# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg04486mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1511.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1511, 1253 aa vs ./tmplib.25089 library 1986252 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2541+/-0.00998; mu= -0.1901+/- 0.676 mean_var=397.5564+/-93.454, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.064324 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1577 ( 743 res) fj03457 ( 743) 3711 359.4 1.2e-99 KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881) 570 68.4 1.2e-11 >>KIAA1577 ( 743 res) fj03457 (743 aa) initn: 3702 init1: 2853 opt: 3711 Z-score: 1880.6 bits: 359.4 E(): 1.2e-99 Smith-Waterman score: 3711; 74.597% identity (91.129% similar) in 744 aa overlap (514-1253:1-743) 490 500 510 520 530 540 KIAA15 ELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKWSDLDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIH ...:::: ::::.: ::::.::::::.: KIAA15 NSVDVCPWEDGNHGSELPNLTNALPQGANA 10 20 30 550 560 570 580 590 600 KIAA15 SPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQRIISSDVYTAPACQRESERLLFNSQGQPLW . :: .::.:::::::::. .:::::::::.:::::.:: . ..: ::.:.: ::: KIAA15 NQDSSNRPHRTVFTRAIEACDLHWQDSHLQHIISSDLYTNYCYHDDTENSLFDSRGWPLW 40 50 60 70 80 90 610 620 630 640 650 660 KIAA15 LEHVPTACARVDALRSHGYPKEALRLTVAIINTLRLQQQRQLEIYKHQKKELLQRGTTTI :::::::::::::::::::.:::::..::.:::: :::.:::... ::::: ... :.: KIAA15 HEHVPTACARVDALRSHGYPREALRLAIAIVNTLRRQQQKQLEMFRTQKKELPHKNITSI 100 110 120 130 140 150 670 680 690 700 710 KIAA15 TNLEGWVGHPLDPIDCLFLTLTEACRLNDDGYLEMSD----MNESRPPVYQHVPVAAGSP :::::::::::::. :: .: ::::..:.. .:: :.. . :::.: : KIAA15 TNLEGWVGHPLDPVGTLFSSLMEACRIDDENLSGFSDFTENMGQCKSLEYQHLP-AHKFL 160 170 180 190 200 720 730 740 750 760 770 KIAA15 NSSESYLSLALEVALMGLGQQRLMPEGLYAQDKVCRNEEQLLSQLQELQLDDELVQTLQK . .::::.::.::::.::::::.::.:::.:.:::::::::.:.:::..::: ::. ..: KIAA15 EEGESYLTLAVEVALIGLGQQRIMPDGLYTQEKVCRNEEQLISKLQEIELDDTLVKIFRK 210 220 230 240 250 260 780 790 800 810 820 830 KIAA15 QCILLLEGGPFSGLGEVIHRESVPMHTFAKYLFSALLPHDPDLSYKLALRAMRLPVLENS : ..:::.::.:::::.::::::::::::::::..::::: .:.::.::::::: :::.. KIAA15 QAVFLLEAGPYSGLGEIIHRESVPMHTFAKYLFTSLLPHDAELAYKIALRAMRLLVLEST 270 280 290 300 310 320 840 850 860 870 880 890 KIAA15 ASAGDTSHPHHMVSVVPSRYPRWFTLGHLESQQCELASTMLTAAKGDTLRLRTILEAIQK : .:: ..:::..::::.::::::::.:.::::::::::::::::::. ::.:.::.::: KIAA15 APSGDLTRPHHIASVVPNRYPRWFTLSHIESQQCELASTMLTAAKGDVRRLETVLESIQK 330 340 350 360 370 380 900 910 920 930 940 950 KIAA15 HIHSSSLIFKLAQDAFKIATPTDSSTDSTLLNVALELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL .::::: ::::::::::::: :: : :::.:.:::::::::::::::::::::::::: KIAA15 NIHSSSHIFKLAQDAFKIATLMDSLPDITLLKVSLELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL 390 400 410 420 430 440 960 970 980 990 1000 1010 KIAA15 VTCATEVGVRALVSILQSWYTLFTPTEATSIVAATAVSHTTILRLSLDYPQREELASCAR ::::::::: :: ::.:.:.:::::::::::::.:..:..::.:: :: :.:.::: :: KIAA15 VTCATEVGVYALDSIMQTWFTLFTPTEATSIVATTVMSNSTIVRLHLDCHQQEKLASSAR 450 460 470 480 490 500 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA15 TLALQCAMKDPQSCALSALTLCEKDHIAFEAAYQIAIDAAAGGMTHSQLFTIARYMELRG ::::::::::::.:::::::::::::::::.::::..:::. ::...:::::::::: :: KIAA15 TLALQCAMKDPQNCALSALTLCEKDHIAFETAYQIVLDAATTGMSYTQLFTIARYMEHRG 510 520 530 540 550 560 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA15 YPLRAFKLASLAMSHLNLAYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAALIPLVVKSVHCA ::.::.:::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:: KIAA15 YPMRAYKLATLAMTHLNLSYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAAIIPLVVKSVKCA 570 580 590 600 610 620 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA15 TVLSDILRRCTVTAPGLAGIPGRRSSGKLMSTDKAPLRQLLDATINAYINTTHSRLTHIS :::::::::::.:.::..:. :::.:::::: :::::::::::::.:::::::::::::: KIAA15 TVLSDILRRCTLTTPGMVGLHGRRNSGKLMSLDKAPLRQLLDATIGAYINTTHSRLTHIS 630 640 650 660 670 680 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA15 PRHYGEFIEFLSKARETFLLPQDGHLQFAQFIDNLKQIYKGKKKLMLLVRERFG ::::.::::::::::::::. .:::.::.:::::::::::::::::.::::::: KIAA15 PRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDGHIQFTQFIDNLKQIYKGKKKLMMLVRERFG 690 700 710 720 730 740 >>KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881 aa) initn: 835 init1: 253 opt: 570 Z-score: 301.0 bits: 68.4 E(): 1.2e-11 Smith-Waterman score: 719; 31.092% identity (52.773% similar) in 595 aa overlap (4-538:39-558) 10 20 30 KIAA15 AGRPRLPSRRAPG-PGRGSPLGPAGSRVLSPRP : . ::. :. :::: : .: :.: KIAA09 LSLGDWPRSPLAPRCWARPGPVSFPGLRFSPGTAALSAPATPSPGSPLRPRAS----PQP 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA15 PRRHRWALARGAWPWPGSPPQPEQPPPPQSVSQSPAMADGGEREELLSPSPVSPAKRQC- : . :. : ::. : .. .. :. . :: : .: :. : KIAA09 PAGGPGPGSAGGDPAPGGAGPMELMFAEWEDGERFSFEDSDRFEEDSLCSFISEAESLCQ 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 KIAA15 SWPS--PQAHHPRGSPGAAGGGAGGVGSSCLVLGARPHLQPDSLLDCAAKTVAEKWAYER .: . :. : .:: ..:::.:: :.. . : . : :.. .:: :: . .: KIAA09 NWRGWRKQSAGP-NSP-TGGGGGGGSGGTRMRDGL---VIP--LVELSAKQVAFHIPFEV 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 KIAA15 VEERFERIPEPVQRRIVYWSFPRNEREICMYSSFQYRGGPGAGAAGGAAGASPAEEGPQP ::. . .:: .: ::..::::.::..: .:: . :.:.: .: KIAA09 VEKVYPPVPEQLQLRIAFWSFPENEEDIRLYSCL----------ANGSA-----DE---- 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 KIAA15 PPGAAAPAGSAPGGVAAGASPGLGAGAGAAGCGGEGLPFRRGIRLLDSGSVENVLQVGFH :.:: .:. .:.. ::.::: KIAA09 --------------------------------------FQRGDQLFRMRAVKDPLQIGFH 220 230 240 270 280 290 300 310 320 KIAA15 LSGTVTELATASEPAVTYKVAISFDRCKITSVTCGCGNKDIFYCAHVVALSLYRIRKPDQ ::.::. : .:.::. ::::..:: .: :: :.::::: :.::.. . KIAA09 LSATVVP-PQMVPPKGAYNVAVMFDRCRVTSCSCTCGAGAKC-CTHVVALCLFRIHNASA 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 380 KIAA15 VKLRLPISETLFQMNRDQLQKFIQYLITAHHTEVLPTAQKLADEILSSNSE-INQVNGAP : :: :.::.: ...::::::: ::::. ..:::::.: ::.:::.: :: : ::: KIAA09 VCLRAPVSESLSRLQRDQLQKFAQYLISELPQQILPTAQRLLDELLSSQSTAINTVCGAP 300 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 KIAA15 DPTAGASIDDENCWHLDEEQVKEQVKLFLSQGGYCGSG----KQLNSMFAK--------- ::::: : .:.. :.::: . ...: : . .:: . ...:::. . KIAA09 DPTAGPSASDQSTWYLDESTLTDNIKKTLHK--FCGPSPVVFSDVNSMYLSSTEPPAAAE 360 370 380 390 400 410 440 450 460 KIAA15 ----------------------VREMLRMRDSNGARMLTLITEQFVADPRLTLW------ ::::.. ::::.: .: ..:.: .. ..: : KIAA09 WACLLRPLRGREPEGVWNLLSIVREMFKRRDSNAAPLLEILTDQCLTYEQITGWWYSVRT 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 KIAA15 ------------RQQGTN--MTDKCRQLWDELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKW :..: . . : .. ::. .:: .:.: . ... ::..: KIAA09 SASHSSASGHTGRSNGQSEVAAHACASMCDEMVTLWRLAVLDPALSPQRRRELCTQLRQW 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 570 KIAA15 SDLDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIHSPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQ . : : .:. . :.. .. .: KIAA09 Q-LKV--IENVKRGQHKKTLERLFPGFRPAVEACYFNWEEAYPLPGVTYSGTDRKLALCW 540 550 560 570 580 590 1253 residues in 1 query sequences 1986252 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:11 2008 done: Thu Dec 18 15:06:12 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]