# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh18591s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1463.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1463, 1166 aa vs ./tmplib.24314 library 1986339 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.9405+/-0.00472; mu= 22.6042+/- 0.322 mean_var=78.5131+/-17.754, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 2 in 1/39 Lambda= 0.144745 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0934 ( 1585 res) pg00224 (1585) 6309 1328.3 0 KIAA0184 ( 863 res) ha02918 ( 863) 4673 986.3 0 >>KIAA0934 ( 1585 res) pg00224 (1585 aa) initn: 6307 init1: 5449 opt: 6309 Z-score: 7111.9 bits: 1328.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 6309; 76.930% identity (93.310% similar) in 1166 aa overlap (1-1166:421-1585) 10 20 30 KIAA14 DPVMFMVAFYGCLLAEVIPVPIEVPLTRKD ::. ::.::::::::::.:::::::::::: KIAA09 VAYSILHKLGTKQEPMVRPGDRVALVFPNNDPAAFMAAFYGCLLAEVVPVPIEVPLTRKD 400 410 420 430 440 450 40 50 60 70 80 90 KIAA14 AGGQQIGFLLGSCGIALALTSEVCLKGLPKTQNGEIVQFKGWPRLKWVVTDSKYLSKPPK ::.:::::::::::...::::..: :::::. .::: ::::::.: : ::.::.:::::. KIAA09 AGSQQIGFLLGSCGVTVALTSDACHKGLPKSPTGEIPQFKGWPKLLWFVTESKHLSKPPR 460 470 480 490 500 510 100 110 120 130 140 150 KIAA14 DWQPHISPAGTEPAYIEYKTSKEGSVMGVTVSRLAMLSHCQALSQACNYSEGETIVNVLD :: :::. :... ::::::: :.:::.::::.: :.:.:::::.:::.:.:.:::::::: KIAA09 DWFPHIKDANNDTAYIEYKTCKDGSVLGVTVTRTALLTHCQALTQACGYTEAETIVNVLD 520 530 540 550 560 570 160 170 180 190 200 210 KIAA14 FKKDAGLWHGMFANVMNKMHTISVPYSVMKTCPLSWVQRVHAHKAKVALVKCRDLHWAMM ::::.:::::....::: ::.::.:::.::. ::::.:.: .::::: :: ::.:::.. 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KIAA09 DNDQARKFLFLSEVLQWRAQTTPDHILYTLLNCRGAIANSLTCVQLHKRAEKIAVMLMER 1000 1010 1020 1030 1040 1050 640 650 660 670 680 690 KIAA14 GHLNAGDNVVLLYPPGIELIAAFYGCLYAGCIPVTVRPPHAQNLTATLPTVRMIVDVSKA :::. ::.:.:.:::::.:::::::::::::.:.:::::: ::...:::::.:::.::.. 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KIAA09 MRALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVRIIIANPETKGPLGDSHLGEIWVHSAHN 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA14 ASGYYTIYDSETLQADHFNTRLSFGDAAQTLWARTGYLGFVRRTELTAATGERHDALYVV ::::.::: .:.::.::::.::::::. ::.:::::::::.:::::: :.:::::::::: KIAA09 ASGYFTIYGDESLQSDHFNSRLSFGDT-QTIWARTGYLGFLRRTELTDANGERHDALYVV 1420 1430 1440 1450 1460 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA14 GALDETLELRGLRYHPIDIETSVSRIHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELCGSEQEALDLVP :::::..::::.::::::::::: : :.:..::::::::::::::::: ::::::::::: KIAA09 GALDEAMELRGMRYHPIDIETSVIRAHKSVTECAVFTWTNLLVVVVELDGSEQEALDLVP 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA14 LVTNVVLEEHYLIVGVVVVVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDSFLADQLDPIYVAYNM ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.::::::::::::::: KIAA09 LVTNVVLEEHYLIVGVVVVVDIGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM 1530 1540 1550 1560 1570 1580 >>KIAA0184 ( 863 res) ha02918 (863 aa) initn: 4671 init1: 3819 opt: 4673 Z-score: 5268.2 bits: 986.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 4673; 77.199% identity (93.750% similar) in 864 aa overlap (303-1166:1-863) 280 290 300 310 320 330 KIAA14 RPGVPGAPLPGRAILSMNGLSYGVIRVNTEDKNSALTVQDVGHVMPGGMMCIVKPDGPPQ .: :.:::::::.::::. .:.:: .: : KIAA01 EKLSVLTVQDVGQVMPGANVCVVKLEGTPY 10 20 30 340 350 360 370 380 390 KIAA14 LCKTDEIGEICVSSRTGGMMYFGLAGVTKNTFEVIPVNSAGSPVGDVPFIRSGLLGFVGP ::::::.::::::: . : :.:: :.:::.::..::...:.:. : :: :.:::::.:: KIAA01 LCKTDEVGEICVSSSATGTAYYGLLGITKNVFEAVPVTTGGAPIFDRPFTRTGLLGFIGP 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 450 KIAA14 GSLVFVVGKMDGLLMVSGRRHNADDIVATGLAVESIKTVYRGRIAVFSVSVFYDERIVVV .:::.:::.:::.... :::::::.:::.:::: .: :::::::::::.:..:.:::.: KIAA01 DNLVFIVGKLDGLMVTGVRRHNADDVVATALAVEPMKFVYRGRIAVFSVTVLHDDRIVLV 100 110 120 130 140 150 460 470 480 490 500 510 KIAA14 AEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKTPLGGIHISQTKQLFL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::: :: KIAA01 AEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKAPLGGIHISETKQRFL 160 170 180 190 200 210 520 530 540 550 560 570 KIAA14 EGSLHPCNILMCPHTCVTNLPKPRQKQPGVGPASVMVGNLVAGKRIAQAAGRDLGQIEEN ::.:::::.::::::::::::::::::: :::::..:::::::::::::.::.:...:.. KIAA01 EGTLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEVGPASMIVGNLVAGKRIAQASGRELAHLEDS 220 230 240 250 260 270 580 590 600 610 620 630 KIAA14 DLVRKHQFLAEILQWRAQATPDHVLFMLLNAKGTTVCTASCLQLHKRAERIASVLGDKGH : .:: :::..:::::..:::: ::.:::::::.. ::.:.::::::::.:..: .::. KIAA01 DQARKFLFLADVLQWRAHTTPDHPLFLLLNAKGTVTSTATCVQLHKRAERVAAALMEKGR 280 290 300 310 320 330 640 650 660 670 680 690 KIAA14 LNAGDNVVLLYPPGIELIAAFYGCLYAGCIPVTVRPPHAQNLTATLPTVRMIVDVSKAAC :..::.:.:.::::..:::::::::: ::.:::::::: ::: .:::::.:::.:::.:: KIAA01 LSVGDHVALVYPPGVDLIAAFYGCLYCGCVPVTVRPPHPQNLGTTLPTVKMIVEVSKSAC 340 350 360 370 380 390 700 710 720 730 740 750 KIAA14 ILTSQTLMRLLRSREAAAAVDVKTWPTIIDTDDLPRKRLPQLYKPPTPEMLAYLDFSVST .::.:.. :::::.:::::::..:::::.::::.:.:.. ....::.:..:::::::::: KIAA01 VLTTQAVTRLLRSKEAAAAVDIRTWPTILDTDDIPKKKIASVFRPPSPDVLAYLDFSVST 400 410 420 430 440 450 760 770 780 790 800 810 KIAA14 TGMLTGVKMSHSAVNALCRAIKLQCELYSSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSV ::.:.::::::.:..::::.:::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA01 TGILAGVKMSHAATSALCRSIKLQCELYPSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSV 460 470 480 490 500 510 820 830 840 850 860 870 KIAA14 LIPPMELENNLFLWLSTVNQYKIRDTFCSYSVMELCTKGLGNQVEVLKTRGINLSCVRTC :.::.:::.:. ::::.:.::: : :::::::::.:::::: :. ::. .:.:::::::: KIAA01 LVPPLELESNVSLWLSAVSQYKARVTFCSYSVMEMCTKGLGAQTGVLRMKGVNLSCVRTC 520 530 540 550 560 570 880 890 900 910 920 930 KIAA14 VVVAEERPRVALQQSFSKLFKDIGLSPRAVSTTFGSRVNVAICLQGTSGPDPTTVYVDLK .::::::::.:: :::::::::.:: :::::::: :::::::::::.::::::::::.. KIAA01 MVVAEERPRIALTQSFSKLFKDLGLPARAVSTTFGCRVNVAICLQGTAGPDPTTVYVDMR 580 590 600 610 620 630 940 950 960 970 980 990 KIAA14 SLRHDRVRLVERGAPQSLLLSESGKILPGVKVVIVNPETKGPVGDSHLGEIWVNSPHTAS .::::::::::::.:.:: : :::::::::::.:.. :::::.::::::::::.:::.:. KIAA01 ALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVKVIIAHTETKGPLGDSHLGEIWVSSPHNAT 640 650 660 670 680 690 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA14 GYYTIYDSETLQADHFNTRLSFGDAAQTLWARTGYLGFVRRTELTAATGERHDALYVVGA ::::.: :.:.::::..::::::. ::.:::::::::.:::::: :.: :::::::::. KIAA01 GYYTVYGEEALHADHFSARLSFGDT-QTIWARTGYLGFLRRTELTDASGGRHDALYVVGS 700 710 720 730 740 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA14 LDETLELRGLRYHPIDIETSVSRIHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELCGSEQEALDLVPLV :::::::::.::::::::::: : :::::::::::::::::::::: : ::.::::: :: KIAA01 LDETLELRGMRYHPIDIETSVIRAHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELDGLEQDALDLVALV 750 760 770 780 790 800 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA14 TNVVLEEHYLIVGVVVVVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDSFLADQLDPIYVAYNM ::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::: KIAA01 TNVVLEEHYLVVGVVVIVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM 810 820 830 840 850 860 1166 residues in 1 query sequences 1986339 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:30 2008 done: Thu Dec 18 15:23:31 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]