# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14368mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1414.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1414, 1586 aa vs ./tmplib.24314 library 1985919 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3007+/-0.00475; mu= 14.7835+/- 0.322 mean_var=82.9754+/-19.784, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.140799 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1316 ( 1590 res) fh12964 (1590) 2645 548.4 4.1e-156 >>KIAA1316 ( 1590 res) fh12964 (1590 aa) initn: 5008 init1: 2642 opt: 2645 Z-score: 2894.6 bits: 548.4 E(): 4.1e-156 Smith-Waterman score: 5764; 56.183% identity (81.670% similar) in 1593 aa overlap (1-1586:34-1590) 10 20 30 KIAA14 RCAERLNNLKTSPEAVSGYSFAMAALLGGV :: :::.. :.:::::.:.:::.:::::.: KIAA13 HPSISVRLAAAWCLHCIAVALPSYLTPLLDRCLERLTGHKSSPEAVTGFSFAVAALLGAV 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA14 HQCPLGIPHAKGKMVVSIAEDLLRTAAQNSRLSLQRTQAGWLLLGALMTLGPSVVRYHLP ..:::::::.:::.....::::: .:::::::: :::::::::..:::::::.:: .:: KIAA13 KHCPLGIPHGKGKIIMTLAEDLLCSAAQNSRLSAQRTQAGWLLISALMTLGPAVVSHHLA 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 KIAA14 KMLLLWRNVFPRSLKELEAEKARGDSFTWQVTLEGRAGALCAMRSFVAHCPELLTEDVIR ..::::. ::: : :.::.::.::::::::::::::::::::..:::.:: .::::.: . KIAA13 RVLLLWKCVFPASPKDLETEKSRGDSFTWQVTLEGRAGALCAIKSFVSHCGDLLTEEVTQ 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 KIAA14 KLMTPIECAMTMMSHIPSVMKAHGAHLKASAAMVRLRLYDILALLPPKTYEGSFNALLRE .:. :. ::. ..... :..: .:. ::. ... : :::..: ::::.::::.. :.::: KIAA13 RLLPPLPCAVDLLTQLSSILKMYGSPLKTPSVVYRQRLYELLILLPPETYEGNLCAILRE 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 KIAA14 LVAEFTLTDNSANTTTSLLRSLCHYDDSVLLGSWLQETDHKSIEDQLQPNSASGSGALEH :.:..: : .. ..: :: ::: :: ..:. .::::::. ::.:: ... . :.::. KIAA13 LAADLTAPDIQVAASTFLLPPLCHQDDLLILSPFLQETDHRFIEEQLLLGNGVACGSLEY 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 KIAA14 DPSSIYLRIPAGEAVPGPLPLGVSVIDASVALFGVVFPHVSYKHRLQMLDHFAECVKQAK :: ::: . :..:: ::: ..:::... ::::: ::. .:: .:... . .:..: KIAA13 DPYSIYEKDVEGDSVPKPLPPALSVISSASKLFGVVCAHVGETQRLLILEQLLDSIKHTK 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 KIAA14 GVRQQAVQLNIFTAVLSALKGLAENKSTLGPEEVRKSALTLVMGPLDNPNPILRCAAGEA :.:::.:::.. ..: : :: .: .:. :::::... ::::::: :..:::.:::::.:. KIAA13 GARQQVVQLHVVSSVSSFLKYVAGSKGCLGPEEMKRFALTLVMGALESPNPLLRCAAAES 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 KIAA14 LGRMAQVVGEATFIARMAQYSFDKLKSARDVVSRTGHSLALGCLHRYVGGIGSGQHLKTS .:.::.: ...: : .:: ::::::::::::.::::::::: ::::.:::.:.:::.. KIAA13 WARLAQMVDDGAFTAGLAQVSFDKLKSARDVVTRTGHSLALGSLHRYLGGISSSQHLNSC 430 440 450 460 470 480 460 470 480 490 500 510 KIAA14 VSILLALAQDGTSPEVQTWSLHSLALIVDSSGPMYRGYVEPTLSLVLTLLLTVPPSHTEV ..:: .::::.:::.::::.::::.::.::.::.: .:::::::.. :::.:::.:.:: KIAA13 IGILYTLAQDSTSPDVQTWALHSLSLIIDSAGPLYYVHVEPTLSLIIMLLLNVPPTHAEV 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 KIAA14 HQCLGRCLGAIITTVGPELQGNGATTSTIRSSCLVGCAITQDHSDSLVQAAAISCLQQLH :: :::::.:.:::.:::::::... ::.:.:::.:::. ::. : :::: ::::::::: KIAA13 HQSLGRCLNALITTLGPELQGNSTSISTLRTSCLLGCAVMQDNPDCLVQAQAISCLQQLH 550 560 570 580 590 600 580 590 600 610 620 630 KIAA14 MFAPRHVNLSSLVPSLCVHLCSSHLLLRRAAVACLRQLAQREAAEVCEYAMSLAKNTGDK ::::::::::::: :::.::: .::::::..::::::.::::::: :.:. :::. KIAA13 MFAPRHVNLSSLVSCLCVNLCSPYLLLRRAVLACLRQLVQREAAEVSEHAVMLAKD---- 610 620 630 640 650 640 650 660 670 680 690 KIAA14 ESSSANVSPFAPGVSSRTDIHCRHQGVNITETGLEGLLFGMLDRETDRKLCSDIHDTLGH : ...: : :: :.:::: :. .::.:::..:: ::..::.. KIAA13 --SREELTPDA----------------NIREVGLEGALLILLDKETDERLCHDIKETLNY 660 670 680 690 700 700 710 720 730 740 750 KIAA14 MLSSLAVEKLSHWLMLCKDVLAASSDMSTATLLSSGKDEEAEKKDEMDDDTMFTTLGEED ::.:.:::::: :: :::::::::.:....: ... ..::. :. :: ...:: .: KIAA13 MLTSMAVEKLSLWLKLCKDVLAASADFTAVTCVDTMQEEEG---DKGDDASVLTTRRDE- 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 KIAA14 KSKPFVAPRWATRVFAADCLCRIINLCENADQAHFDLALARSAKLRNPTNDLLVLHLSDL ::.::. ::::::::::.:.::::: ::::..::::.:::. : :. ::.:::::.:: KIAA13 KSHPFTNPRWATRVFAAECVCRIINQCENANSAHFDIALAQEMKKRDSRNDFLVLHLADL 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 KIAA14 IRMAFMAATDHSNQLRMAGLQALEDIIKKFASVPEPEFPGHVILEQYQANVGAALRPAFS ::::::::::::.:::..::. : .:..::.:::::::::::::::::::::::::::. KIAA13 IRMAFMAATDHSDQLRLSGLEMLLVVIRRFATVPEPEFPGHVILEQYQANVGAALRPAFT 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 KIAA14 QDTPSDIIAKACQVCSTWIGSGVVSDLNDLRRVHNLLVSSLDKVQAGKGSSSQLYRESAT ..:: :. ::::::::.::.::::::::::::::.:::::: :.:::: . :.:: :::. KIAA13 SETPPDVTAKACQVCSAWIASGVVSDLNDLRRVHQLLVSSLTKIQAGKEALSHLYNESAS 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 KIAA14 TMEKLAVLKAWAEVYVVAMNIKKEAESKPKRAIKNTDDD--DDDCGTIDELPPDSLITLV ::: :::::::::::..:.. ... . .: .. .: . .:.. :.:. :: KIAA13 TMEILAVLKAWAEVYIIAVQ-RHKNHRQPLKTTTCLEDGIRNGSCSS------DGLLDLV 940 950 960 970 980 990 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA14 QPELPTLSRLWLAALKDYALLTLPAEFSSQLPPDGGAFYTPETIDTARLHYRNSWAPILH .: ::::::::::.:.::::::.::.:::: .:::::: :: ..:.::: :::: ::: KIAA13 YADLGTLSRLWLAALQDFALLTLPSEFASQLPAEGGAFYTAETSENAKLHYYNSWALILH 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA14 AVALWLNSTGFTCSESTEAAAISGLQKRSTSVNLNQASGAVGSAKSLPEINKDRMHLILG :.::::.::::. .. :.: :.:.. : ... :.:.. .. :: .. ::.::::: KIAA13 ATALWLTSTGFVVADPDEGA--SNLSRPVTPTSMCQGSSSGATIKSPEDVYTDRFHLILG 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA14 VSIQFLCSPRPEEPIEHVTACLQALHTLLDSPYARVHIAEDQLIGVELLSVLHRLLLTWN .:..:::: : . .: .::::.::..::: :. : .:. :: .:.:::.::::..:: . KIAA13 ISVEFLCSLRSDATMESITACLHALQALLDVPWPRSKIGSDQDLGIELLNVLHRVILTRE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA14 PSSVQLLVTGVVQQIVRAAQDYLQEKRNTLNEDD--MEKEACTVLGEGGDSGGLIPGKSL :.:: ::.::. :::....::: . . :: :::. .::: :.:::.::::: KIAA13 SPSIQLASLEVVRQIICAAQEHVKEKRRSAEVDDGAAEKETLPEFGEGKDTGGLVPGKSL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA14 VFATMELLMFILVRHMPHLSTKVSDSPSHIATKTR-LSEESARLVAATVTILSDLPSLCS ::::.:: . ::::..:.:. :.. ::. ::: . : :...:::.:...:::.::..:: KIAA13 VFATLELCVCILVRQLPELNPKLTGSPGVKATKPQILLEDGSRLVSAALVILSELPAVCS 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA14 PAGCMTILPTILFLIARILKDTAIKSADNQVPPPVSAALQGIKSIVTLSMAKTEAGVQKQ : : ..::::::.: .:..::.: .:. :.:.::..:.:.. ::..: . . KIAA13 PEGSISILPTILYLTIGVLRETAVKLPGGQLSSTVAASLQALKGILSSPMARAEKS-RTA 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA14 WTALIRSTLACILEYSQPEDSVPTP-DEVSMLTAIALFLWSASNEIIGVQSLQNGCMNRF :: :.::.:. ::. .: : . ::::.::::..:. :.: :. . ::. :...: KIAA13 WTDLLRSALTTILDCWDPVDETHQELDEVSLLTAITVFILSTSPEVTTIPCLQKRCIDKF 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA14 KNALNSCDPWVQAKCYQLLLSVFQHSNRALSTPYIHSLAPIVVEKLKAVERNRPASNIEL : .:. :: :: : :::: :.::. : :.: :::.::: ..:::. ... .: .. :: KIAA13 KATLEIKDPVVQIKTYQLLHSIFQYPNPAVSYPYIYSLASCIMEKLQEIDKRKPENTAEL 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA14 LAVQEGIKVLETLVALGEEQNRVQLLALLVPTLISYLLDENSFASASSASKDLHEFALQN :::::::::::...::..:.::.: :.: :::.::::::..::.: ..::.::::: KIAA13 EIFQEGIKVLETLVTVAEEHHRAQLVACLLPILISFLLDENSLGSATSIMRNLHDFALQN 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA14 LMHIGPLYPHAFKTVMGAAPELKVRLETAVRASQAS-KAKAAARQPAPAIHSAPTIKLKT ::.::: : .::......: ::.:::.:....: : :.: . . . . . .:.::: KIAA13 LMQIGPQYSSVFKSLVASSPALKARLEAAIKGNQESVKVKIPTSKYTKSPGKNSSIQLKT 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA14 SFF ::. KIAA13 SFL 1590 1586 residues in 1 query sequences 1985919 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:28 2008 done: Thu Dec 18 15:21:29 2008 Total Scan time: 0.890 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]