# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pj01678.fasta.nr -Q ../query/KIAA1745.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1745, 893 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7824108 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5781+/-0.000188; mu= 12.5927+/- 0.011 mean_var=88.6162+/-17.381, 0's: 40 Z-trim: 51 B-trim: 338 in 2/65 Lambda= 0.136244 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109082395|ref|XP_001096618.1| PREDICTED: semaph (1203) 5832 1156.9 0 gi|168278955|dbj|BAG11357.1| semaphorin-4B precurs ( 837) 5737 1138.1 0 gi|37181909|gb|AAQ88758.1| semaphorin C [Homo sapi ( 837) 5733 1137.4 0 gi|158261005|dbj|BAF82680.1| unnamed protein produ ( 837) 5728 1136.4 0 gi|29840873|sp|Q9NPR2.3|SEM4B_HUMAN RecName: Full= ( 832) 5708 1132.4 0 gi|73951504|ref|XP_545859.2| PREDICTED: similar to ( 916) 4923 978.2 0 gi|76363527|sp|Q62179.2|SEM4B_MOUSE RecName: Full= ( 823) 4753 944.7 0 gi|109462212|ref|XP_001065984.1| PREDICTED: simila ( 967) 4750 944.2 0 gi|149057289|gb|EDM08612.1| rCG24677, isoform CRA_ ( 821) 4744 943.0 0 gi|67866979|gb|AAY82464.1| semaphorin 4B [Mus musc ( 823) 4738 941.8 0 gi|149690954|ref|XP_001498929.1| PREDICTED: simila ( 795) 4737 941.6 0 gi|26326325|dbj|BAC26906.1| unnamed protein produc ( 823) 4708 935.9 0 gi|119622489|gb|EAX02084.1| sema domain, immunoglo ( 681) 4666 927.6 0 gi|31874526|emb|CAD97806.1| hypothetical protein [ ( 681) 4644 923.2 0 gi|9368526|emb|CAB98205.1| SEMA4B, Semaphorin 4B [ ( 673) 4601 914.8 0 gi|854328|emb|CAA59984.1| semaphorin C [Mus muscul ( 782) 4597 914.0 0 gi|68533677|gb|AAH98793.1| Sema4b protein [Rattus ( 717) 4063 809.1 0 gi|48257069|gb|AAH10701.2| SEMA4B protein [Homo sa ( 530) 3649 727.6 3.5e-207 gi|66267434|gb|AAH94849.1| SEMA4B protein [Homo sa ( 521) 3589 715.8 1.2e-203 gi|109458963|ref|XP_001065817.1| PREDICTED: simila ( 717) 3215 642.4 2.1e-181 gi|17389195|gb|AAH17658.1| SEMA4B protein [Homo sa ( 458) 3149 629.2 1.2e-177 gi|50415062|gb|AAH77964.1| Sema4b-prov protein [Xe ( 835) 2858 572.3 3.2e-160 gi|189521460|ref|XP_689642.3| PREDICTED: similar t ( 812) 2508 503.4 1.6e-139 gi|148726368|emb|CAN88514.1| novel protein similar ( 830) 2452 492.4 3.3e-136 gi|10438887|dbj|BAB15372.1| unnamed protein produc ( 380) 2411 484.1 4.9e-134 gi|47224184|emb|CAG13104.1| unnamed protein produc ( 683) 2397 481.6 5.1e-133 gi|47217872|emb|CAG02365.1| unnamed protein produc ( 687) 2290 460.5 1.1e-126 gi|148682548|gb|EDL14495.1| mCG17761, isoform CRA_ ( 914) 1711 346.8 2.5e-92 gi|8134699|sp|Q64151.1|SEM4C_MOUSE RecName: Full=S ( 834) 1703 345.2 6.9e-92 gi|149046375|gb|EDL99268.1| sema domain, immunoglo ( 834) 1679 340.5 1.8e-90 gi|126303453|ref|XP_001379915.1| PREDICTED: simila ( 832) 1654 335.6 5.5e-89 gi|194671303|ref|XP_604387.4| PREDICTED: similar t ( 833) 1643 333.4 2.5e-88 gi|109103896|ref|XP_001100467.1| PREDICTED: semaph ( 833) 1635 331.9 7.3e-88 gi|73970098|ref|XP_538464.2| PREDICTED: similar to ( 849) 1626 330.1 2.5e-87 gi|47606208|sp|Q9C0C4.2|SEM4C_HUMAN RecName: Full= ( 833) 1624 329.7 3.3e-87 gi|37182802|gb|AAQ89201.1| SEMA4C [Homo sapiens] ( 833) 1624 329.7 3.3e-87 gi|134054524|emb|CAM73256.1| unnamed protein produ ( 863) 1624 329.7 3.4e-87 gi|47219866|emb|CAF97136.1| unnamed protein produc ( 835) 1609 326.8 2.5e-86 gi|50415520|gb|AAH78116.1| Unknown (protein for MG ( 834) 1605 326.0 4.4e-86 gi|119591731|gb|EAW71325.1| sema domain, immunoglo ( 886) 1600 325.0 9e-86 gi|122891339|emb|CAM14131.1| novel protein similar ( 811) 1581 321.2 1.1e-84 gi|114579013|ref|XP_515634.2| PREDICTED: semaphori ( 858) 1521 309.5 4.2e-81 gi|74210023|dbj|BAE21302.1| unnamed protein produc ( 814) 1518 308.9 6e-81 gi|49248072|gb|AAH49780.2| Sema domain, immunoglob ( 861) 1518 308.9 6.3e-81 gi|26353700|dbj|BAC40480.1| unnamed protein produc ( 799) 1515 308.3 8.9e-81 gi|109505501|ref|XP_001053912.1| PREDICTED: simila ( 824) 1514 308.1 1e-80 gi|8134689|sp|O09126.1|SEM4D_MOUSE RecName: Full=S ( 861) 1514 308.1 1.1e-80 gi|109504697|ref|XP_225215.4| PREDICTED: similar t ( 860) 1509 307.1 2.1e-80 gi|194041392|ref|XP_001928494.1| PREDICTED: simila ( 865) 1501 305.5 6.4e-80 gi|37927181|pdb|1OLZ|A Chain A, The Ligand-Binding ( 663) 1491 303.5 2e-79 >>gi|109082395|ref|XP_001096618.1| PREDICTED: semaphorin (1203 aa) initn: 5434 init1: 5434 opt: 5832 Z-score: 6189.9 bits: 1156.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 5832; 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