# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bg00184s4.fasta.huge -Q ../query/KIAA1689.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1689, 2627 aa vs ./tmplib.25089 library 1984878 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1501+/-0.00855; mu= -0.7261+/- 0.579 mean_var=276.3516+/-65.881, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 12 in 1/39 Lambda= 0.077151 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1241 ( 863 res) fh10384 ( 863) 5145 587.8 5.2e-168 KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 258 43.9 0.00033 >>KIAA1241 ( 863 res) fh10384 (863 aa) initn: 5139 init1: 5139 opt: 5145 Z-score: 3108.2 bits: 587.8 E(): 5.2e-168 Smith-Waterman score: 5145; 96.797% identity (97.746% similar) in 843 aa overlap (547-1388:19-861) 520 530 540 550 560 570 KIAA16 KEQMLSCTQNIDGIVGFASTEKVEKRTDPILSLSNQQDATSVATESSESSTSDLPSFEVG : .::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 KIIIKYISLGILFSLKYFLFFSNQQDATSVATESSESSTSDLPSFEVG 10 20 30 40 580 590 600 610 620 630 KIAA16 IRALCEVNNAEGSCIEERNVDLKNNSLEIDQTENVKPMLRGRFQRPKPNLSRAGKKSVLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 IRALCEVNNAEGSCIEERNVDLKNNSLEIDQTENVKPMLRGRFQRPKPNLSRAGKKSVLS 50 60 70 80 90 100 640 650 660 670 680 690 KIAA16 QGKTESESKNSHSKTSVEKNHVEKDKMNTLDILRMETTERENPEAETVSVLGEKNCLQEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 QGKTESESKNSHSKTSVEKNHVEKDKMNTLDILRMETTERENPEAETVSVLGEKNCLQEG 110 120 130 140 150 160 700 710 720 730 740 750 KIAA16 SQLKALRPVQVRGRLQKPKPNAGKAAERKEILISQEEIGANVEKNENESCADRDTPQHME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 SQLKALRPVQVRGRLQKPKPNAGKAAERKEILISQEEIGANVEKNENESCADRDTPQHME 170 180 190 200 210 220 760 770 780 790 800 810 KIAA16 DQSCKDFEEEDVILQPEKNDSFQNVQPDEPKVLNECLSVQENNKANKLNQVPILRTRFQK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 DQSCKDFEEEDVILQPEKNDSFQNVQPDEPKVLNECLSVQENNKANKLNQVPILRTRFQK 230 240 250 260 270 280 820 830 840 850 860 870 KIAA16 PKPNIGRGTGRREISSKEEVLEKILVSGEMAAALRETVRLDTSPKEMVPAEINTKEMQSD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 PKPNIGRGTGRREISSKEEVLEKILVSGEMAAALRETVRLDTSPKEMVPAEINTKEMQSD 290 300 310 320 330 340 880 890 900 910 920 930 KIAA16 LKETGRRAISPREKILDVIDDTIEMETGLKAMGREICLREKTPEVIDATEEIDKDLEEAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 LKETGRRAISPREKILDVIDDTIEMETGLKAMGREICLREKTPEVIDATEEIDKDLEEAG 350 360 370 380 390 400 940 950 960 970 980 990 KIAA16 RREISPQKNGPEEVKPLGEVETDLKATGNESSPREKTPEVTDATEEIDKNLEETGRRKIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 RREISPQKNGPEEVKPLGEVETDLKATGNESSPREKTPEVTDATEEIDKNLEETGRRKIS 410 420 430 440 450 460 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA16 PRENGPEEVKPVDEMETDLNATGRESSPREKTPEVIDATEEIDLEETEREVSPQENGLEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 PRENGPEEVKPVDEMETDLNATGRESSPREKTPEVIDATEEIDLEETEREVSPQENGLEE 470 480 490 500 510 520 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA16 VKPLGEMETDLKATGRDSFPRGKTPEVIDAIEEIEIDLEETEREISPQENGLEEVKPLGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 VKPLGEMETDLKATGRDSFPRGKTPEVIDAIEEIEIDLEETEREISPQENGLEEVKPLGE 530 540 550 560 570 580 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA16 MQTDLKATGREISPREKTPEVIDATEEIDKDLEETGRREISPEENGPEEVKPVDEMETDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 MQTDLKATGREISPREKTPEVIDATEEIDKDLEETGRREISPEENGPEEVKPVDEMETDL 590 600 610 620 630 640 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA16 KTTGREGSSREKTREVIDAAEVIETDLEETEREISPQENGPEEVKPVGKMETDLKEIREE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 KTTGREGSSREKTREVIDAAEVIETDLEETEREISPQENGPEEVKPVGKMETDLKEIREE 650 660 670 680 690 700 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA16 ISQREKVLAEISAIREKEIDLKETGKRDIPMMEKVSGKMAVVEEMEADLKETGKENFRER ::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 ISQREKVLAEFSAIREKEIDLKETGKRDIPMMEKVSGKMAVVEEMEADLKETGKENFRER 710 720 730 740 750 760 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA16 GSEEICVTEEKVAELKQTGKTDISPRENELEETSTSRQTDTHLMQSGSNDFSAMPSLDIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 GSEEICVTEEKVAELKQTGKTDISPRENELEETSTSRQTDTHLMQSGSNDFSAMPSLDIQ 770 780 790 800 810 820 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA16 -NISSEVLSMMHTPVEEKRNSEKEVSSHFSHFKISSQTHESDKTEVQGIQSPDVPEQFSD : :.... :: :: .: . :: KIAA12 VCIFLSFKSFLNAFSEEINNSMIILSLSPTTFKNL 830 840 850 860 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA16 INLSKSLPQEQKPLEIKPAPFVRSRFKRPKPNLARAALKRETTESEKYIYEKKSETEKME >>KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034 aa) initn: 147 init1: 53 opt: 258 Z-score: 167.4 bits: 43.9 E(): 0.00033 Smith-Waterman score: 309; 20.579% identity (50.350% similar) in 1001 aa overlap (543-1492:82-1023) 520 530 540 550 560 570 KIAA16 GECSKEQMLSCTQNIDGIVGFASTEKVEKRTDPILSLSNQQDATSVATESSESSTSDLPS :: . .::: .. ::. .:.: .: . 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