# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj05724.fasta.huge -Q ../query/KIAA1481.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1481, 1380 aa vs ./tmplib.24314 library 1986125 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1000+/-0.0112; mu= -21.4069+/- 0.753 mean_var=536.3224+/-129.970, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.055381 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1202 ( 1502 res) fg03353 (1502) 801 79.9 3.8e-15 KIAA1960 ( 871 res) hk03842 ( 871) 422 49.4 3.4e-06 KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 321 41.8 0.0021 KIAA0346 ( 1682 res) hg01508s1 (1682) 289 39.0 0.0086 >>KIAA1202 ( 1502 res) fg03353 (1502 aa) initn: 885 init1: 367 opt: 801 Z-score: 363.7 bits: 79.9 E(): 3.8e-15 Smith-Waterman score: 888; 25.571% identity (51.071% similar) in 1400 aa overlap (86-1344:167-1502) 60 70 80 90 100 110 KIAA14 LRRHSSLELGRGTQEGYPGGRPTCAVNTKAEDPGRKAAPDLGSHLDRQVSYPRPEGRTGA :.::. . ::: . :. : .: KIAA12 NTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSIGSMESLEQPGQATYE---SHLLPIDQNMYPNQRDSA 140 150 160 170 180 190 120 130 140 150 160 170 KIAA14 SASFNSTDPSPEEPPA--PSHPHTSSLGRRGPGPGSASALQGFQYGKPHCSVLEKVSK-- .::.... . . . : .: ... .:::: .: . :.:. . :. 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KIAA12 HDPCIYCSGEICPALLKRNMMPNCYNCRCHHHQCIRCSVCYHNPQHSALEDSSLAPGNTW 910 920 930 940 950 960 780 790 800 810 820 KIAA14 RSNGHTLTQPPGPRGCEGDGPEHGVEEG---TRKRVSLPQWPPPSRAKWAHAAREDSLPE . :. . :: . : .. . : .....:. .: : . . : . : . KIAA12 KPRKLTVQEFPGDKWNPITGNRKTSQSGREMAHSKTSF-SWATPFHPCLENPALDLSSYR 970 980 990 1000 1010 1020 830 840 850 860 870 880 KIAA14 ESSAPDF-ANLKHYQKQQSLPSLCSTSDPDTPLGAPSTPGRISLRISESVLRDSPPPHE- :. :. ...:: :.. :. . . :.. : : : .::: . .: . KIAA12 AISSLDLLGDFKHALKKSEETSV---YEEGSSLASMPHPLR-SRAFSESHISLAPQSTRA 1030 1040 1050 1060 1070 890 900 910 920 930 940 KIAA14 --DYEDEVFVR-DPHPKATSSPTFEPLPPPPPPPPSQETPVYSMDDFPPPPPHTVCEAQL ... :.: . : . . . .::: ::::. : : . : . . : KIAA12 WGQHRRELFSKGDETQSDLLGARKKAFPPPRPPPPNWEK--YRL--FRAAQQQKQQQQQQ 1080 1090 1100 1110 1120 1130 950 960 970 980 990 1000 KIAA14 DSEDPEGPRPSFNKLSKVTIARERHMPGAAHVVGSQTLASRLQTSIKGSEAESTPPSFMS .... . . .. . .:.. : . : : ::...: KIAA12 QQQQKQQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEE------------------EEEELPPQYFS 1140 1150 1160 1170 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA14 VHAQLAGSLGGQPAPI--QTQSLSHDPVSGTQGLEKKVSPDPQKSSEDIRTEALAKEIVH .. .:: . .: . : : :: . :.. ..: : :.: .. : : KIAA12 --SETSGSCALNPEEVLEQPQPLSFGHLEGSRQGSQSV-PAEQESFALHSSDFLPPIRGH 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA14 QDKSLADILDPDSRLKTTMDLMEGLFPRDVNLLKENSVKRKAIQRTVSSSGCEGKRNEDK .. :.. . . ::. : . .:.:.. .:. :: : KIAA12 LGSQ------PEQAQPPCYYGIGGLW-RTSGQEATESAKQE-FQHFSPPSGAPG------ 1240 1250 1260 1270 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA14 EAVSMLVNCPAYYSVSAPKAELLNKIKEMP--AEVNEEEEQAD--VNEKKAELIGSLTHK . .. :::..:. :::::::.:..: ::.. ::..: . .:: .:: :...: KIAA12 ----IPTSYSAYYNISVAKAELLNKLKDQPEMAEIGLGEEEVDHELAQKKIQLIESISRK 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA14 LETLQEAKGSLLTDIKLNNALGEEVEALISELCKPNEFDKYRMFIGDLDKVVNLLLSLSG : .:.::. .:: ::. :.:::::::: .. .:: :::.::..:.::::::::::::::: KIAA12 LSVLREAQRGLLEDINANSALGEEVEANLKAVCKSNEFEKYHLFVGDLDKVVNLLLSLSG 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA14 RLARVENVLSGLGEDASNEERSSLYEKRKILAGQHEDARELKENLDRRERVVLGILANYL :::::::.:... .: :.:. : ::.. :.:: ::.::::..::::..:.:... :: KIAA12 RLARVENALNSIDSEA-NQEKLVLIEKKQQLTGQLADAKELKEHVDRREKLVFGMVSRYL 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA14 SEEQLQDYQHFVKMKSTLLIEQRKLDDKIKLGQEQVKCLLESL---PSDFIPKAGALALP ..:::::::::::::.:.::::.:..:::::.::.::: ::: ::.: KIAA12 PQDQLQDYQHFVKMKSALIIEQRELEEKIKLGEEQLKCLRESLLLGPSNF 1460 1470 1480 1490 1500 1360 1370 1380 KIAA14 PNLTSEPIPAGGCTFSGIFPTLTSPL >>KIAA1960 ( 871 res) hk03842 (871 aa) initn: 640 init1: 352 opt: 422 Z-score: 203.2 bits: 49.4 E(): 3.4e-06 Smith-Waterman score: 493; 23.444% identity (50.000% similar) in 900 aa overlap (497-1362:8-862) 470 480 490 500 510 520 KIAA14 QSALADYIQRKTGKRPTSAAGCSLQEPGPLRERAQSAYLQPGPAAL-EGSGLAS-ASSLS : . :: . . :: :. :: ::: : KIAA19 PGRGSDPRSHPASALICAAMEALGPGGDRASPASSTS 10 20 30 530 540 550 560 570 580 KIAA14 SLREPSLQPRREATLLPATVAETQQAPRDRSSSFAGGRRLGERRRGDLLSGANGGTRGTQ :: :. : ... ..: :: .: : : : . . :: KIAA19 SLDLWHLSMRADSAYSSFSAASGGPEPRTQSP----GTDLLPYLDWDYVRVVWGGP---- 40 50 60 70 80 590 600 610 620 630 640 KIAA14 RGDETPREPSSWGARAGKSMSAEDLLERSDVLAGPVHVRSRSSP---ATADKRQDVLLGQ : : . : ...:.. . ..: . : . ...: : : . . . . KIAA19 -GPAPPDAALCTSPRPRPAVAARSGPQPTEVPGTPGPLNRQATPLLYALAAEAEAAAQAA 90 100 110 120 130 140 650 660 670 680 690 KIAA14 DSGFGLVKDPCY---LAGPGSRSLSCSERGQEEMLL-LFHHLTPRWGGSGCKAIGDSSVP . .. : : : : : . ..:. . : .: : . : :. KIAA19 EPPSPPASRAAYRQRLQGAQRRVLRETSFQRKELRMSLPARLRPTVPARP-PATHPRSAS 150 160 170 180 190 200 700 710 720 730 740 750 KIAA14 SECPGTLDHQRQASRTPCP----RPPLAGTQGLVTDTRAAPLTPIGTPL-PSAIPSGY-C :: . . ::.: : : :::. : .. . : .: :. : : KIAA19 LSHPGG-EGEPARSRAPAPGTAGRGPLANQQRKWCFSEPGKLDRVGRGGGPARECLGEAC 210 220 230 240 250 260 760 770 780 790 800 KIAA14 SQDGQTGRQPLPPYTPAMM----HRSNGHTLTQPPGPRGCEGDGPEHG--VEEGTRKRVS :..: : .:: ::. :. . ::: : . .. . . : . ..:.: . KIAA19 SSSGLPGPEPLEFQHPALAKFEDHEVGWLPETQPQGSMNLDSGSLKLGDAFRPASRSRSA 270 280 290 300 310 320 810 820 830 840 850 860 KIAA14 LPQWPPPSRAKWAHAAREDSLPEESSAPDFANLKHYQKQQSLPSLCSTSDPDT--PLGAP . ..:. .. ..: ...:. :. . : .: . .. . : : KIAA19 SGE----VLGSWGGSG--GTIPIVQAVPQGAETPRPLFQTKLSRFLPQKEAAVMYPAELP 330 340 350 360 370 380 870 880 890 900 910 920 KIAA14 -STPGRISLRISESVLRDSPPPHEDYEDEVFVRDPHPKATSSPTFEPLPPPPPPPPSQET :.:. :.::. . : . ::::... .: . . :: : :: KIAA19 QSSPADSEQRVSETCI--VPAWLPSLPDEVFLEE-------APLVR-MRSPPDPHASQGP 390 400 410 420 430 930 940 950 960 970 KIAA14 P--VYSMDD-FPPPPPHTVCEAQLDSEDPEGPRPSFNKLSKVTIARERHMPGAAHVVGSQ : :.. :. . . . .. . .: : :. : . . :. :: . KIAA19 PASVHASDQPYGTGLGQRTGQVTVPTEYPLHECPG-------TAGADDCWQGVNGSVGIS 440 450 460 470 480 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA14 TLASRLQTSIKGSEAESTPPSFMSVHAQLAG-SLGGQPAPIQTQSLSHDPVSGTQ---GL .:. :. ... . :. .... :. : .:.: .. .:: . . : . .: KIAA19 RPTSHTPTGTANDNIPTIDPTGLTTNPPTAAESDLLKPVPADALGLSGNDTPGPSHNTAL 490 500 510 520 530 540 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA14 EKKVS-PDPQKSSEDIRTEALAKEIVHQDKSLADILDPDSRLKTTMDLMEGLFPRDVNLL . .. : . . . : :..:... : :: : : . . . :..::.: : KIAA19 ARGTGQPGSRPTWPSQCLEELVQELARLDPSLCDPLASQPSPEPPLGLLDGLIP-----L 550 560 570 580 590 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA14 KENSVKRKAIQRTVSSSGCEGKRNEDKEAV--SMLVNCPAYYSVSAPKAELLNKIKEMPA : : :.. . . .: :. . . . :. :: . . . . ..: KIAA19 AEV---RAAMRPACGEAGEEAASTFEPGSYQFSFTQLLPAPREETRLENPATHPVLDQPC 600 610 620 630 640 650 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA14 EVNEEEEQADVNEKKAELIGSLTHKLETLQEAKGSLLTDIKLNNALGEEVEALISELCKP . . ... ::.:: . : . :. :. . : . . .:: . . : : KIAA19 GQGLPAPNNSIQGKKVELAARLQKMLQDLHTEQERLQGEAQAWARRQAALEAAVRQACAP 660 670 680 690 700 710 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA14 NEFDKYRMFIGDLDKVVNLLLSLSGRLARVENVLSGLGEDASNEERSSLYEKRKILAGQH .:.... :..::..:..::: :..:::::. .:. . :.. .:..:: .. ..: :. KIAA19 QELERFSRFMADLERVLGLLLLLGSRLARVRRALARAASDSDPDEQASLLQRLRLLQRQE 720 730 740 750 760 770 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA14 EDARELKENLDRRERVVLGILANYLSEEQLQDYQHFVKMKSTLLIEQRKLDDKIKLGQEQ :::.::::.. ::::.: .:. : :.:. : .. :...: .::.::..:.: :.: KIAA19 EDAKELKEHVARRERAVREVLVRALPVEELRVYCALLAGKAAVLAQQRNLDERIRLLQDQ 780 790 800 810 820 830 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA14 VKCLLESLPSDFIPKAGALALPPNLTSEPIPAGGCTFSGIFPTLTSPL . . ..: . :. . : ::. : :. KIAA19 LDAIRDDL-GHHAPSPSP-ARPPG-TCPPVQPPFPLLLT 840 850 860 870 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 146 init1: 93 opt: 321 Z-score: 153.0 bits: 41.8 E(): 0.0021 Smith-Waterman score: 371; 21.910% identity (48.127% similar) in 1068 aa overlap (28-1047:1586-2587) 10 20 30 40 50 KIAA14 KRSSRLSEPWEGDFQEDHNANLWRRLEREGLGQSLSGNFGKTKSAFSSLQNIPESLR : : .: :. . . . . : .. :.: . KIAA03 KCLTPQRERSGSESSVDQKTVARTPLGQRSRSGSSQELDVKPSASPQERSESDSSPDS-K 1560 1570 1580 1590 1600 1610 60 70 80 90 100 110 KIAA14 RHSSLELGRGTQEGYPGGRPTCAVNTKAEDPGRKAAPDLGSHLDRQVSYPR--PEGRTGA .. : :.. :. : :..:.. :.. :: . . . :: :....:. KIAA03 AKTRTPL---RQRSRSGSSPE--VDSKSRLSPRRSRS--GSSPEVK-DKPRAAPRAQSGS 1620 1630 1640 1650 1660 120 130 140 150 160 170 KIAA14 SASFNSTDPSPEEPPAPSHPHTSSLGRRGPGPGSASALQGFQYGKPHCSVLEKVS----- ..: . :.:. : :. .:: :: ::.: ..:. .. :. . .. : KIAA03 DSSPEPKAPAPRALPRRSRSGSSSKGR-GPSPEGSSSTESSPEHPPKSRTARRGSRSSPE 1670 1680 1690 1700 1710 1720 180 190 200 210 220 KIAA14 -KFEQREQGSQRPSVGGSGFGHNYRPHRTVSTSSTSGNDFEETKAHIRFSESAEPLGNGE : ..: .: : .. . .. : : ..:.: . .: . : : : ... : KIAA03 PKTKSRTPPRRRSSRSSPELTRKARLSRRSRSASSSPETRSRTPPRHRRSPS---VSSPE 1730 1740 1750 1760 1770 1780 230 240 250 260 270 280 KIAA14 QHFKNGELKLEEASRQPCGQQLSGGASDSGRGPQRPDAR-LLRSQSTFQLSSEPEREPEW :. . .... .: . .: ::.:. : : : ::.: . : : . 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