# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh02556.fasta.huge -Q ../query/KIAA1544.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1544, 1028 aa vs ./tmplib.25089 library 1986477 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3063+/-0.0049; mu= 19.7679+/- 0.334 mean_var=90.2132+/-21.616, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.135033 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0540 ( 2041 res) pg00116 (2041) 1367 277.9 9.5e-75 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 1242 253.4 1.7e-67 KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270) 1140 233.4 1.5e-61 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 139 37.7 0.0039 >>KIAA0540 ( 2041 res) pg00116 (2041 aa) initn: 1476 init1: 488 opt: 1367 Z-score: 1433.9 bits: 277.9 E(): 9.5e-75 Smith-Waterman score: 1652; 33.800% identity (62.100% similar) in 1000 aa overlap (73-1011:1041-1999) 50 60 70 80 90 100 KIAA15 IELINEGRLLCHAMKDHIVRVANEAEFILNRQRAEDVHKHAEFESQCAQYAADRREEEKM :.. : .... :. . : : . : . 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KIAA05 VSSPSQTPRPQPGPIPPHTQVRNQVYSWLLRLRPPSQGYLSSRSPQEMLRASGLTQKWVQ 1300 1310 1320 1330 1340 1350 380 390 400 410 420 430 KIAA15 REISNFEYLMFLNTIAGRTYNDLNQYPVFPWVLTNYESEELDLTLPGNFRDLSKPIGALN :::::::::: ::::::::::::.::::::::: .: : :::. :. :::::::::..: KIAA05 REISNFEYLMQLNTIAGRTYNDLSQYPVFPWVLQDYVSPTLDLSNPAVFRDLSKPIGVVN 1360 1370 1380 1390 1400 1410 440 450 460 470 480 490 KIAA15 PKRAVFYAERYETWEDDQSP--PYHYNTHYSTATSTLSWLVRIEPFTTFFLNANDGKFDH ::.: . :.::..:: . .::.::::.:.... .:.:.::::.. .. ..:.:: KIAA05 PKHAQLVREKYESFEDPAGTIDKFHYGTHYSNAAGVMHYLIRVEPFTSLHVQLQSGRFDC 1420 1430 1440 1450 1460 1470 500 510 520 530 540 550 KIAA15 PDRTFSSVARSWRTSQRDTSDVKELIPEFYYLPEMFVNSNGYNLG-VREDEVVVNDVDLP :: : ::: .:.. .. .:::::::::.:.:... :.::..:: .. . :.:: :: KIAA05 SDRQFHSVAAAWQARLESPADVKELIPEFFYFPDFLENQNGFDLGCLQLTNEKVGDVVLP 1480 1490 1500 1510 1520 1530 560 570 580 590 600 610 KIAA15 PWAKKPEDFVRINRMALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQRGPEAVRALNVFHYLTYEGSVN :::..::::.. .:.:::::.:: .::.::::::::::::: : .:::::.: ::::.:. 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KIAA05 PLAEQPTALTVTED--FVLLGTAQCALHILQLNTLLPAAPPLPMKVAIRSVAVTKERSHV 1940 1950 1960 1970 1980 1010 1020 KIAA15 ITGMASGSIVAFNIDFNRWHYEHQNRY ..:. .:... KIAA05 LVGLEDGKLIVVVAGQPSEVRSSQFARKLWRSSRRISQVSSGETEYNPTEAR 1990 2000 2010 2020 2030 2040 >>KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556 aa) initn: 1044 init1: 392 opt: 1242 Z-score: 1303.5 bits: 253.4 E(): 1.7e-67 Smith-Waterman score: 1247; 39.929% identity (65.901% similar) in 566 aa overlap (291-833:641-1184) 270 280 290 300 310 320 KIAA15 YFEVDEDDSAFKKIDTKVLAYTEGLHGKWMFSEIRAVFSRRYLLQNTALEVFMANRTSVM . .:. : .:::::: :.::: .. . . 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KIAA16 DISNFEYLMYLNTAAGRTCNDYMQYPVFPWVLADYTSETLNLANPKIFRDLSKPMGAQTK 640 650 660 670 680 690 440 450 460 470 480 490 KIAA15 KRAVFYAERY---ETWEDDQSPPYHYNTHYSTATSTLSWLVRIEPFTTFFLNANDGKFDH .: . . .:. : : :.. :: ::::.: . :.:::. ::: : . :.:: KIAA16 ERKLKFIQRFKEVEKTEGDMTVQCHYYTHYSSAIIVASYLVRMPPFTQAFCALQGGSFDV 700 710 720 730 740 750 500 510 520 530 540 550 KIAA15 PDRTFSSVARSWRTSQRDT-SDVKELIPEFYYLPEMFVNSNGYNLGVREDEVVVNDVDLP :: : :: .:....:.. :::.:: :::.::::...: :: ..: .: .:..::.:: KIAA16 ADRMFHSVKSTWESASRENMSDVRELTPEFFYLPEFLTNCNGVEFGCMQDGTVLGDVQLP 760 770 780 790 800 810 560 570 580 590 600 KIAA15 PWAK-KPEDFVRINRMALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQRGPEAVRALNVFHYLTYEGSV ::: :. :. ..: ::::.::: .::.::::::::::.:: :: :.:.:: : . KIAA16 PWADGDPRKFISLHRKALESDFVSANLHHWIDLIFGYKQQGPAAVDAVNIFHPYFYGDRM 820 830 840 850 860 870 610 620 630 640 650 660 KIAA15 NLDSITDPVLREAMEAQIQNFGQTPSQLLIEPHPPRSSAMHLCFLP----QSPLMFKDQM .:.:::::... .. . ..::::.:.::. .::: :..: . :: ..:. . . KIAA16 DLSSITDPLIKSTILGFVSNFGQVPKQLFTKPHPARTAAGKP--LPGKDVSTPVSLPGHP 880 890 900 910 920 670 680 690 700 710 720 KIAA15 QQDVIMVLKF-PSNSPVTHVAANTL----PHLTIPAVVTVTCSRLFAVNRWHNTVGLRGA : . .. ::. : . .: :. .: .:. : . ..::.: : : : KIAA16 QPFFYSLQSLRPSQVTVKDMYLFSLGSESPKGAIGHIVS-TEKTILAVER--NKVLL--P 930 940 950 960 970 980 730 740 750 760 770 KIAA15 PGYSLDQAHHLPIEMDPLIANNSGVNKRQIT--DLVDQSIQINAHC---FVVTADNRYIL : . ... .. .. : .: .: .:. . . : : ...... . KIAA16 PLW--NRTFSWGFDDFSCCLGSYGSDKVLMTFENLAAWGRCLCAVCPSPTTIVTSGTSTV 990 1000 1010 1020 1030 1040 780 790 800 810 820 830 KIAA15 ICGFWDKSFRVYSTETGKLTQIVFGHWDVVTCLARSESYIGGDCYIVSGSRDATLLLWYW .: :. :. . .: : ..:: ..::::: : .. .::::.: : .:: KIAA16 VC-VWELSMTKGRPRGLRLRQALYGHTQAVTCLAASVTF----SLLVSGSQDCTCILWDL 1050 1060 1070 1080 1090 840 850 860 870 880 890 KIAA15 SGRHHIIGDNPNSSDYPAPRAVLTGHDHEVVCVSVCAELGLVISGAKEGPCLVHTITGDL . :. KIAA16 DHLTHVTRLPAHREGISAITISDVSGTIVSCAGAHLSLWNVNGQPLASITTAWGPEGAIT 1100 1110 1120 1130 1140 1150 >>KIAA1435 ( 415 res) hh13841 (415 aa) initn: 68 init1: 68 opt: 139 Z-score: 148.2 bits: 37.7 E(): 0.0039 Smith-Waterman score: 139; 28.713% identity (61.386% similar) in 101 aa overlap (937-1027:21-121) 910 920 930 940 950 960 KIAA15 FPRLISVSSEGHCIIYYERGRFSNFSINGKLLAQMEIN-DSTRAILLSSDGQNLVTGGDN ::...: . :.. : :: ....:.... KIAA14 SRRANMAAEIHSRPQSSRPVLLSKIEGHQDAVTAALLIPKEDGVITASED 10 20 30 40 50 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA15 GVVEVWQACDFKQLY--IYPGCDAGIRAMDLSHDQRTLITGMASGSIVAFNI--DFNRWH ...:: : : . :: . :: ::.: ...:. .:... :.. :::. . KIAA14 RTIRVWLKRDSGQYWPSIYHTMASPCSAMAYHHDSRRIFVGQDNGAVMEFHVSEDFNKMN 60 70 80 90 100 110 KIAA15 Y-----EHQNRY . :::: KIAA14 FIKTYPAHQNRVSAIIFSLATEWVISTGHDKCVSWMCTRSGNMLGRHFFTSWASCLQYDF 120 130 140 150 160 170 1028 residues in 1 query sequences 1986477 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:28 2008 done: Thu Dec 18 15:07:29 2008 Total Scan time: 0.670 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]