNQYTMSDGTTISHMNVTGPQIRDGGVYRCTARNLVGSAEYQARINVRGPPSIRAM-RN 500 510 520 530 540 550 250 260 270 280 290 300 KIAA13 STVNASQDVSLACHAEAYPANLTYSWFQDNINVFHISRLQP---RVRILVDGSLRLLATQ :. :..:. . :.. .:: . .:..: . : : : .. .:.:.: .: KIAA11 ITAVAGRDTLINCRVIGYPY-YSIKWYKDAL-------LLPDNHRQVVFENGTLKLTDVQ 560 570 580 590 600 310 320 330 340 350 KIAA13 PD-DAGCYTCVPSNGLLHPP---SASAYLTVLYPAQVTAMPPE-TPLPIGMPGVIRCPVR : : : : . :..: : :....: : . .: : : ::. : : : KIAA11 KGMDEGEYLC---SVLIQPQLSISQSVHVAVKVPPLI--QPFEFPPASIGQLLYIPCVVS 610 620 630 640 650 360 370 380 390 400 410 KIAA13 ANPPLLFVSWTKDGKAL-QLDKFPGWSQGTEGSLIIALGNEDALGEYSCTPYNSLGTAGP .. . ..: :::... . . :. .:: :. . :.:.: :. .:. KIAA11 SGDMPIRITWRKDGQVIISGSGVTIESKEFMSSLQISSVSLKHNGNYTCIASNAAATV-- 660 670 680 690 700 710 420 430 440 450 460 KIAA13 SPVTRVLLKAPPAFIERPKEEYFQEVGRELLIPCSAQGDPPPVVSWTKV-GRG------- : ......:: :. .:... :. .. ::..: ::: : : .. : : KIAA11 SRERQLIVRVPPRFVVQPNNQD-GIYGKAGVLNCSVDGYPPPKVMWKHAKGSGNPQQYHP 720 730 740 750 760 770 470 480 490 500 510 520 KIAA13 --LQGQAQVDSNSSLILRPLTKEAHGHWECSASNAVARVATSTNVYVLGTSPHVVTN--V : :. :. ::::..: . .: :.. :.:::.:. . : .... : ..:. KIAA11 VPLTGRIQILPNSSLLIRHVLEEDIGYYLCQASNGVG-TDISKSMFLTVKIPAMITSHPN 780 790 800 810 820 830 530 540 550 560 570 580 KIAA13 SVVALPKGANVSWEPGFDGGYLQRFSVWYTPLAKRPDRMHHDWVSLAVPVGAAHLLVPGL ...:. :. .... : ..:: .. : . . . ... .. KIAA11 TTIAIK-------------GHAKELNC--TARGERPIIIR--WEKGDTVIDPDRVMRYAI 840 850 860 870 590 600 610 620 630 640 KIAA13 QPHTQYQFSVLAQNKLGSGPFSEIVLSAPEGLPTTPAAPGLPPTEIPPPLSPPRGLVAVR . . . :.. :: . .. :. . ... . :: . : .::. . 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KIAA14 GKTHTATVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGG---EPSLPS-EKVRTEEAVPEVPPSEV--- 550 560 570 580 590 640 650 660 670 680 KIAA13 LSPPRGLVAVRTPRGVLLHWDPPELVPKRLD-----GYVLEGRQ-GSQGWEVLDPAVAGT : . :. ... ::: ::..:. :::. : : : KIAA14 ----NGGGGSRSE--LVITWDP---VPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDT 600 610 620 630 640 650 690 700 710 720 730 740 KIAA13 ETELLVPGLIKDVLYEFRLVAFAGSFVSDPSNTANVSTSGLEVYPSRTQLPGLLPQPVLA KIAA14 PRYVFRNESIVPYSPYEVKVGVYNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSE 660 670 680 690 700 710 1189 residues in 1 query sequences 1986316 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:00 2008 done: Thu Dec 18 15:19:02 2008 Total Scan time: 0.760 Total Display time: 0.320 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]