# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk09846.fasta.huge -Q ../query/KIAA1402.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1402, 788 aa vs ./tmplib.24314 library 1986717 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4961+/-0.00546; mu= 4.5567+/- 0.366 mean_var=216.3427+/-54.247, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 150 in 1/39 Lambda= 0.087197 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0990 ( 883 res) hk05454 ( 883) 489 74.8 4.3e-14 >>KIAA0990 ( 883 res) hk05454 (883 aa) initn: 328 init1: 152 opt: 489 Z-score: 344.8 bits: 74.8 E(): 4.3e-14 Smith-Waterman score: 679; 25.207% identity (52.899% similar) in 845 aa overlap (6-782:74-865) 10 20 30 KIAA14 SLRLCPWGTHLAGPTTMRLSSLLALLRPALPLILG : : :: .. . :..: : :.:: KIAA09 AALGRAGLRGRGQRAEGARGLRRRRRRRRRPGGRSGAGMAARGRRAWLSVL---LGLVLG 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 KIAA14 LSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRARLDQSDEDFKPRIVPYYRDP . :. : : :.: .. : . : :.: : :.: ..: .. : :: KIAA09 FVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAGGARGDAR-GAQLWPPGSDP 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 KIAA14 NKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQ . : :.: :.:.:.:.. :.: :::. :: .. .: . : .. KIAA09 DG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSS 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 KIAA14 RGARAPAGMQVVS-HG--DERPAWLMS-ETLRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLA .:. . . . :: .: : : : :...: :. :.::. .::.:... :: KIAA09 EGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLE 210 220 230 240 250 260 210 220 230 240 250 260 KIAA14 ALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGC . :. .. :.::.. : .: : : .. .: :: : ..:: .: :. ::. : KIAA09 NFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKC 270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 320 KIAA14 RGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFA .. ... : .:::. :: :: ... :: :...: :. . .: . .:.. KIAA09 LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT 330 340 350 360 370 380 330 340 350 360 370 KIAA14 VHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLTPEGEAGL---SWPVGL .:: .. .::::. . : : ::... :. :...... ... . . .:. KIAA09 LHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGI 390 400 410 420 430 380 390 400 410 420 430 KIAA14 PAPFT---PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASRADVGDALETALEQLNR : : :..: :.: :...: .. .: .:: : . ...:.: . : . ..:..: KIAA09 PPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINA 440 450 460 470 480 490 440 450 460 470 480 KIAA14 RYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALA--RRVSLLRPLS . : :. ... :::: .: : :: ::::: ..:.. .. :.. : . .: KIAA09 NAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFS 500 510 520 530 540 550 490 500 510 KIAA14 RVEILP-------------------MPYVTEATR--VQLVLP---------------LLV ..... . ..... . : . :: .:. KIAA09 KIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILI 560 570 580 590 600 610 520 530 540 550 560 570 KIAA14 AEAAAAPAFLE---AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPDPFLGVKAAAAELER .. :.. : . : : ... :..:: .. . :: :. . . . KIAA09 PLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF-----NSDSNPDKAKQVELMT-DYRI 620 630 640 650 660 670 580 590 600 610 620 630 KIAA14 RYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISG .:: . . : : .: :.. ..: :.. ..:.:. : : :.::: :.. : KIAA09 KYPKADMQILPVSGEF-SRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLG 680 690 700 710 720 730 640 650 660 670 680 690 KIAA14 WQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCF : .::. :....: . .: : . : .. : . . . :. KIAA09 QQIYFPIIFSQYDPKIVY---------SGKVPSDNHFAFTQKT----GFWRNYGFGITCI 740 750 760 770 700 710 720 730 740 KIAA14 YNADYLAARARLAG-ELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRF--SGLHLFRAVEPGLVQKFSLR :..: . :..: ... : ::: .:.: . .::. ::. : :.:. KIAA09 YKGDLV----RVGGFDVSIQGW-----GLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPV 780 790 800 810 820 830 750 760 770 780 KIAA14 DCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST :.: :. . :. : :. :. ::: .:. KIAA09 FCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA 840 850 860 870 880 788 residues in 1 query sequences 1986717 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:52 2008 done: Thu Dec 18 15:20:52 2008 Total Scan time: 0.580 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]