# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14154.fasta.huge -Q ../query/KIAA1547.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1547, 863 aa vs ./tmplib.25089 library 1986642 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1560+/-0.00981; mu= 0.9232+/- 0.667 mean_var=413.6236+/-102.595, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.063063 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1261 ( 787 res) hh15855b ( 787) 4011 379.5 8e-106 >>KIAA1261 ( 787 res) hh15855b (787 aa) initn: 3460 init1: 2318 opt: 4011 Z-score: 1991.7 bits: 379.5 E(): 8e-106 Smith-Waterman score: 4249; 81.410% identity (91.667% similar) in 780 aa overlap (99-863:17-787) 70 80 90 100 110 120 KIAA15 FPGRPPLGLGSPLPRTSPARALGASTLSESRPLPAMYPQGRHPAPHQPGQPGFKFTVAES : : :::: ::::::::.:: ::::..:: KIAA12 AARLCRAQPTKSAWMIRDLSKMYPQTRHPAPHQPAQP-FKFTISES 10 20 30 40 130 140 150 160 170 180 KIAA15 CDRIKDEFQFLQAQYHSLKVEYDKLANEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQTEIAKRL :::::.:::::::::::::.: .:::.::::::::::::::::::::::::::.::.::: KIAA12 CDRIKEEFQFLQAQYHSLKLECEKLASEKTEMQRHYVMYYEMSYGLNIEMHKQAEIVKRL 50 60 70 80 90 100 190 200 210 220 230 240 KIAA15 NTILAQIMPFLSQEHQQQVAQAVERAKQVTMTELNAIIGQQQLQAQHLSHATHGPPVQLP :.: ::..:::::::::::.:::::::::::.::::::::: ::::::::. :: :: : KIAA12 NAICAQVIPFLSQEHQQQVVQAVERAKQVTMAELNAIIGQQ-LQAQHLSHG-HGLPVPLT 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 KIAA15 PHPSGLQPPGIPPVTGSSSGLLALG-ALGSQAHLTVKDEKNHHELDH-RERESSANNSVS :::::::::.:::. :::.:::::. :::.:.:: .::::.::. :: :.:.: ..::: KIAA12 PHPSGLQPPAIPPI-GSSAGLLALSSALGGQSHLPIKDEKKHHDNDHQRDRDSIKSSSVS 170 180 190 200 210 220 310 320 330 340 350 360 KIAA15 PSESLRASEKHRGSADYSMEAKKRKAEEKDSLSRYDSDGDKSDD-LVVDVSNEDPATPRV :: :.:..::::.::::: :.::.:.:::. .::::::.:::: ::::::::::..:: KIAA12 PSASFRGAEKHRNSADYSSESKKQKTEEKEIAARYDSDGEKSDDNLVVDVSNEDPSSPRG 230 240 250 260 270 280 370 380 390 400 410 420 KIAA15 SPAHSPPENGLDKARSLKKDAPTSPASVASSSSTPSSKTKDLGHNDKSSTPGLKSNTPTP :::::: ::::::.: :::::: ::::.::::::::::.:.:. :.::.:: ::::::: KIAA12 SPAHSPRENGLDKTRLLKKDAPISPASIASSSSTPSSKSKELSLNEKSTTPVSKSNTPTP 290 300 310 320 330 340 430 440 450 460 470 KIAA15 RNDAPTPGTSTTPGLRSMP---------ASALRTPISITSSYAAPFAMMSHHEMNGSLTS :.::::::...::::: .: ::.::::... : .::... : ::: ::: KIAA12 RTDAPTPGSNSTPGLRPVPGKPPGVDPLASSLRTPMAVPCPYPTPFGIVPHAGMNGELTS 350 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 530 KIAA15 PGA-YAGLHNIPPQMSAAAAAAAAA--YGRSPMVSFGAVGFDPHPPMRATGLPSSLASIP ::: ::::::: ::::::::::::: :::::.: ::::: ::. ..: .:..:: KIAA12 PGAAYAGLHNISPQMSAAAAAAAAAAAYGRSPVV-----GFDPHHHMRVPAIPPNLTGIP 410 420 430 440 450 540 550 560 570 580 590 KIAA15 GGKPAYSFHVSADGQMQPVPFPHDALAGPGIPRHARQINTLSHGEVVCAVTISNPTRHVY :::::::::::::::::::::: ::: ::::::::::::::.:::::::::::::::::: KIAA12 GGKPAYSFHVSADGQMQPVPFPPDALIGPGIPRHARQINTLNHGEVVCAVTISNPTRHVY 460 470 480 490 500 510 600 610 620 630 640 650 KIAA15 TGGKGCVKIWDISQPGSKSPISQLDCLNRDNYIRSCKLLPDGRTLIVGGEASTLTIWDLA ::::::::.::::.::.:::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::: KIAA12 TGGKGCVKVWDISHPGNKSPVSQLDCLNRDNYIRSCRLLPDGRTLIVGGEASTLSIWDLA 520 530 540 550 560 570 660 670 680 690 700 710 KIAA15 SPTPRIKAELTSSAPACYALAISPDAKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGAS .::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 APTPRIKAELTSSAPACYALAISPDSKVCFSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGAS 580 590 600 610 620 630 720 730 740 750 760 770 KIAA15 CIDISHDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMESSN :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: KIAA12 CIDISNDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGRQLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMENSN 640 650 660 670 680 690 780 790 800 810 820 830 KIAA15 VEVLHHTKPDKYQLHLHESCVLSLKFAYCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESS ::::: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 VEVLHVTKPDKYQLHLHESCVLSLKFAHCGKWFVSTGKDNLLNAWRTPYGASIFQSKESS 700 710 720 730 740 750 840 850 860 KIAA15 SVLSCDISADDKYIVTGSGDKKATVYEVIY ::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA12 SVLSCDISVDDKYIVTGSGDKKATVYEVIY 760 770 780 863 residues in 1 query sequences 1986642 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:35 2008 done: Thu Dec 18 15:07:35 2008 Total Scan time: 0.620 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]