# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh22954.fasta.huge -Q ../query/KIAA1679.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1679, 1536 aa vs ./tmplib.25089 library 1985969 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2670+/-0.00541; mu= 23.4811+/- 0.369 mean_var=96.7557+/-22.193, 0's: 0 Z-trim: 17 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.130388 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0960 ( 1502 res) hj05779s1 (1502) 4516 861.2 0 KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202) 294 66.8 2.8e-11 KIAA0762 ( 724 res) hk04668s1 ( 724) 252 58.6 5.1e-09 KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031) 238 56.2 3.9e-08 KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524) 216 52.3 8.5e-07 KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201) 184 46.2 4.8e-05 KIAA0815 ( 1640 res) sh06087 (1640) 172 44.1 0.00027 KIAA1777 ( 954 res) fh19201x1 ( 954) 162 41.9 0.00075 KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322) 163 42.3 0.00078 KIAA1233 ( 1023 res) fh08611 (1023) 158 41.2 0.0013 KIAA1346 ( 999 res) fj00671 ( 999) 148 39.3 0.0047 KIAA2029 ( 1021 res) pj01256 (1021) 148 39.3 0.0048 >>KIAA0960 ( 1502 res) hj05779s1 (1502 aa) initn: 5054 init1: 1536 opt: 4516 Z-score: 4585.5 bits: 861.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 5827; 50.962% identity (74.386% similar) in 1507 aa overlap (69-1536:1-1502) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 WHHCVLVPYARGEVKPRTAECVTAQHGLQHRMVRCIQKLNRTVVANEI-CEHFALQPPTE : . :::: .. . :..: ::.: .: : KIAA09 REIACIQK-DKDIPAEDIICEYFEPKPLLE 10 20 100 110 120 130 140 150 KIAA16 QACLIPCPRDCVVSEFLPWSNCSKGCGKKLQHRTRAVIAPPLFGGLQCPNLTESRACDAP ::::::: .::.:::: ::.::: ::. :::::: :.::: ::: :::::: ..:. 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KIAA09 RCQLVPWSVQQDSPGAQEGCGPGRQARAITCRKQDGGQAGIHECLQYAGPVPALTQACQI 690 700 710 720 730 740 800 810 820 830 840 850 KIAA16 PCREDCTFTAWSKFTPCSTNCEATKSRRRQLTGKSRKKEKCQDSDLYPLVETELCPCDEF ::..:: .:.::::. :. .: :...:.: :.:::.:::::..: ::::.::. ::::.. 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KIAA09 EDYLCDPEEMPLGSRVCKLPCPEDCVISEWGPWTQCVLPCNQSSFRQRSADPIRQPADEG 990 1000 1010 1020 1030 1040 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA16 RTCAEDSQVQPCLLNENCFQFQYNLTEWSTCQLSENAPCGQGVRTRLLSCVCSDGKPVSM :.: . . .:: ::.::....::.:.::::::::.: ::.:..::.:.:: :::: :.. KIAA09 RSCPNAVEKEPCNLNKNCYHYDYNVTDWSTCQLSEKAVCGNGIKTRMLDCVRSDGKSVDL 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA16 DQCEQHNLEKPQRMSIPCLVECVVNCQLSGWTAWTECSQTCGHGGRMSRTRFIIMPTQGE :: .::: .:. :.::: :::::: :. :.::::::: :.: : : . .: ::. KIAA09 KYCEALGLEKNWQMNTSCMVECPVNCQLSDWSPWSECSQTCGLTGKMIRRRTVTQPFQGD 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA16 GRPCPTELTQEKTCPVTPCYSWVLGNWSACKLEGGDCGEGVQIRSLSCMVHSGSISHAAG :::::. . : : ::: ::: : :.:: :... ..::::.. :..::.: .:: . . KIAA09 GRPCPSLMDQSKPCPVKPCYRWQYGQWSPCQVQEAQCGEGTRTRNISCVVSDGSADDFSK 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA16 RVEDALCGEMPF-----QDSILKQLCSVPCPGDCHLTEWSEWSTCELTCIDGRSFETVGR :.. .:... . .. .:.. :: ::::::.: .:: :: :.:::..:... : KIAA09 VVDEEFCADIELIIDGNKNMVLEESCSQPCPGDCYLKDWSSWSLCQLTCVNGEDLGFGGI 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA16 QSRSRTFIIQSFENQDSCPQQVLETRPCTGGKCYHYTWKASLWNNNERTVWCQRSDGVNV : ::: ::: .::: ::.:.:::. : :.::.: : :: :... ::::::::::.:: KIAA09 QVRSRPVIIQELENQHLCPEQMLETKSCYDGQCYEYKWMASAWKGSSRTVWCQRSDGINV 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1390 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA16 TGGCSPQARPAAIRQCIPACRKPFSYCTQGGVCGCEKGYTEIMRSNGFLDYCMKVP---- :::: ...: : :.: : : .: :::.. .: ::.::::.: ::. :. : .: KIAA09 TGGCLVMSQPDADRSCNPPCSQPHSYCSETKTCHCEEGYTEVMSSNSTLEQCTLIPVVVL 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1450 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA16 -GSEDKKADVKNLSGKNRPVNSKIHDIFKG--WSLQPLDPDGRVKIWVYGVSGGAFLIMI :::..:::. : .:.. . . .: : :::. ::::.: :::::..:::...: KIAA09 PTMEDKRGDVKT-SRAVHPTQPSSNPAGRGRTWFLQPFGPDGRLKTWVYGVAAGAFVLLI 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1510 1520 1530 KIAA16 FLIFTSYLVCKKPK-PHQSTPPQQKPLTLAYDGDLDM :.. ::.::::: :.. . :::::::::: :: KIAA09 FIVSMIYLACKKPKKPQRRQNNRLKPLTLAYDGDADM 1470 1480 1490 1500 >>KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202 aa) initn: 332 init1: 116 opt: 294 Z-score: 294.3 bits: 66.8 E(): 2.8e-11 Smith-Waterman score: 456; 27.165% identity (47.244% similar) in 508 aa overlap (815-1283:607-1066) 790 800 810 820 830 KIAA16 MPLLVQECTVPCREDCTFTAWSKFTPCSTNCEATKSR------RRQLTGKSRKKEKC--- : : .:. : : . :...: KIAA14 EPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTL 580 590 600 610 620 630 840 850 860 870 880 890 KIAA16 QDSDLYPLVETEL--CPCDEFISQP-YGNWSDCILPEGRREPHRGLRVQADSKECGEGLR .::. . : .. :: . . .: :: : .: . : :. . : : KIAA14 EDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWS----PW---QPCEHL----DGDNSGSCL- 640 650 660 670 680 900 910 920 930 940 950 KIAA16 FRAVACSDKNGRPVDPSFCSSSGYIQEKCVIPCPFDCKLSDWSSWGSCSSSCGIGVRIRS :: .:.. :: .. . :. . : . . ::::. ::.::::: ..:. KIAA14 CRARSCDSP--RPRCGGLDCLGPAIH---IANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQ 690 700 710 720 730 960 970 980 990 1000 1010 KIAA16 KWLKEK-PYNGGRPCPKLDLKNQAQVHEAVPCYSECNQYSWVVEHWSSCKINNELRSLRC . .. : .::: : . ... .: .:: :: ::.:. : : KIAA14 RSCSNPAPRHGGRICVGKS-REERFCNENTPCPVPIFWASW--GSWSKCSSN-------C 740 750 760 770 780 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA16 GGGTQSRKIRCVNTADGEGGAVDSNLCNQDEIPPETQSCSLMCPNECVMSEWGLWSKCPQ ::: :::. : : . : .:. . :: : ::.. . : : : . . KIAA14 GGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNP-EGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQR 790 800 810 820 830 840 1080 1090 1100 1110 KIAA16 ---SC-----DPHTMQ---RRTRHLLRPSLNSRTCAEDSQVQPCLLNENCFQFQYN---- .: ::: .: :::. :. .: .: :. :. : . . . KIAA14 FRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWA 850 860 870 880 890 900 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA16 -LTEWSTCQLSENAPCGQGVRTRLLSCVCSD----GKPVSMDQCEQHNLEKPQRMSIPCL ::.: . : : :.: .:. . : : : : .. . :: : KIAA14 AWGPWSSC----SRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCN-PQ----ACP 910 920 930 940 950 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA16 VECVVNCQLSGWTAWTECSQTCGHGGRMSRTRFIIMPTQGEGRP-CPTELTQEKTCPVTP :. . .: ::.:. :: .:: ::...::: :. . :. : :.: : . 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KIAA07 ---LRNPSIQKLRWREARE----------------SRRSEQLKEESEGE---------QF 640 650 660 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA16 CSVPCPGDCHLTEWSEWSTCELTCIDG--RSFETVGRQSRSRTFIIQSFENQDSCPQQVL :: :.. :. :: : : : . . :: .. .: : :: .. KIAA07 -----PG-CRMRPWTAWSECTKLCGGGIQERYMTVKKRFKSSQFT--------SCKDKK- 670 680 690 700 710 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA16 ETRPCTGGKCYHYTWKASLWNNNERTVWCQRSDGVNVTGGCSPQARPAAIRQCIPACRKP : : :. : KIAA07 EIRACNVHPC 720 >>KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031 aa) initn: 360 init1: 90 opt: 238 Z-score: 238.0 bits: 56.2 E(): 3.9e-08 Smith-Waterman score: 469; 28.900% identity (49.361% similar) in 391 aa overlap (934-1298:648-988) 910 920 930 940 950 960 KIAA16 RPVDPSFCSSSGYIQEKCVIPCPFDCKLSDW--SSWGSCSSSCGIGVRIRSKWLKEKPYN : :: ::..: :: : . :. 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KIAA08 --CEADC---PEGRWGLGCQEICPACQHAARC--------DPETGACLCLPGFVGSR-CQ 850 860 870 880 720 730 740 750 760 KIAA16 DVSLCPVYRWKPQKWSPCILVPE----------SVWQGITGSS--EACGKGLQTRAVSCI :: ::. . :. . : . . : : :: : .:: : . .: KIAA08 DV--CPAGWYGPSCQTRCSCANDGHCHPATGHCSCAPGWTGFSCQRACDTGHW--GPDCS 890 900 910 920 930 940 770 780 790 800 810 820 KIAA16 SDDNRSAEMMECLKQTNGMPLLVQECTVP-CREDCTFTAWSKFTP-CSTNCEATKSRR-R : :: : .:. : . : :...: ..: : : :. .. KIAA08 HPCNCSAGHGSC-DAISGLCLCEAGYVGPRCEQQCP---QGHFGPGCEQLCQCQHGAACD 950 960 970 980 990 1000 830 840 850 860 870 KIAA16 QLTGKSR-----KKEKCQDS---DLYPLVETELCPCDEFISQPYGNWSDCILPEGRREPH ...: . :. . .. : : : . : : :. : ::: :. 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KIAA08 ----AACHLECSCHNNSTCEPATGTCR-CGPGFYGQACEHPCPPGFHGAGCQGLCWCQHG 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA16 DGVN-VTGGCSPQARPAAIRQ--CIPACRKPFSY---CTQGGVCGCEKGYTEIMRSNGFL . ..: : ::... : .: .: :. : : : :. : . KIAA08 APCDPISGRC---LCPAGFHGHFCERGC-EPGSFGEGCHQ--RCDCDGGAP----CDPVT 1480 1490 1500 1510 1520 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA16 DYCMKVPGSEDKKADVKNLSGKNRPVNSKIHDIFKGWSLQPLDPDGRVKIWVYGVSGGAF :. :: .. :. : . : : . .:. 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