# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02864mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1642.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1642, 1997 aa vs ./tmplib.25089 library 1985508 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7622+/-0.00864; mu= -5.0858+/- 0.581 mean_var=331.4514+/-81.917, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.070447 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 3677 389.5 5.4e-108 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 266 42.7 0.00094 KIAA1319 ( 1208 res) fh13717 (1208) 239 39.8 0.0051 >>KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414 aa) initn: 4216 init1: 1160 opt: 3677 Z-score: 2030.7 bits: 389.5 E(): 5.4e-108 Smith-Waterman score: 4816; 42.687% identity (70.594% similar) in 1935 aa overlap (1-1902:406-2283) 10 20 30 KIAA16 RLFVPREGCGIWDIDKAWGELEKAEHEREA ....:::: : ::.::: .::::::::: KIAA03 TVEKPPKFTEKGNLEVLLFTIQSKLRANNQKVYTPREGRLISDINKAWERLEKAEHEREL 380 390 400 410 420 430 40 50 60 70 80 90 KIAA16 ALRAELIRQEKLELLAQRFDHKVAMRESWLNENQRLVSQDNFGYELPAVEAAMKKHEAIE :::.::::::::: :: :::.:.::::.::.:::::::::::: :: :::::..:::::: KIAA03 ALRTELIRQEKLEQLAARFDRKAAMRETWLSENQRLVSQDNFGLELAAVEAAVRKHEAIE 440 450 460 470 480 490 100 110 120 130 140 150 KIAA16 ADIAAYEERVQGVAELAQALAAEGYYDIRRVAAQRDSVLRQWALLTGLVGARRTRLEQNL .::.:: :::.: .: :::: :.::.:.::.. .: : : .: .:.::: :: :: KIAA03 TDIVAYSGRVQAVDAVAAELAAERYHDIKRIAARQHNVARLWDFLRQMVAARRERLLLNL 500 510 520 530 540 550 160 170 180 190 200 210 KIAA16 ALQKVFQEMVYMVDWMEEMQAQLLSRECGQHLVEADDLLQKHGLLEGDIAAQSERVEALN ::::::...:..::::::...: :.. :.::. ..:::: : :.:.:::.:.:::.:.. KIAA03 ELQKVFQDLLYLMDWMEEMKGRLQSQDLGRHLAGVEDLLQLHELVEADIAVQAERVRAVS 560 570 580 590 600 610 220 230 240 250 260 KIAA16 AAALRF-SQLQGYQPCDPQVICNRVNHVHGCLAELQEQAARRRAELEASRSLWALLQELE :.:::: . . :.:::::.. .:: ... : : :: :::.:: :: :: .: :. KIAA03 ASALRFCNPGKEYRPCDPQLVSERVAKLEQSYEALCELAAARRARLEESRRLWRFLWEVG 620 630 640 650 660 670 270 280 290 300 310 320 KIAA16 EAESWARDKERLLEAAGGGGAAGAAGAAGTAGGAHDLSSTARLLAQHKILQGELGGRRAL :::.:.:....:: .: : .::... ::: .: :.::..:: . KIAA03 EAEAWVREQQHLLASADTG---------------RDLTGALRLLNKHTALRGEMSGRLGP 680 690 700 710 720 330 340 350 360 370 380 KIAA16 LQQALRCGEELVAAGGAVGPGADTVHLVGLAERAASARRRWQRLEEAAARRERRLQEARA :. .:. :..::: : :::. . . ::: . .:.::: : .: .:: .: . KIAA03 LKLTLEQGQQLVAEG---HPGASQA-----SARAAELQAQWERLEALAEERAQRLAQAAS 730 740 750 760 770 390 400 410 420 430 440 KIAA16 LHQFGADLDGLLDWLRDAYRLAAAGDFGHDEASSRRLARQHRALTGEVEAHRGPVSGLRR :.:: :: . . :: :: ::... ..:::: :.. :::::::: :...:: ...::. KIAA03 LYQFQADANDMEAWLVDALRLVSSPELGHDEFSTQALARQHRALEEEIRSHRPTLDALRE 780 790 800 810 820 830 450 460 470 480 490 500 KIAA16 QLATLGGASGAGPLVVALQVRVVEAEQLFAEVTEVAALRRQWLRDALAVYRMFGEVHACE : :.: . . : : : :: :. . :. :. : . :. :::.: :..:. :: KIAA03 QAAALPPTLSRTPEV---QGRVPTLERHYEELQARAGERARALEAALALYTMLSEAGACG 840 850 860 870 880 510 520 530 540 550 560 KIAA16 LWIGEKEQWLLSMRVPDSLDDVEVVQHRFESLDQEMNSLMGRVLDVNHTVQELVEGGHPS ::. :::::: .. .:. :.:.::::.:::.:. :::.: ... :: ...:.... :. KIAA03 LWVEEKEQWLNGLALPERLEDLEVVQQRFETLEPEMNTLAAQITAVNDIAEQLLKANPPG 890 900 910 920 930 940 570 580 590 600 610 620 KIAA16 SDEVRSCQDHLNSRWNRIVELVEQRKEEMSAVLLVENHVLEVAEVRAQVREKRRAVESAP .:.. . :..:: ::... .:.. .: ....: ..:. :: .:..: .::: ...::. KIAA03 KDRIVNTQEQLNHRWQQFRRLADGKKAALTSALSIQNYHLECTETQAWMREKTKVIESTQ 950 960 970 980 990 1000 630 640 650 660 670 680 KIAA16 RAGG------ALQWRLSGLEAALQALEPRQAALLEEAALLAERFPAQAARLHQGAEELGA :. ::: .:.: : :.:. : . : .:: :: ::::. .. .:. . KIAA03 GLGNDLAGVLALQRKLAGTERDLEAIAARVGELTREANALAAGHPAQAVAINARLREVQT 1010 1020 1030 1040 1050 1060 690 700 710 720 730 740 KIAA16 EWGALASAAQACGEAVAAAGRLQRFLHDLDAFLDWLVRAQEAAGGSEGPLPNSLEEADAL : : .. . :... : ::: ::..:: : :: :.: :... ::: .: ::.:: KIAA03 GWEDLRATMRRREESLGEARRLQDFLRSLDDFQAWLGRTQTAVASEEGP--ATLPEAEAL 1070 1080 1090 1100 1110 1120 750 760 770 780 790 800 KIAA16 LARHAALKEEVDQREEDYARIVAASEALLAADGAELGPGLALDEWLPHLELGWHKLLGLW ::.::::. ::.. . .:.:. : .: . . : :. : : . : : ::..: .: KIAA03 LAQHAALRGEVERAQSEYSRLRALGEEV-TRDQAD-PQCLFLRQRLEALGTGWEELGRMW 1130 1140 1150 1160 1170 1180 810 820 830 840 850 860 KIAA16 EARREALVQAHIYQLFLRDLRQALVVLRNQEMALSGAELPGTVESVEEALKQHRDFLTTM :.:. :.::: .: :::: ::: :: .::..:: .:.:::..... :.:. .::..:: KIAA03 ESRQGRLAQAHGFQGFLRDARQAEGVLSSQEYVLSHTEMPGTLQAADAAIKKLEDFMSTM 1190 1200 1210 1220 1230 1240 870 880 890 900 910 920 KIAA16 ELSQQKMQVAVQAAEGLLRQGNIYGEQAQEAVTRLLEKNQENQLRAQQWMQKLHDQLELQ . . .... ..:.. :. .:::.... .: . . .....:: :::.. .:.:. : : KIAA03 DANGERIHGLLEAGRQLVSEGNIHADKIREKADSIERRHKKNQDAAQQFLGRLRDNREQQ 1250 1260 1270 1280 1290 1300 930 940 950 960 970 980 KIAA16 HFLRDCHELDGWIHEKMLMARDGTREDNHKLHKRWLRHQAFMAELAQNKEWLEKIEREGQ :::.::::: :: :::: :.: . .. ..:: .: .::::::::: ::.::.:...::. KIAA03 HFLQDCHELKLWIDEKMLTAQDVSYDEARNLHTKWQKHQAFMAELAANKDWLDKVDKEGR 1310 1320 1330 1340 1350 1360 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA16 QLMQEKPELAASVRKKLGEIRQCWAELESTTQAKARQLFEASKADQLVQSFAELDKKLLH .: ::::: : : .:: .... : :::.:::::::.::.:..:. ..:: :.. : KIAA03 ELTLEKPELKALVSEKLRDLHRRWDELETTTQAKARSLFDANRAELFAQSCCALESWLES 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA16 MESQLQDVDPGGDLATVNSQLKKLQSMESQVEEWYREVGELQAQTAALPLEPASKELVGE ...::.. : : ::..:: ::: : .: .. .:: .:::. :: : . : . KIAA03 LQAQLHSDDYGKDLTSVNILLKKQQMLEWEMAVREKEVEAIQAQAKALAQEDQGAGEVER 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA16 RQNAVGERLVRLLEPLQERRRLLLASKELHQVAHDLDDELAWVQERLPLAMQTERGNGLQ . :: :.. : .:..:: : : ::.: :: .:..::. :: ::::.: . :.:. : KIAA03 TSRAVEEKFRALCQPMRERCRRLQASREQHQFHRDVEDEILWVTERLPMASSMEHGKDLP 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA16 AVQQHIKKNQGLRREIQAHGPRLEEVLERAGAL-ASLRSPEAEAVRRGLEQLQSAWAGLR .:: .:::: :..:::.: ::. .. :: :: :. .:: : .:: : : KIAA03 SVQLLMKKNQTLQKEIQGHEPRIADLRERQRALGAAAAGPE-------LAELQEMWKRLG 1550 1560 1570 1580 1590 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA16 EAAERRQQVLDAAFQVEQYYFDVAEVEAWLGEQELLMMSEDKGKDEQSTLQLLKKHLQLE . : : . :. :....:.: :.::.:::.::::: ::...:.::: :. .::: :: KIAA03 HELELRGKRLEDALRAQQFYRDAAEAEAWMGEQELHMMGQEKAKDELSAQAEVKKHQVLE 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA16 QGVENYEESIAQLSRQCRALLEMGHPDSEQISRRQSQVDRLYVALKELGEERRVALEQQY :.. .: ..: ::. . . ... ::.: .:: ::.:::.::..::::. ::: :... KIAA03 QALADYAQTIHQLAASSQDMIDHEHPESTRISIRQAQVDKLYAGLKELAGERRERLQEHL 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA16 WLYQLSRQVSELEHWIAEKEVVAGSPELGQDFEHVSVLQEKFSEFASETGMAGRERLAAV : :: :....::.:: :.::::.: :::::.:::..:..:: ::. .:. :.::. .. KIAA03 RLCQLRRELDDLEQWIQEREVVAASHELGQDYEHVTMLRDKFREFSRDTSTIGQERVDSA 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA16 NQMVDELIECGHTAAATMAEWKDGLNEAWAELLELMGTRAQLLAASRELHKFFSDARELQ : ... :: ::.: ::.:::::.::::::.::::. ::.:.:::. ::..:. ::. KIAA03 NALANGLIAGGHAARATVAEWKDSLNEAWADLLELLDTRGQVLAAAYELQRFLHGARQAL 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA16 GQIEEKRRRLPRLTTPPEPRPSASSMQRTLRAFEHDLQLLVSQVRQLQEGAAQLRTVYAG .....:...:: : . .: ..:: :.:::.: : ::.:.:. . .:. .::: KIAA03 ARVQHKQQQLPDGTG--RDLNAAEALQRRHCAYEHDIQALSPQVQQVQDDGHRLQKAYAG 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA16 EHAEAIASREQEVLQGWKELLSACEDARLHVSSTADALRFHSQVRDLLSWMDGIASQIGA ..:: :. . : : ..: .: .. : . .:.: .:: . ::.:. ::: . :. : KIAA03 DKAEEIGRHMQAVAEAWAQLQGSSAARRQLLLDTTDKFRFFKAVRELMLWMDEVNLQMDA 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1590 1600 1610 1620 1630 1640 KIAA16 ADKPRDVSSVEVLMNYHQGLKTELEARVPELTTCQELGRSLLLNKSAMADEIQAQLDKLG ..::::::...... .::.:.:.:::. ....: ..:. :: . :.::. .:..: KIAA03 QERPRDVSSADLVIKNQQGIKAEIEARADRFSSCIDMGKELLARSHYAAEEISEKLSQLQ 1960 1970 1980 1990 2000 2010 1650 1660 1670 1680 1690 1700 KIAA16 TRKEEVSEKWDRHWEWLQQMLEVHQFAQEAVVADAWLTAQEPLLQSRELGSSVDEVEQLI .:..:..:::... .::: .::: :...: .:.::: .::::..: ::: .:::::.:: KIAA03 ARRQETAEKWQEKMDWLQLVLEVLVFGRDAGMAEAWLCSQEPLVRSAELGCTVDEVESLI 2020 2030 2040 2050 2060 2070 1710 1720 1730 1740 1750 KIAA16 RRHEAFRKAAAAWEERFSSLRRLTTIE---------KIKAEQSKQPPTPLLGRKFFGDPT .:::::.:.:.:::::: .:..::..: . . :. ::::.: .:: KIAA03 KRHEAFQKSAVAWEERFCALEKLTALEEREKERKRKREEEERRKQPPAP--------EPT 2080 2090 2100 2110 2120 1760 1770 1780 1790 1800 KIAA16 ELAAKAAPLLRPGGYER------GLEPLARRASDTLSAEVRTRVGYVRQELKPERLQPRI :.. : :: : .: : . .: . : . .: : :. KIAA03 ---ASVPPGDLVGGQTASDTTWDGTQP---RPPPSTQAPSVNGVCTDGEPSQPLLGQQRL 2130 2140 2150 2160 2170 2180 1810 1820 1830 1840 1850 1860 KIAA16 DR--LPEIPGRVEPAALPAA--PEDAAETPATPAAAEQVRPRPERQESADRAEELPRRRR .. .:: :: :.. : :. .: : . : .. :. . ::: : :: . KIAA03 EHSSFPEGPG---PGSGDEANGPRGERQT-RTRGPAPSAMPQSRSTESAHAATLPPRGPE 2190 2200 2210 2220 2230 1870 1880 1890 1900 1910 KIAA16 PERQESVD------QSEEAARRRRPERQESAEHEAAHSLTLGRYEQMERRRERRERRLER : ::... : :: .. .:. . . . . .:: :. KIAA03 PSAQEQMEGMLCRKQEMEAFGKKAANRSWQNVYCVLRRGSLGFYKDAKAASAGVPYHGEV 2240 2250 2260 2270 2280 2290 1920 1930 1940 1950 1960 1970 KIAA16 QESSEQEMPIRGDLVKGKATLADIVEQLQEKEAGPGLPAGPSLPQPRELPPGRLPNGLEL KIAA03 PVSLARAQGSVAFDYRKRKHVFKLGLQDGKEYLFQAKDEAEMSSWLRVVNAAIATASSAS 2300 2310 2320 2330 2340 2350 >>KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635 aa) initn: 57 init1: 57 opt: 266 Z-score: 159.2 bits: 42.7 E(): 0.00094 Smith-Waterman score: 312; 20.907% identity (54.394% similar) in 1081 aa overlap (513-1547:493-1495) 490 500 510 520 530 KIAA16 EVAALRRQWLRDALAVYRMFGEVHACELWIGEKEQWLLSMR--VPDSLDDVEVVQHR--- ::.:. :::.. ::. . .. .:.. KIAA03 QASDVHELQQKLRTAFTEKDALLETVNRLQGENEK-LLSQQELVPELENTIKNLQEKNGV 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 KIAA16 -FESLDQE---MNSLMGRVLDVNHTVQELVEGGHPSSDEVRSCQDHLNSRWNRIVELVEQ . ::.:. .. : :.. .... ..... . : .:. :..... .: .:. . KIAA03 YLLSLSQRDTMLKELEGKINSLTEEKDDFINKLKNSHEEM----DNFHKKCEREERLILE 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 KIAA16 RKEEMSAVLLVENHVLEVAEVRAQVREKRRAVESAPRAGGALQWRLSGLEAALQALEPRQ .. ::. . .:.. .: : ..: . . . .: : . ...: . KIAA03 LGKK------VEQTIQYNSELEQKVNELTGGLEETLKEKDQNDQKLEKLMVQMKVLSEDK 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 710 KIAA16 AALLEEAALLAERFPAQAARLHQGAEELGAEWGALASAAQACGEAVAAAGRLQRFLHDLD .: :. : : . .: . ..:. . .. : : : :.. . .:. KIAA03 EVLSAEVKSLYE----ENNKLSSEKKQLSRDLEVFLSQK----EDVI----LKEHITQLE 640 650 660 670 720 730 740 750 760 KIAA16 AFLDWLVRAQEAAGGSEGPLPNSLEEADALLAR---HAALKE---EV--DQREEDYARIV :. .:. :. . : : :... :... .. ::: :: :..:.: . .. KIAA03 KKLQLMVEEQDNLNKL---LEN--EQVQKLFVKTQLYGFLKEMGSEVSEDSEEKDVVNVL 680 690 700 710 720 730 770 780 790 800 810 820 KIAA16 -AASEALLAADGAELGPGLALDEWLPHLELGWHKLLGLWEARREALVQAHIYQLFLRDLR :..:.: . . . .. :: . .:: ... : : :..:: . . .::: . KIAA03 QAVGESLAKINEEKCNLAFQRDEKVLELE---KEIKCLQE---ESVVQCEELKSLLRDYE 740 750 760 770 780 830 840 850 860 870 880 KIAA16 QALVVLRNQEMALSGAELPGTVESVEEALKQHRDFLTTMELSQQKMQVAVQAAEGLLRQG : :.:: .:. :. . :... : . .. .: .:.. . :. . .. KIAA03 QEKVLLR-KELE----EIQSEKEALQSDLLEMKNANEKTRLENQNLLIQVEEVSQTCSKS 790 800 810 820 830 840 890 900 910 920 930 KIAA16 NIYGEQAQ------EAVTRLLEKNQENQLRAQQWMQKLHDQLELQHFLRDCHELDGW--I .:..:. . : . :::... . ::. . :.:.: . ... :.. . KIAA03 EIHNEKEKCFIKEHENLKPLLEQKELRDRRAELIL--LKDSLAKSPSVKN-DPLSSVKEL 850 860 870 880 890 900 940 950 960 970 980 990 KIAA16 HEKMLMARDGTREDNHKLHKRWLRHQAFMAELAQNKEWLEKIEREGQQLMQEKPELAASV .::. . .: ..:..: : :: .... . ...: ..: .:: .:.::. KIAA03 EEKIENLEKECKEKEEKINKIKLVAVKAKKELDSSRKETQTVKEELESLRSEKDQLSASM 910 920 930 940 950 960 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA16 RKKLGEIRQCWAELESTTQAKARQL-FEASKADQLVQSFAELDKKLLHMESQLQDVDPGG : : . . . .: . ...:: : .:... . . .: ..: . : . .. . 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