# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj04819s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1638.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1638, 905 aa vs ./tmplib.25089 library 1986600 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.7486+/-0.00439; mu= 20.9918+/- 0.300 mean_var=72.3467+/-16.911, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 24 in 1/39 Lambda= 0.150787 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1179 ( 1090 res) hh05402a (1090) 208 55.7 3.4e-08 KIAA1374 ( 764 res) fj04345 ( 764) 154 43.8 9.5e-05 KIAA0590 ( 1468 res) hj02755 (1468) 152 43.7 0.00019 >>KIAA1179 ( 1090 res) hh05402a (1090 aa) initn: 168 init1: 96 opt: 208 Z-score: 239.0 bits: 55.7 E(): 3.4e-08 Smith-Waterman score: 212; 22.000% identity (50.400% similar) in 500 aa overlap (292-771:122-580) 270 280 290 300 310 320 KIAA16 VILAGSTKVPFAHKPLLLYNGELTCQTQSGKVNNIYLSTHGFLSNLKDTGPDELRPMLAQ :. . :. . .:.: . . ... : . 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