# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14706mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1522.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1522, 1044 aa vs ./tmplib.25089 library 1986461 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.6227+/-0.0143; mu= -36.5275+/- 0.965 mean_var=901.1283+/-214.203, 0's: 0 Z-trim: 33 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.042725 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 523 48.3 7.4e-06 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 456 44.3 0.00015 KIAA0306 ( 1451 res) hg00063 (1451) 426 42.4 0.00053 KIAA1357 ( 836 res) fj01906 ( 836) 390 40.0 0.0017 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 373 39.0 0.0042 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 363 38.4 0.0067 >>KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236 aa) initn: 414 init1: 260 opt: 523 Z-score: 197.0 bits: 48.3 E(): 7.4e-06 Smith-Waterman score: 597; 25.702% identity (48.174% similar) in 712 aa overlap (360-1022:517-1170) 330 340 350 360 370 380 KIAA15 CSLHSASPASVRSLGRFSSVSSPQPRSRHPSSSSDTWSHSQSSDTIVSDGSTLSSKGGSE ::: . : :.: :. :. :..: :. 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KIAA04 VPPQGSPTASQAPNQPQAPTAPVPHTHIQQAPALHPQRP-PSPHPPPHP-SPHPPLQPLT 760 770 780 790 800 810 640 650 660 670 680 KIAA15 APAVVPGPVSTTDASP----QSPPTPQTTLTPLQESPVISKDQSP-PPSP---PP--SYH . : : . . :.: :.:: :.. :: .:.. : : ::.: :: : KIAA04 GSA--GQPSAPSHAQPPLHGQGPPGPHS----LQAGPLL---QHPGPPQPFGLPPQASQG 820 830 840 850 860 690 700 710 720 730 740 KIAA15 PPP----PPTKKPEVVVEAPSASETAEEPLQDPNWPPPPPPAPEEQDLSMADF-PPPEEA : : . :.. .. : ::..: . : : : :::: :.: . ::: KIAA04 QAPLGTSPAAAYPHTSLQLP-ASQSALQSQQPPR-EQPLPPAP----LAMPHIKPPPTTP 870 880 890 900 910 920 750 760 770 780 790 KIAA15 FFSVASPE----PAGPSG-SPELVSS---PAASSSSATALQIQPPGSPDPPPAP--PAPA . .. .:. : :: :: ... : . . ..:. . : : ::: : KIAA04 IPQLPAPQAHKHPPHLSGPSPFSMNANLPPPPALKPLSSLSTHHPPSAHPPPLQLMPQSQ 930 940 950 960 970 980 800 810 820 830 840 850 KIAA15 PASSAPGHVAKLPQKEPVGCSKGGGPPREDVGAPLVTPSLLQMVRLRSVGAPGGAPTPAL : :.:.. : :.. . .. :: .: :.: : . .::: : : KIAA04 PLPSSPAQPPGLTQSQNLPPPPASHPP---TGLHQVAP---QPPFAQHPFVPGGPP-PIT 990 1000 1010 1020 1030 860 870 880 890 900 KIAA15 GPSAPQKPLRRALSGRASPVP---APSSGLHAAVRLKACSLAASEGLSSAQPNGP-PEAE :. :. : : .. : : .:: : ..: : . . : .. ::. KIAA04 PPTCPSTSTPPAGPGTSAQPPCSGAAASGGSIAGG-SSCPLPTVQIKEEALDDAEEPESP 1040 1050 1060 1070 1080 1090 910 920 930 940 950 960 KIAA15 PRPPQSPASTASFIFSKGSRKLQLERPVSPETQADLQRNLVAELRSISEQRPPQAPKKSP : ::.::. . . KIAA04 PPPPRSPSPEPTVVDTPSHASQSARFYKHLDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKREEAI 1100 1110 1120 1130 1140 1150 >>KIAA0306 ( 1451 res) hg00063 (1451 aa) initn: 222 init1: 132 opt: 426 Z-score: 163.8 bits: 42.4 E(): 0.00053 Smith-Waterman score: 494; 25.709% identity (46.921% similar) in 1023 aa overlap (143-1012:117-1100) 120 130 140 150 160 170 KIAA15 DNISFCSQTTSYVAESSTAEDALSIRSEMIQRKGSTFRPHDSFPKSG--KSGRRRRERRS ..:.:. :. .: : :.: .. KIAA03 KEKQKYHDLAFQVKEAHFKAHPDWKWCNKDRKKSSSEAKPTSLGLAGGHKETRERSMSET 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 KIAA15 TVLGLPQHVQKELGLRNEREAPGTPRAPGARD--AVRIPTVDG----RPRGTSGMGARVS . . : .. :.. . . .:::. . : :. :: : :::. : :.. : KIAA03 GTAAAPGVSSELLSVAAQTLLSSDTKAPGSSSCGAERLHTVGGPGSARPRAFSHSGVH-S 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 KIAA15 LQALEAEAEAGAETEAMLQRHIDRVYRDDTFVGRSTGTRAPPLTRPMSLAVPGLTGGAGP :.. :....: ::. . : .. : . .:. : .:.:: ::: KIAA03 LDGGEVDSQA-------LQELTQMVSGPASYSGPKPSTQYGA---PGPFAAPG-EGGALA 210 220 230 240 250 290 300 310 320 KIAA15 AE---PLSPAMSISPQ---ATYLSKLIPHAVL---PPTVDVVA---LG------RCSLRT : :: :. . : . ... . :. ::.: .: .:. :. KIAA03 ATGRPPLLPTRASRSQRAASEDMTSDEERMVICEEEGDDDVIADDGFGTTDIDLKCKERV 260 270 280 290 300 310 330 340 350 KIAA15 LSRCSLHSAS--PASVRSLGR--FSSV--SS---------PQP-------------RSRH . : :.. : . ...:: :: : :: :.: . KIAA03 TDSESGDSSGEDPEGNKGFGRKVFSPVIRSSFTHCRPPLDPEPPGPPDPPVAFGKGYGSA 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 410 KIAA15 PSSS-SDTWSHSQSSDTIVSDGSTLSSKGGSEGQPESSTASNSVVPPPQGGSGRGSPSGG :::: :. : : :. : : :: . :. :: .:::. . ::: :..: ..:: . KIAA03 PSSSASSPASSSASAATSFSLGSG-TFKAQESGQ--GSTAG-PLRPPPPGAGGPATPSKA 380 390 400 410 420 430 420 430 440 450 460 KIAA15 STAEASDTLSIR-----SSGQLSGRSVSLRKLKRPPP-----------PPRRTHSLHQRG . : ..: : : : . :. . :: :: . .. . : KIAA03 TRFLPMDPATFRRKRPESVGGLEPPGPSV--IAAPPSGGGNILQTLVLPPNKEEQ-EGGG 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 KIAA15 LAVPDGP-----LGLPPKPERKQQPQLPRP---PTTGGSEGAGAAPCPPNPANSWVPGLS ::..: : : : . . :... .. : : . :. . KIAA03 ARVPSAPAPSLAYGAPAAPLSRPAATMVTNVVRPVSSTPVPIASKPFPTSGRAEASPNDT 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 KIAA15 PG-------GSRRPPRSPERTLSPSSGYSSQ-SGTPTLP-PKGLAGP--------PAS-- : ::: : :: :. : ::.. :.. : : :. .::: ::. 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KIAA03 GGAGQPL--PLVSPPFSVPVQNGAQPPSKIIQLTPVPVSTPSGLVP-PLGPATLPGPTSQ 780 790 800 810 820 830 770 780 790 800 810 820 KIAA15 PAAS--SSSATALQIQPPGSPDPPPAPPAPAPASSAPGHVAKLPQKEPVGCS-KGGGPPR : ::. .: :. : . .:::: : :.. :. . . :: KIAA03 PQKVLLPSSTRITYVQSAGGH---ALPLGTSPASSQAGTVTSYGPTSSVALGFTSLGPSG 840 850 860 870 880 890 830 840 850 860 870 KIAA15 EDVGAPLVTPSLLQMVRLRSVGAPGGAPTPALGPS--APQKPLRRAL-SGRASPVPAPSS ::.. . .. .::. . .:.: : :. :: :. :. :: ::.:. :. KIAA03 PAFVQPLLSAGQAPLLAPGQVGV-SPVPSPQLPPACAAPGGPVITAFYSG--SPAPTSSA 900 910 920 930 940 880 890 900 910 920 KIAA15 GLHAAVR-----LKACSLAASEGLSSAQPNGPPE-AEPRP-PQSP---ASTASFIFSKGS : . . . . ... .. :.::: : : : :: :...:. .: . KIAA03 PLAQPSQAPPSLVYTVATSTTPPAATILPKGPPAPATATPAPTSPFPSATAGSMTYSLVA 950 960 970 980 990 1000 930 940 950 960 970 980 KIAA15 RKLQLERPVSPE-TQADLQRNLVAELRSISEQRPPQAPKKSPKAPPPVARKPSV------ : : : .:. ..: . :. ... . :: ::.. : : :: :.:.. 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KIAA13 P--PPPPVPSPPFPC-PADRSP-FLPPPPPVTDCS-QGSPLPHSPVFP----PPPPEALI 160 170 180 190 200 210 680 690 700 710 720 730 KIAA15 PPPSPPPSYHPPPPPTKKPEVVVEAPSASETAEEPLQDPNWPPP-PPPAPEEQDLSMADF : ::: :: :. .: .. ..: . :: : : ::::: . : : KIAA13 PFCSPPDWCLSPPRPALSP-ILPDSPVSL-----PLPPPLLPSSEPPPAPPLDPKFMKDT 220 230 240 250 260 740 750 760 770 780 790 KIAA15 PPPEEAFFSVASPEPAGPSGSPELVSSPAASSSSATALQIQPPGSPDPPPAPPAPAPASS :: :. ::.:: :: .. ..::.. . :: : KIAA13 RPP----FT--------NSGQPE--------SSRGS---LRPPSTKEETSRPPMP----- 270 280 290 800 810 820 830 840 850 KIAA15 APGHVAKLPQKEPVGCSKGGGPPREDVGAPLVTPSLLQMVRLRSVGAPGGAPTPALGPSA :.: ::::.:: : .:: . :. . 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KIAA07 STGMWIKEDLDSLVFGIKEVTSTVLHGKVPLAATAGLNSDEVIVHFDSGKGLKSKVRFAG 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1044 residues in 1 query sequences 1986461 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:40 2008 done: Thu Dec 18 15:06:41 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.270 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]