# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh00910mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1533.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1533, 651 aa vs ./tmplib.25089 library 1986854 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5499+/-0.00656; mu= 2.9215+/- 0.445 mean_var=175.9962+/-41.956, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.096677 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1201 ( 761 res) fg03153 ( 761) 1710 250.9 3.1e-67 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 218 43.0 0.0002 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 200 40.4 0.0011 >>KIAA1201 ( 761 res) fg03153 (761 aa) initn: 1879 init1: 1555 opt: 1710 Z-score: 1299.0 bits: 250.9 E(): 3.1e-67 Smith-Waterman score: 1987; 47.297% identity (74.625% similar) in 666 aa overlap (1-645:99-756) 10 20 30 KIAA15 NSKKMQSWYSMLSPTYKQRNEDFRKLFSKL :::: ::::..::::::::::::::::..: KIAA12 SDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQL 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 KIAA15 PEAERLIVDYSCALQREILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTA :..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: ....::.. . ::::: KIAA12 PDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTA 130 140 150 160 170 180 100 110 120 130 140 150 KIAA15 KLIPNAIQICTESEKHFFTSFGARDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSE .:::::::.::.:::::::::::::: ....::::::::::: : :.::::.::::::.: KIAA12 RLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNE 190 200 210 220 230 240 160 170 180 190 200 KIAA15 LGLTSEDEDYVSPLQ-LNGLGTPKEVG-DVIALSDITSSGAADRSQEPSPVGSRRGHVTP :::::.::::: : . .: .: .:. . ..: .:... . . . :: ... .. KIAA12 LGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNS 250 260 270 280 290 300 210 220 230 240 250 260 KIAA15 NL-SRASSDADHGAEEDKEEQVDSQPDASSSQTVTPVAEPPSTEPTQPDGPTTLGPLDLL .: : .::.: . . :. . :.: . . . . : . .:.. ::. 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KIAA12 SGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRP---HAHLRVPHLEE 550 560 570 580 590 600 500 510 520 530 540 KIAA15 ------HPDPDPCARAGIHTSGSLSSRFSEPSVDQGPG-AGIPSALVLISIV---SLIIL : . .. :..:: ..: .. .: .. . :..:: : ::..: KIAA12 VMSPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLL 610 620 630 640 650 660 550 560 570 580 590 600 KIAA15 IALNVLLFYRLWSLERTAHTFESWHSLALAKGKFPQTATEWAEILALQKQFHSVEVHKWR . ::..:::.:: :: :..:. .:..: : . ..::. ::::..: :...:..:..::: KIAA12 VILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQE-RLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWR 670 680 690 700 710 720 610 620 630 640 650 KIAA15 QILRASVELLDEMKFSLEKLHQGITVSDPPFDTQPRPDDSFS .:...:: :::.:: :: .:..:: : ... . KIAA12 EIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH 730 740 750 760 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 150 init1: 91 opt: 218 Z-score: 171.4 bits: 43.0 E(): 0.0002 Smith-Waterman score: 218; 34.783% identity (66.957% similar) in 115 aa overlap (16-129:166-278) 10 20 30 40 KIAA15 NSKKMQSWYSMLSPTYKQRNEDFRKLFSKLPEAERLIVDYSCALQ .:. :..::. .:: :.:. :::. KIAA08 ITTFVRGKIQGIIAEYNKINDVKEDDDTEKFKEAIVKFHRLFG-MPEEEKLVNYYSCSYW 140 150 160 170 180 190 50 60 70 80 90 100 KIAA15 R-EILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTAKLIPNAIQICTESE . .. :: .::: : .:::: .. :. . :. ..: :.:. : :.:..:.. :.: KIAA08 KGKVPRQGWMYLSINHLCFYSFLMGREAKLVIRWVDITQLEKNATL-LLPDVIKVSTRSS 200 210 220 230 240 250 110 120 130 140 150 160 KIAA15 KHFFTSFGARDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSELGLTSEDEDYVSPL .:::. : .. : :. .: . :. KIAA08 EHFFSVFLNINETFKLMEQLANIAMRQLLDNEGFEQDRSLPKLKRKSPKKVSALKRDLDA 260 270 280 290 300 310 >>KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262 aa) initn: 146 init1: 69 opt: 200 Z-score: 157.9 bits: 40.4 E(): 0.0011 Smith-Waterman score: 200; 31.008% identity (65.116% similar) in 129 aa overlap (2-129:135-261) 10 20 30 KIAA15 NSKKMQSWYSMLSPTYKQRNEDFRKLFSKLP .:..: . .:. . .:: :. .: KIAA06 NLLQTLSIFDSEEDITTFVKGKIHGIIAEENKNLQPQGDEDPGKFKEAELKMRKQFG-MP 110 120 130 140 150 160 40 50 60 70 80 90 KIAA15 EAERLIVDYSCALQR-EILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTA :.:.:. :::. . .. :: :::. : .:::: .. :... .: ..: :.:. : KIAA06 EGEKLVNYYSCSYWKGRVPRQGWLYLTVNHLCFYSFLLGKEVSLVVQWVDITRLEKNATL 170 180 190 200 210 220 100 110 120 130 140 150 KIAA15 KLIPNAIQICTESEKHFFTSFGARDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSE :.:..:.. :.... ::. : . : :. .: . :. KIAA06 -LFPESIRVDTRDQELFFSMFLNIGETFKLMEQLANLAMRQLLDSEGFLEDKALPRPIRP 230 240 250 260 270 280 160 170 180 190 200 210 KIAA15 LGLTSEDEDYVSPLQLNGLGTPKEVGDVIALSDITSSGAADRSQEPSPVGSRRGHVTPNL KIAA06 HRNISALKRDLDARAKNECYRATFRLPRDERLDGHTSCTLWTPFNKLHIPGQMFISNNYI 290 300 310 320 330 340 651 residues in 1 query sequences 1986854 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:04 2008 done: Thu Dec 18 15:07:05 2008 Total Scan time: 0.540 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]