# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj04979.fasta.huge -Q ../query/KIAA1580.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1580, 640 aa vs ./tmplib.25089 library 1986865 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.5265+/-0.00608; mu= 23.3631+/- 0.415 mean_var=126.0626+/-30.549, 0's: 0 Z-trim: 35 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.114230 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 476 90.8 6.7e-19 KIAA0405 ( 706 res) hg01274 ( 706) 406 78.9 1.7e-15 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 399 78.4 5e-15 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 392 76.5 8.1e-15 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 351 69.6 8e-13 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 344 69.3 2.7e-12 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 338 68.4 5.5e-12 KIAA1465 ( 785 res) fh13187 ( 785) 289 59.7 1.1e-09 KIAA1916 ( 542 res) hg01117 ( 542) 277 57.4 3.8e-09 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 264 55.5 1.9e-08 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 262 55.4 2.6e-08 KIAA1904 ( 821 res) af00058 ( 821) 249 53.1 1.1e-07 KIAA1246 ( 832 res) hh00149a ( 832) 239 51.5 3.4e-07 KIAA1225 ( 1371 res) fh04221s1 (1371) 232 50.8 9.4e-07 KIAA0147 ( 1630 res) ha01022s1 (1630) 229 50.4 1.4e-06 KIAA0862 ( 584 res) hk06532 ( 584) 222 48.4 2.1e-06 KIAA0231 ( 823 res) fk16230 ( 823) 217 47.8 4.2e-06 KIAA1531 ( 1206 res) ph00937 (1206) 208 46.7 1.4e-05 KIAA0644 ( 887 res) hj03618 ( 887) 206 46.1 1.5e-05 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 202 45.5 2.5e-05 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 196 44.8 5.7e-05 KIAA1163 ( 437 res) hj05329 ( 437) 186 42.2 0.00011 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 184 42.3 0.00017 KIAA1910 ( 760 res) fh21867 ( 760) 179 41.5 0.00031 KIAA1437 ( 811 res) hk07206 ( 811) 173 40.6 0.00064 KIAA0992 ( 772 res) hk07554 ( 772) 170 40.0 0.00089 KIAA1628 ( 980 res) fh14247(revised) ( 980) 165 39.4 0.0017 KIAA0606 ( 1369 res) ph00195 (1369) 166 39.9 0.0018 KIAA0563 ( 1652 res) fh23589 (1652) 163 39.6 0.0027 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 154 37.6 0.0059 KIAA1355 ( 1189 res) fj01564 (1189) 154 37.8 0.0066 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 650 init1: 162 opt: 476 Z-score: 431.2 bits: 90.8 E(): 6.7e-19 Smith-Waterman score: 524; 29.847% identity (57.516% similar) in 459 aa overlap (53-485:194-644) 30 40 50 60 70 KIAA15 FDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICV----RKNLREVPDGIST-- : ...:. . : :. . .: : KIAA08 ISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRITTLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLP 170 180 190 200 210 220 80 90 100 110 120 130 KIAA15 NTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRL . ..:.:..:.:.:.. .:. : :. :...:: : .. ::: :: :.. ::: : : KIAA08 HLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDSLRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNL 230 240 250 260 270 280 140 150 160 170 180 190 KIAA15 TTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGL : . .: . : :..:.. .: :: : :.. : .:::. ..:. ..:.:: :: KIAA08 TRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIERISPDAWEFCQRLSELDLS-YNQLTRLDESAFVGL 290 300 310 320 330 340 200 210 220 230 240 250 KIAA15 SNLRYLNLAMCNLREIPN--LTPLIKLDELDLSGNHLS-AIRPGS--FQGLMHLQKLWMI : :. :::. . .: . . : .:. ::: .:..: ::. .: : :: : :: . 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KIAA08 HPAPQISWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVFFIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSAN 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0405 ( 706 res) hg01274 (706 aa) initn: 486 init1: 249 opt: 406 Z-score: 370.2 bits: 78.9 E(): 1.7e-15 Smith-Waterman score: 475; 30.000% identity (62.000% similar) in 350 aa overlap (31-351:66-406) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKV : ..: . . . . .::::: :. .: : KIAA04 HHIVFYFRTSEMGLQTTKWPSHGAFFLKSWLIISLGLYSQVSKLLACPSVCRCDRNF--V 40 50 60 70 80 90 70 80 90 KIAA15 ICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQI-------QIIKVNSFKHL-------------- : ...: :: :: .. .: ::.::: .. .:.: . . 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KIAA04 LDISNNQLRMLTQGVFDNLSNLKQLTARNNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQ 330 340 350 360 370 380 340 350 360 370 380 390 KIAA15 TPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNG : ...: . ::..: ..: KIAA04 GPEQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTP 390 400 410 420 430 440 >>KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496 aa) initn: 330 init1: 229 opt: 399 Z-score: 361.6 bits: 78.4 E(): 5e-15 Smith-Waterman score: 460; 27.543% identity (56.328% similar) in 403 aa overlap (160-546:71-462) 130 140 150 160 170 180 KIAA15 ELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYIS .:..:. : :. ::: ...:. :. KIAA02 TLAVVAQKPGAGCPSRCLCFRTTVRCMHLLLEAVPAVA----PQTSILDL-RFNRIREIQ 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 KIAA15 EGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN--LTPLIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQK :::. : :: : : ....::. . : .: : : :....: .:.:: :.. 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KIAA14 NNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQAPEK 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 KIAA15 LKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMT ..: : .:. . : : :: KIAA14 VRGMAIKDLNAELFDCKDSGIVSTIQITTAIPNTVYPAQGQWPAPVTKQPDIKNPKLTKD 360 370 380 390 400 410 >>KIAA0416 ( 529 res) hh00236 (529 aa) initn: 292 init1: 179 opt: 351 Z-score: 322.1 bits: 69.6 E(): 8e-13 Smith-Waterman score: 373; 25.137% identity (57.650% similar) in 366 aa overlap (14-352:14-374) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKV .: .:. : :.:... :..... . ...:: : : . . KIAA04 QPRLNAASNVLRRMGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLL--F 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA15 ICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAF : .... ::.. . .. :.:..:.: .. ..: . .: :.:..:.: :.. :: KIAA04 YCDSQGFHSVPNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAF 60 70 80 90 100 110 130 140 150 KIAA15 NGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYL------------------------SKLKELWLR .:: .:. : : .:.. .:: .:. : ::. : :: KIAA04 QGLYKLKELILSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLR 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 KIAA15 NNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLT .: ...:: : ::. :::. .:: .....: :: .:: :.: .: .: :.. KIAA04 SNSLRTIPVRLFWDCRSLEFLDLST-NRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKI-NFA 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 KIAA15 PLIKLDELD---LSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEIN ...:. : :. :..: . : :.:: . ..:..:. ..:... .: . KIAA04 HFLRLSSLHTLFLQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILL 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 KIAA15 LAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTP . .:.:. : ... :. : . : : :.:. : :. :. .. . :..: KIAA04 MDNNKLNSLDSKILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQ-GRWEHSILCHSP 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 KIAA15 PNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTV . .:. : . ... :. KIAA04 DHTQGEDILDAVHGFQLCWNLSTTVTVMATTYRDPTTEYTKRISSSSYHVGDKEIPTTAG 360 370 380 390 400 410 >>KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559 aa) initn: 495 init1: 224 opt: 344 Z-score: 312.5 bits: 69.3 E(): 2.7e-12 Smith-Waterman score: 368; 25.740% identity (48.975% similar) in 439 aa overlap (47-382:541-968) 20 30 40 50 60 70 KIAA15 RFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICVRKNLREVPDGIST :: : : . . : : ..: ..:. . KIAA08 ISQIKSKKFRCSGSEDYRSRFSSECFMDLVCPEKCRCEGTI--VDCSNQKLVRIPSHLPE 520 530 540 550 560 80 90 100 110 120 130 KIAA15 NTRLLNLHENQIQIIKVNS-FKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNR . : :..:......... ::.: .:. ..:: :.:. .. :::.: :... : : :. KIAA08 YVTDLRLNDNEVSVLEATGIFKKLPNLRKINLSNNKIKEVREGAFDGAASVQELMLTGNQ 570 580 590 600 610 620 140 150 160 170 180 190 KIAA15 LTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEG : :. . .: :: :: : ::.: : . . .: . :.: :.: . .:.. :. ::: KIAA08 LETVHGRVFRGLSGLKTLMLRSNLIGCVSNDTFAGLSSVRLLSLYD-NRITTITPGAFTT 630 640 650 660 670 680 200 210 KIAA15 LSNLRYLNLAM----CN---------------------------LREIP----------- : .: .:: :: :.::: KIAA08 LVSLSTINLLSNPFNCNCHLAWLGKWLRKRRIVSGNPRCQKPFFLKEIPIQDVAIQDFTC 690 700 710 720 730 740 220 230 KIAA15 --------NLTP-----------LIK----------------LDELDLSGNHLSAI-RPG .:.: ... . :: : ::::.:. : KIAA08 DGNEESSCQLSPRCPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKDVTELYLEGNHLTAVPREL 750 760 770 780 790 800 240 250 260 270 KIAA15 S----------------------FQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLA : :... ::. : . .... : .::..:.:: ..: KIAA08 SALRHLTLIDLSNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSYNRLRCIPVHAFNGLRSLRVLTLH 810 820 830 840 850 860 280 290 300 310 320 330 KIAA15 HNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPN :... .:. :. : : .. : :: .:.:.. ::: :.: : . :::..: KIAA08 GNDISSVPEGSFNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWLSEWVK--AGYKEPGIARCSSPEP 870 880 890 900 910 920 340 350 360 370 380 390 KIAA15 LKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELK--CRASTSLTSVSWITPNGTV . : . . : : .:: :.:.. : :. :. . . : KIAA08 MADRLLLTTPTHRFQCKGPV------DINIVAKCNACLSSPCKNNGTCTQDPVELYRCAC 930 940 950 960 970 400 410 420 430 440 450 KIAA15 MTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTTPFSY KIAA08 PYSYKGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFSCSCPLGFEGQRCEINPDDCEDN 980 990 1000 1010 1020 1030 >>KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618 aa) initn: 639 init1: 225 opt: 338 Z-score: 307.0 bits: 68.4 E(): 5.5e-12 Smith-Waterman score: 369; 25.635% identity (47.806% similar) in 433 aa overlap (47-375:597-1024) 20 30 40 50 60 70 KIAA15 RFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICVRKNLREVPDGIST :: : : . . : : .: ..:. : KIAA08 KKFRCSAKEQYFIPGTEDYQLNSECNSDVVCPHKCRC--EANVVECSSLKLTKIPERIPQ 570 580 590 600 610 620 80 90 100 110 120 130 KIAA15 NTRLLNLHENQIQIIKVNS-FKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNR .: : :..:.:.:..... ::.: ::. ..:: :.. :: :::.: :... :.: :. KIAA08 STAELRLNNNEISILEATGMFKKLTHLKKINLSNNKVSEIEDGAFEGAASVSELHLTANQ 630 640 650 660 670 680 140 150 160 170 180 190 KIAA15 LTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEG : .: .: : :. :. : :::: : : . .:. . ..: :.: . .... .: :::. 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