# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh25862s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1686.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1686, 1175 aa vs ./tmplib.25089 library 1986330 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4467+/- 0.008; mu= 6.1849+/- 0.543 mean_var=240.3713+/-59.291, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 48 in 1/39 Lambda= 0.082724 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0969 ( 1091 res) hj06525 (1091) 693 96.9 1.8e-20 KIAA0902 ( 910 res) hk09777 ( 910) 256 44.6 8.1e-05 KIAA0403 ( 416 res) hg01159 ( 416) 230 41.1 0.00043 >>KIAA0969 ( 1091 res) hj06525 (1091 aa) initn: 1229 init1: 511 opt: 693 Z-score: 459.4 bits: 96.9 E(): 1.8e-20 Smith-Waterman score: 1552; 31.139% identity (57.300% similar) in 1185 aa overlap (66-1168:1-1078) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 STTWLHPVTGEAVVTGHRRQSTDLPTGWEEAYTFEGARYYINHNERKVTCKHPVTGQPSQ .. .:.. ::::. : :::::: . 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KIAA09 PLLSFRVAAVQPSDNISRKHTFKAEHAGVRTYFFSAESPEEQEAWIQAMGEAARVQIPPA 150 160 170 180 190 200 280 290 300 310 320 KIAA16 KRV---------DKITSENAPTKETNNIPNHRVLIKPEIQNNQKNKEMSKIEEKKALEAE .. .: :::.: .. .. : : : ::: . . ... .. :: :: KIAA09 QKSVPQAVRHSHEKPDSENVPPSKHHQQPPHNSLPKPEPEAKTRGEGDGRGCEK----AE 210 220 230 240 250 260 330 340 350 360 370 KIAA16 KYGFQKDGQDRPLTKINSVKLNSLP-----SEYE------SGSACPAQTVHYRPINLSSS . . . . .: .: :.. . : : : .:. ::: .. . : KIAA09 RRPERPEVKKEPPVKANGLPAGPEPASEPGSPYPEGPRVPGGGEQPAQPNGWQ-YHSPSR 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 KIAA16 ENKIVNVSLADLRGGNRPNTGPLYTEADRVIQRTNSMQQLEQWIKIQKGRGHEEETRGVI .. . : ::.: . : :. :.. :: .::.::.::.....: :. :. KIAA09 PGSTAFPSQDGETGGHRRSFPP-RTNPDKIAQRKSSMNQLQQWVNLRRGVPPPEDLRSPS 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 KIAA16 SYQTLPRNMPSHRAQIMARYPEGYRTLPRNSKTRPESICSVTPSTHDKTLGPGA-EEKRR . . : .: . . ..::. :. : . .:::::::. :. .:. : : :.::. 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KIAA09 ---SRLSSTETSQSQSSHEEFRQEVTGSSAVSPIRKTASQRRSWQDLIETPLTS-SGLHY 750 760 770 780 790 800 400 410 420 430 440 450 KIAA16 PNTGPLYTEADRVIQRTNSMQ-QLEQWIKIQKGRGHEEETRGVISYQTLPRNMP-SHRAQ .: :: : :.. . ... . .. . . : .. : : . :.: : KIAA09 LQTLPL---EDSVFSDSAAISPEHRRQSTLPTQKCHLQDHYG-------PYPLAESERMQ 810 820 830 840 850 460 470 480 490 500 KIAA16 IM---ARYPEGYRTLPRNSKTRPESIC-SVTPSTHDKTLGPGAEEKRRSMRDDTMWQLYE .. . :... ::::.: . ...: :: : .: .::: : KIAA09 VLNGNGGKPRSF-TLPRDSGFNHCCLMLQLVPVTHRMTCNPQRWRKRRRRRRRKGRQQGK 860 870 880 890 900 510 520 530 540 550 560 KIAA16 WQQRQFYNKQSTLPRHSTLSSPKTMVNISDQTMHSIPTSPSHGSIAAYQGYSPQRTYRSE KIAA09 T 910 >>KIAA0403 ( 416 res) hg01159 (416 aa) initn: 250 init1: 122 opt: 230 Z-score: 165.4 bits: 41.1 E(): 0.00043 Smith-Waterman score: 235; 25.116% identity (57.674% similar) in 215 aa overlap (174-385:24-220) 150 160 170 180 190 200 KIAA16 GRTSRASKKVHNFGKRSNSIKRNPNAPVVRRGWLYKQDSTGMKL---WKKRWFVLSDLCL .:::::. : : ::: : .:. : KIAA04 KTQGFLTMSRRRISCKDLGHADCQGWLYKKKEKGSFLSNKWKKFWVILKGSSL 10 20 30 40 50 210 220 230 240 250 260 KIAA16 FYYRDEKEEGILGSILLPSFQIALLTSEDHINRKYAFKAAHPNMRTYYFCTDTGKEMELW ..: .. : : . ::.: . .. ..:.::: .::...:.:: ... .::..: KIAA04 YWYSNQMAEKADGFVNLPDFTVE---RASECKKKHAFKISHPQIKTFYFAAENVQEMNVW 60 70 80 90 100 110 270 280 290 300 310 320 KIAA16 MKAMLDAALVQTEPVKRVDKITSENAPTKETNNIPNHRVLIKPEIQNNQKNKEMSKIEEK .. : .:... : . . .. ::. .: .: . . :. ...:. .. . 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