# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh15451.fasta.huge -Q ../query/KIAA1436.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1436, 924 aa vs ./tmplib.24314 library 1986581 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6281+/-0.0055; mu= 19.1632+/- 0.375 mean_var=102.6104+/-23.568, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.126613 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0466 ( 1214 res) pg00625 (1214) 776 153.2 1.8e-37 >>KIAA0466 ( 1214 res) pg00625 (1214 aa) initn: 537 init1: 190 opt: 776 Z-score: 764.7 bits: 153.2 E(): 1.8e-37 Smith-Waterman score: 975; 26.335% identity (57.414% similar) in 843 aa overlap (53-867:26-831) 30 40 50 60 70 80 KIAA14 GRGGGGEAAGKEEEGESRSRRASMGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVG :.: : :.. . : : : . : :. : KIAA04 EIRSWEKRKRLVLCLLEAADMKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEG 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 KIAA14 TELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS--FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILL ....: :::: :.:::::::.:: . : :...:: . .:: .: .:.. :.:.. KIAA04 SHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFI 60 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 KIAA14 RRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPP .:. .... ::: ..: : :.:.: ::::: :.: ... :. :::. .. : KIAA04 ERVQGNSTLLHITDLQARDAGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMP 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 250 KIAA14 PSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQ .: : .:.:: : .:: . :.::.. : .. : :..:... .: . : : KIAA04 QTLHRVEQDPLELTCEVASETIQHSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQ 180 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 KIAA14 RYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATV : :.:::: .: ..::.. . .::: . : ..::: . .:.: . .: : :.: KIAA04 RQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVV 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 KIAA14 VIQPS----VLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGS .::. ..: . : . .. :. ... : . .. . : :.:.:. .:. : KIAA04 NVQPTDKEFTVRLETEKRLHTV-GEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATM-GP 300 310 320 330 340 350 380 390 400 410 420 430 KIAA14 RVLARLDRDSLVH--SSPHVALSHVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSW .. :. . ..: . .. ... . . : . . .:.:: : :.:. .. . KIAA04 NAVPVLNSE-FAHREARGQLKVAKESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVT--EREKTVTG 360 370 380 390 400 440 450 460 470 480 KIAA14 HKVAEAVSSPAGVGVTWLEP-----DYQVYLNASKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANV . . . . : .. . : : . .: ::: . . . ...: : .:. . KIAA04 EFIDKESKRPKNIPIIVL-PLKSSISVEVASNASVI--LEGEDLRFSCSV--RTAGRPQG 410 420 430 440 450 460 490 500 510 520 530 540 KIAA14 RFTVSWYY--RMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFN ::.: : :.::::. . .: : :.. : .:.. : . . . ..:. KIAA04 RFSVIWQLVDRQNRRSN-------IMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFS 470 480 490 500 510 550 560 570 580 590 600 KIAA14 FRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSW-VKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPK . : . .::.:.: : :. :.. .. : . .. : :..: ::: . ..: : . KIAA04 LGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVRAVDGEWQIVGERRASTPISIT-ALEMG-FAVTAISRT 520 530 540 550 560 570 610 620 630 640 650 KIAA14 PFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAE-----KPVGDLSSPNETKYIISLDQDSV : . ...:.. : : .:.: . . . .::: . : . .... .:. KIAA04 PGVTYSDSFDLQC------IIKPHYPAWVPVSVTWRFQPVGTV----EFHDLVTFTRDGG 580 590 600 610 620 660 670 680 690 700 710 KIAA14 VKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREAAT :. . ... :. .. . . .. : . ... ..:: :.:.. : .. : . : KIAA04 VQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKNYNNTWTRLAE 630 640 650 660 670 680 720 730 740 750 760 770 KIAA14 SLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAALDPDDMAFDVSWFA :: .:: ...: . : ..... :.: : . . . .. : : :. KIAA04 RTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSKRTLTLVENKPIQLNCSVKSQTS----QNSHFAVLWY- 690 700 710 720 730 780 790 800 810 820 830 KIAA14 VHSFGLDKAPVLLSSLDRKGI---VTTSRRDWKSDLSLER-VSVLEFLLQVHGSEDQDFG ::. . . ..:.. ... . . .. .. :..:: :: : : :. .: .: : KIAA04 VHKPSDADGKLILKTTHNSAFEYGTYAEEEGLRARLQFERHVSGGLFSLTVQRAEVSDSG 740 750 760 770 780 790 840 850 860 870 880 890 KIAA14 NYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLSTVIGLLSCL .::: : :. ::. .: : :: : . .::: KIAA04 SYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEEVSGRTEVTVKQPDSRLRLSQAQGNLSVLETRQVQLEC 800 810 820 830 840 850 900 910 920 KIAA14 IGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD KIAA04 VVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNHPERETVARLSRDATFHYGEQAAKNNLKGRLHLESPSP 860 870 880 890 900 910 924 residues in 1 query sequences 1986581 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:24 2008 done: Thu Dec 18 15:22:25 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]